View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6400_high_1 (Length: 829)

Name: NF6400_high_1
Description: NF6400
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6400_high_1
NF6400_high_1
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (11-814)||(5110923-5111723)
chr2 (11-642)||(5083517-5084148)
chr2 (15-642)||(5093924-5094544)
chr2 (641-806)||(5094582-5094748)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (15-349)||(14427589-14427926)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (14-198)||(16872369-16872553)
chr3 (190-350)||(16873359-16873519)
chr3 (561-630)||(16873582-16873651)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 522; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 814
Target Start/End: Original strand, 5110923 - 5111723
Alignment:
Q  11 cacagatgaatttgcacttcttgcattcaaatcctcaattaccttagacccttatcacattcttagtaattggtcaatttcctcttctacttcttctttc 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5110923 cacagatgaatttgcacttcttgcattcaaatcctcaattaccttagacccttatgatattcttagtaattggtcaatttcctcttctacttcttctttc 5111022  T
Q  111 tcttcatgcaattgggttggtgttacttgtgatgaacatcatggaagagtaaatgcattgaatcttagtaacatgggccttgaaggtacaatttcccctc 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  5111023 tcttcatgcaattgggttggtgttacttgtgatgaacatcatggaagagtgaatgcattggatcttaataacatggaccttgaaggtacaatttctcctc 5111122  T
Q  211 aattgggaaatctttctttccttgttgttcttgatttacaaggcaatagtttctatggtgagttaccacatgagttacttcagttgaagagattgaaatg 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5111123 aattgggaaatctttctttccttgttgttcttgatttacaaggcaatagtttctatggtgagttaccacatgagttacttcagttgaagagattgaaatg 5111222  T
Q  311 gttggatttgagcgacaataattttgttggagaaattccttcaaggataggggacttatctaaacttcaacagttggatattggttataataatattgat 410  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || |||||| ||   | ||||||| ||| |    
T  5111223 gttggatttgagtgacaatgattttgttggagaaattccttcaaggataggggacttagcaaaacttcatcatttggatctttactttaataattttgtt 5111322  T
Q  411 ggagatattcctcaatctatatccaatttgtcaatgttagaatatttaaatttgaaatcaaatcacatcaaaggaaccattccacatgctattggttaac 510  Q
    |||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||   ||  || ||||||   |||||  |||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  5111323 ggagctattcctcaatctatatccgacttgtcaatgttacggtacctagatttgagtacaaatttcatcaaaggaaccattccacatgccattggtcaac 5111422  T
Q  511 ttcgtcagttgaagattttgaatcttagaaataacaagctctctggaatgataccaacaacaatttccaacatgtcttcacttgaagaaatttatttagc 610  Q
    || ||  ||||| ||||||| || |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5111423 ttggtatgttgaggattttggatattagaaataacaagctctgtggaatcctaccaacaacaatatccaacatgtcttcacttgaagaaattcatttagc 5111522  T
Q  611 aaaaaactccttatcggg-----taagatatattcactttattttttacacgtgtgtggatactttgcactgtgcagcaaaccacaaagtcgttgatcaa 705  Q
    ||| ||||||||||||||     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5111523 aaataactccttatcgggtaagataagatatattcactttatttattacacgtgtgtggatactttgcactgtgcagcaaaccacaaagtcgttgatcaa 5111622  T
Q  706 agtgagacaaattccaatttgttccttatttcgatctaacggttgtgtaagtgcgtgcagtgtaaaggtgtcatagggaaattaaattcaattttaaaca 805  Q
    | |    |    | || ||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5111623 aat----cgttattcactttattc---atttcgatctaacggttgtgtaagtgcgtgcagtgt-aaggtgtcatagggaaattaaattcaattttaaaca 5111714  T
Q  806 ccatatatg 814  Q
    |||||||||    
T  5111715 ccatatatg 5111723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 456; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 5084148 - 5083517
Alignment:
Q  11 cacagatgaatttgcacttcttgcattcaaatcctcaattaccttagacccttatcacattcttagtaattggtcaatttcctcttctacttcttctttc 110  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5084148 cacagatgaattttcacttcttgcattcaaatcctcaattaccttagatccttatcatatgcttagaaattggtcaatttcctcttctacttcttctttc 5084049  T
