View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6448_low_4 (Length: 239)

Name: NF6448_low_4
Description: NF6448
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6448_low_4
NF6448_low_4
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (1-223)||(55146773-55146995)
chr3 (1-223)||(30716085-30716309)
chr3 (1-223)||(48161699-48161921)
chr3 (27-223)||(45031707-45031902)
chr3 (27-223)||(18946165-18946371)
chr3 (127-210)||(183464-183547)
chr3 (26-115)||(37222546-37222635)
chr3 (26-111)||(47867779-47867864)
chr3 (36-143)||(4950620-4950726)
chr3 (47-209)||(53562154-53562315)
chr3 (63-96)||(18894101-18894134)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (1-223)||(19870678-19870899)
chr5 (56-223)||(9042036-9042213)
chr5 (19-210)||(10826711-10826903)
chr5 (26-209)||(7250281-7250464)
chr5 (1-65)||(9042232-9042296)
chr5 (14-159)||(42449715-42449860)
chr5 (14-210)||(23062418-23062613)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-223)||(39390535-39390755)
chr4 (14-223)||(55741089-55741298)
chr4 (14-210)||(31302486-31302681)
chr4 (26-143)||(12028067-12028184)
chr4 (36-210)||(54603850-54604023)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (1-223)||(40614375-40614597)
chr2 (26-215)||(19508050-19508239)
chr2 (26-115)||(26170638-26170727)
chr2 (19-115)||(29899370-29899466)
chr2 (36-139)||(34457196-34457297)
chr2 (64-215)||(21831310-21831460)
chr2 (45-140)||(2121007-2121101)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (1-223)||(5614020-5614254)
chr6 (1-223)||(1259702-1259934)
chr6 (18-210)||(19273358-19273552)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (1-223)||(46529126-46529358)
chr7 (14-210)||(3938681-3938877)
chr7 (27-215)||(13953112-13953300)
chr7 (48-215)||(28510416-28510583)
chr7 (65-223)||(41957980-41958149)
chr7 (65-223)||(1804695-1804864)
chr7 (36-161)||(11409389-11409514)
chr7 (36-210)||(17733721-17733895)
chr7 (36-210)||(31592594-31592768)
chr7 (68-143)||(45414538-45414612)
chr7 (36-94)||(2393261-2393319)
[»] scaffold0013 (1 HSPs)
scaffold0013 (14-221)||(86554-86766)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (14-210)||(31385547-31385744)
chr1 (19-143)||(42465057-42465181)
chr1 (19-210)||(15292442-15292632)
chr1 (36-210)||(46200828-46201002)
chr1 (36-143)||(13706347-13706453)
chr1 (14-210)||(42058288-42058483)
chr1 (19-80)||(27108852-27108913)
chr1 (36-210)||(18239704-18239874)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (26-210)||(1550818-1551002)
chr8 (14-210)||(44119057-44119254)
chr8 (14-210)||(23877917-23878109)
chr8 (29-185)||(21551423-21551578)
chr8 (29-185)||(21552469-21552624)
chr8 (36-210)||(20495185-20495359)
chr8 (36-143)||(23718425-23718531)
chr8 (63-209)||(42100404-42100549)
[»] scaffold1813 (1 HSPs)
scaffold1813 (36-143)||(577-683)
[»] scaffold0184 (1 HSPs)
scaffold0184 (36-210)||(28299-28473)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (36-210)||(44371-44545)
[»] scaffold0251 (1 HSPs)
scaffold0251 (36-209)||(1708-1881)
[»] scaffold0916 (1 HSPs)
scaffold0916 (65-221)||(503-659)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 55146773 - 55146995
Alignment:
Q  1 caaacttgtacttcacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  55146773 caaacttgtacttcacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttctttagggtgtt 55146872  T
Q  101 agttttcataattttgagccaaatgttagttttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55146873 agttttcataattttgagccaaatgttagttttaggttaggttaggaaattgaaaattaaacttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaat 55146972  T
Q  201 tgttgtttagtgtaaatgtaggt 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  55146973 tgttgtttagtgtaaatgtaggt 55146995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 30716085 - 30716309
Alignment:
Q  1 caaacttgtacttcacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30716085 caaacttgtacttcacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcagtgtagtttgtttagggtgtt 30716184  T
Q  101 agttttcataattttgagccaaatgttagttttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctgga-- 198  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |      
T  30716185 agttttcataattttgagtcaaatgttagttttaggttaggttagaaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattatttatgctgaatt 30716284  T
Q  199 attgttgtttagtgtaaatgtaggt 223  Q
     ||||||||||||||||||||||||    
T  30716285 gttgttgtttagtgtaaatgtaggt 30716309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 48161699 - 48161921
Alignment:
Q  1 caaacttgtacttcacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48161699 caaacttgtacttcacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcataagtaagttcttttcttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgtt 48161798  T
Q  101 agttttcataattttgagccaaatgttagttttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaat 200  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||| | | ||||||||||||| |||    
T  48161799 agttttcataaatttgagcaaaatgttagttttaggttaggttagaaaattgaaaattaagcatgatttagatgctttgatggattgtttatgctgtaat 48161898  T
