View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6392_low_12 (Length: 548)

Name: NF6392_low_12
Description: NF6392
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6392_low_12
NF6392_low_12
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (19-536)||(4890794-4891311)
chr8 (19-485)||(4725419-4725885)
chr8 (19-485)||(4735891-4736357)
chr8 (68-398)||(21440143-21440473)
chr8 (19-485)||(4688155-4688618)
chr8 (78-432)||(4995507-4995858)
chr8 (75-485)||(4680577-4680987)
chr8 (78-485)||(4744954-4745356)
chr8 (20-432)||(10445906-10446315)
chr8 (19-425)||(4702651-4703054)
chr8 (78-425)||(4714046-4714390)
chr8 (85-396)||(4777136-4777444)
chr8 (19-417)||(4914070-4914462)
chr8 (100-390)||(4925826-4926113)
chr8 (211-418)||(4904954-4905158)
chr8 (78-396)||(4875927-4876242)
chr8 (455-485)||(4925728-4925758)
chr8 (100-161)||(4905876-4905937)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 510; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 510; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 4891311 - 4890794
Alignment:
Q  19 gccaaattcatagatactggtgtaagcaagaggatagcacgtacagataagttttctctacagcaactagaatatgtgagaagctttccaagtggagtga 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4891311 gccaaattcatagatactggtgtaagcaagaggatagcacgtacagataagttttctctacagcaactagaatatgtgagaagctttccaagtggagtga 4891212  T
Q  119 gaaactgttacaacataagtgtaacaagtggtactaaatattttatcagaacttcttttctttatggaaactatgataatctaaacaagccaccacaatt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4891211 gaaactgttacaacataagtgtaacaagtggtactaaatattttatcagaacttcttttctttatggaaactatgataatctaaacaagccaccacaatt 4891112  T
Q  219 tgatcttcactttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcactcttcacattcagggaaatcatttacactccgtcactagat 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4891111 tgatcttcactttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcactcttcacattcagggaaatcatttacactccgtcgctagat 4891012  T
Q  319 tacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggcctttgaacaatacagcttatgtcacatactcag 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4891011 tacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggcctttgaacaatacagcttatgtcacatactcag 4890912  T
Q  419 ctaaatctgtattaaccaacttcttccgattagatgtaggttccatcacaaacttagaatacaggtatgaataggttgcatgcaggtaagaataccttta 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4890911 ctaaatctgtattaaccaacttcttccgattagatgtaggttccatcacaaacttagaatacaggtatgaataggttgcatgcaggtaagaatactttta 4890812  T
Q  519 gtctccccatggtatttt 536  Q
    ||||||||||||||||||    
T  4890811 gtctccccatggtatttt 4890794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 19 - 485
Target Start/End: Original strand, 4725419 - 4725885
Alignment:
Q  19 gccaaattcatagatactggtgtaagcaagaggatagcacgtacagataagttttctcta-cagcaactagaatatgtgagaagctttccaagtggagtg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | | ||||||||  | |  || | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4725419 gccaaattcatagatactggtgtaactaagaggatacctcctacagatat-tataatcaaacaacaactagaatatgtgagaagctttccaagtggagtg 4725517  T
Q  118 agaaactgttacaacataagtgtaacaagtggtactaaatattttatcagaacttcttttctttatggaaactatgataatctaaacaagccaccacaat 217  Q
    ||||| |||||||| |||| | |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4725518 agaaattgttacaaaataaatataacaagtggtactaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatgatgatctaaacaagccaccacaat 4725617  T
Q  218 ttgatcttcactttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcactcttcacattcagggaaatcatttacactccgtcactaga 317  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || ||   | |||||  ||| | | |||||  ||| || |||||||||||||| ||||||||    
T  4725618 ttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtaaactt---caccaatctatcgcgcatcacaaccagtgagatcatttacactccatcactaga 4725714  T
Q  318 ttacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggcctttgaacaatacagcttatgtcacatactca 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||    
T  4725715 ttacatacaaccatgtcttgttaacacagacaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggactttgaacaataaaacttatgtcacacactca 4725814  T
Q  418 gctaa---atctgtattaaccaacttcttccgattagatgtaggttccatcacaaacttagaatacaggta 485  Q
