View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6378_low_1 (Length: 643)

Name: NF6378_low_1
Description: NF6378
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6378_low_1
NF6378_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-629)||(54075595-54076214)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 581; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 581; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 629
Target Start/End: Original strand, 54075595 - 54076214
Alignment:
Q  1 aatataagcacgttgctttggatttggcctaagactcaagaagctggattctctcacagtattttgtactcaaaatccaaaggattatgcacttggatga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54075595 aatataagcacgttgctttggatttggcctaagactcaagaagctggattctcacacagtattttgtactcaaaatccaaaggattatgcacttggatga 54075694  T
Q  101 tgtatgtggatgttgatgaattcatgtatttaccctcttggagaaataatgggttccacttcaattcaaatgaattaccttcgttgaaatcaattttacc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54075695 tgtatgtggatgttgatgaattcatgtatttaccctcttggagaaataatgggttccacttcaattcaaatgaattaccttcgttgaaatcaattttacc 54075794  T
Q  201 gcgggaggacaagggtggagaacaaagtagaattggacaggtgtcaatgatgtgtttagaatttgggccatcaggtcaaagacaacacccgaaagaaggg 300  Q
    ||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  54075795 gcgggaggacaagggtgg---------tagaattggacaggtgtcaatgatgtgtttagaatttgggccatcaggtcaacgacaacacccgaaagaaggg 54075885  T
Q  301 gtaacacaagggtacacgtgtcggaggaaagtggaacaaagacacaaatcaattgtgttggtagaagcagttgatagaagtttgtggaatgtgatacatc 400  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54075886 gtaacacaggggtacacgtgtcggaggaaagtggaacaaagacacaaatcaattgtgttggtagaagcagttgatagaagtttgtggaatgtgatacatc 54075985  T
Q  401 attttcaagtgaatgagaaacaagggtttagatcgaaacaacttggtcccgaagagggtttggtgaatcattataagtaccaagcgtgggttgagtttaa 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  54075986 attttcaagtgaatgagaaacaagggtttagatcgaaacaacttggtcccgaagagggtttggtgaatcactataagtaccaagcgtgggttgagtttaa 54076085  T
Q  501 gagcaaatttagaaggagagtgtctgcttatgttgtggattggagacaagctatgaacccaaactcgcaagataggacacctgggttaggatttgaggct 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54076086 gagcaaatttagaaggagagtgtctgcttatgttgtggattggagacaagctatgaacccaaactcgcaagataggacacctgggttaggatttgaggct 54076185  T
Q  601 gttgaacctaaagattggacacacaggtt 629  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  54076186 gttgaacctaaagattggacacacaggtt 54076214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University