View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6382_low_2 (Length: 648)

Name: NF6382_low_2
Description: NF6382
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6382_low_2
NF6382_low_2
[»] chr6 (18 HSPs)
chr6 (42-640)||(2929456-2930059)
chr6 (54-640)||(2996703-2997292)
chr6 (35-626)||(2937600-2938194)
chr6 (48-601)||(2927313-2927869)
chr6 (55-639)||(2934759-2935349)
chr6 (42-625)||(2974154-2974740)
chr6 (53-584)||(3003174-3003704)
chr6 (35-640)||(2964649-2965280)
chr6 (56-631)||(2983024-2983605)
chr6 (48-584)||(2952086-2952624)
chr6 (38-626)||(2658311-2658926)
chr6 (56-196)||(2978408-2978550)
chr6 (536-640)||(2954726-2954829)
chr6 (193-526)||(2979192-2979521)
chr6 (259-335)||(2985695-2985771)
chr6 (417-476)||(2954666-2954725)
chr6 (581-632)||(2986421-2986472)
chr6 (593-625)||(2952657-2952689)
[»] scaffold0024 (3 HSPs)
scaffold0024 (35-639)||(34573-35180)
scaffold0024 (110-369)||(44532-44791)
scaffold0024 (56-101)||(45123-45168)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (57-639)||(3339187-3339775)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (39-584)||(49613580-49614128)
chr3 (60-583)||(49618589-49619102)
chr3 (459-573)||(49617650-49617758)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 419; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 42 - 640
Target Start/End: Original strand, 2929456 - 2930059
Alignment:
Q  42 atacaactacggagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggaggag 138  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||||||||| |  |||||||| |||||||    
T  2929456 atacaactacggagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtaagtgtttacttgacttaaggttttcaggaggag 2929555  T
Q  139 ttcttgaaattcctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcctatat 238  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||  ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||    
T  2929556 ttcttgaaattcctcaattaacagttgcagatgggaccgaaactttattttggaatatgattgctttggagcagtttcattaccctcatgagtcatatat 2929655  T
Q  239 tcttgattatgttactattatggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaat 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2929656 tcttgattatgttactattatggattttcttataaatactggtaaggacgccgatatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaat 2929755  T
Q  339 cattctgtggctaacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgcttttt 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2929756 cattctgtggctaacatgtttaatggtttttgcaaatatattatacattctaatatcagtcctcatttctctattctatgcaaagacttaaatgcttttt 2929855  T
Q  439 gtaagaatccttggcataggttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgt 538  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||| |||| ||| | ||||||||| |    
T  2929856 gttagaatccttggcataggttgaaggctactctcaggcgtgattattgaagtactccttggcaaactgctgcttccattgctggattcttactactttt 2929955  T
Q  539 tctcactttacttcaatcagtttgttcagtcttgcaagtagtacaagcctccaag--tgatttctttcattgtttagttcataattattgctattagtat 636  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||  |||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||  |||    
T  2929956 tctcactttacttcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagcttgatttcttttattgttgagttcataattattgttattcttat 2930055  T
Q  637 tatc 640  Q
    ||||    
T  2930056 tatc 2930059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 54 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 2997292 - 2996703
Alignment:
Q  54 agtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggaggagttcttgaaattc 150  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  |   ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2997292 agtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggagaagttcttgaaattc 2997193  T
Q  151 ctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcctatattcttgattatgt 250  Q
    ||   ||| | |||| |||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || |  |||  ||||||  |||||||||    
T  2997192 cttcgttaattgttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatattactgattatgt 2997093  T
Q  251 tactattatggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggct 350  Q
    | || || |||||| ||||||||| ||||||||||| |  || |||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||    
T  2997092 ttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtgattctgtggct 2996993  T
Q  351 aacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatcctt 450  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||| || ||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2996992 aacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgcaaggacttaaatgctttttgtaggaatcctt 2996893  T