    |||||   ||| |||||| |    | ||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  4725815 gctaaatcatcagtattatcactttcctttcgatttgatataggttccatcacaaatttacaatacaggta 4725885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 19 - 485
Target Start/End: Original strand, 4735891 - 4736357
Alignment:
Q  19 gccaaattcatagatactggtgtaagcaagaggatagcacgtacagataagttttctctacagcaactagaatatgtgagaagctttccaagtggagtga 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | | |||| | ||   |  |  |||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  4735891 gccaaattcatagatactggtgtaactaagaggataacgcctacaaacaataatattaaacaggaactagaatatttgaggagctttccaagtggagtga 4735990  T
Q  119 gaaactgttacaacataagtgtaacaagtggtactaaatattttatcagaacttcttttctttatggaaactatgataatctaaacaagccaccacaatt 218  Q
    |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||| |||||||  | || ||||||||||||||||    
T  4735991 gaaattgttacaaaataaatgtaacaagtggtactaaatatttaatcagagctacttttctttatggaagctatgatggtttagacaagccaccacaatt 4736090  T
Q  219 tgatcttcactttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcactcttcacattcagggaaatcatttacactccgtcactagat 318  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||  || |||||||| ||| |||  | || |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  4736091 tgatcttcattttggacctaatgtggtggctacagtgaggttctccaaccatacatcacacttcacatacagggaaatcatttatactccatcacaagat 4736190  T
Q  319 tacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggcctttgaacaatacagcttatgtcacatactcag 418  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| | |    
T  4736191 tacatacaaccatgttttgttaacacaggaaacggaactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaacaacacagcttatgtcacatacccgg 4736290  T
Q  419 ctaaatctgtattaaccaacttcttccgattagatgtaggttccatcacaaacttagaatacaggta 485  Q
    |||| ||||| ||| |   ||     ||||  |||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  4736291 ctaattctgtgttatcattctggaaacgatctgatgtaggttccatcacaaacttacagtacaggta 4736357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 68 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 21440473 - 21440143
Alignment:
Q  68 agttttctctacagcaactagaatatgtgagaagctttccaagtggagtgagaaactgttacaacataagtgtaacaagtggtactaaatattttatcag 167  Q
    ||||||||| |||| |||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| || ||    
T  21440473 agttttctcgacaggaactagagaaagtgaggagctttccaagtggagtgagaaactgttacaaaataaatgtaacaagtggtactaaatatttaataag 21440374  T
Q  168 aacttcttttctttatggaaactatgataatctaaacaagccaccacaatttgatcttcactttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgtcctcc 267  Q
    | |||||||   ||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21440373 agcttctttctattatggaaactatgataatctaaatgaaccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgttctcc 21440274  T
Q  268 aatgcatcactcttcacattcagggaaatcatttacactccgtcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcattt 367  Q
    |||||||||| | ||||  ||| ||| || ||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21440273 aatgcatcacacatcactatcaaggagattatttacactccatcagtagattacataaaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcattt 21440174  T
Q  368 cagctatagaattgaggcctttgaacaatac 398  Q
    |||| |||||||||||| || ||||||||||    
T  21440173 cagccatagaattgagggctatgaacaatac 21440143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 19 - 485
Target Start/End: Original strand, 4688155 - 4688618
Alignment:
Q  19 gccaaattcatagatactggtgtaagcaagaggatagcacgtacagataagttttctctacagcaactagaatatgtgagaagctttccaagtggagtga 118  Q
    ||||||||||||||| | |||||||| ||||||||| | | |||||| |   ||  |  ||| ||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||    
T  4688155 gccaaattcatagattcaggtgtaagtaagaggatacctcctacagagattattgttaaacaacaactagaacatgtgaggagttttcctagtggagtga 4688254  T
Q  119 gaaactgttacaacataagtgtaacaagtggtactaaatattttatcagaacttcttttctttatggaaactatgataatctaaacaagccaccacaatt 218  Q
    |||| |||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||| | |||||   |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  4688255 gaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagcgtctttctattatggaaactatgatgatttaaacgagccaccacaatt 4688354  T