Q  201 tgttgtttagtgtaaatgtaggt 223  Q
    |||||||||| |  |||||||||    
T  48161899 tgttgtttagagacaatgtaggt 48161921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 27 - 223
Target Start/End: Original strand, 45031707 - 45031902
Alignment:
Q  27 caaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgt 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  45031707 caaatttcatcaattaattcacaagtaagttatttccttcctgtttacatgcaatgtagtttgtttaggatgttagttttcataaatttgagcaaaatgt 45031806  T
Q  127 tagttttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttagtgtaaatgtaggt 223  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  || | | |||||||||| || |||||||| |||| |  |||||||||    
T  45031807 tagttttaggttaggttagaaaattgaaaattaagcatgatttagatg-cttgatggattgtttatgttgtaattgttgcttagagacaatgtaggt 45031902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 27 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 18946371 - 18946165
Alignment:
Q  27 caaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgt 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  18946371 caaatttcatcaattaattcacaagtaagttatttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataaatttgagcaaaatgt 18946272  T
Q  127 tagtt----------ttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttagtgtaaa 216  Q
    |||||          |||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  | | |||||||||| || ||||||||||||| |  ||    
T  18946271 tagttttagatagttttaggttatgttagaaaattgaaaattaagcatgatttagatgtttagatggattgtttatgatgtaattgttgtttagagacaa 18946172  T
Q  217 tgtaggt 223  Q
    |||||||    
T  18946171 tgtaggt 18946165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 127 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 183547 - 183464
Alignment:
Q  127 tagttttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttag 210  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  183547 tagttttaggttaggttagaaaattgaaaattaagcatgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttag 183464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 26 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 37222635 - 37222546
Alignment:
Q  26 ccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataatttt 115  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||| | || |||| |||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  37222635 ccaaatttcatcaattaatttacaagaaagtacctttcttcttatttacatgcaatgtaggtttcttagggtgttagttttcataatttt 37222546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 26 - 111
Target Start/End: Original strand, 47867779 - 47867864
Alignment:
Q  26 ccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataa 111  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||| | || |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  47867779 ccaaatttcatcaattaattcactggtaagtacctttcttcttatttacatgcaatgtaggttgcttagggtgttagttttcataa 47867864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 36 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 4950726 - 4950620
Alignment:
Q  36 tcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgttagt-ttta 134  Q
    |||| ||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||    
T  4950726 tcaagtaaatcacaagtaagttattttctttctatttacatgcaaggtagtttgtttagggtgtta-ttttcataatttt-agcaaaacgttagtgttta 4950629  T
Q  135 ggttaggtt 143  Q
    |||||||||    
T  4950628 ggttaggtt 4950620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 47 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 53562315 - 53562154
Alignment:
Q  47 acaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgttagt-tttaggttaggttag 145  Q
    |||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||| | |||||||||||||      
T  53562315 acaagtaagtacctttcttcctatttacatgcaatgtaggttgtttagggtgtt-gttttcataatttt-agcaaaatgttaatgtttaggttaggttta 53562218  T
Q  146 gaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgttta 209  Q
     |||||| |||||| | | || || |||||| ||| || | |||| |||||| ||| |||||||    
T  53562217 aaaattgcaaattatgttagaatttgatgttataatgtttggtttttgctggcattattgttta 53562154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 63 - 96
Target Start/End: Original strand, 18894101 - 18894134
Alignment:
Q  63 cttcctatttacatgcaatgtagtttgtttaggg 96  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18894101 cttcctatttacatgcaatgtaggttgtttaggg 18894134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 19870678 - 19870899
Alignment:
Q  1 caaacttgtacttcacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19870678 caaacttgtacttcacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttatttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagagtgtt 19870777  T
Q  101 agttttcataattttgagccaaatgttagttttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaat 200  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19870778 agttttcataattttgagtaaaatgttagttttaggttaggttagaaaattgaaaattaagtttgatttagatgttttaaagtattgtttatgct-gaat 19870876  T
