View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6392_low_5 (Length: 653)

Name: NF6392_low_5
Description: NF6392
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6392_low_5
NF6392_low_5
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (19-645)||(38321284-38321910)
chr8 (19-645)||(38317189-38317821)
chr8 (19-645)||(38300539-38301168)
chr8 (19-645)||(38309186-38309810)
chr8 (19-645)||(38306448-38307068)
chr8 (41-645)||(38313780-38314389)
chr8 (310-645)||(38326034-38326369)
chr8 (19-261)||(38326380-38326622)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (41-645)||(38849537-38850156)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 619; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 619; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 38321910 - 38321284
Alignment:
Q  19 aatcagaagcgatagtgttaacgggaacacttaacaagtctcgagccaatattgaaagatctggaaatcgattattattactcttccaccactgtaatac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321910 aatcagaagcgatagtgttaacgggaacacttaacaagtctcgagccaatattgaaagatctggaaatcgattattattactcttccaccactgtaatac 38321811  T
Q  119 atccatatcttcataacaacgaaaatccaaatgtgactcagctaagtaaatatcaagttgggattttccagtaacaagctgctcatggtgagttttcaat 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321810 atccatatcttcataacaacgaaaatccaaatttgactcagctaagtaaatatcaagttgggattttccagtaacaagctgctcatggtgagttttcaat 38321711  T
Q  219 tcctattatatttcacaagtgaaaaggacagcaacgaggttaaacaaattcaagatagagtgtaattaaattgtgaattccaaaaatatatataaactta 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38321710 tcctattatatttcacaagtgaaaaggacagcaacgaggttaaacaaattcaagatagagtgtaattaaattatgaattccaaaaatatatataaactta 38321611  T
Q  319 catcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccccagaagaaatactttt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321610 catcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccccagaagaaatactttt 38321511  T
Q  419 gctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaacaatgagccaat 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321510 gctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaacaatgagccaat 38321411  T
Q  519 gtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatcctttcagcca 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321410 gtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatcctttcagcca 38321311  T
Q  619 ttctctttatagcttcatcttcatctc 645  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  38321310 ttctctttatagcttcatcttcatctc 38321284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 38317821 - 38317189
Alignment:
Q  19 aatcagaagcgatagtgttaacgggaacacttaacaagtctcgagccaatattgaaagatctggaaatcgattattattactcttccaccactgtaatac 118  Q
    |||||||||| | ||||  || |||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  38317821 aatcagaagcaacagtggcaatgggaacacttaacaagtcgcaagctaatattgatagatccggaaatcgattattatttctcttccaccattgtaatac 38317722  T
Q  119 atccatatcttcataacaacgaaaatccaaatgtgactcagctaagtaaatatcaagttgggattttc------cagtaacaagctgctcatggtgagtt 212  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||      ||||||||||||||   |||||   |    
T  38317721 atccatatcttcataacaatgaaaatccaaatttgactcatctaagtaaacatcaagttgagattttctagtttcagtaacaagctgccgttggtgcact 38317622  T
Q  213 ttcaattcctattatatttcacaagtgaaaaggacagcaacgaggttaaacaaattcaagatagagtgtaattaaattgtgaattccaaaaatatatata 312  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||   |||| |||||||||||||    
T  38317621 ttcaattcctattatatttcacacgtgaaaaggaaagcaatgaggttaaacaaattcaaggtggaaagtaattaaattgctgattcaaaaaatatatata 38317522  T
Q  313 aacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccccagaagaaat 412  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||  |  ||||||||| |    
T  38317521 aacttacattgaataggccgtgagataaagactttaatttcttttgcaatggcatggtagaagattggtcctgagtagttctttttaggccagaagaagt 38317422  T
Q  413 acttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaacaatga 512  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||   || ||||  ||   |||||||||||||||||||| |    
T  38317421 gcttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaactttctctttactagttgcaacttctgctcgcaggttgatggatcaagttttgagtaacaataa 38317322  T
Q  513 gccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatccttt 612  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  38317321 gccaacgtcgaaaacttcatccgtgggtcaagaactgctcccagtgcaagaacaacactatactcatcccaatatttgtcaaactcgctcatcatccttt 38317222  T
