View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6373_low_2 (Length: 708)

Name: NF6373_low_2
Description: NF6373
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6373_low_2
NF6373_low_2
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (19-707)||(7128818-7129506)
chr4 (137-700)||(7713922-7714486)
chr4 (33-691)||(7527767-7528425)
chr4 (19-707)||(7481632-7482320)
chr4 (19-691)||(7494050-7494722)
chr4 (19-691)||(7519717-7520389)
chr4 (19-707)||(7722092-7722780)
chr4 (306-654)||(7506351-7506699)
chr4 (223-274)||(18035190-18035241)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (172-673)||(16750270-16750769)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (165-245)||(10126928-10127008)
chr3 (165-245)||(10363787-10363867)
chr3 (165-245)||(10663526-10663606)
chr3 (223-274)||(4497228-4497279)
chr3 (223-274)||(4528479-4528530)
chr3 (165-245)||(10088790-10088870)
chr3 (165-245)||(10195673-10195753)
chr3 (165-245)||(10375834-10375914)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 473; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 473; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 707
Target Start/End: Original strand, 7128818 - 7129506
Alignment:
Q  19 caaagatcatgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgcggagttcggattgcatttcctctatctcac 118  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||| ||||||||  ||||||||||  || ||||||     
T  7128818 caaagatcacgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttcggccatcaactttttcgcggagtttcgattgcattttatccatctcaa 7128917  T
Q  119 cattagttttagattttgtgatctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttt 218  Q
    ||||| ||||||||| | |||| |||||||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7128918 cattatttttagattctatgatttttgcagcaataccttttacatcaaaatcatcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttc 7129017  T
Q  219 tgtgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagtg 318  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  7129018 tttgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataattgaaacattctctttcacattgttgccggtg 7129117  T
Q  319 ttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgtt 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  7129118 ttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcacgaataaaggagtgagtttctctttctctcaaaactcgtt 7129217  T
Q  419 gctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaaga 518  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||   |||||||| |  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  7129218 gctcaggtgcgcgatttgtaaaattaaagactctcttatcaaaattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaaga 7129317  T
Q  519 aaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaa 618  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |    
T  7129318 aaagagaagctggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagccttcttgtgattggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttaaagtca 7129417  T
Q  619 tcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctctctgctcctcctc 707  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  7129418 tcaagcaagtcatcggcatcatcaagagcatccttgagcttttccaaccagagttgaacttgatggttgttggctccctgctgctcctc 7129506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 137 - 700
Target Start/End: Original strand, 7713922 - 7714486
Alignment:
Q  137 tgatctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaag 236  Q
    ||||||||||||||||| || |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||   |||| |||    
T  7713922 tgatctttgcagcaatatcttttacatcaaaatcatcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgtttcacttctttgtcaccatataaaag 7714021  T
Q  237 ttgagcaagtgca-gtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaacaactctat 335  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  7714022 ttgagcaagtgcacgtctttccaagtcctccgattccaattatagaaataactgaaacattctccttcacatcgttgccggtgttaaacaacaactctat 7714121  T
Q  336 caactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgattt 435  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7714122 caactctttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgattt 7714221  T
Q  436 gtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttgg 535  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7714222 gtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttgaaagaaaagagaagttggttgg 7714321  T
Q  536 atgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggc 635  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  7714322 atgatgagaagaagatgcaaacctttttagctttcttgtgattggtcatcacttgtcacctcaggtcttccgtgttgaagtaattgagaaagtcatcggc 7714421  T
Q  636 atcatcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctctctgct 700  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7714422 atcataaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctccctgct 7714486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 459; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 691
Target Start/End: Complemental strand, 7528425 - 7527767
Alignment:
Q  33 ctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgcggagttcggattgcatttcctctatctcaccattagttttagat 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||  |||||| ||| || |||||| |  |||| ||||||    
T  7528425 ctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgcctttaactttattgcggagttccaattgcacttcttccatctcagctgtagtgttagat 7528326  T
Q  133 tttgtgatctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtata 232  Q
    ||| ||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  7528325 tttatgatctttgcagcaataccttttacatcaaaatcatcagaaacacaaacccattttttaaactcaaaatgttcttgcactttcttgtcattgtata 7528226  T