Q  201 tgttgtttagtgtaaatgtaggt 223  Q
    |||||||||||||||| ||||||    
T  19870877 tgttgtttagtgtaaaagtaggt 19870899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 56 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 9042213 - 9042036
Alignment:
Q  56 ttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgttagttttag----------gttaggttag 145  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||          ||||||||||    
T  9042213 ttctttcctttctatttacatgtaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataaatttgagcaaaatgttagttttaggtagttttatgttaggttag 9042114  T
Q  146 gaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttagtgtaaatgtaggt 223  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||| ||| | | |||||||||| || ||||||||||||| |  |||||||||    
T  9042113 aaaattgaaaattaagcatgatttagatgctttgatggattgtttatgatgtaattgttgtttagagacaatgtaggt 9042036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 19 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 10826903 - 10826711
Alignment:
Q  19 atttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgag 118  Q
    ||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10826903 atttgagccaaatttcttcaagtaattaacaagtaagttattttcttcctatttacatgcaatgtaggttgtttagggtgttagttttcataatttt-ag 10826805  T
Q  119 ccaaatgttagt-tttaggttagg-ttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttag 210  Q
    | |||  ||||| ||||||||||| ||  ||||||| |||||| | | || || |||||| ||| |||  |||| |||||| ||||||||||||    
T  10826804 caaaactttagtgtttaggttaggtttttgaaattgcaaattatgttagaatttgatgttataatgtagagtttttgctggcattgttgtttag 10826711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 26 - 209
Target Start/End: Original strand, 7250281 - 7250464
Alignment:
Q  26 ccaaatttcatcaattaattcacaagtaagt-tctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaat 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||     
T  7250281 ccaaatttcatcaattaattcacaagtaagtatcttt-cttcttatttacatgcaatgtaggttgcttagggtgttagttttcataatttt-agcaaaac 7250378  T
Q  125 gttagt-tttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgttta 209  Q
     ||||| |||||||||||||   |||||| |||||| | | || || |||||| ||| || | |||| |||||| |||||||||||    
T  7250379 tttagtgtttaggttaggtttaaaaattgcaaattatgttagaatttgatgttataatgtttggtttttgctggcattgttgttta 7250464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 9042296 - 9042232
Alignment:
Q  1 caaacttgtacttcacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttcctt 65  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9042296 caaacttgtacttcacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttcctt 9042232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 14 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 42449860 - 42449715
Alignment:
Q  14 cacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataatt 113  Q
    |||| ||||| | |||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42449860 cacggatttgagtcaaatttcttcaagtaattaacaagtaagttattttctttctatttgcatgcaatgtaggttgtttagggtgttagttttcataatt 42449761  T
Q  114 ttgagccaaatgttagt-tttaggttaggttaggaaattgaaaatta 159  Q
    || ||| |||  ||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||    
T  42449760 tt-agcaaaactttagtgtttaggttaggttttgaaattgcaaatta 42449715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 14 - 210
Target Start/End: Original strand, 23062418 - 23062613
Alignment:
Q  14 cacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataatt 113  Q
    |||| ||||| || ||||||  |||| ||||| ||||||||||| |||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23062418 cacggatttgagctaaatttgttcaagtaattaacaagtaagttattttatttctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgtta-ttttcataatt 23062516  T
Q  114 ttgagccaaatgttagt-tttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttag 210  Q
    || ||| |||||||| | |||||||||||||   |||||| |||||| | | || || |||||| ||| || |  ||| |||||| ||||||||||||    
T  23062517 tt-agcaaaatgttattgtttaggttaggtttaaaaattgtaaattatgttagaatttgatgttataatgtttgatttttgctggcattgttgtttag 23062613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 39390755 - 39390535
Alignment:
Q  1 caaacttgtacttcacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39390755 caaacttgtacttcacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttccttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgtt 39390656  T
Q  101 agttttcataattttgagccaaatgttagttttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaat 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||  ||||||    
T  39390655 agttttcataattttgagcaaaatgttagttttaggttaggttaaaaaattaaaaattaagcttgatttag--gttttaaagtattgtttattatggaat 39390558  T
Q  201 tgttgtttagtgtaaatgtaggt 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  39390557 tgttgtttagtgtaaatgtaggt 39390535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 14 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 55741298 - 55741089
Alignment:
Q  14 cacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataatt 113  Q
