View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6446_high_1 (Length: 997)

Name: NF6446_high_1
Description: NF6446
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6446_high_1
NF6446_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (13-981)||(10863296-10864262)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 788; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 788; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 981
Target Start/End: Complemental strand, 10864262 - 10863296
Alignment:
Q  13 caaaggcaaaatgttttgcaaatagcacaacttttaaaatcgctcaacgaacaattacattttgtctcataaggccattcaaaatcctattaaggaagac 112  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  10864262 caaaggcaaaatgttctgcaaatagcacaactcttaaaatcactcaacgaacaattacattttgtctcataaggccattcaaaatcttattaaggaagaa 10864163  T
Q  113 aagtttgaactatccaacaaaaggatggaagagatagccattaatatcgatcctttccaagttatgaagatggtaatggtatcattctcttagcctactt 212  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10864162 aagtttgaactatcccacaaaaggatggaagagatagccattaataacaatcctttccaagttatgaagatggtaatggtatcattctcttagcctactt 10864063  T
Q  213 tgttcagaacgtgtgggaaatagaataaggtgattaataaggtttggaggccaaagtttagatcaaacgagtgcatacaaaaagtcaatcatatagataa 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10864062 tgttcagaacgtgtgggaaatagaataaggtgattaataaggtttgaaggccaaagtttagatcaaacgagttcatacaaaaagtcaatcatatagataa 10863963  T
Q  313 aactgcaatgtttggcagactagccaccacaaacatccaaattttagtgattttggtaatagtaaacctcgtaaggtgggacgacttaccctagacttaa 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||     
T  10863962 aactgcaatgtttggcagactagccaccacaaacatccaaattttagtgattttggtaatagtaaacctcctaaggtgggacggcttaccctagacttag 10863863  T
Q  413 tgcaatggtaaatctccatgtaaagtcctaaaatgtctcaagattctcatagaaaaattggggggcaagataaaacatttgtttcaaacaactggtaaaa 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10863862 tgcaatggtaaatctccatgtaaagtcctaaaatgtctcaaggttctcatagaaaaattggggggcaagatcaaacatttgtttcaaacaactggtaaaa 10863763  T
Q  513 ataaggtggacaaggccaccgtggaagaagggatgccatccatagagatcagtttcgagtacaatgaggagttcatgtcccaacatatgattaaatccct 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10863762 ataaggtggacaaggccaccgtggaagaagggatgccatccctagagatcactgtcaagtacaatgaggagttcatgtcccaacatatgattaaatccct 10863663  T
Q  613 aaccaattttcatgagggataa-----------ttggaaggccaaggagagagcaacacaagttatgaccctcaccaggattcagaagagaaggaaacat 701  Q
    ||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10863662 aaccaattttcatgagggataattggtcgtaaattggaaggccaaggagagagcaacacaagttatgaccctcaccaggattcagaagagaaggaaacat 10863563  T
Q  702 aagaatcaatctttacataagatgaaacaacctctacaactgattaccgaagtccaaagtcaaggtgagaacaagacctcattgcatgaggtgcgggaaa 801  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10863562 aagaatcaatctttacattagatgaaacaaactctacaactgattaccgaagtccaaagtcaaggtgagaacaagacctcattgcatgaggtgcgggaaa 10863463  T
Q  802 tgcttgataaggaatttccattagacgatactaaggcacaattcattgaaagggatgcgacaaagtttctggcccatgatattcgg-aaatcagaatgtg 900  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||               |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10863462 tgcttgataaggaaattccattagacgatacta--------------caaagggatacgacaaagtttttggcccatgatattcggaaaatcagaatgtg 10863377  T
Q  901 atgcaacaaagtatgaaaatatggttgtatcaactgatttctcagagatgggtgatgaagaaagtgacagctatccaaaat 981  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10863376 atgcaacaaagtatgaaaatatggttgtatcaactgatttctcagagatgggtgatgaagaaagtgacagctatccaaaat 10863296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University