Q  233 caagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaacaactc 332  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7528225 caaattgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgctagtgttaaacaacaactc 7528126  T
Q  333 tatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcga 432  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||  ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | ||||    
T  7528125 tatcaactctttcttttcctcatctcttccaataacatcttctgcactaataaaggagtgagtttctctttctctcaaaactcgttgctcaggtgcgcga 7528026  T
Q  433 tttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggt 532  Q
    ||||||||||||||   |||||||| | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||    
T  7528025 tttgtaaaattaaagactctcttatcaacattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaagaaaagagaagctggt 7527926  T
Q  533 tggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatc 632  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7527925 tggatgatgagaagaagatgcggacctttttagctttcttgtgattggtcatcacttgtcgcctcagttcttccgtgttgaagtaatcgagaaagtcatc 7527826  T
Q  633 ggcatcatcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttgg 691  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7527825 ggcatcatcaaaagcatctttgagattttccagccatagttgaacttgatggttgttgg 7527767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 707
Target Start/End: Complemental strand, 7482320 - 7481632
Alignment:
Q  19 caaagatcatgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgcggagttcggattgcatttcctctatctcac 118  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  ||||| ||  |||||| ||  || ||||||     
T  7482320 caaagatcacgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttcttccttcaactttttcacggagctccaattgcactttatccatctcat 7482221  T
Q  119 cattagttttagattttgtgatctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttt 218  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||  |||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||     
T  7482220 cattagttttagattctatgatctttgatgcaataccttttacatcaaaatcatcagaaacacaaacccactttttcaactgaaaatgttgttgcacttc 7482121  T
Q  219 tgtgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagtg 318  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  7482120 tttgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataattgaaacattctctttcacattgttgccggtg 7482021  T
Q  319 ttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgtt 418  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7482020 ttaaacaacaactctatcaactctttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcacgaataaaggagtgagtttctcgttgtttcaaaactcgtt 7481921  T
Q  419 gctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaaga 518  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||| |||||| |  | |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  7481920 gctcaggtgtacgatttgtaaaattaaaaattctctgaccaacattaagagcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaaga 7481821  T
Q  519 aaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaa 618  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  || ||||||||| ||||||| | || |||| ||||||||||||| |||||| ||||| |||| |    
T  7481820 aaagagaagctggttggatgatgagaagaagatgtaaaactttttagccttcttgttactggtcatgacttgtcgcctcaagtcttcagtgttaaagtca 7481721  T
Q  619 tcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctctctgctcctcctc 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||    
T  7481720 tcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttgagcttttccagccagagttgaacttgatggttgttggttccctgctgctcctc 7481632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 691
Target Start/End: Complemental strand, 7494722 - 7494050
Alignment:
Q  19 caaagatcatgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgcggagttcggattgcatttcctctatctcac 118  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||  |||||| ||| |||||||||     
T  7494722 caaagattacgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgcctttaactttatcgcggagttccaattgcacttcttctatctcag 7494623  T
Q  119 cattagttttagattttgtgatctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttt 218  Q
    |  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  7494622 ctgtagtgttagattttatgatctttgcagcaataacttttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttaaactcaaaatgttgtttcacttt 7494523  T
Q  219 tgtgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagtg 318  Q
      ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  7494522 cttgtcattgtatacaaattgagcaagcgcagtcttccccagtcctccgattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccggtg 7494423  T
Q  319 ttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgtt 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  7494422 ttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcacgaataaaggagtgagtttctctttctctcaaaactcgtt 7494323  T
Q  419 gctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaaga 518  Q
    ||||||| |  |||||||||||||||||   |||||||  | |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  7494322 gctcaggtgcacgatttgtaaaattaaagactctcttagcaacattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtaaga 7494223  T
Q  519 aaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaa 618  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| | || ||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| |    
T  7494222 aaagagaagctggttggatgatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttactggtcatcacctgtcgcctcaagtcttccgtgttaaagtca 7494123  T
Q  619 tcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttgg 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||    
T  7494122 tcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttcagcttttccaaccacagttgaacttgatggttgttgg 7494050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 691
