View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6373_high_36 (Length: 238)

Name: NF6373_high_36
Description: NF6373
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6373_high_36
NF6373_high_36
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-223)||(42667525-42667748)
chr8 (1-223)||(20056787-20057010)
chr8 (1-223)||(45215543-45215764)
chr8 (37-223)||(22969539-22969729)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-223)||(7932982-7933205)
chr5 (1-223)||(6013784-6014008)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-223)||(40488124-40488347)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-223)||(39641460-39641682)
chr2 (1-223)||(42847450-42847673)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-191)||(52288031-52288222)
chr3 (24-223)||(3381759-3381953)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (24-223)||(22973500-22973697)
chr6 (24-223)||(23814702-23814899)
chr6 (24-223)||(5238184-5238375)
[»] scaffold0246 (1 HSPs)
scaffold0246 (134-223)||(26063-26152)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (145-223)||(23163410-23163488)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 179; Significance: 1e-96; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 42667525 - 42667748
Alignment:
Q  1 tgtgcaactaagtccttccgttaacaaaacatttattttcttaaaacaaaacactaaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttcatcgtcta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42667525 tgtgcaactaagtccttccgttaacaaaacatttattttcttaaaacaaaacacttaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttcatcgtcta 42667624  T
Q  101 acatgattgcacgtttaaattaaact-nnnnnnncaacatgttacaaggattgttcactttacttgattaaatatcaagcttattattgcaataacacaa 199  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42667625 acatgattgcacgcttaaattaaactaaaaaaaacaacatgttacaaggattattcactttacttgattaaatatcaagcttattgttgcaataacacaa 42667724  T
Q  200 gttaaagccaacaacatgcaagtt 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  42667725 gttaaagccaacaacatgcaagtt 42667748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 20057010 - 20056787
Alignment:
Q  1 tgtgcaactaagtccttccgttaacaaaacatttattttcttaaaacaaaacactaaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttcatcgtcta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20057010 tgtgcaactaagtccttccgttaacaaaatatttattttcttaaaacaaaacacttaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttcatcgtcta 20056911  T
Q  101 acatgattgcacgtttaaattaaact-nnnnnnncaacatgttacaaggattgttcactttacttgattaaatatcaagcttattattgcaataacacaa 199  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  20056910 acatgattgcacgcttaaattaaactaaaaaaaacaacatgttacaaggattattcactttacttgattaaatatcaagcttattgttgcaataacataa 20056811  T
Q  200 gttaaagccaacaacatgcaagtt 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  20056810 gttaaagccaacaacatgcaagtt 20056787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 45215543 - 45215764
Alignment:
Q  1 tgtgcaactaagtccttccgttaacaaaacatttattttcttaaaacaaaacactaaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttcatcgtcta 100  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  45215543 tgtgcaactaagttcttccattaacaaaacatttatttt-ttaaaacaaaacacttaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttgatcgttta 45215641  T
Q  101 acatgattgcacgtttaaattaaactnnnnnnncaacatgttacaaggattgttcactttacttgattaaatatcaagcttattattgcaataacacaag 200  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||    
T  45215642 atatgattgcacgcttaaattaaactaaaaaaacaacatgttacaaggattgttcactttacttgattaaatatcaaatttattgttgcaataacacaag 45215741  T
Q  201 ttaaagccaacaacatgcaagtt 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  45215742 ttaaagccaacaacatgcaagtt 45215764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 37 - 223
Target Start/End: Original strand, 22969539 - 22969729
Alignment:
Q  37 tttcttaaaacaaaacactaaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttcatcgtctaacatgattgcacgtttaaattaaactnnnnnnncaa 136  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||        ||    
T  22969539 tttcttaaaacaaaacactaa-cacattacattaatgttacactcaacaatgtttgatcgtttaacatgattgcacgcttaaattaaactaaaaaaaaaa 22969637  T
Q  137 -----catgttacaaggattgttcactttacttgattaaatatcaagcttattattgcaataacacaagttaaagccaacaacatgcaagtt 223  Q
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  22969638 aaaaacatgttacaaggattgttcactttacttgattaaatatcaaacttattgttgcaataacacatgttaaagccagcaacatgcaagtt 22969729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 179; Significance: 1e-96; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 7933205 - 7932982
Alignment:
Q  1 tgtgcaactaagtccttccgttaacaaaacatttattttcttaaaacaaaacactaaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttcatcgtcta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7933205 tgtgcaactaagtccttccgttaacaaaacatttattttcttaaaacaaaacacttaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttcatcgtcta 7933106  T
Q  101 acatgattgcacgtttaaattaaact-nnnnnnncaacatgttacaaggattgttcactttacttgattaaatatcaagcttattattgcaataacacaa 199  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7933105 acatgattgcacgcttaaattaaactaaaaaaaacaacatgttacaaggattgttcactttacttgaataaatatcaagcttattgttgcaataacacaa 7933006  T
Q  200 gttaaagccaacaacatgcaagtt 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  7933005 gttaaagccaacaacatgcaagtt 7932982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 6014008 - 6013784
Alignment:
Q  1 tgtgcaactaagtccttccgttaacaaaacatttattttcttaaaacaaaacactaaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttcatcgtcta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6014008 tgtgcaactaagtccttccgttaacaaaacatttattttcttaaaacaaaacacttaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttcatcgtcta 6013909  T
Q  101 acatgattgcacg-tttaaattaaact-nnnnnnncaacatgttacaaggattgttcactttacttgattaaatatcaagcttattattgcaataacaca 198  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  6013908 acatgattgcacgcttaaaattaaactaaaaaaaacaacatgttacaaggattgttcactttacttgaataaatatcaagtttattgttgcaataacaca 6013809  T
Q  199 agttaaagccaacaacatgcaagtt 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  6013808 agttaaagccaacaacatgcaagtt 6013784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 179; Significance: 1e-96; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 40488347 - 40488124
Alignment:
Q  1 tgtgcaactaagtccttccgttaacaaaacatttattttcttaaaacaaaacactaaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttcatcgtcta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  40488347 tgtgcaactaagtccttccgttaacaaaacatttattttcttaaaacaaaacacttaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttgatcgtcta 40488248  T
Q  101 acatgattgcacgtttaaattaaact-nnnnnnncaacatgttacaaggattgttcactttacttgattaaatatcaagcttattattgcaataacacaa 199  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  40488247 acatgattgcacgcttaaattaaactaaaaaaaacaacatgttacaaggattgttcactttacttgattaaatatcaagcttattgttgcaataacacaa 40488148  T
Q  200 gttaaagccaacaacatgcaagtt 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  40488147 gttaaagccaacaacatgcaagtt 40488124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 171; Significance: 6e-92; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 39641682 - 39641460
Alignment:
Q  1 tgtgcaactaagtccttccgttaacaaaacatttattttcttaaaacaaaacactaaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttcatcgtcta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39641682 tgtgcaactaagtccttccgttaacaaaacatttattttcttaaa-caaaacacttaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttcatcgtcta 39641584  T
Q  101 acatgattgcacgtttaaattaaact-nnnnnnncaacatgttacaaggattgttcactttacttgattaaatatcaagcttattattgcaataacacaa 199  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39641583 acatgattgcacgcttaaattaaactaaaaaaaacaacatgttacaaggattattcactttacttgattaaatatcaagcttattgttgcaataacacaa 39641484  T
Q  200 gttaaagccaacaacatgcaagtt 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  39641483 gttaaagccaacaacatgcaagtt 39641460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 42847450 - 42847673
Alignment:
Q  1 tgtgcaactaagtccttccgttaacaaaacatttattttcttaaaacaaaacactaaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttcatcgtcta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  42847450 tgtgcaactaagtccttccgttaacaaaacatttattttcttaaaacaaaacacttaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttgatcgtcta 42847549  T
Q  101 acatgattgcacgtttaaattaaact-nnnnnnncaacatgttacaaggattgttcactttacttgattaaatatcaagcttattattgcaataacacaa 199  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||         ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42847550 acatgattgcacgcttaaattaaactaaaaaaaaaaacatgttataaggattgttcactttacttgattaaatatcaagcttattgttgcaataacacaa 42847649  T
Q  200 gttaaagccaacaacatgcaagtt 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  42847650 gttaaagccaacaacatgcaagtt 42847673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 191
Target Start/End: Original strand, 52288031 - 52288222
Alignment:
Q  1 tgtgcaactaagtccttccgttaacaaaacatttattttcttaaaacaaaacactaaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttcatcgtcta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  52288031 tgtgcaactaagtccttccgttaacaaaacatttattttcttaaaacaaaacacttaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttgatcgtcta 52288130  T