Q  451 ggcataggttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttctcactttact 550  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||  |    
T  2996892 ggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaattgtactacttgttctcacttttat 2996793  T
Q  551 tcaatcagtttgttcagtcttgcaagtagtacaagcctccaagtgatttctttcattgtttagttcataattattgctattagtattatc 640  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2996792 tcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgctattagtattatc 2996703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 626
Target Start/End: Original strand, 2937600 - 2938194
Alignment:
Q  35 acagatgatacaactacggagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtgatt---tacttgaatggaggttttcg 131  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||| | ||| |||||     
T  2937600 acagataatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaattgtttacttgacttgagattttca 2937699  T
Q  132 ggaggagttcttgaaattcctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagt 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||   ||||||  ||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2937700 ggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgaggattcgaccgaaattttgttttggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctcatgagt 2937799  T
Q  232 cctatattcttgattatgttactattatggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttgg 331  Q
    | ||||||  ||||||||||  | || |||||| |||||||||||| |||||||| ||||  |||||| ||  |||  ||||||||||||||||| ||||    
T  2937800 catatattgctgattatgttgttgttttggattaccttataaataccggtaaggatgcgggtatacttgtttggaacaaaatactggaaaattggcttgg 2937899  T
Q  332 agacaatcattctgtggctaacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaat 431  Q
    ||||| | |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  2937900 agacagtgattctgtggctaatttgtttaatggtctttgcaaaaatgttgtatattctgatatcagttctcaattctctattctttgcaaagaattaaat 2937999  T
Q  432 gctttttgtaagaatccttggcataggttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttac 531  Q
    ||||| || |  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||    
T  2938000 gctttctgcagtaatccttggcataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgctggaatcttac 2938099  T
Q  532 tacttgttctcactttacttcaatcagtttgttcagtcttgcaagtagtacaagcctccaagtgatttctttcattgtttagttcataattattg 626  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2938100 tacttattctcactttacttcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattg 2938194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 48 - 601
Target Start/End: Original strand, 2927313 - 2927869
Alignment:
Q  48 ctacggagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggaggagttcttg 144  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  2927313 ctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttg 2927412  T
Q  145 aaattcctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcctatattcttga 244  Q
    ||||||||||||||  ||||  ||||   || ||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||  |||    
T  2927413 aaattcctcaattaaaagttcaggattcgactgaaactttattacggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcatatattactga 2927512  T
Q  245 ttatgttactattatggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattct 344  Q
    ||||  | || || |||||| ||||||||||||||||||||| | ||| |||||| ||||||  |||||||||||||||  | ||||||||  | |||||    
T  2927513 ttatcgttctgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttcagagggaaatactggaaaatatgcttggagacggtgattct 2927612  T
Q  345 gtggctaacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaaga 444  Q
    ||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||| || |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2927613 gtggctaacttgtttaatggtcttggtaaaaatgttacacgttctacaatcagttctcaattctctattctttgcaaagacttaaatgcttattgtaaga 2927712  T
Q  445 atccttggcataggttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttctcac 544  Q
    ||||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  2927713 atccacgacataagttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgcgggaatcttactacttgttctcac 2927812  T
Q  545 tttacttcaatcagtttgttcagtcttgcaagtagtacaagcctccaagtgatttct 601  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  2927813 tttacttcaatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaagcctcctagtgatttct 2927869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 55 - 639
Target Start/End: Original strand, 2934759 - 2935349
Alignment:
Q  55 gtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggaggagttcttgaaattcc 151  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |   ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2934759 gtgcaactgaattgttagaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcc 2934858  T
Q  152 tcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcctatattcttgattatgtt 251  Q
    |||||||   ||||  ||| | || |||  ||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||   ||||||||||    
T  2934859 tcaattaacggttgacgataggactgaaatttcgtttcgaaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcatatatcactgattatgtt 2934958  T
Q  252 actattatggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggcta 351  Q
     || | ||||||| ||||||||||||||||| ||| || || |||||| ||| ||| ||||||||| | |||  | |||  || | | ||||||||||||    
T  2934959 gctgtcatggattaccttataaatactggtacggatgctgatatacttgttcggaacgaaatactgcataatatgcttgcggatagtgattctgtggcta 2935058  T
Q  352 acatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttg 451  Q
    || |||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2935059 acttgtttaatggtctttggaaaaatgttacacaatctaatatcagttctcatttctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttg 2935158  T
Q  452 gcataggttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttctcactttactt 551  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  2935159 gcataagttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgctggaatcttactactttttctcactttactt 2935258  T
Q  552 caatcagtttgttcagtcttgcaagtagt---acaagcctccaagtgatttctttcattgtttagttcataattattgctattagtattat 639  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||   |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  2935259 caatcagtttgttctgtcttgcaagttgtacaacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattatttctattagtattat 2935349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 42 - 625
Target Start/End: Original strand, 2974154 - 2974740
Alignment:
Q  42 atacaactacggagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggaggag 138  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||| ||| | |||||||||||||||||    
T  2974154 atacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgaatgtttacatgacttgaggttttcgggaggag 2974253  T
Q  139 ttcttgaaattcctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcctatat 238  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||   ||||| ||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  2974254 ttcttgaaattcctcaattaacagttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatcagtcatatat 2974353  T
Q  239 tcttgattatgttactattatggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaat 338  Q
    | ||||||||  |  |||| |||||| ||||||||||||| ||| ||| | ||| |||||| ||| ||   | |||||| |||||||| ||||||||| |    
T  2974354 tattgattatcattttattttggattaccttataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagcaatatactgcaaaattggcttggagacagt 2974453  T
Q  339 cattctgtggctaacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgcttttt 438  Q
     ||||||| |||| | | |||||||||||| |  ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||| ||    
T  2974454 gattctgttgctatcttatttaatggtcttggagaaaatattacaaattctaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaattgaatgcttatt 2974553  T
Q  439 gtaagaatccttggcataggttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgt 538  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  2974554 gtaggaatccttggcataggttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccattgctggaatttttctacttgt 2974653  T
Q  539 tctcactttacttcaatcagtttgttcagtcttgcaagtagtacaagcctccaagtgatttctttcattgtttagttcataattatt 625  Q
    ||||||| || |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2974654 tctcactataattcaaagagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcatcctagtgatttctttcattgttgagttcataattatt 2974740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 53 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 3003704 - 3003174
Alignment:
Q  53 gagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggaggagttcttgaaatt 149  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |   ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3003704 gagtgcaactgagttgttagaagctggagttagatttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaatt 3003605  T
Q  150 cctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcctatattcttgattatg 249  Q
    |||||||||||||||| ||||   |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||   ||||||     
T  3003604 cctcaattattagttgcggattcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcatatattaccgattatc 3003505  T
Q  250 ttactattatggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggc 349  Q
     | || || |||||| |||||||||||||| |||||| | ||| |||||| ||||||  |||||||||||||||  | ||||||||| | ||||||||||    