Target Start/End: Complemental strand, 7520389 - 7519717
Alignment:
Q  19 caaagatcatgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgcggagttcggattgcatttcctctatctcac 118  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  ||||||||  |||| | ||  || ||||||     
T  7520389 caaagattacgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttcttccttcaactttttcacggagttccaattgaactttatccatctcaa 7520290  T
Q  119 cattagttttagattttgtgatctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttt 218  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  7520289 cattagtttgagattctgtgatctttgcagcaataccttttacatcaaaatcatcagaaacacaaacccattttttaaactcaaaatgttcttgcacttt 7520190  T
Q  219 tgtgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagtg 318  Q
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  7520189 cttgtcattgtatacaaattgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctgtcacattgttgctagtg 7520090  T
Q  319 ttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgtt 418  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7520089 ttaaacaacaactctatcaactctttcttctcctcctctcttccaataacttcttctgcacgaataaaggagtgagtttctcgttgtttcaaaactcgtt 7519990  T
Q  419 gctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaaga 518  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||    
T  7519989 gctcaggagtgcgatttgtaaagttaaaacttcttttaccaacattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattatctgaaccattttgtaaga 7519890  T
Q  519 aaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaa 618  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |  | |||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |    
T  7519889 aaagagaagctggttggatgatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttacaggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcggtgttgaagtca 7519790  T
Q  619 tcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttgg 691  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||    
T  7519789 tcaagcaagttatcggcatcatcaagagcatctttcagcttttccaaccacagttgaacttgatggttgttgg 7519717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 707
Target Start/End: Original strand, 7722092 - 7722780
Alignment:
Q  19 caaagatcatgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttttgccttcaactgttttgcggagttcggattgcatttcctctatctcac 118  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||  ||||||   ||||||| ||  || ||||||     
T  7722092 caaagatcacgatcctcattccaattgtcatccaagacaagcaaatatcttatcccttcaactttttcacggagtatagattgcactttatcgatctcaa 7722191  T
Q  119 cattagttttagattttgtgatctttgcagcaataactcttacattaaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttt 218  Q
    || |||||||||||| | ||||||||| ||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7722192 cactagttttagattctatgatctttgaagcaataccttttacatcaaaatcatcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttc 7722291  T
Q  219 tgtgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagtg 318  Q
    | ||||   |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  7722292 tttgtcgccgtatacaagttgagcaagcgcagtctttccgagtcctccaattccaattatagaaataactgaaacattctctttcaaattgttgccggtg 7722391  T
Q  319 ttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgtt 418  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7722392 ttaaacaacaactctatcagctctttcttctccttatctcttccaataacttcttcctcgcgaataaaagaatgagtttctctttgtctcaaaactcgtt 7722491  T
Q  419 gctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaaga 518  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||    
T  7722492 gctcaggtgtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttatcaatattaagggcctcaattctcttactaagttccttaattttctgaaccattttgtatga 7722591  T
Q  519 aaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaa 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| | || |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |    
T  7722592 aaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcaaaactttttagccttcttgttactggtcatcacttgtcgcctcaagtcttcagtgttaaagtca 7722691  T
Q  619 tcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttccagccatagttgaacttcatggttgttggctctctgctcctcctc 707  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||    
T  7722692 tcaagcacgtcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttcaagccagagttgaacttgatggttgttggttccctgctgctcctc 7722780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 306 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 7506699 - 7506351
Alignment:
Q  306 attgttgccagtgttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttcttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgt 405  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||    
T  7506699 attgttgccggtgttaaacaacaactctatcaactctttcttctcctcatctcttccaataacttattcctcgcgaataaaagagtgagtttctctttgt 7506600  T
Q  406 ttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcctcaattctcttacttagttccttaattttctgaa 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  7506599 ttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaaattctcttaccaacattaagggcctcaattctcttactaagttcattaattttctgaa 7506500  T
Q  506 ccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttcttgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttc 605  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| | || |||||||||||||||||| ||||||    
T  7506499 ccattttgtaagaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgtgaaactttttagccttcttgttactggtcatcacttgtcgcctcaagtcttc 7506400  T
Q  606 cgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttg 654  Q
