View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6440_low_1 (Length: 547)

Name: NF6440_low_1
Description: NF6440
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6440_low_1
NF6440_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (7-531)||(34692854-34693378)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (7-531)||(26990597-26991121)
chr2 (14-531)||(27073817-27074335)
chr2 (14-531)||(27029479-27030001)
chr2 (42-531)||(21434764-21435270)
chr2 (95-528)||(27153520-27153960)
chr2 (9-77)||(27030965-27031033)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (83-362)||(50171613-50171892)
chr4 (482-531)||(50172008-50172057)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 513; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 513; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 34693378 - 34692854
Alignment:
Q  7 gacatcatcacaaacacaaaatccttgtaacagaactctttaactaattaccagaaactagtgtattttgacaagaaagttctcctcaggctgcttttgc 106  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34693378 gacatcttcacaaacacaaaatccttgtaacagaactctttaactaattaccagaaactagtgtattttgacaagaaagttctcctcaggctgcttttgc 34693279  T
Q  107 aaaaagaaatttgcagcctctagccaacgacgactaaccaaaaacttcttctcttgcacggcccaccgggactccttagttacaaaatctgtaccaatta 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34693278 aaaaagaaatttgcagcctctagccaacgacgactaaccaaaaacttcttctcttgcacggcccaccgggactccttagttacaaaatctgtaccaatta 34693179  T
Q  207 catgtgtcacagtggggtcaagttttttcaaacaagtagctcctaaccgctctgctatcctcctgagtattcgcaagtcaccacgaaaattaaggctgaa 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34693178 catgtgtcacagtggggtcaagttttttcaaacaagtagctcctaaccgctctgctatcctcctgagtattcgcaagtcaccatgaaaattaaggctgaa 34693079  T
Q  307 aacgatcacacatcctcttaagacttcacctcgaaatgatgacaaaacctggaaaacaagaattgattgcaagcataacataacattatcagaatatgac 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34693078 aacgatcacacatcctcttaagacttcacctcgaaatgatgacaaaacctggaaaacaagaattgattgcaagcataacataacattatcagaatatgac 34692979  T
Q  407 actaggatgacaaattaacttatatttccatcagcaaaatgcacgaaccagaagaatgatgaataaaaagataactaactacctgcctcacatctcgatc 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34692978 actaggatgacaaattaacttatatttccatcagcaaaatgcacgaaccagaagaaagatgaataaaaagataactaactacctgcctcacatctcgatc 34692879  T
Q  507 aacaagatctccttgaagttcctac 531  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  34692878 aacaagatctccttgaagttcctac 34692854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 509; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 509; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 26991121 - 26990597
Alignment:
Q  7 gacatcatcacaaacacaaaatccttgtaacagaactctttaactaattaccagaaactagtgtattttgacaagaaagttctcctcaggctgcttttgc 106  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26991121 gacatcttcacaaacacaaaatccttgtaacagaactctttaactaattaccagaaactagtgtattttgacaagaaagttctcctcaggctgcttttgc 26991022  T
Q  107 aaaaagaaatttgcagcctctagccaacgacgactaaccaaaaacttcttctcttgcacggcccaccgggactccttagttacaaaatctgtaccaatta 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26991021 aaaaagaaatttgcagcctctagccaacgacgactaaccaaaaacttcttctcttgcacggcccaccgggactccttagttacaaaatctgtaccaatta 26990922  T