Q  111 tcttcatgcaattgggttggtgttacttgtgatgaacatcatggaagagtaaatgcattgaatcttagtaacatgggccttgaaggtacaatttcccctc 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5084048 tcttcatgcaattgggttggtgttacttgtgatgaacatcatggaagagtaaatgcattgaatcttagtaacatggaccttgaaggtacaatttcccctc 5083949  T
Q  211 aattgggaaatctttctttccttgttgttcttgatttacaaggcaatagtttctatggtgagttaccacatgagttacttcagttgaagagattgaaatg 310  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5083948 aattgggaaatctctctttccttgtatttcttgatctacaaggaaatagtttccatggtgagttaccacatgagttacttcagttgaagagattgaaatt 5083849  T
Q  311 gttggatttgagcgacaataattttgttggagaaattccttcaaggataggggacttatctaaacttcaacagttggatattggttataataatattgat 410  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |  | || ||||||| |    
T  5083848 gttgaatttgagcaacaatgattttgttggagaaattccttcaaggataggggacttatcaaaacttcaacaattggatattcggcaaaacaatattgtt 5083749  T
Q  411 ggagatattcctcaatctatatccaatttgtcaatgttagaatatttaaatttgaaatcaaatcacatcaaaggaaccattccacatgctattggttaac 510  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||    
T  5083748 ggagttattcctcaatctatatccaacttgtcaatgttagaatatctaaatttgaaatcaaatcacatcaaaggaaccattccacatgccattagtcaac 5083649  T
Q  511 ttcgtcagttgaagattttgaatcttagaaataacaagctctctggaatgataccaacaacaatttccaacatgtcttcacttgaagaaatttatttagc 610  Q
    || ||  ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5083648 ttggtatgttgaggattttggatattagaaataacaagctctctggaatcctaccaacaacaatatccaacatgtcttcacttgaagaaattcatttagc 5083549  T
Q  611 aaaaaactccttatcgggtaagatatattcac 642  Q
    ||| ||||| ||||| |||| |||||||||||    
T  5083548 aaacaactctttatctggtatgatatattcac 5083517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 642
Target Start/End: Original strand, 5093924 - 5094544
Alignment:
Q  15 gatgaatttgcacttcttgcattcaaatcctcaattaccttagacccttatcacattcttagtaattggtcaatttcctcttctacttcttctttctctt 114  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5093924 gatgaattttcacttcttgcattcaaatcctcaataaccttagacccttatgatattcttagtaattggtcaatttcctcttctacttcttctttgtctt 5094023  T
Q  115 catgcaattgggttggtgttacttgtgatgaacatcatggaagagtaaatgcattgaatcttagtaacatgggccttgaaggtacaatttcccctcaatt 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5094024 catgcaattgggttggtgttacttgtgatgaacaccatggaagagtaaatgcattgaatcttagtagcatgggccttgaaggtacaatttctcctcaatt 5094123  T
Q  215 gggaaatctttctttccttgttgttcttgatttacaaggcaatagtttctatggtgagttaccacatgagttacttcagttgaagagattgaaatggttg 314  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||    
T  5094124 gggaaatctttctttccttattgttcttgatttacagggcaatagtttccatggtgagttaccacatgagttgcttcagttgaaaagattgaaattgttg 5094223  T
Q  315 gatttgagcgacaataattttgttggagaaattccttcaaggataggggacttatctaaacttcaacagttggatattggttataataatattgatggag 414  Q
     |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  5094224 aatttaagcaacaatgattttgttggagaaattccttcaaggataggggagttatcaaaacttcaacaattggatattagctataataatattgttggag 5094323  T
Q  415 atattcctcaatctatatccaatttgtcaatgttagaatatttaaatttgaaatcaaatcacatcaaaggaaccattccacatgctattggttaacttcg 514  Q
     ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||  ||||          ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  5094324 ttattcctcaatctatattcaacttgtcaatgttagaatatctacgtttg----------acatcaaaggaaccattccacatgcaattggtcaacttcg 5094413  T
Q  515 tcagttgaagattttgaatcttagaaataaca---agctctctggaatgataccaacaacaatttccaacatgtcttcacttgaagaaatttatttagca 611  Q
    |||||||| |  ||||| | || | |||||||    ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5094414 tcagttgaggtatttgagtattggtaataacaggttgctgtctggaatgataccaacaacaatttgcaacatgtcttcacttgaagtaatttatttagca 5094513  T
Q  612 aaaaactccttatcgggtaagatatattcac 642  Q
    || ||||||||||| |||| |||||| ||||    
T  5094514 aataactccttatcaggtatgatatactcac 5094544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 641 - 806