    |||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55741298 cacgaagttgagcccaatttcttcaattaattcacaagaaagttcttttcttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataatt 55741199  T
Q  114 ttgagccaaatgttagttttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttagtgt 213  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||| ||| |   ||||||||||||| |||| |||||||| ||    
T  55741198 ttgagcaaaatgttagttttaggttaggttagaaaattgcaaattatgcatgatttagatgatttgattgattgtttatgctgtaattcttgtttagagt 55741099  T
Q  214 aaatgtaggt 223  Q
    ||||||||||    
T  55741098 aaatgtaggt 55741089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 14 - 210
Target Start/End: Original strand, 31302486 - 31302681
Alignment:
Q  14 cacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataatt 113  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31302486 cacggatttgagccaaatttcttcaagtaattaacaagtaagttattttatttctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgtta-ttttcataatt 31302584  T
Q  114 ttgagccaaatgttagt-tttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttag 210  Q
    || ||| |||||||||| |||||||||||||   |||||| |||||| | | || || |||||| ||| || |  ||| |||||| ||||||||||||    
T  31302585 tt-agcaaaatgttagtgtttaggttaggtttaaaaattgcaaattatgttagaatttgatgttataatgtttgttttttgctggcattgttgtttag 31302681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 26 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 12028184 - 12028067
Alignment:
Q  26 ccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatg 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||      
T  12028184 ccaaatttcatcaattaattcacaagtaagtacctttcttcttatttacatgcaatgtaggttgcttagggtgttagttttcataatttt-agcaaaact 12028086  T
Q  126 ttagt-tttaggttaggtt 143  Q
    ||||| |||||||||||||    
T  12028085 ttagtgtttaggttaggtt 12028067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 36 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 54604023 - 54603850
Alignment:
Q  36 tcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgtt--agtttt 133  Q
    |||| ||| |||||||||||| | || ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||   | |||    
T  54604023 tcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctatttacaagcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataatttt-agcaaaatgtttagggttt 54603926  T
Q  134 aggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttag 210  Q
    ||||||||||   |||||  |||||| | | || ||||||||| |||   |||||||||||||| ||||||||||||    
T  54603925 aggttaggtt-taaaatttcaaattatgatagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggcattgttgtttag 54603850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 175; Significance: 2e-94; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 40614597 - 40614375
Alignment:
Q  1 caaacttgtacttcacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgtt 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40614597 caaacttttacttcacgaatttgcgcccaatgtcttcgattaattcacaagtaagttctttccttcctatatacatgcaatgtagtttgtttagggtgtt 40614498  T
Q  101 agttttcataattttgagccaaatgttagttttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaat 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40614497 agttttcataattttgagcaaaatattagttttaggttaggttagaaaattgaaaattaagcatgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaat 40614398  T
Q  201 tgttgtttagtgtaaatgtaggt 223  Q
    |||||||||  ||||||||||||    
T  40614397 tgttgtttatagtaaatgtaggt 40614375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 26 - 215
Target Start/End: Original strand, 19508050 - 19508239
Alignment:
Q  26 ccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatg 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  19508050 ccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtactttgtttagggtgttagtttttataattttgagcaaaatg 19508149  T
Q  126 ttagttttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttagtgtaa 215  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||| || ||||||||||| ||| | | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  19508150 ttagttttaggttaggttagaaaattgcaaattatgcatgatttagatgctttgatggattgtttatgctggaattgatgtttagagtaa 19508239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 26 - 115
Target Start/End: Original strand, 26170638 - 26170727
Alignment:
Q  26 ccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataatttt 115  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26170638 ccaaatttcatcaattaactcacaagtaagttcttttcttcttatttacatgcaatgtaggttgtttagggtgttagttctcataatttt 26170727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 19 - 115
Target Start/End: Original strand, 29899370 - 29899466
Alignment:
Q  19 atttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataatttt 115  Q
    ||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29899370 atttgagccaaatttcttcaagtaattaacaagtatgttattttcttcctatttcaatgcaatgtaggttgtttagggtgttagttttcataatttt 29899466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 36 - 139