Q  219 tgatcttcactttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcactcttcacattcagggaaatcatttacactccgtcactagat 318  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||   | | |||  ||||||| || ||  ||| || |||||||||||||| |||| ||||    
T  4688355 tgatcttcattttggcgctaatgtttgggatacagtaaagtt---cacaaatttatcactcatcgcaaccagtgagatcatttacactccatcacaagat 4688451  T
Q  319 tacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggcctttgaacaatacagcttatgtcacatactcag 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||     
T  4688452 tacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaacgggactccattcatttcatctatagaattgaggactttgaacaatactgcttatgtcacaaactcaa 4688551  T
Q  419 ctaaatctgtattaaccaacttcttccgattagatgtaggttccatcacaaacttagaatacaggta 485  Q
    ||||| | |||||| | |||||| | ||||| ||| ||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  4688552 ctaaaacagtattatcaaacttccttcgatttgatataggttccatcacaaacattgaatacaggta 4688618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 78 - 432
Target Start/End: Original strand, 4995507 - 4995858
Alignment:
Q  78 acagcaactagaatatgtgagaagctttccaagtggagtgagaaactgttacaacataagtgtaacaagtggtactaaatattttatcagaacttctttt 177  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| | |||||     
T  4995507 acagcaactacaatatgtgaggagctttccaattggaatgagaaactgttacagaataaatgtagcaagtggtactaaatatttaatcagagcatctttc 4995606  T
Q  178 ctttatggaaactatgataatctaaacaagccaccacaatttgatcttcactttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcac 277  Q
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||   | ||| |  |||||    
T  4995607 tattatggtaactatgataatctaaacaagccaccagaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagtgaagtt---cgccagtctatcac 4995703  T
Q  278 tcttcacattcagggaaatcatttacactccgtcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagctataga 377  Q
     | |||||  ||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  4995704 acatcacagacagtgagatcatatacactccatcactagattacattcaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttctgctattga 4995803  T
Q  378 attgaggcctttgaacaatacagcttatgtcacatactcagctaaatctgtatta 432  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||    
T  4995804 attgaggcctttgaacaatacagcttatatcacatactcacctaaatcagtatta 4995858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 178; E-Value: 9e-96
Query Start/End: Original strand, 75 - 485
Target Start/End: Original strand, 4680577 - 4680987
Alignment:
Q  75 tctacagcaactagaatatgtgagaagctttccaagtggagtgagaaactgttacaacataagtgtaacaagtggtactaaatattttatcagaacttct 174  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||| |||  |||||| | |||||| |||||||| |||||| |||||    
T  4680577 tctacagcaactggaatatgtgaggagctttcccagtggagtgaaaaattgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttct 4680676  T
Q  175 tttctttatggaaactatgataatctaaacaagccaccacaatttgatcttcactttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgtcctccaatgcat 274  Q
    ||   |||||||||||| ||| || ||||  |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| |||||   | | |||  ||    
T  4680677 ttctattatggaaactacgatgatttaaatgagccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagtt---cacaaatttat 4680773  T
Q  275 cactcttcacattcagggaaatcatttacactccgtcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagctat 374  Q
    ||| | | ||| ||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||    
T  4680774 cacgcatgacaatcaaggagatcatatacactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcatttcagccat 4680873  T
Q  375 agaattgaggcctttgaacaatacagcttatgtcacatactcagctaaatct---gtattaaccaacttcttccgattagatgtaggttccatcacaaac 471  Q
    |||||||||| ||||| | |||| |||||||||||||||| ||||||||||    |||||| |  ||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  4680874 agaattgaggactttggataataaagcttatgtcacatacgcagctaaatcatcagtattatcatacttctttcgatttgatttaggttccatcacaaac 4680973  T
Q  472 ttagaatacaggta 485  Q
    ||||||||||||||    
T  4680974 ttagaatacaggta 4680987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 78 - 485
Target Start/End: Original strand, 4744954 - 4745356
Alignment:
Q  78 acagcaactagaatatgtgagaagctttccaagtggagtgagaaactgttacaacataagtgtaacaagtggtactaaatattttatcagaacttctttt 177  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||| | || |||||| |||||| |||||||     