     |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7506399 ggtgttgaagtcatcgagcaagtcatcagcatcatcaagagcatctttg 7506351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 223 - 274
Target Start/End: Original strand, 18035190 - 18035241
Alignment:
Q  223 tcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaa 274  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||    
T  18035190 tcattgtagacaagttgagcaagtgcagtcttacctaatcctccaatgccaa 18035241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 134; Significance: 2e-69; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 172 - 673
Target Start/End: Original strand, 16750270 - 16750769
Alignment:
Q  172 tcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattc 271  Q
    |||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||  |  | |||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  16750270 tcagcaacacacacccactttttcaattcaaaatgttgttgaacggtcttatcat-gtacacaagttgagcaa-tgcggtctttccaagtcctccaattc 16750367  T
Q  272 caattatagaaataactgaaacattctctttcacattgttgccagtgttaaacaacaactctatcaactttttcttctcctcatctcttccaataacttc 371  Q
    |||| || |||||||||||||||||  |||| |||| | || ||||||| ||||| |||| |||||| |  ||||| || || |||||||| || ||||     
T  16750368 caatgatggaaataactgaaacatttcctttgacatcgatgtcagtgttcaacaataactttatcaaatccttcttttcgtcgtctcttcctatgacttt 16750467  T
Q  372 ttcctcaagaataaaggagtgagtttctctttgtttcaaaactcgttgctcaggagtgcgatttgtaaaattaaaacttctcttattagcattaaggtcc 471  Q
    ||||||| |||| ||||| |||||| |||| ||  ||| |||||||| |||||||||| |||| |||||||| ||| || || ||| | | |||||  ||    
T  16750468 ttcctcacgaatgaaggaatgagttactctctgcctcataactcgtttctcaggagtgtgattagtaaaattgaaaattttcctatcaacgttaagaccc 16750567  T
Q  472 tcaattctcttacttagttccttaattttctgaaccattttaaaagaaaagagaagttggttggatgatgagaagaagatgcgaacctttttagctttct 571  Q
    ||||||| ||| || |||| ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16750568 tcaattcgcttcctaagtttcttaattttctgagccatgttaaacgaaaagagaagctggttggaagaggataagaagatgcgaacctttttagccttct 16750667  T
Q  572 tgtgattgctcatcacttgtcgcctcaggtcttccgtgttgaagtaatcgagcaagtcatcggcatcatcaagagcatctttgagattttccagccatag 671  Q
    |||  ||  |||  ||||| |||  || |||||| ||    |  | ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||    
T  16750668 tgtcttttgtcagtacttgacgctacaagtcttcagtaaaaacatcatcaagcaagtcatcagcatcatcaagagtatctttgagcttctccacccatag 16750767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 165 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 10127008 - 10126928
Alignment:
Q  165 aaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaag 245  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||   ||||| |||||||||||||| |||| | | |||||||| |||||||| |||||    
T  10127008 aaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaag 10126928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 165 - 245
Target Start/End: Original strand, 10363787 - 10363867
Alignment:
Q  165 aaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaag 245  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||   ||||| |||||||||||||| |||| | | |||||||| |||||||| |||||    
T  10363787 aaaatcctcagagacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaag 10363867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 165 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 10663606 - 10663526
Alignment:
Q  165 aaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaag 245  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||   ||||| |||||||||||||| |||| | | |||||||| |||||||| |||||    
T  10663606 aaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaag 10663526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 223 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 4497279 - 4497228
Alignment:
Q  223 tcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaa 274  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||    
T  4497279 tcattgtagacaagttgagcaagtgcagtcttacctaatcctccaatgccaa 4497228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 223 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 4528530 - 4528479
Alignment:
Q  223 tcattgtatacaagttgagcaagtgcagtctttccaagtcctccaattccaa 274  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||    
T  4528530 tcattgtagacaagttgagcaagtgcagtcttacctaatcctccaatcccaa 4528479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 165 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 10088870 - 10088790
Alignment:
Q  165 aaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaag 245  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||   ||||| |||||||| ||||| |||| | | |||||||| |||||||| |||||    
T  10088870 aaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatggtgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaag 10088790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 165 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 10195753 - 10195673
Alignment:
Q  165 aaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaag 245  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||   ||||| |||||||| ||||| |||| | | |||||||| |||||||| |||||    
T  10195753 aaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatggtgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaag 10195673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 165 - 245
Target Start/End: Original strand, 10375834 - 10375914
Alignment:
Q  165 aaaatcttcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttttgtgtcattgtatacaagttgagcaag 245  Q
    |||||| ||||| |||||| |||||   ||||| |||||||||||||| ||||||   |||||||| |||||||| |||||    
T  10375834 aaaatcctcagacacacaagcccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaactttttcatcattgtaaacaagttgtgcaag 10375914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University