Q  613 cagccattctctttatagcttcatcttcatctc 645  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  38317221 cagccattctctttataactttatcttcatctc 38317189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 19 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 38301168 - 38300539
Alignment:
Q  19 aatcagaagcgatagtgttaacgggaacacttaacaagtctcgagccaatattgaaagatctggaaatcgattattattactcttccaccactgtaatac 118  Q
    |||| |||||||  ||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38301168 aatcggaagcgacggtggtaatgggaacacttaacaagtcgcaagccaatattgatagatctggaaatcgattattattactcttccaccactgtaatac 38301069  T
Q  119 atccatatcttcataacaacgaaaatccaaatgtgactcagctaagtaaatatcaagttgggattttccagt------aacaagctgctcatggtgagtt 212  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||  ||||| |||||      ||||||||| | ||||||   |    
T  38301068 atccatatcttcatcacaacgaaaatccaaatttgactcatctaagtaaacatcaagttcagatttcccagtttcagtaacaagctgttgatggtgcact 38300969  T
Q  213 ttcaattcctattatatttcacaagtgaaaaggacagcaacgaggttaaacaaattcaagatagagtgtaattaaattgtgaattccaaaaatatatata 312  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||| | ||||||| ||||| |||| |||  | ||  ||||||  ||||  |||||   |||||    
T  38300968 ttcaattcctattatatttcacacgtgaaaagggaagcaatggggttaaaaaaattaaagaaagaaagaaagaaaattgccaattaaaaaaa---atata 38300872  T
Q  313 aacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccccagaagaaat 412  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||| || || |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| | ||||| | |    
T  38300871 aacttacatcaaataggccgtcagataaagagtttaacttctcttgaaatggcatgctagaagattggtcctggataattctttgcacgcaagaaggagt 38300772  T
Q  413 acttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaacaatga 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||  |  ||  ||||||||||||||||||||| |    
T  38300771 acttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttgctctttacttgttgcaacttcctttcacgtgttgatgcatcaagttttgagtaacaatta 38300672  T
Q  513 gccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatccttt 612  Q
    |||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  38300671 gccaatgttgaaagcttaatccttgggtcaagaaccgctcccattgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttggtcagcatccttt 38300572  T
Q  613 cagccattctctttatagcttcatcttcatctc 645  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  38300571 cagccattctctttatatcttcatcttgatctc 38300539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 19 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 38309810 - 38309186
Alignment:
Q  19 aatcagaagcgatagtgttaacgggaacacttaacaagtctcgagccaatattgaaagatctggaaatcgattattattactcttccaccactgtaatac 118  Q
    ||||||| |||| |||| ||| ||||| |||||||||||| |  ||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38309810 aatcagatgcgacagtggtaatgggaaaacttaacaagtcgcaggccagaattgatagatccggaaatcgattattatttctcttccaccactgtaatac 38309711  T
Q  119 atccatatcttcataacaacgaaaatccaaatgtgactcagctaagtaaatatcaagttgggattttccagt------aacaagctgctcatggtgagtt 212  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| ||||      ||||||||||   |||||   |    
T  38309710 atccatatcttcataacaatgaaaatccaaatttgactcatctaagtaaacatcaagttgagatttttcagtttcagtaacaagctgccgttggtgcact 38309611  T
Q  213 ttcaattcctattatatttcacaagtgaaaaggacagcaacgaggttaaacaaattcaagatagagtgtaattaaattgtgaattccaaaaatatatata 312  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||        ||||||  ||||| ||||  | | | |    
T  38309610 ttcaattcctattatatctcacacgtgaaaaggaaagcaatgaggttaaacaaattcaagaaaga--------aaattgccaattcaaaaacaaaaaaaa 38309519  T
Q  313 aacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccccagaagaaat 412  Q
     |||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| |    
T  38309518 tacttacatcaaataggccctgagataaagactttaacttcttttgcaatggcacactagaagattggtcctgaattgttctttgcacgccagaagaagt 38309419  T
Q  413 acttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaacaatga 512  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||  ||  ||| ||||||||||||||||| |    
T  38309418 acttttgcaagaattcttgtgaaatagcatgtacaacttgctctttacttgctgcaacttcctttcgcaggttgatgcattaagttttgagtaacaataa 38309319  T
Q  513 gccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatccttt 612  Q
    |||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  38309318 gccaatgtggaaagctttatccttgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcttcccaatatttctcaaacttggtcaacatccttt 38309219  T
Q  613 cagccattctctttatagcttcatcttcatctc 645  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38309218 caaccattctctttatatcttcatcttcatctc 38309186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 19 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 38307068 - 38306448