T  4744954 acagctactagaatatgtgagaagctttccaagtggagtgagaaactg-----acataagtgtaacaagtggaaatatatatttaatcagagcttctttc 4745048  T
Q  178 ctttatggaaactatgataatctaaacaagccaccacaatttgatcttcactttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcac 277  Q
      ||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||   | |||||| ||||     
T  4745049 tattatggaaactatgataatctaaatcaaccaccacaatttgatcttcattttggtgctaatgtgtgggatacggtgaattt---ccccaatgtatcag 4745145  T
Q  278 tcttcacattcagggaaatcatttacactccgtcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagctataga 377  Q
    ||  ||||   ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||    
T  4745146 tcaccacaacaagggagatcatttacactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcagcaggactccattcatttcagctataga 4745245  T
Q  378 attgaggcctttgaacaatacagcttatgtcacatactcagctaa---atctgtattaaccaacttcttccgattagatgtaggttccatcacaaactta 474  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||| |||   ||| |||||| |    | ||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||    
T  4745246 attgaggagtttgaacaatacagcttatggcaaatactcagataaatcatcagtattatcactttcctttcgatcggatataggttccatcacaaactta 4745345  T
Q  475 gaatacaggta 485  Q
     ||||||||||    
T  4745346 caatacaggta 4745356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 20 - 432
Target Start/End: Original strand, 10445906 - 10446315
Alignment:
Q  20 ccaaattcatagatactggtgtaagcaagaggatagcacgtacagataagttttctctacagcaactagaatatgtgagaagctttccaagtggagtgag 119  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |  || |||| |  ||   | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  10445906 ccaaattcatagatacaggtgtaagcaagaggatacaatttaaagatgatatt---caacagcaactagaatatgtgaggagctttcctagtggagtgag 10446002  T
Q  120 aaactgttacaacataagtgtaacaagtggtactaaatattttatcagaacttcttttctttatggaaactatgataatctaaacaagccaccacaattt 219  Q
    ||| |||||||  |||| ||| |||||||||| | ||||||| ||||||  ||||||   ||||||||||||||||||||||||  |  ||||||| |||    
T  10446003 aaattgttacagaataaatgttacaagtggtattcaatatttaatcagagtttctttctattatggaaactatgataatctaaatgaaacaccacagttt 10446102  T
Q  220 gatcttcactttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcactcttcacattcagggaaatcatttacactccgtcactagatt 319  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  | |   ||| |||||| ||| ||||| |||||||| |||| |||||    
T  10446103 gatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtgacgttctcctccaatgatttagggttcgcattcaaggagatcatatacactccatcacaagatt 10446202  T
Q  320 acatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggcctttgaacaatacagcttatgtcacatactcagc 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||  |||| |||||||    
T  10446203 acatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggattccattcatttcagctatagaattgaggactttgaacaataatacttataccacacactcagc 10446302  T
Q  420 taaatctgtatta 432  Q
    |||||| ||||||    
T  10446303 taaatcagtatta 10446315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 19 - 425
Target Start/End: Original strand, 4702651 - 4703054
Alignment:
Q  19 gccaaattcatagatactggtgtaagcaagaggatagcacgtacagataagttttctctacagcaactagaatatgtgagaagctttccaagtggagtga 118  Q
    ||||||||||||||| | |||||||| ||||||||| | | |||||| |   ||  |  ||| ||||||||| ||||||| || ||||| | ||||||||    
T  4702651 gccaaattcatagattcaggtgtaagtaagaggatacctcctacagagattattgttaaacaacaactagaacatgtgaggagttttcctaatggagtga 4702750  T
Q  119 gaaactgttacaacataagtgtaacaagtggtactaaatattttatcagaacttcttttctttatggaaactatgataatctaaacaagccaccacaatt 218  Q
    |||| |||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||| || ||||   |||||| ||||||||| || ||||  | || ||| ||||    
T  4702751 gaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagctactttctattatggtaactatgatgatttaaatgatcccccagaatt 4702850  T
Q  219 tgatcttcactttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcactcttcacattcagggaaatcatttacactccgtcactagat 318  Q
    ||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| ||   | |||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||||| |||||||||    
T  4702851 tgatcttcattttggacctaatgtctgggatacagtgaactt---ccccaatgcatcactcgtcacatttatggagatcatttacactccatcactagat 4702947  T