Q  101 acatgattgcacgtttaaattaaact-nnnnnnncaacatgttacaaggattgttcactttacttgattaaatatcaagcttattattgcaa 191  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  52288131 acatgattgcacgcttaaattaaactaaaaaaaacaacatgttacaaggattgttcactttacttgattaaatatcaagcttattgttgcaa 52288222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 24 - 223
Target Start/End: Original strand, 3381759 - 3381953
Alignment:
Q  24 acaaaacatttattttcttaaaacaaaacactaaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttcatcgtctaacatgattgcacgtttaaattaa 123  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||      ||| |||||||||    
T  3381759 acaatacatttattttcttaaaacaaaacacttaacacactacattaatgttacattcaacaatgtttgatcgtctaacat------acgcttaaattaa 3381852  T
Q  124 actnnnnnnncaacatgttacaaggattgttcactt---tacttgattaaatatcaagcttattattgcaataacacaagttaaagccaacaacatgcaa 220  Q
    |||        |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3381853 actaaaaaa--aacatgttacaaggattgttcacttaattacttgattaaatatcaagcttattgttgcaataacacaagttaaagccaacaacatacaa 3381950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 24 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 22973697 - 22973500
Alignment:
Q  24 acaaaacatttattttcttaaaacaaaacactaaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttcatcgtctaacatgattgcacgtttaaattaa 123  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22973697 acaatacatttattttcttaaaacaaaacacttaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttggtcgtctaacatgattgcacgcttaaattaa 22973598  T
Q  124 actnnnnnnncaacatgttacaaggattgttcactttacttgattaaatatcaagcttattattgcaataacacaagttaaagccaacaacatgcaagtt 223  Q
    |||        || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22973597 actaaaaaa--aatatgttacaaggattgttcactttacttgattaaatatcaagcttattgttgcaataacacaagttaaagccaacaacatgcaagtt 22973500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 24 - 223
Target Start/End: Original strand, 23814702 - 23814899
Alignment:
Q  24 acaaaacatttattttcttaaaacaaaacactaaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttcatcgtctaacatgattgcacgtttaaattaa 123  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23814702 acaatacatttattttcttaaaacaaaacacttaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttggtcgtctaacatgattgcacgcttaaattaa 23814801  T
Q  124 actnnnnnnncaacatgttacaaggattgttcactttacttgattaaatatcaagcttattattgcaataacacaagttaaagccaacaacatgcaagtt 223  Q
    |||        || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23814802 actaaaaaa--aatatgttacaaggattgttcactttacttgattaaatatcaagcttattgttgcaataacacaagttaaagccaacaacatgcaagtt 23814899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 24 - 223
Target Start/End: Original strand, 5238184 - 5238375
Alignment:
Q  24 acaaaacatttattttcttaaaacaaaacactaaacacattacattaatgttacactcaacaatgtttcatcgtctaacatgattgcacgtttaaattaa 123  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||      ||| |||||||||    
T  5238184 acaatacatttattttcttaaaacaaaacactttacacattacattaatgttacattcaacaatgtttgatcgtttaacat------acgcttaaattaa 5238277  T
Q  124 actnnnnnnncaacatgttacaaggattgttcactttacttgattaaatatcaagcttattattgcaataacacaagttaaagccaacaacatgcaagtt 223  Q
    |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5238278 actaaaaaa--aacatgttacaaggattgttcactttacttgattaaatatcaagcttattgttgcaataacacaagttaaagccaacaacatacaagtt 5238375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0246 (Bit Score: 86; Significance: 3e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold0246
Description:

Target: scaffold0246; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 134 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 26152 - 26063
Alignment:
Q  134 caacatgttacaaggattgttcactttacttgattaaatatcaagcttattattgcaataacacaagttaaagccaacaacatgcaagtt 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26152 caacatgttacaaggattgttcactttacttgattaaatatcaagcttattgttgcaataacacaagttaaagccaacaacatgcaagtt 26063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.00000000008; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 145 - 223
Target Start/End: Original strand, 23163410 - 23163488
Alignment:
Q  145 aaggattgttcactttacttgattaaatatcaagcttattattgcaataacacaagttaaagccaacaacatgcaagtt 223  Q
    |||| ||||||||||||| ||| |||  |||||||||||| ||| |||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  23163410 aaggtttgttcactttacatgaataataatcaagcttattgttgtaatatcacaaattaatgccaacatcatgcaagtt 23163488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University