T  3003504 gttctgttttggattaccttataaatactgctaaggatgtggatatacttgttcagagcgaaatactggaaaatatgcttggagacagtgattctgtggc 3003405  T
Q  350 taacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatcct 449  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  3003404 taacttgtttaatggtcttggcaaagatattatacgttctacaatcagttctcaattctctattcttggcaaagacttaaatgcttattgtaagaatcca 3003305  T
Q  450 tggcataggttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttctcactttac 549  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||| |||| |||||||||||    
T  3003304 tggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccctggcaaactgctgcttccattgctggaatcttactccttgctctcactttac 3003205  T
Q  550 ttcaatcagtttgttcagtcttgcaagtagtacaa 584  Q
    ||||| ||||||||    |||||||||||||||||    
T  3003204 ttcaaacagtttgt----tcttgcaagtagtacaa 3003174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 35 - 640
Target Start/End: Original strand, 2964649 - 2965280
Alignment:
Q  35 acagatgatacaactacggagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcg 131  Q
    |||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||| | ||||||||||    
T  2964649 acagataatacatctacctagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcg 2964748  T
Q  132 ggaggagttcttgaaattcctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagt 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |   ||||| ||||||  | | |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2964749 ggaggagttcttgaaattcctcaattaatagctcacgatgggaccgaaattatgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcgttacccttatgagt 2964848  T
Q  232 cctatattcttgattatgttactattatggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttgg 331  Q
    | ||||||  ||| |||||| || || |||||| ||||||||||||||| ||||| | ||| |||||| |||||||  ||||||||||||||  | ||||    
T  2964849 catatattactgactatgttgctgttttggattaccttataaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaacaaaatactggaaaatatgcttgg 2964948  T
Q  332 agacaatcattctgtggctaacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaat 431  Q
    ||| | | |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| || |||    
T  2964949 agatagtgattctgtggctaacttgtttaatggtctttccaaatatgttatacattctaatatcagtcttcaattctctattctttgcaaagatttgaat 2965048  T
Q  432 gctttttgtaagaatccttggc--------at----------aggttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgctt 513  Q
    |||||||||  |||||||||||        ||          | ||||||| | ||||| | ||||||||| |||| ||||||||||||  |||||||||    
T  2965049 gctttttgtgggaatccttggcgccagttaatgttgacgttgaagttgaagtccactctgatgcgtgattactgcagtactccttggcaagctgctgctt 2965148  T
Q  514 ccgttgcgggaattttactacttgttctcactttacttcaatcagtttgttcagtcttgcaagtagtacaa---------gcctccaagtgatttctttc 604  Q
    || |||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    |||||||||||||||||         || ||| |||||||||||||    
T  2965149 cctttgctggaatcttactacttgttctcactttaattcaaacagtttgt----tcttgcaagtagtacaacaacctaatgcttcctagtgatttctttc 2965244  T
Q  605 attgtttagttcataattattgctattagtattatc 640  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2965245 attgttgagttcataattattgctattagtattatc 2965280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 56 - 631
Target Start/End: Original strand, 2983024 - 2983605
Alignment:
Q  56 tgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 152  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |   ||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2983024 tgcaactcagttggtagaagctggagttaggtttcaagtgaaaactaaaagtaagtgtttatatgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 2983123  T
Q  153 caattattagttggggatggcac---cgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcctatattcttgattatg 249  Q
    |||||| |||||   ||| | ||   ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  2983124 caattaatagttcatgatcggacgaccgaaattttgtttcggaatatgattgctttggagcattgtcattaccctcatgagtcatatattcttgattatg 2983223  T
Q  250 ttactattatggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggc 349  Q
    ||  | || |||||| ||||||||||| ||||||||| | |||  |||||||||||||  ||||||| ||||| | | ||||||||  ||| ||| ||||    
T  2983224 ttcttgttttggattaccttataaataatggtaaggatgtggatgtacttattcagaagcaaatactagaaaacttgcttggagacggtcaatctatggc 2983323  T
Q  350 taacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatcct 449  Q
    || | ||||||||||||||||||||||| || || | |||||  |||||| ||| |||   | ||| | ||| || ||  ||||||||||||| ||||||    
T  2983324 tatcttgtttaatggtctttgcaaaaatgttgtaaaatctaaactcagttatcatttcgtaagtctttccaatgaattggatgctttttgtaataatcct 2983423  T