Q  207 catgtgtcacagtggggtcaagttttttcaaacaagtagctcctaaccgctctgctatcctcctgagtattcgcaagtcaccacgaaaattaaggctgaa 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26990921 catgtgtcacagtggggtcaagttttttcaaacaagtagctcctaaccgctctgctatcctcctgagtattcgcaagtcaccatgaaaattaaggctgaa 26990822  T
Q  307 aacgatcacacatcctcttaagacttcacctcgaaatgatgacaaaacctggaaaacaagaattgattgcaagcataacataacattatcagaatatgac 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26990821 aacgatcacacatcctcttaagacttcacctcgaaatgatgacaaaacctggaaaacaagaattgattgcaagcataacataacattatcagaatatgac 26990722  T
Q  407 actaggatgacaaattaacttatatttccatcagcaaaatgcacgaaccagaagaatgatgaataaaaagataactaactacctgcctcacatctcgatc 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26990721 actaggatgacaaattaacttatatttccatcagcaaaatgcacgaaccagaagaaagatgaataacaagataactaactacctgcctcacatctcgatc 26990622  T
Q  507 aacaagatctccttgaagttcctac 531  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  26990621 aacaagatctccttgaagttcctac 26990597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 427; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 531
Target Start/End: Original strand, 27073817 - 27074335
Alignment:
Q  14 tcacaaacacaaaatccttgtaacagaactctttaactaattaccagaaactagtgtattttgacaa-gaaagttctcctcaggctgcttttgcaaaaag 112  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27073817 tcacaaatacaaaatctttgtaacatcacgctttaactaattaccagaaactagtgtattttgacaaagaaagttctcctcaggctgcttttgcaaaaag 27073916  T
Q  113 aaatttgcagcctctagccaacgacgactaaccaaaaacttcttctcttgcacggcccaccgggactccttagttacaaaatctgtaccaattacatgtg 212  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  27073917 aaatttgcagcctctagccatcgacgattaaccaaaaacttcttttctttcacggcccagcgggactctttagttacaaaatcagtagcaactacatgtg 27074016  T
Q  213 tcacagtggggtcaagttttttcaaacaagtagctcctaaccgctctgctatcctcctgagtattcgcaagtcaccacgaaaattaaggctgaaaacgat 312  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27074017 tcacagtggggtcatgttttttcaaacaagtagctcctaaccgctctgctatcctcctgagtttccgcaagtcaccacgaaaattaaggctgaaaatgat 27074116  T
Q  313 cacacatcctcttaagacttcacctcgaaatgatgacaaaacctggaaaacaagaattgattgcaagcataacataacattatcagaatatgacactagg 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27074117 cacacatcctcttaagacttcaccttgaaatgatgacaaaacctggaaaacaagaattgattgcaagcataacataacattatcagaatatgacactagg 27074216  T
Q  413 atgacaaattaacttatatttccatcagcaaaatgcacgaaccagaagaatgatgaataaaaagataactaactacctgcctcacatctcgatcaacaag 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27074217 atgacaaattaacttatatttccatcagcaaaatgcacaaaccagaagaaagatgaataaaaagataactaactacctgcctcacatctcgatcaacaag 27074316  T
Q  513 atctccttgaagttcctac 531  Q
    |||||||||||||||||||    
T  27074317 atctccttgaagttcctac 27074335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 27030001 - 27029479
Alignment:
Q  14 tcacaaacacaaaatccttgtaacagaactctttaactaattaccagaaactagtgtattttgacaa-gaaagttctcctcaggctgcttttgcaaaaag 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| ||    
T  27030001 tcacaaacacaaaatccttgtaacaacactctttaactaactaccagaaactagtgcattttgacaaagaaagttttcctcaggctgcttttggaaatag 27029902  T
Q  113 aaatttgcagcctctagccaacgacgactaaccaaaaacttcttctcttgcacggcccaccgggactccttagttacaaaatctgtaccaattacatgtg 212  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||| ||||||||    
T  27029901 aaatctgcagcctctagccatcgacgattaaccaaaaacttcttttcttcaacggcccagcgggactctttagttacaaaatcagtagcaactacatgtg 27029802  T
