View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6437_low_9 (Length: 298)

Name: NF6437_low_9
Description: NF6437
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6437_low_9
NF6437_low_9
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (6-293)||(28566475-28566758)
chr3 (7-293)||(28584450-28584732)
chr3 (32-293)||(28573220-28573485)
chr3 (6-293)||(26314367-26314646)
chr3 (119-263)||(20615170-20615314)
chr3 (134-263)||(21642273-21642402)
[»] scaffold0927 (1 HSPs)
scaffold0927 (6-293)||(192-478)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (49-293)||(24080577-24080824)
chr6 (49-293)||(24069912-24070159)
chr6 (79-190)||(30399639-30399754)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (118-263)||(2603069-2603214)
chr2 (79-263)||(2599878-2600064)
chr2 (132-261)||(2591799-2591928)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 6 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 28566758 - 28566475
Alignment:
Q  6 agaaatatgtctcctaaattagaatatatattaaacaagtatttgattaaattgttcaaccgattaactcaactgttaaatgtaacgttctaatgataag 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||    
T  28566758 agaaatatgtctcctaaattagaatat----taaacaagtattcgattaaattgttcaaccacttaactcgattgttaaatgtaaagttctaatgataag 28566663  T
Q  106 agttatcatggatgaatgcagagtggagatcaaaatggtcttgatgggtcataccttgattgctacatgagtgaacaccaagatatttccggtgaagacg 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28566662 agttatcatggatgaatgcagagtggagatcaaaatggtcttgatgggtcataccttgattgctacatgagtgaacaccaagatatttccagtgaagacg 28566563  T
Q  206 tgcaaagacatgttgctcacatgatttcaaatgaatggaaatgtctcaatcaagaaatgctggtcgctaatcagtttgcatcgtcatt 293  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| |||| |||||    
T  28566562 tgcaacgacatgttgctcacatgatttcaaatgaatggaaatgtctcaatcaagaaattctggtcacaaatcagttttcatcatcatt 28566475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 7 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 28584732 - 28584450
Alignment:
Q  7 gaaatatgtctcctaaattagaatatatattaaacaagtatttgattaaattgttcaaccgattaactcaactgttaaatgtaacgttctaatgataaga 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||    
T  28584732 gaaatatgtctcctaaattagaatat----taaacaagtattcgattaaattgttcaaccacttaactcgattgttaaatgtaaagttctaatgataaga 28584637  T
Q  107 gttatcatggatgaatgcagagtggagatcaaaatggtcttgatgggtcataccttgattgctacatgagtgaacaccaagatatttccggtgaagacgt 206  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28584636 attatcatggatgaatgcagagtggagatcaaaatggtcttgatgggtcataccttgattgctacatgagtgaacaccaagatatttccagtgaagacgt 28584537  T
Q  207 gcaaagacatgttgctcacatgatttcaaatgaatggaaatgtctcaatcaagaaatgctggtcgctaatcagtttgcatcgtcatt 293  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||| |||||    
T  28584536 gcaaggacatgttgctcacatgatttcaaatgaatggaaatttctcaatcaagaaattctggttgcaaatcagttttcatcatcatt 28584450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 32 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 28573485 - 28573220
Alignment:
Q  32 tatattaaacaagtatttgattaaattgttcaaccgattaactcaactgttaaatgtaacgttctaatgataagagttat----catggatgaatgcaga 127  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||    |||| |||||||||||    
T  28573485 tatattaaacaaatatttgattaaattgttcaaccaattaacgcaattgtaaaatgtaaagttctaatgataagaattattatccatgaatgaatgcaga 28573386  T
Q  128 gtggagatcaaaatggtcttgatgggtcataccttgattgctacatgagtgaacaccaagatatttccggtgaagacgtgcaaagacatgttgctcacat 227  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28573385 gtggagagcaaaatggtcttgatgggtcataccttgattgctacatgagtgaacaccaagatatttccggtgaagacgtgcaaagacatgttgctcacat 28573286  T
Q  228 gatttcaaatgaatggaaatgtctcaatcaagaaatgctggtcgctaatcagtttgcatcgtcatt 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| ||||||||||    
T  28573285 gatttcaaatgaatggaaatgtctcaatcaagaaattctggttgcaaatcagttttcatcgtcatt 28573220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 6 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 26314646 - 26314367
Alignment:
Q  6 agaaatatgtctcctaaattagaatatatattaaacaagtatttgattaaattgttcaaccgattaactcaactgttaaatgtaacgttctaatgataag 105  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||    
T  26314646 agaaatatgtctcctaaattagaaaat----taaacaagtatttgattaaattgttcaaccaattaactcaattgttaaatgtaaagttctaattataag 26314551  T
Q  106 agttatcatggatgaatgcagagtggagatcaaaatggtcttgatgggtcataccttgattgctacatgagtgaacaccaagatatttccggtgaagacg 205  Q
    |   ||||||    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26314550 aaccatcatg----attgcagagtggagatcaaaatggtcttgatggttcatatcttgattgctacatgagtgaacaccaagatatttccggtgaagacg 26314455  T
Q  206 tgcaaagacatgttgctcacatgatttcaaatgaatggaaatgtctcaatcaagaaatgctggtcgctaatcagtttgcatcgtcatt 293  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||| ||| |||| |||||    
T  26314454 tgcaaagacatgttgctcacatgatttcaaatgaatggaaacgtctcaatcaagaaattctggttgcaaatcaattttcatcatcatt 26314367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 119 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 20615314 - 20615170
Alignment:
Q  119 gaatgcagagtggagatcaaaatggtcttgatgggtcataccttgattgctacatgagtgaacaccaagatatttccggtgaagacgtgcaaagacatgt 218  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||    
T  20615314 gaatacagagtggagatcaaaatggtcttgatggatcatatcttaattgctacatgagtgagcaccaagatatttcatgtgaagatgtgcaaagacatgt 20615215  T
Q  219 tgctcacatgatttcaaatgaatggaaatgtctcaatcaagaaat 263  Q
    |||| | ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20615214 tgctgagatgattttaaatgaatggaaatgtctaaatcaagaaat 20615170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 134 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 21642402 - 21642273
Alignment:
Q  134 atcaaaatggtcttgatgggtcataccttgattgctacatgagtgaacaccaagatatttccggtgaagacgtgcaaagacatgttgctcacatgatttc 233  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| | |   |||||| |  ||||| ||||||||| |||  |||||    
T  21642402 atcaaaacggtcttgatggatcatatcttgattgttacatgaatgaacaccaagatagtacaactgaagaggcacaaaggcatgttgctaacaaaatttc 21642303  T
Q  234 aaatgaatggaaatgtctcaatcaagaaat 263  Q
    || ||||||||||  || ||||||| ||||    
T  21642302 aattgaatggaaacatcacaatcaataaat 21642273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0927 (Bit Score: 171; Significance: 7e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold0927
Description:

Target: scaffold0927; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 7e-92
Query Start/End: Original strand, 6 - 293
Target Start/End: Original strand, 192 - 478
Alignment:
Q  6 agaaatatgtctcctaaattagaatatatattaaacaagtatttgattaaattgttcaaccgattaactcaactgttaaatgtaacgttctaatgataag 105  Q
    |||||||| |||| |||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||    
T  192 agaaatatatctcataaattagaat-----ttaaacaagtatttgattaaattgttcaaccaattaacacaattgtaaaatgtaaagttctaatgataag 286  T
Q  106 agttat----catggatgaatgcagagtggagatcaaaatggtcttgatgggtcataccttgattgctacatgagtgaacaccaagatatttccggtgaa 201  Q
    | ||||     ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||    
T  287 aattattatcaatgaatgaatgcagagtggagatcaaaatggtcttgacgggtcatatcttgattgctacatgagtgaacatcaggatatttccagtgaa 386  T
Q  202 gacgtgcaaagacatgttgctcacatgatttcaaatgaatggaaatgtctcaatcaagaaatgctggtcgctaatcagtttgcatcgtcatt 293  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  387 gacgtgcaaacacatgttgctcacatgatttcaaatgaatggaaatgtctcaatcaagaaattatggtcgcaaatcagttttcatcatcatt 478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 49 - 293
Target Start/End: Original strand, 24080577 - 24080824
Alignment:
Q  49 tgattaaattgttcaaccgattaactcaactgttaaatgtaacgttctaatgataagagttat----catggatgaatgcagagtggagatcaaaatggt 144  Q
    |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24080577 tgattatattgttctaccgatta-ctcaactgttaaatgtaaagttctaatgataagaattattatccatggatgaatgtagagtggagatcaaaatggt 24080675  T