Q  450 tggcataggttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttctcactttac 549  Q
     || ||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||     
T  2983424 aggaataagttgaaggccactctcaggcgtgattatggcaatactccttggaaaattgctgcttccgttgctggagtcttactacttgttctcactataa 2983523  T
Q  550 ttcaatcagtttgttcagtcttgcaagtagtacaagcctccaagtgatttctttcattgtttagttcataattattgctatt 631  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  2983524 ttcaaacagtttgttctgtcttgcaaatagtacaagcatcctagtcatttctttcattgttgagttcataattattgttatt 2983605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 48 - 584
Target Start/End: Original strand, 2952086 - 2952624
Alignment:
Q  48 ctacggagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggaggagttcttg 144  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  2952086 ctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcggaaggagttcttg 2952185  T
Q  145 aaattcctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcctatattcttga 244  Q
    ||||||||||||||  ||||  ||||   |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||  |||    
T  2952186 aaattcctcaattaaaagttcaggattcaaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgaggagtcatatattgctga 2952285  T
Q  245 ttatgttactattatggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggaga---caatcat 341  Q
    |||||||  | || |||||| | |||||||||||||||  || | ||| |||||| ||| ||  || ||||| || |||  | |||||||    | | ||    
T  2952286 ttatgttgttgttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttcggagggatatactagataatatgcttggagaaagtagtgat 2952385  T
Q  342 tctgtggctaacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgta 441  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||  ||||||| |||||||    
T  2952386 tctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcaattctctattattggcaaagaaataaatgcattttgta 2952485  T
Q  442 agaatccttggcataggttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttct 541  Q
      ||||||||| ||| |||||| || ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||  |||| |||| |||    
T  2952486 gtaatccttggaataagttgaaagccactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgcttccattgctggaatcgtactccttgctct 2952585  T
Q  542 cactttacttcaatcagtttgttcagtcttgcaagtagtacaa 584  Q
    ||||||||||||| ||||||||    |||||||||||||||||    
T  2952586 cactttacttcaaacagtttgt----tcttgcaagtagtacaa 2952624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 38 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 2658926 - 2658311
Alignment:
Q  38 gatgatacaactacggagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcg--- 131  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |   ||||||||| | |||||||||        
T  2658926 gatgatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgagcactaaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcaaaa 2658827  T
Q  132 ---ggaggagttcttgaaattcctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatg 228  Q
       |||||||||||||||||||||||||||   ||||  ||| | || |||  ||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2658826 tcaggaggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacgataggactgaaattttgtttcgaaatatggttgctttggagcaatgtcattacccttatg 2658727  T
Q  229 agtcctatattcttgattatgttactattatggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtt 328  Q
    |||| ||||||  |||||||||| || || |||||| ||||||||||||||||||||| | ||| |||||| |||  ||  ||||||||||||||||| |    
T  2658726 agtcatatattactgattatgttgctgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttccaaacaaaatactggaaaattggct 2658627  T
Q  329 tggagacaatcattctgtggctaacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagactta 428  Q
    |||||||| | |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||  |||| ||||| |||| |||| ||| ||||||| ||  ||||||||    
T  2658626 tggagacagtgattctgtggctaacttgtttactggtctttgcaaaaatgttactcattgtaatagcagtcctcatttcactattctttgtgaagactta 2658527  T
Q  429 aatgctttttgtaagaatccttggcataggttgaag------------gctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccg 516  Q
    || | |||||||| ||||||||||| || ||| |||            |  ||||| |||||||||||||||| |||||||||| |  ||| |||||||     
T  2658526 aaagatttttgtaggaatccttggcctaagtttaagtactcattgattggcactctgaggcgtgattattgcagtactccttggaaagctggtgcttcct 2658427  T
Q  517 ttgcgggaattttactacttgttctcactttacttcaatcagtttgttcagtcttgcaagtagtacaa------gcctccaagtgatttctttcattgtt 610  Q
    |||| ||||| ||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||      | |||| |||||||||||||||||||    
T  2658426 ttgctggaatcttactacttattctcactataattcaaacagtttgttctgtctttcaagtagtacaacctaatggctcctagtgatttctttcattgtt 2658327  T
Q  611 tagttcataattattg 626  Q
      ||||||||||||||    