Target Start/End: Original strand, 5094582 - 5094748
Alignment:
Q  641 actttattttttacacgtgtgtggatactttgcactgtgcagcaaaccacaaagtcgttgatcaaagtgagacaaattccaatttg---ttccttatttc 737  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    || || |||||    
T  5094582 actttatttattacacgtgtgtggatactttgcattgtgcagcaaaccacaaagtcgttgatctaagtgagacaaattccaattttatttttctcatttc 5094681  T
Q  738 gatctaacggttgtgtaagtgcgtgcagtgtaaaggtgtcatagggaaattaaattcaattttaaacac 806  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  5094682 gatctaacggctgtgtaagtgcgtgcagtgt--aggtgtcatagggaaatttaattcaattttacacac 5094748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 15 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 14427926 - 14427589
Alignment:
Q  15 gatgaatttgcacttcttgcattcaaatcctcaattaccttagacccttatcacattcttagtaattggtcaatttcctcttctacttcttctttctctt 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  14427926 gatgaattttcacttcttgcattcaaatcctcaattaccttagatccttatcatattcttagtaattggtcaatttccacttctgcttcttctttctctt 14427827  T
Q  115 catgcaattgggttggtgttacttgtgatgaacatcatggaagagtaaatgcattgaatcttagtaacatgggccttgaaggtacaatttcccctcaatt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||    
T  14427826 catgcaattgggttggtgttacttgtgatgaacatcatggaagagtaaatgcattgaatcttagtaacatgggccttgaaggtaacatttctcctcaatt 14427727  T
Q  215 gggaaatctttctttccttgttgttcttgatttacaaggcaatagtttctatggtgagttaccacatgagttacttcagttg---aagagattgaaatgg 311  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||   || |||||||||  |    
T  14427726 aggaaatctctctttccttgttgttcttgatctacatggcaatagtttccatggtgagttaccacatgagttatttcaattgcataatagattgaaaatg 14427627  T
Q  312 ttggatttgagcgacaataattttgttggagaaattcc 349  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  14427626 ttggatttgagcaacaatgattttgttggagaaattcc 14427589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 112; Significance: 3e-56; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 14 - 198
Target Start/End: Original strand, 16872369 - 16872553
Alignment:
Q  14 agatgaatttgcacttcttgcattcaaatcctcaattaccttagacccttatcacattcttagtaat---tggtcaatttcctcttctacttcttctttc 110  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||   |||||||| ||||||||||||||||   ||    
T  16872369 agatgaattttcacttcttgcattcaaatcctctattaccttagacccttatcacaagcttagtaataattggtcaatctcctcttctacttctt---tc 16872465  T
Q  111 tcttcatgcaattgggttggtgttacttgtgatgaacatcatggaagagtaaatgcattgaatcttagtaacatgggccttgaaggta 198  Q
    || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  16872466 tcatcatgtaattgggttggtgtcacttgtgatgagcatcatggaagagtaaaggcattgaatcttagtaatatgggacttgaaggta 16872553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 190 - 350
Target Start/End: Original strand, 16873359 - 16873519
Alignment:
Q  190 ttgaaggtacaatttcccctcaattgggaaatctttctttccttgttgttcttgatttacaaggcaatagtttctatggtgagttaccacatgagttact 289  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||    
T  16873359 ttgaaggtacaatttcctctcaattgggaaatctctctttccttgttattcttgacctacaaggcaatagtttccatggtgagtttccacaagagttact 16873458  T
Q  290 tcagttgaagagattgaaatggttggatttgagcgacaataattttgttggagaaattcct 350  Q
    |||  || ||||| ||||  | || || |||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  16873459 tcatctgcagagactgaagagattagacttgagctacaatgattttgttggagaaattcct 16873519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 561 - 630
Target Start/End: Original strand, 16873582 - 16873651
Alignment:
Q  561 ataccaacaacaatttccaacatgtcttcacttgaagaaatttatttagcaaaaaactccttatcgggta 630  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| | |||||||||||| ||||    
T  16873582 ataccaacaacaatttccaacatgtctacacttgaagaaatccatttagctagaaactccttatcaggta 16873651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University