Target Start/End: Original strand, 34457196 - 34457297
Alignment:
Q  36 tcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgttagt-ttta 134  Q
    |||| ||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  ||| |||||||||| ||||    
T  34457196 tcaagtaaatcacaagtaagttattttctttctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgtta-ttttcataatat--agcaaaatgttagtattta 34457292  T
Q  135 ggtta 139  Q
    |||||    
T  34457293 ggtta 34457297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 64 - 215
Target Start/End: Original strand, 21831310 - 21831460
Alignment:
Q  64 ttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgttagt-tttaggttaggttaggaaattgaaaattaagc 162  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||  ||||||| |||||| |     
T  21831310 ttcctatttacatgcaatgaaggttgtttagggtgtta-tattcataatttt-agcaaaatgttagtggttaggttaggtttagaaattgcaaattatga 21831407  T
Q  163 ttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttagtgtaa 215  Q
    | || ||  ||||| ||| | |||||||||||||| ||||||| |||| ||||    
T  21831408 tagaatttaatgttgtaatggattgtttatgctggcattgttgcttagagtaa 21831460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 45 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 2121101 - 2121007
Alignment:
Q  45 tcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgttagt-tttaggttag 140  Q
    ||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||    
T  2121101 tcacaagtaagtatatttcttcctatttacatgcaatgtaggttgttcagggtgtta-ttttcataatttt-agcaaaatgttagtgtttaggttag 2121007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 157; Significance: 1e-83; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 5614020 - 5614254
Alignment:
Q  1 caaacttgtacttcacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5614020 caaacttgtacttcacgaatttgcaccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtctgtttagggtgtt 5614119  T
Q  101 agttttcataattttgagccaaatgt----------tagttttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttaga--tgttttaaagtattgt 188  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||          ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  5614120 agttttcataagtttgagcaaaatgttagttttaggtagttttaggttaggttagaaaattgaaaattaagcttgatttagattttttttaaagtattgt 5614219  T
Q  189 ttatgctggaattgttgtttagtgtaaatgtaggt 223  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  5614220 ttatgctggaattgttgtttactataaatgtaggt 5614254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 1259934 - 1259702
Alignment:
Q  1 caaacttgtacttcacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgtt 100  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1259934 caaacttctactccacgaatttgcgcccaatttcttcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttatatgcaatgtagtttgtttagggtgtt 1259835  T
Q  101 agttttcataattttgagccaaatgttagtt----------ttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgttt 190  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||          |||||||| ||||| |||||| |||||| || ||||||||||| ||| | | |||||||    
T  1259834 agtttttataattttgagcaaaatgttagttttagatagttttaggttaagttagaaaattgcaaattatgcatgatttagatgctttgatggattgttt 1259735  T
Q  191 atgctggaattgttgtttagtgtaaatgtaggt 223  Q
    ||| || ||||||||||||| |||| |||||||    
T  1259734 atgttgtaattgttgtttagagtaagtgtaggt 1259702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 19273552 - 19273358
Alignment:
Q  18 aatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttga 117  Q
    |||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |        ||||||||||    
T  19273552 aatttgagcccaatttcttcaattaattcacaagtaagttttttccttcatatttacatgcaatgtagtttgtttagggttt--------ataattttga 19273461  T
Q  118 gccaaatgttagttttaggt----------taggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtt 207  Q
    || |||||||||||||||||          |||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19273460 gcaaaatgttagttttaggtagtttcaggttaggttagaaaattgaaaattaagcataatttagatgttttaatgtattgtttatgctggaattgttgtt 19273361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 46529358 - 46529126
Alignment:
Q  1 caaacttgtacttcacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgtt 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  46529358 caaacttgtatttcacgaatttgcgctaaatttcatcaattaattcacaagtaagttatttccttcctatttaaatgcaatgtagtttgtttagggtgtt 46529259  T
Q  101 agttttcataattttgagccaaatgttagttttag----------gttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgttt 190  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||          |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||| | | |||||||    
T  46529258 agttttcataaatttgagcaaaatgttagttttagatagttttaagttaggttagaaaattgaaaattaagcatgatttagatgctttgatggattgttt 46529159  T
Q  191 atgctggaattgttgtttagtgtaaatgtaggt 223  Q
    ||| || ||||||||||||| |  |||||||||    
T  46529158 atgttgtaattgttgtttagagacaatgtaggt 46529126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 14 - 210
Target Start/End: Original strand, 3938681 - 3938877