Q  319 tacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggcctttgaacaatacagcttatgtcacatactcag 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||     
T  4702948 tacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagttattgaattgaggactttgaacaataaagcttatgtcacatattcat 4703047  T
Q  419 ctaaatc 425  Q
    |||||||    
T  4703048 ctaaatc 4703054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 78 - 425
Target Start/End: Original strand, 4714046 - 4714390
Alignment:
Q  78 acagcaactagaatatgtgagaagctttccaagtggagtgagaaactgttacaacataagtgtaacaagtggtactaaatattttatcagaacttctttt 177  Q
    |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||     
T  4714046 acaggaactacaatatgtgaggagctttccaagtggagtgagaaattgttacagaataaatgtaacaagtggtattaaatatttaatcagatcttctttc 4714145  T
Q  178 ctttatggaaactatgataatctaaacaagccaccacaatttgatcttcactttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcac 277  Q
      ||| |||||||||||| || ||||  |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||     | |||  |||||    
T  4714146 tattacggaaactatgatgatttaaatgagccaccagaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagtgaagtt---aactaatatatcac 4714242  T
Q  278 tcttcacattcagggaaatcatttacactccgtcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagctataga 377  Q
     | |||||  ||| || ||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4714243 acatcacagacagtgagatcatatacactccattattagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagttataga 4714342  T
Q  378 attgaggcctttgaacaatacagcttatgtcacatactcagctaaatc 425  Q
    ||||||| |||||||||||  || |||||||||| |||||||||||||    
T  4714343 attgaggactttgaacaatgaagtttatgtcacaaactcagctaaatc 4714390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 85 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 4777444 - 4777136
Alignment:
Q  85 ctagaatatgtgagaagctttccaagtggagtgagaaactgttacaacataagtgtaacaagtggtactaaatattttatcagaacttcttttctttatg 184  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||||||  ||||||||||||||| |||||| |||||||   |||||    
T  4777444 ctagaatatgtgagaagctttccaagtggagtgagaaattgttacagaataaatgtaacatctggtactaaatatttaatcagagcttctttctattatg 4777345  T
Q  185 gaaactatgataatctaaacaagccaccacaatttgatcttcactttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcactcttcac 284  Q
    | ||||||||| || ||||  | || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||   | ||||||||||||   | |     
T  4777344 gtaactatgatgatttaaatgaccctccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtgaagtt---ccccaatgcatcacgtatgag 4777248  T
Q  285 attcagggaaatcatttacactccgtcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagctatagaattgagg 384  Q
    |||||  || |||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4777247 attcaatgagatcatttacagtccatcacaagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggccaagggactccattcatttcggctatagaattgagg 4777148  T
Q  385 cctttgaacaat 396  Q
    ||||||||||||    
T  4777147 cctttgaacaat 4777136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 4914462 - 4914070
Alignment:
Q  19 gccaaattcatagatactggtgtaagcaagaggatagcacgtacagataagttttctctacagcaactagaatatgtgagaagctttccaagtggagtga 118  Q
    |||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||   ||  ||   ||  || |||| ||||| || ||||||| || ||||| |||||||| |    
T  4914462 gccaaattcatacatactggtgtaaataagaggatagcaccgccaccta---ttattccacaggaactacaacatgtgaggagttttcctagtggagtta 4914366  T
Q  119 gaaactgttacaacataagtgtaacaagtggtactaaatattttatcagaacttcttttctttatggaaactatgataatctaaacaagccaccacaatt 218  Q
    ||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||  | |||||| ||||    
T  4914365 gaaactgttacagaataaatgtaacaagtggtactaaatatttaatcagagcttctttttattatggaaactatgataatctaaatcaaccaccagaatt 4914266  T
Q  219 tgatcttcactttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcactcttcacattcagggaaatcatttacactccgtcactagat 318  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| |||||   | | |||| ||||  | ||||| ||| ||| ||||| |||||||| |||| ||||    
T  4914265 tgatctacattttggagctaatgtttgggaaacagtaaagtt---cactaatgtatcaggcatcacactcaaggagatcatatacactccatcacaagat 4914169  T
Q  319 tacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggcctttgaacaatacagcttatgtcacatactca 417  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||  ||| |   ||||||||||||||||    