Alignment:
Q  19 aatcagaagcgatagtgttaacgggaacacttaacaagtctcgagccaatattgaaagatctggaaatcgattattattactcttccaccactgtaatac 118  Q
    |||||||||| | |||| ||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  38307068 aatcagaagccacagtggtaatgggaacacttaacaagtcacaagccagtattgatagatctggatatcgatcattattactcttccaccattgtaatac 38306969  T
Q  119 atccatatcttcataacaacgaaaatccaaatgtgactcagctaagtaaatatcaagttgggattttccagt------aacaagctgctcatggtgagtt 212  Q
    |||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| || ||| ||||      ||||||||| | ||| |   ||    
T  38306968 atccatatcttcattacaaagaaaacccaaatctgactcatctaagtaaacatcaagttgagacttttcagtttcggtaacaagctgttgatgtttcatt 38306869  T
Q  213 ttcaattcctattatatttcacaagtgaaaaggacagcaacgaggttaaacaaattcaagatagagtgtaattaaattgtgaattccaaaaatatatata 312  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| | ||| ||||||||||||     
T  38306868 ttcaattcctattgtatttcacaagtgaaaaagaaatcaacgaggttaaacaaattcaagatagaaagtaattaaattgttagttcaaaaaatatatatg 38306769  T
Q  313 aacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccccagaagaaat 412  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||   | |||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| |||| ||||||  ||||||||| |    
T  38306768 aacttacatcaaataggccatgagataaagactcagagttcttttgcaatggcatggtagaagattggccctgaacagttgtttgcataccagaagaagt 38306669  T
Q  413 acttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaacaatga 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||| |  ||   ||| |||||||||||||||| |    
T  38306668 acttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaactttgtctttactttttgcaacttccgttcacaagttgatggatcgagttttgagtaacaatca 38306569  T
Q  513 gccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatccttt 612  Q
    |||||  | || || |||||||||||||            ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  38306568 gccaaccttgagaatttcatccgtgggt------------ccattgcaagaacaacactatgctcatcccaatatttcttaaacttgcccatcatccttt 38306481  T
Q  613 cagccattctctttatagcttcatcttcatctc 645  Q
     ||||||||||  |||| |||||||||||||||    
T  38306480 tagccattctcgctataacttcatcttcatctc 38306448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 41 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 38314389 - 38313780
Alignment:
Q  41 gggaacacttaacaagtctcgagccaatattgaaagatctggaaatcgattattattactcttccaccactgtaatacatccatatcttcataacaacga 140  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  38314389 gggaacacttaacaagtcgcaagccaatattgatagatctggaaatcgatttgaattactcttccaccattgtaatacatccatatcttcataagaacca 38314290  T
Q  141 aaatccaaatgtgactcagctaagtaaatatcaagttgggattttccagt------aacaagctgctcatggtgagttttcaattcctattatatttcac 234  Q
    |||| ||||| ||||||  | ||||||| ||||||||  || ||||||||      ||||||||| | ||||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  38314289 aaattcaaatctgactcgtcaaagtaaacatcaagttcagactttccagttttagtaacaagctgttgatggtgcattttcaattcatattatatttcac 38314190  T
Q  235 aagtgaaaaggacagcaacgaggttaaacaaattcaagatagagtgtaattaaattgtgaattccaaaaatat-atataaacttacatcaaataggccgt 333  Q
    |||| |||| || |||||  |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||| ||||| || |||||||| |||||||| |||| ||     
T  38314189 aagttaaaaagaaagcaataaggttaaacaaattcaagatagaaagtaattaaattgttgattcaaaaaaaattatataaacgtacatcaactaggtcga 38314090  T
Q  334 gagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccccagaagaaatacttttgctagaatacttgtc 433  Q
    ||||||||||||   | |||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| |    
T  38314089 gagatgaagactcagagttcttttgcaatggcatggtagaagattggccctaaatagttgtttgcaccctagaagaagtacttttgctagagtacttggc 38313990  T
Q  434 aaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaacaatgagccaatgtagaaaacttcatc 533  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||| |  ||   ||| |||||||||||||||  ||||||| | ||||| ||||||    
T  38313989 aaatagcatgtacaactttgtctttactttttgcaacttccgttcacaagttgatggatctagttttgagtaacaagcagccaatcttgaaaatttcatc 38313890  T
Q  534 cgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatcctttcagccattctctttatagctt 633  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||  || |  ||    
T  38313889 cgtgggtcaagaactgctcccattgcaagaacaacac--tactcatcccaatatttcttaaacttgcccatcatacttttagccattctcgctacaaatt 38313792  T
Q  634 catcttcatctc 645  Q
    ||||||||||||    
T  38313791 catcttcatctc 38313780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 310 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 38326369 - 38326034