T  2658326 cggttcataattattg 2658311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 56 - 196
Target Start/End: Original strand, 2978408 - 2978550
Alignment:
Q  56 tgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 152  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2978408 tgcaactgaattgttagaagctgga-ttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 2978506  T
Q  153 caattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatat 196  Q
    ||||||  ||||| |||||| ||||||  ||| |||||| ||||    
T  2978507 caattaagagttgaggatgggaccgaaattttgtttcggtatat 2978550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 536 - 640
Target Start/End: Original strand, 2954726 - 2954829
Alignment:
Q  536 tgttctcactttacttcaatcagtttgttcagtcttgcaagtagtacaagcctccaagtgatttctttcattgtttagttcataattattgctattagta 635  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  2954726 tgttatcactttacttcaatcaatttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcaatgttgagttcat-attattgctattagta 2954824  T
Q  636 ttatc 640  Q
    |||||    
T  2954825 ttatc 2954829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 193 - 526
Target Start/End: Original strand, 2979192 - 2979521
Alignment:
Q  193 atatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcctatattcttgattatgttactattatggatttccttataaatactggtaaggacgcgga 292  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||    |  | |||| |||||||||||| |||| ||| | |||    
T  2979192 atatggttgctttggagcagtgttattaccctcatgagtcatatattactgattatgttg---tcttcgattaccttataaataccggtacggatgtgga 2979288  T
Q  293 catacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaat 392  Q
     |||||| ||| ||   ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||  |||||  ||||||||| ||||||| ||||| |||         ||    
T  2979289 tatacttgttcggagcaaaatactggaaaatttgcttggagacagtcattctgctgctaaattgtttaatgatctttgcgaaaatgtta---------at 2979379  T
Q  393 atcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcat------aggttgaaggctactctcaggcgtgattatt 486  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||  ||||||||||||      |  ||||||||| ||||||||| ||||  ||    
T  2979380 atcagttctcatttctctattctttgcaaagatttaaatgatttttatagtaatccttggcatgagttgaacttgaaggcttctctcaggcatgatcgtt 2979479  T
Q  487 gcaatac--tccttggcacactgctgcttccgttgcgggaat 526  Q
    |||||||  |||| |||| | ||||||||||||||| |||||    
T  2979480 gcaatacgatcctaggcaaattgctgcttccgttgctggaat 2979521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 259 - 335
Target Start/End: Original strand, 2985695 - 2985771
Alignment:
Q  259 tggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagac 335  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  2985695 tggattaccttataaatactagtaaggatgcggatatacttgttcagaaccaaatactggaaaattggtttcgagac 2985771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 417 - 476
Target Start/End: Original strand, 2954666 - 2954725
Alignment:
Q  417 tgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcataggttgaaggctactctcagg 476  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  2954666 tgcaaagaattaaatgctttttgtaggaatccttggcgtaagttgaaggctactctcagg 2954725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 581 - 632
Target Start/End: Original strand, 2986421 - 2986472
Alignment:
Q  581 acaagcctccaagtgatttctttcattgtttagttcataattattgctatta 632  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  2986421 acaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgttatta 2986472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 593 - 625
Target Start/End: Original strand, 2952657 - 2952689
Alignment:
Q  593 gtgatttctttcattgtttagttcataattatt 625  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2952657 gtgatttctttcattgttgagttcataattatt 2952689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 350; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 35180 - 34573
Alignment:
Q  35 acagatgatacaactacggagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcg 131  Q
    |||||| ||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||   ||||||||| | | ||||||||    
T  35180 acagataatacatctaccgagtgcaactcagttgttagaagctggagttaggtttcaagtgaagcctaaaagtgagtgtttacttgacttggggttttcg 35081  T
Q  132 ggaggagttcttgaaattcctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagt 231  Q
    | |||||| ||||||||||||| ||||  ||||| |||||| ||||||  ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35080 gaaggagtgcttgaaattcctcgattagaagttgaggatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatgagt 34981  T
Q  232 cctatattcttgattatgttactattatggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttgg 331  Q
