View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6395_low_1 (Length: 1088)

Name: NF6395_low_1
Description: NF6395
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6395_low_1
NF6395_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (10-1035)||(19911441-19912466)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (391-595)||(29404786-29404987)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 1002; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 1002; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 1035
Target Start/End: Original strand, 19911441 - 19912466
Alignment:
Q  10 gacatcatcattggagccccttctgaagtctccacctctgttgctgcagcggcttctgccgcttcctgcgctgccactgcctcccttgctgaaagtgccc 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19911441 gacatcatcattggagccccttctgaagtctccacctctgttgctgcagcagcttctgccgcttcctgcgctgccactgcctcccttgctgaaagtgccc 19911540  T
Q  110 tcactgtcgctggtttcttgttgtcatcatcgtcgggataatcctcatcgaagttgtctctaaaagtcactacacgtcctcggtgaaacggctctgatga 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19911541 tcactgtcgctggtttcttgttgtcatcatcgtcgggatcatcctcatcgaagttgtctctaaaagtcactacacgtcctcggtgaaacggctctgatga 19911640  T
Q  210 cacattggtggaatttcttcgtgagagttgcggccggagatttcctccgccagaggagttttctggtgattcgaccgagagacgtgtggagatgcggcga 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19911641 cacattggtggaatttcttcgtgagagttgcgaccggagatttcctccgccagaggagttttctggtgattcgaccgagagacgtgtggagatgcggcga 19911740  T
Q  310 gtgaactgtggtctagtggccggaggattggactcctccgatgggtcaaggtcgtccccttggtgagtcatggattgggtggttgacatgtctgagtcat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19911741 gtgaactgtggtctagtggccggaggattggactcctccgatgagtcagggtcgtccccttggtgagtcatggattgggtggttgacatgtctgagtcat 19911840  T
Q  410 cgtggtgagtttggattcggactgagttgcgacgaccgaattgagaaaaacttctactattaggattttggataggaatatctgaagttggaatatgaat 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19911841 cgtggtgagtttggattcggactgagttgcgacgaccgaattgagaaaaacttctactattaggattttggataggaatatctgaagttggaatatgaat 19911940  T
Q  510 cgttgatgtccaagtagagccagtgcgtttgagtcgaatcttgtccttgaatgctttccaagatcttccaaatcagtgaaaatgaaactgtgagctaact 609  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19911941 cgttgatgtccaagcagagccagtgcgtttgagtcgaatcttgtccttgaatgctttccaagatcttccaaatcagtgaaaatgaaactgtgagctaact 19912040  T
Q  610 atttgagaaccatagtctttcctcgacaatgtaagaggacaatacacatatgtcatctcatctaaacactagcattttgatttctcatagaccaatctat 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19912041 atttgagaaccatagtctttcctcgacaatgtaagaggacaatacacatatgtcatctcatctaaacactagcattttgatttctcatagaccaatctat 19912140  T
Q  710 actaacataatttttcattaaaaacaaaacaatgtaatcgaaaagatggtgttattacaataatatgttgttacctgcggtcttttttgttgatctcgtc 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19912141 actaacataatttttcattaaaaacaaaacaatgtaatcgaaaagatggtgttattacaataatatgttgttacctgcggtcttttttgttgatctcgtc 19912240  T
Q  810 ttctttgatggtgtctacaagcgttcgactcttcggaggtgatggtttgctaggtggtgcagttgctaatctcttttgattggctaagacgtcgtcaaga 909  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19912241 ttctttgatggtgtctacaagcgttcgactcttcggaggtgatggtttgctaggtggtgcagttgctaatctcttttgattggctaagacgtcgtcaaga 19912340  T
Q  910 gtcaagccagcaaacttctctcgacggttctctgaacctgacatttcctcataaaagtgttatcttatgtcttcattcaatgctcaaaacatagattttt 1009  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19912341 gtcaagccagcaaacttctctcgacggttctctgaacctgacatttcctcataaaagtgttatcttatgtcttcattcaatgctcaaaacatagattttt 19912440  T
Q  1010 tgtcacaacctctaaatgatagcagt 1035  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  19912441 tgtcacaacctctaaatgatagcagt 19912466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 75; Significance: 5e-34; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 391 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 29404987 - 29404786
Alignment:
Q  391 gttgacatgtctgagtcatcgtggtgagtttggattcggactgagttgcgacgaccgaattgagaaaaacttctactattaggattttggataggaatat 490  Q
    |||||||||||||||||   ||  |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || |||||||||||||| || |    
T  29404987 gttgacatgtctgagtc---gtaatgagtttggactcgaactgagttgcgacgaccgaattgtgaaaagcttctgctgtttggattttggatagggatgt 29404891  T
Q  491 ctgaagttggaatatgaatcgttgatgtccaagtagagccagtgcgtttgagtcgaatcttgtccttgaatgctttccaagatcttccaaatcagtgaaa 590  Q
    | || ||||||||  |||| | ||||||||||| ||||||||  || || || |||| |||||| || || |||||||||||||||||| |||| |||||    
T  29404890 cggatgttggaatgggaattgatgatgtccaagcagagccagcacgctttagccgaagcttgtctttaaaggctttccaagatcttccatatcaatgaaa 29404791  T
Q  591 atgaa 595  Q
    |||||    
T  29404790 atgaa 29404786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University