Alignment:
Q  310 ataaacttacatcaaataggccgtgagatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctgaatagttctttgcaccccagaaga 409  Q
    ||||||||||  ||||||  ||||||||| |||||||  | ||||||||||||| |||| | ||||||| | |||||| |||||||||||  ||||||||    
T  38326369 ataaacttaccccaaatataccgtgagataaagacttggagttcttttgcaatgacatggtcgaagattggccctgaacagttctttgcatgccagaaga 38326270  T
Q  410 aatacttttgctagaatacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaacaa 509  Q
    | ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||  || |||||| ||||||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||    
T  38326269 agtacgttggctagaatacttgccaaatagcatgtacaacttcgtccttacttgttgcaacttcctttcacaggttgatgcatcaagttttgagtaacaa 38326170  T
Q  510 tgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatcc 609  Q
    | ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||    
T  38326169 taagccaatgttgaaaatttaatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactgtactcattccaaaatttgtcaaacttgctcatcatcc 38326070  T
Q  610 tttcagccattctctttatagcttcatcttcatctc 645  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38326069 tttcagccattctctttataacttcatcttcatctc 38326034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 19 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 38326622 - 38326380
Alignment:
Q  19 aatcagaagcgatagtgttaacgggaacacttaacaagtctcgagccaatattgaaagatctggaaatcgattattattactcttccaccactgtaatac 118  Q
    ||||||| |||| ||||  || |||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||    
T  38326622 aatcagatgcgacagtggcaatgggaacacttaacaagtcacaagccaaaattgatagatctggaaatcaattataattactcttccaccattctaatac 38326523  T
Q  119 atccatatcttcataacaacgaaaatccaaatgtgactcagctaagtaaatatcaagttgggattttccagtaacaagctgctcatggtgagttttcaat 218  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| ||| | ||||||| ||||||||| || |||||||||||||| || | ||||||  ||||||||    
T  38326522 atccatgtcttcataacaacgaaaatccaaacttgattcatccaagtaaacatcaagttgagactttccagtaacaagttgttgatggtgcattttcaat 38326423  T
Q  219 tcctattatatttcacaagtgaaaaggacagcaacgaggttaa 261  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38326422 tcctattacatttcacaagtgaaaaggaaagcaacgaggttaa 38326380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 41 - 645
Target Start/End: Original strand, 38849537 - 38850156
Alignment:
Q  41 gggaacacttaacaagtctcgagccaatattgaaagatctggaaatcgattattattactcttccaccactgtaatacatccatatcttcataacaacga 140  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  38849537 gggaacacttaacaagtcgcaggccaatattgatagatccggaaatcgatcattattactcttccaccattgtaatacatccatttctgcataacaacga 38849636  T
Q  141 aaatccaaatgtgactcagctaagtaaatatcaagttgggattttccagt------aacaagctgctcatggtgagttttcaattcctattatatttcac 234  Q
    |||||||||  ||||||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||      ||||||||||| ||||||   ||||||||||||||| |||||||    
T  38849637 aaatccaaaactgactcatctaagtaaacatcaagttgagactttccagttttggtaacaagctgctgatggtgcactttcaattcctattacatttcac 38849736  T
Q  235 aagtgaaaaggacagcaacgaggttaaacaaattcaagatagagtgtaattaaattgtgaattccaaaaatatatataaacttacatcaaataggccgtg 334  Q
    |||||||||||| | ||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||  || | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  38849737 aagtgaaaaggaaaccaatgaagttaaacaaattcaagatagaatgtaatttaagtgttgatccaaaaaatatataaaaacttacatcaaataggccatg 38849836  T
Q  335 agatgaagacttcaatttcttttgcaatggcatgctagaagattcgtcctga---------atagttctttgcaccccagaagaaatacttttgctagaa 425  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||         ||||||||||| ||||||| || | | || |||| ||||    
T  38849837 agataaagactttaatttcttttgtaatggcatgctagaagattggtcctgattctccttaatagttctttgaaccccagcagtagtgctgttgccagaa 38849936  T
Q  426 tacttgtcaaatagcatgtacaacttactctttacttcttgcaacttcctttcacaggccgaaacatcaagttttgagtaacaatgagccaatgtagaaa 525  Q
    | ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||  || | ||||||||||||||  ||  |||| |||||||| ||||||| |||||| || | ||    
T  38849937 tgcttctcaaatagcatgcacaactttctctttacttgctgtagcttcctttcacaggttgatgcatccagttttgaataacaataagccaaggttgtaa 38850036  T
Q  526 acttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatcctttcagccattctctt 625  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38850037 acttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaaacttgctcatcatcctttcagccattttctt 38850136  T
Q  626 tatagcttcatcttcatctc 645  Q
    |||| |||||||||||||||    
T  38850137 tatatcttcatcttcatctc 38850156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University