    | ||||||  ||||||||||  | || |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||||||   |||| | ||||    
T  34980 catatattactgattatgttgttgttttggatttccttataaatactggtaaggatgcggatatacttgttcggaaagaaatactgactaatttgcttgg 34881  T
Q  332 agacaatcattctgtggctaacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaat 431  Q
    ||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||    
T  34880 agacagtgattctgtggctaacttgtttaatcgtctttgcaaaaatgttatacatcataatatcagttctcatttctctattctttgcaaaaacttaaat 34781  T
Q  432 gctttttgtaagaatccttggcataggttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttac 531  Q
    || |||||||  ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34780 gcattttgtagtaatccttggaataggttgaaggcttctctcaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgcttccgttgctggaattttac 34681  T
Q  532 tacttgttctcactttacttcaatcagtttgttcagtcttgcaagtagtacaagcctccaagtgatttctttcattgtttagttcataattattgctatt 631  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34680 tacttgttctcactttgcttcaatcagtttgttctgtcttgcaagtagtacaagcctcctagtgatttctttcattgttgagttcataattattgctatt 34581  T
Q  632 agtattat 639  Q
    ||||||||    
T  34580 agtattat 34573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 110 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 44791 - 44532
Alignment:
Q  110 tttacttgaatggaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggag 209  Q
    ||||||||| | ||||||||| | | |||||||||||||||||||||||  || ||  |||    | |||  ||| ||| | |||||| ||||| |||||    
T  44791 tttacttgatttgaggttttcagaaagagttcttgaaattcctcaattaagagctgatgatcaacctgaaattttgttttgaaatatggttgctatggag 44692  T
Q  210 cagtgtcattacccttatgagtcctatattcttgattatgttactattatggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaag 309  Q
     ||| |||||||||| |||| || |||||| || |||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || || |||| | ||| ||       
T  44691 tagtatcattaccctaatgaatcatatattattaattatgttgctattttggattaccttataaatactggtaaggatgcagatatacatgttcggagca 44592  T
Q  310 aaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaacatgtttaatggtcttt 369  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||| |||||    
T  44591 aaatactggaaaatttgcttggagacagtcattatgtggctaatttgtttaatgatcttt 44532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 56 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 45168 - 45123
Alignment:
Q  56 tgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacact 101  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  45168 tgcaaatgagttgttagaagctggagttaggtttcaagtgaccact 45123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 57 - 639
Target Start/End: Original strand, 3339187 - 3339775
Alignment:
Q  57 gcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggaggagttcttgaaattcctc 153  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3339187 gcaactgagttgttagaagcaggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttggcttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctc 3339286  T
Q  154 aattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcctatattcttgattatgttac 253  Q
    |||||  |||||  ||||| ||||||  ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| |    
T  3339287 aattaacagttgacgatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgagtcatatattattgattatgttgc 3339386  T
Q  254 tattatggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaac 353  Q
    | || |||||||||||||||||||| ||| ||| | ||| |||||| || |||  |||||||| ||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||     
T  3339387 ttttttggatttccttataaatactagtatggatgtggatatacttgttaagagcgaaatactagaaaattggcttgcagacagtgattctgtggctaaa 3339486  T
Q  354 atgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggc 453  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| | | |||||||| ||| ||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3339487 ttgtttaatggtctttgcaaaaatgttatgcattctagtgtaagttctcatttccctactcttggcaaagacttaaatgatttttgtaagaatccttggc 3339586  T
Q  454 ataggttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttctcactttacttca 553  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3339587 ataggttgaaggccactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcaaactgctgcttccattgctggaattgtactacttgttctcactttacttca 3339686  T
Q  554 atcagtttgttcagtcttgcaagtagtacaagcctccaagtgatttctttcattgtttagt---tcataattattgctattagtattat 639  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||   |||||||||||||| ||||||||||    
T  3339687 atcagtttgttctgtcttgcaagtagtacaggcctcctagtgatttctttctttgttgagttcatcataattattgctcttagtattat 3339775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 39 - 584