Alignment:
Q  14 cacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataatt 113  Q
    |||||||||| ||| |||||| | || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3938681 cacgaatttgagcccaatttctttaactaattcacaagtaagttcttttcttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataatt 3938780  T
Q  114 ttgagccaaatgttagttttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttag 210  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||  |||||| ||||||| ||||    
T  3938781 ttgagcaaaatgctagttttaggttaggttagaaaattaaaaattaagcatggtttagatgttttaatgtatttttgttgctggtattgttgattag 3938877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 27 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 13953300 - 13953112
Alignment:
Q  27 caaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgt 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||| |||||||| ||||||    
T  13953300 caaatttcatcaattaattcacaagtaagttatattcttcatatttacaagcaatgtagtttgtttaaggttttattttacatatttttgagcaaaatgt 13953201  T
Q  127 tagttttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttagtgtaa 215  Q
    |||||| |  ||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  13953200 tagtttcacattaggttataaaattgaaaattaagcatgatttagatgttttaatgtattgtttatgctagaattgttgtttagagtaa 13953112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 48 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 28510583 - 28510416
Alignment:
Q  48 caagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgttagttttaggttaggttagga 147  Q
    |||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||  |    
T  28510583 caagtaagtcattttcttcctatttacatgcaatgtaggttgtttagggctttattttacttaattttgagcaaaatgttagttttaggtttggttaaaa 28510484  T
Q  148 aattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttagtgtaa 215  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| |||| ||||    
T  28510483 aattgcaaattaagcatgatttagatgttttaatgtattgttgttgctggaattgttgattagagtaa 28510416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 65 - 223
Target Start/End: Original strand, 41957980 - 41958149
Alignment:
Q  65 tcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaa-tgttagt----------tttaggttaggttaggaaattga 153  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |  |||| |||||||          ||||||||||||||| |||||||    
T  41957980 tcctatttagatgcaatgtagtttgtttagggtgctagttttcataatttttattcaaaatgttagttttagatagttttaggttaggttagaaaattga 41958079  T
Q  154 aaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttagtgtaaatgtaggt 223  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  41958080 aaattaagcatgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttagagacaatgtaggt 41958149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 65 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 1804864 - 1804695
Alignment:
Q  65 tcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaa-tgttagttttag----------gttaggttaggaaattga 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||          |||||||||| ||||| |    
T  1804864 tcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgctagttttcataatttttattcaaaatgttagttttagatagttttaggttaggttagaaaattaa 1804765  T
Q  154 aaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttagtgtaaatgtaggt 223  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  1804764 aaattaagcatgatttagatgttttaaagtatcatttatgctggaattgttgtttagagacaatgtaggt 1804695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 36 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 11409514 - 11409389
Alignment:
Q  36 tcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgttagttttag 135  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||| |   ||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||||    
T  11409514 tcaagtaaatcacaagtaagttcttttctttcgatttacatgcaatgtaggttgtttatgactttattttacttaattttgagcaaaatgttagttttag 11409415  T
Q  136 gttaggttaggaaattgaaaattaag 161  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||    
T  11409414 gttaggttagaaaattgcaaattaag 11409389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 36 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 17733895 - 17733721
Alignment:
Q  36 tcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgtt--agtttt 133  Q
    |||| ||| |||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||| |||||||   | |||    
T  17733895 tcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctatttacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttaataatttt-agcaaaatgtttagggttt 17733798  T
Q  134 aggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttag 210  Q
    ||||||||||   || ||| |||||| | | || ||||||||| |||   |||||||||||||| ||||||||||||    
T  17733797 aggttaggtttaaaatttgcaaattatgatagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggcattgttgtttag 17733721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 36 - 210
Target Start/End: Original strand, 31592594 - 31592768
Alignment:
Q  36 tcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgtt--agtttt 133  Q