T  4914168 cacatacaaccatgtcttgttaacataggcaaagggactccattcatttcagttttagaattgaggactttgacaaattctaattatgtcacatactca 4914070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 100 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 4926113 - 4925826
Alignment:
Q  100 agctttccaagtggagtgagaaactgttacaacataagtgtaacaagtggtactaaatattttatcagaacttcttttctttatggaaactatgataatc 199  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||||  |  |||  | ||||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||     
T  4926113 agctttccaagtggagttagaaactgttacagaataaatgtaaacatgggtgttcaatatttaatcagagctactttcctttatggaaactatgataata 4926014  T
Q  200 taaacaagccaccacaatttgatcttcactttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcactcttcacattcagggaaatcat 299  Q
    ||||  | |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||   ||||  ||||||||||||| |  |||| ||| ||| |||||    
T  4926013 taaatgaaccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacggtg---ttgttatccaatgcatcacgccccacaatcaaggagatcat 4925917  T
Q  300 ttacactccgtcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggcctttg 390  Q
    ||||| ||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  4925916 ttacattccatcaaaagattacatacaaccatgtcttgttaaaacaggcaaagggactccattcatttcaactatagaattgaggactttg 4925826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 211 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 4905158 - 4904954
Alignment:
Q  211 ccacaatttgatcttcactttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcactcttcacattcagggaaatcatttacactccgt 310  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||   | | | ||||||||||   ||| ||| ||| |||||||||||||| |    
T  4905158 ccacaatttgatcttcattttggagcaaatgtttgggatacagtaaagtt---cacaattgcatcactcactacaatcaaggagatcatttacactccat 4905062  T
Q  311 cactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggcctttgaacaatacagcttatgtcac 410  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4905061 cacaagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagccatagaattgaggcctttgaacaatagagcttatgtcac 4904962  T
Q  411 atactcag 418  Q
    | ||||||    
T  4904961 aaactcag 4904954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 78 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 4876242 - 4875927
Alignment:
Q  78 acagcaactagaatatgtgagaagctttccaagtggagtgagaaactgttacaacataagtgtaacaagtggtactaaatattttatcagaacttctttt 177  Q
    |||||||||| | | ||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||  |||| |||||  |  | || | ||||||| |||||| || ||||     
T  4876242 acagcaactacattttgtaaggagctttccaagtggagtgagaaattgctacagaataaatgtaaacatggatattcaatatttaatcagagctactttc 4876143  T
Q  178 ctttatggaaactatgataatctaaacaagccaccacaatttgatcttcactttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcac 277  Q
      ||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||   | | |||  |||||    
T  4876142 tattatggaaactatgataatctaaatgatccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtgaagtt---cacaaatttatcac 4876046  T
Q  278 tcttcacattcagggaaatcatttacactccgtcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagctataga 377  Q
     |  |||| ||| ||| ||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||    
T  4876045 gcaccacaatcaaggagatcatatacactccatcactagactacatagaaccatgtcttgttaacactggaaatggaactccattcatttcagttataga 4875946  T
Q  378 attgaggcctttgaacaat 396  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  4875945 attgaggactttgaacaat 4875927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 455 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 4925758 - 4925728
Alignment:
Q  455 taggttccatcacaaacttagaatacaggta 485  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4925758 taggttccatcacaaacttagaatacaggta 4925728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 100 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 4905937 - 4905876
Alignment:
Q  100 agctttccaagtggagtgagaaactgttacaacataagtgtaacaagtggtactaaatattt 161  Q
    |||||||| ||||||||  |||| ||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||    
T  4905937 agctttcctagtggagtaggaaattgttacaaagtatatgtaacaagtggtactaaatattt 4905876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University