Target Start/End: Original strand, 49613580 - 49614128
Alignment:
Q  39 atgatacaactacggagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggag 135  Q
    |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||   ||||||||| | ||||||||| |||     
T  49613580 atgaaacatctacagagtgcaactgagttgttagaagctggggtgaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcaggac 49613679  T
Q  136 gagttcttgaaattcctcaattattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtccta 235  Q
    | ||||||||||||||||||||   ||||| |||| | || |||  ||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||  |||||||||    
T  49613680 gggttcttgaaattcctcaattgaaagttgaggattggactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcaatgtcactaccctagtgagtccta 49613779  T
Q  236 tattcttgattatgttactattatggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagac 335  Q
     |||   ||||||||| || || ||||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||||| |||||||  |||||||||  |||||| |||| ||     
T  49613780 cattacggattatgttgctgttttggatttccttattaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaagaaaatactggtgaattggcttggggat 49613879  T
Q  336 aatcattctgtggctaacatgtttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctt 435  Q
    | | |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||| |||||   || |||||||||| | ||||||||||||  ||||||| |||| ||    
T  49613880 agtgattctgtggctaacttgtttaatagtctttggaaaaatgttacacatttgtatttcagttctcagtactctattctatgtgaagacttgaatggtt 49613979  T
Q  436 tttgtaagaatccttggcataggttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactact 535  Q
    ||||| |  ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  49613980 tttgtcatgatccttggcatagattgaaggcgactctcagacgtgattattgcaacagtccttggcaaactgctgcttccattgctggaattttactact 49614079  T
Q  536 tgttctcactttacttcaatcagtttgttcagtcttgcaagtagtacaa 584  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||    
T  49614080 tattctctctttacttcaatcagtttgtgcagtgttgcaagttgtacaa 49614128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 60 - 583
Target Start/End: Original strand, 49618589 - 49619102
Alignment:
Q  60 actgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtga---tttacttgaatggaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaat 156  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     ||||||||| | ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  49618589 actgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaactacatgtttacttgacttgaggttttccggacgagttcttgaaattcctcaat 49618688  T
Q  157 tattagttggggatggcaccgaatctttatttcggaatatgattgctttggagcagtgtcattacccttatgagtcctatattcttgattatgttactat 256  Q
    ||  ||||| |||  | |||| | |||||||| |||||||| ||||||           ||||||||| |||| |||||||||  ||||||| || || |    
T  49618689 taagagttgaggaccggaccgtaactttattt-ggaatatggttgctt-----------cattaccctcatgattcctatatttatgattatatttctgt 49618776  T
Q  257 tatggatttccttataaatactggtaaggacgcggacatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaacatg 356  Q
    | |||||| |||||||||||  |||| ||| ||||| |||||| |||||| || ||||| ||| |||  | ||| ||||| | |||||||||| ||| ||    
T  49618777 tttggattaccttataaatatcggtagggatgcggatatacttgttcagagaggaatacaggataatatgcttgcagacagtgattctgtggcaaacttg 49618876  T
Q  357 tttaatggtctttgcaaaaatattatacattctaatatcagttctcaattctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcata 456  Q
    | |||||||||||| |||||| ||  ||||   ||| |||||||||| |||| | ||||    |||||||| | || ||||||||| |||||||||||||    
T  49618877 tataatggtctttggaaaaatgtttcacatataaatttcagttctcatttctgtcttcttcctaaagacttga-tggtttttgtaataatccttggcata 49618975  T
Q  457 ggttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttctcactttacttcaatc 556  Q
       |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  49618976 aactgaaggctactctcaggcgtgattatggcagtactccttggcaaactgctgcttccattgctggaattttactacttgttctctctttacttcaatc 49619075  T
Q  557 agtttgttcagtcttgcaagtagtaca 583  Q
    |||||||||  |||||||||| |||||    
T  49619076 agtttgttctatcttgcaagttgtaca 49619102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 459 - 573
Target Start/End: Original strand, 49617650 - 49617758
Alignment:
Q  459 ttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgcttccgttgcgggaattttactacttgttctcactttacttcaatcag 558  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |   ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  49617650 ttgaaggctactctcaggcatgatttttgcactagt---tggca-acagctgcttctgttgctggaattttactacttattct--ctttacttcaatcag 49617743  T
Q  559 tttgttcagtcttgc 573  Q
    ||| ||| |||||||    
T  49617744 tttattctgtcttgc 49617758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University