View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6409_low_2 (Length: 885)

Name: NF6409_low_2
Description: NF6409
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6409_low_2
NF6409_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (2-869)||(48500004-48500871)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 864; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 864; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 869
Target Start/End: Complemental strand, 48500871 - 48500004
Alignment:
Q  2 cggtgatgatgtggattttgttgacgagaaacattttccttcccgggctcgggtttgggtgggcccggaaattggagctagttatgtggcaggcttgagt 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48500871 cggtgatgatgtggattttgttgacgagaaacattttccttcccgggctcgggtttgggtgggcccggaaattggagctagttatgtggcaggcttgagt 48500772  T
Q  102 ttgggtcggtctacggagaataatgaaagagaagtggaaattgagaaggttgttaatggtaatttcgagaaatcagatatttcaaaggtgaaagcttcgg 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48500771 ttgggtcggtctacggagaataatgaaagagaagtggaaattgagaaggttgttaatggtaatttcgagaaatcagatatttcaaaggtgaaagcttcgg 48500672  T
Q  202 cgaagtcttcaaggagaatgagaacaaagagttggagaatggatcaagacgcggaggggaacgcagctatatttgatgttgttttgcatgataatatgac 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48500671 cgaagtcttcaaggagaatgagaacaaagagttggagaatggatcaagacgcggaggggaacgcagctatatttgatgttgttttgcatgataatatgac 48500572  T
Q  302 gggccaagaagtgggctcgtggaagcccacaggtgatgacccgattcatgggttgagggggcgatatgtcggggcaaatagaccgtttagtaagagcggg 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48500571 gggccaagaagtgggctcgtggaagcccacaggtgatgacccgattcatgggttgagggggcgatatgtcggggcaaatagaccgtttagtaagagcggg 48500472  T
Q  402 tcggttgtaatagcaggggatgaatacggagaagaagtagggtggaggttaagtaaagagatggaagggagtgtgttgaagtggaggatagggggagaat 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48500471 tcggttgtaatagcaggggatgaatacggagaagaagtagggtggaggttaagtaaagagatggaagggagtgtgttgaagtggaggatagggggagaat 48500372  T
Q  502 tttgggttagttacttgccggaccaagcaaaagggagtcattttgaaactagatgtattgagtggtgtgatgaagttgatttgcctctaattcatggaaa 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48500371 tttgggttagttacttgccggaccaagcaaaagggagtcattttgaaactagatgtattgagtggtgtgatgaagttgatttgcctctaattcatggaaa 48500272  T
Q  602 attaccctgaatgtgaataattatatgaaacacctcctttcaaatttaatcaaccacaaaaggagggggaaagtttgtggattatattgaaggaagctgt 701  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48500271 attaccctgaatgtgaataattatatgaaacacctcctttcaaattaaatcaaccacaaaaggagggggaaagtttgtggattatattgaaggaagctgt 48500172  T
Q  702 gcgacgagaaaggcaaggttaatgttatagtgtatgatactatggtttaggtcttagctagtagtatgcaagccgttggtgctgcattagtgaaataaat 801  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48500171 gcgacgagaaaggcaaggttaatgttatagtgtatgatactatggtttaggtcttagctagtagtatgcaagccgttggtgctgcattagtgaaataaat 48500072  T
Q  802 gttttatttatcatgtatataacatattataaggactttttctgtactggatgtataatatatactta 869  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48500071 gttttatttatcatgtatataacatattataaggactttttctgtactggatgtataatatatactta 48500004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University