Q  213 tcacagtggggtcaagttttttcaaacaagtagctcctaaccgctctgctatcctcctgagtattcgcaagtcaccacgaaaattaaggctgaaaacgat 312  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  27029801 tcacagtggggtcatgttttttcaaacaagtagctcctaacctctctgctatcctcctgagtattcgcaagtcaccacgaaaattaaggctgaaaacaat 27029702  T
Q  313 cacacatcctcttaagacttcacctcgaaatgatgacaaaacctggaaaacaagaattgattgcaagcataacataacattatcagaatatgacactagg 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27029701 cacacatcctcttaagacttcacctcgaaatgatgacaaaacctggaaaacaagaattgattgcaagcataacataacattatcagaatatgacactagg 27029602  T
Q  413 atgacaaattaactt----atatttccatcagcaaaatgcacgaaccagaagaatgatgaataaaaagataactaactacctgcctcacatctcgatcaa 508  Q
    |||||||||||||||    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27029601 atgacaaattaacttatatatattttcatcaacaaaatgcacgaaccagaagaaagatgaataacaagataactaactacctgcctcacatctcgatcaa 27029502  T
Q  509 caagatctccttgaagttcctac 531  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  27029501 caagatctccttgaagttcctac 27029479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 42 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 21435270 - 21434764
Alignment:
Q  42 ctctttaactaattaccagaaactagtgtatttt---gacaagaaagttctcctcaggctgcttttgcaaaaagaaatttgcagcctctagccaacgacg 138  Q
    |||||||||||||||| || ||||| ||| ||||   |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  21435270 ctctttaactaattacaagtaactattgtgttttcctgacaatgtagttctcctcaggctgcttttgcaaaaagaaatttgaagcctctagccatcgacg 21435171  T
Q  139 actaaccaaaaacttcttctcttgcacggcccaccgggactccttagttacaaaatctgtaccaattacatgtgtcacagtggggtcaagttttttcaaa 238  Q
    | ||||||||||||| || |||| | | ||||||  |||||||| |||||| || ||  || ||| | ||||||||||||||||| |||||| | |||||    
T  21435170 attaaccaaaaacttattttctttctctgcccacatggactcctcagttaccaactcattagcaactgcatgtgtcacagtggggccaagttctgtcaaa 21435071  T
Q  239 caagtagctcctaaccgctctgctatcctcctgagtattcgcaagtc---accacgaaaattaaggctgaaaacgatcacacatcctcttaagacttcac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||   ||||  ||||  |   ||||||||||| | |||||| |||| ||||||||    
T  21435070 caagtagctcctaaccgctctgctatcctcctgagttttcgtaagtcatgaccattaaaagcacaactgaaaacgattatacatccgcttaggacttcac 21434971  T
Q  336 ctcgaaatgatgacaaaacctggaaaacaagaattgattgcaagcataacataacattatcagaatatgacactaggatgacaaattaacttatatttcc 435  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  21434970 ctcgaagtgatgacaaaacctggaaatcatgaattgattgaaagaatgacataacattatcagaatatcaaactaggatgacaagttaactgatatttcc 21434871  T
Q  436 atca--------gcaaaatgcacgaaccagaagaatgatgaat---aaaaagataactaactacctgcctcacatctcgatcaacaagatctccttgaag 524  Q
     |||         |||||||||||||| ||||||| ||| |||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21434870 gtcaacaaaaatacaaaatgcacgaactagaagaaagataaatatcaaaacgataactaactacctgcctcacatctcgatcgacaagatctccttgaag 21434771  T
Q  525 ttcctac 531  Q
    |||||||    
T  21434770 ttcctac 21434764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 95 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 27153960 - 27153520
Alignment:
Q  95 ggctgcttttgcaaaaagaaatttgcagcctctagccaacgacgactaaccaaaaacttcttctcttgcacggcccaccgggactccttagttacaaaat 194  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||| | || || | ||| || |||   |||||||||||||||||      