Q  145 cttgatgggtcataccttgattgctacatgagtgaacaccaagatatttccggtgaagacgtgcaaagacatgttgctcacatgatttcaaatgaatgga 244  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24080676 cttgatgggtcatatcttgattgcttcatgagtgaacaccaagatatttccggggaagacgtgcaaagacatgttgctcgcatgatttcaaatgaatgga 24080775  T
Q  245 aatgtctcaatcaagaaatgctggtcgctaatcagtttgcatcgtcatt 293  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||| |||| |||||    
T  24080776 aatgtctcaatcaagaaattctggttgcaaataagttttcatcatcatt 24080824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 49 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 24070159 - 24069912
Alignment:
Q  49 tgattaaattgttcaaccgattaactcaactgttaaatgtaacgttctaatgataagagttat----catggatgaatgcagagtggagatcaaaatggt 144  Q
    |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24070159 tgattatattgttctaccgatta-ctcaactgttaaatgtaaagttctaatgataagaattattatccatggatgaatgcagagtggtgatcaaaatggt 24070061  T
Q  145 cttgatgggtcataccttgattgctacatgagtgaacaccaagatatttccggtgaagacgtgcaaagacatgttgctcacatgatttcaaatgaatgga 244  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24070060 cttgatgggtcatatcttgattgcttcaagagtgaacaccaagatatttccggcgaagaggtgcaaagacatgttgctcgcatgatttcaaatgaatgga 24069961  T
Q  245 aatgtctcaatcaagaaatgctggtcgctaatcagtttgcatcgtcatt 293  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||| |||| |||||    
T  24069960 aatgtctcaatcaagaaattctggtcacaaataagttttcatcatcatt 24069912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 79 - 190
Target Start/End: Original strand, 30399639 - 30399754
Alignment:
Q  79 tgttaaatgtaacgttctaatgataagagttat----catggatgaatgcagagtggagatcaaaatggtcttgatgggtcataccttgattgctacatg 174  Q
    |||||||||| | |||||||||||| || ||||    |||| |||||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||    
T  30399639 tgttaaatgtcatgttctaatgatatgaattattatccatgcatgaatgcagagtatatatcaaaatggtcttgatggatcatatcttgattattacatg 30399738  T
Q  175 agtgaacaccaagata 190  Q
    | ||||||||||||||    
T  30399739 aatgaacaccaagata 30399754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 118 - 263
Target Start/End: Original strand, 2603069 - 2603214
Alignment:
Q  118 tgaatgcagagtggagatcaaaatggtcttgatgggtcataccttgattgctacatgagtgaacaccaagatatttccggtgaagacgtgcaaagacatg 217  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||| ||||| | | |||| |  ||||||||||    
T  2603069 tgaatgcagagtgtagatcaaaacggtcttgatgggtcatatctagattgctacatgaatgaacaccaagagatttcagctcaagaggcacaaagacatg 2603168  T
Q  218 ttgctcacatgatttcaaatgaatggaaatgtctcaatcaagaaat 263  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2603169 ttgctaacatgatttcaaatgaatggaaacgtctcaatcaagaaat 2603214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 79 - 263
Target Start/End: Original strand, 2599878 - 2600064
Alignment:
Q  79 tgttaaatgtaacgttctaatgataagagttatcatggatg-aatgcagagtggagatcaaaatggtcttgatgggtcatacctt-gattgctacatgag 176  Q
    |||||||||| | |||||||||||| || ||||  | |||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||| |||||||     
T  2599878 tgttaaatgtcatgttctaatgatatgaattattgtcgatgcaatgcagagtttagatcaaaacggtcttgatggatcatatctttgattgttacatgaa 2599977  T
Q  177 tgaacaccaagatatttccggtgaagacgtgcaaagacatgttgctcacatgatttcaaatgaatggaaatgtctcaatcaagaaat 263  Q
    |||||||||||||| | |   |||||| |  ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  2599978 tgaacaccaagatagtacaactgaagaggcacaaaggcatgttgctaacatgatttcaaatgaatggaaacgtctcaaacaagaaat 2600064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 132 - 261
Target Start/End: Original strand, 2591799 - 2591928
Alignment:
Q  132 agatcaaaatggtcttgatgggtcataccttgattgctacatgagtgaacaccaagatatttccggtgaagacgtgcaaagacatgttgctcacatgatt 231  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |   ||||||    ||||| ||||||||||| ||||||    
T  2591799 agatcaaaacggtcttgatggatcatatcttgattgttacatgaatgaacaccaaaatattacaactgaagagacacaaaggcatgttgctcatatgatt 2591898  T
Q  232 tcaaatgaatggaaatgtctcaatcaagaa 261  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  2591899 tcaaatgaatggaaacgtctgaatcaagaa 2591928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University