T  27153960 ggctacttttgcaaaaagaaatttgaagcctctatccatcgacgattaaccaaaaacatattttcgttcactgctcacatagactccttagttacaaacg 27153861  T
Q  195 ctgtaccaattacatgtgtcacagtggggtcaagttttttcaaacaagtagctcctaaccgctctgctatcctcctgagtattcgcaagtca---ccacg 291  Q
    |  || ||| ||||||||||||||||||   ||||| | | |||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||   ||| |    
T  27153860 cattagcaactacatgtgtcacagtgggcctaagttctgttaaatgagtagctcctaaccgctctgctatcttcctgagttttcgtaagtcatgaccatg 27153761  T
Q  292 aaaattaaggctgaaaacgatcacacatcctcttaagacttcacctcgaaatgatgacaaaacctggaaaacaagaattgattgcaagcataacataaca 391  Q
    ||||  |  ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  | | |||||     
T  27153760 aaaagcacagctgaaaacgatcacacatccgcttaggacttcacctcgaagtgatgacaaaacatggaaaacatgaattgattgcaagagtgatataacg 27153661  T
Q  392 ttatcagaatatgacactaggatgacaaattaacttatatttc-catcagcaaaatgcacgaaccagaagaatgatgaat---aaaaagataactaacta 487  Q
    |||||  |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||  || | ||||||||| |||| ||||||| ||| | |   || |||||||||| |||    
T  27153660 ttatcgaaatatctcactaggatcacaaattaacttatatttctaattatcaaaatgcatgaactagaagaaagataactatcaacaagataactagcta 27153561  T
Q  488 cctgcctcacatctcgatcaacaagatctccttgaagttcc 528  Q
     ||||||||  ||| |||| ||||| |||||||||||||||    
T  27153560 tctgcctcatgtcttgatcgacaaggtctccttgaagttcc 27153520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 9 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 27031033 - 27030965
Alignment:
Q  9 catcatcacaaacacaaaatccttgtaacagaactctttaactaattaccagaaactagtgtattttga 77  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27031033 catcttcacaaacacaaaatccttgtaacagcactctttaactaattaccagaaactagtgcattttga 27030965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 56; Significance: 6e-23; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 83 - 362
Target Start/End: Original strand, 50171613 - 50171892
Alignment:
Q  83 aagttctcctcaggctgcttttgcaaaaagaaatttgcagcctctagccaacgacgactaaccaaaaacttcttctcttgcacggcccaccgggactcct 182  Q
    ||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||||||||||| ||| ||  ||  ||||||||||||||| ||||  || |||||||| |||| ||    
T  50171613 aagttctcctctggttgcttttgccaaaagtagtttgcagcctctatccatcggggatgaaccaaaaacttcttttctttaactgcccaccgagacttct 50171712  T
Q  183 tagttacaaaatctgtaccaattacatgtgtcacagtggggtcaagttttttcaaacaagtagctcctaaccgctctgctatcctcctgagtattcgcaa 282  Q
     |||| ||  ||| ||| |||  |||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||| |   |||| || |||||| ||||  || | ||    
T  50171713 cagttccagcatcagtagcaaccacatgtgtcacagtggggtcaagttccatcaaacaggtagctcccatttgctccgcaatcctcttgagagttggtaa 50171812  T
Q  283 gtcaccacgaaaattaaggctgaaaacgatcacacatcctcttaagacttcacctcgaaatgatgacaaaacctggaaaa 362  Q
      ||||| ||  | || ||||||||| ||||||||| || ||||||| ||  |||| || |||||| |||||||||||||    
T  50171813 tgcaccatgattaatacggctgaaaatgatcacacacccgcttaagattttccctctaactgatgataaaacctggaaaa 50171892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 482 - 531
Target Start/End: Original strand, 50172008 - 50172057
Alignment:
Q  482 taactacctgcctcacatctcgatcaacaagatctccttgaagttcctac 531  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  50172008 taactacctgcctcacatctcgatcaacaagatctccttgaagtttctac 50172057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University