    |||| ||| |||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||   | |||    
T  31592594 tcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctatttacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataatttt-agcaaattgtttagggttt 31592691  T
Q  134 aggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttag 210  Q
    ||||||||||   |||||| ||||||   | || ||||||||| |||   |||||||||||||| ||||||||||||    
T  31592692 aggttaggtttaaaaattgcaaattattatagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggcattgttgtttag 31592768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 68 - 143
Target Start/End: Original strand, 45414538 - 45414612
Alignment:
Q  68 tatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgttagt-tttaggttaggtt 143  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||    
T  45414538 tatttacacgcaatgtagtttgtttagggtgtta-ttttcataatttt-agcaaaatgttagtgcttaggttaggtt 45414612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 36 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 2393319 - 2393261
Alignment:
Q  36 tcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttag 94  Q
    |||| ||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2393319 tcaagtaaatcacaagtaagtcattttcttcctatttacatgcaatgtagcttgtttag 2393261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 14 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 86766 - 86554
Alignment:
Q  14 cacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaag-----ttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttca 108  Q
    |||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||     |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  86766 cacgaatttgagcccaatttcttcaattaattcacaagtaagctcttttcttttcttcctatttacatacaatgtaggttgtttagggtgttagttttca 86667  T
Q  109 taattttgagccaaa-tgttagttttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtt 207  Q
    ||||||| ||| ||| ||| |  ||||||||||||| | |||||   ||||| |  ||| ||||||||| ||| | |||||||||||| |||||||||||    
T  86666 taatttt-agcaaaattgtaatgtttaggttaggtttgaaaattactaattatgagtgaattagatgttgtaatggattgtttatgctagaattgttgtt 86568  T
Q  208 tagtgtaaatgtag 221  Q
    ||| |||| |||||    
T  86567 tagagtaagtgtag 86554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 75; Significance: 1e-34; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 14 - 210
Target Start/End: Original strand, 31385547 - 31385744
Alignment:
Q  14 cacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataatt 113  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31385547 cacggatttgagccaaatttcttcaagtaattaacaagtaagttattttcttcctatttacatgcaatgtaggttgtttagggtgttagttttcataatt 31385646  T
Q  114 ttgagccaaatgttagt-tttaggttagg-ttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttag 210  Q
    || ||| |||  ||||| ||||||||||| ||  ||||||| |||||| | | || || |||||| ||| |||  |||| |||||| ||||||||||||    
T  31385647 tt-agcaaaactttagtgtttaggttaggtttttgaaattgcaaattatgttagaatttgatgttataatgtagggtttttgctggcattgttgtttag 31385744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 42465181 - 42465057
Alignment:
Q  19 atttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgag 118  Q
    ||||||| |||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  42465181 atttgcgtcaaatttcttcaagtaattaacaagtaagttattttcttcctatttacatgaaatgtaggttgtttagggtgttagttttcataatttt-ag 42465083  T
Q  119 ccaaatgttagt-tttaggttaggtt 143  Q
    | |||| ||||| |||||||||||||    
T  42465082 caaaattttagtgtttaggttaggtt 42465057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 19 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 15292632 - 15292442
Alignment:
Q  19 atttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgag 118  Q
    ||||| |||||||||  |||| ||||| ||||||||||| |||  ||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  15292632 atttgagccaaatttgttcaagtaattaacaagtaagttattttatttttatttacatgcattgtagtttgtttagggtgtta-ttttcataatttt-ag 15292535  T
Q  119 ccaaatgttagt-tttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttag 210  Q
    | |||||||||| |||||||||||||   |||||| |||||| | | || || |||||| ||| || | |||| |||||| ||||||||||||    
T  15292534 caaaatgttagtatttaggttaggtttaaaaattgcaaattatgttagaatttgatgttataatgtttggtttttgctggcattgttgtttag 15292442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 36 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 46201002 - 46200828
Alignment:
Q  36 tcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgtt--agtttt 133  Q
    |||| ||| |||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||   | |||    
T  46201002 tcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctatttacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataatttt-agcaaaatgtttagggttt 46200905  T
Q  134 aggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttag 210  Q
    ||||||| ||   |||||| |||||| | | || ||||||||| |||   |||||||| ||||| ||||||||||||    
T  46200904 aggttagatttaaaaattgcaaattatgatagaattagatgttgtaattgattgtttaggctggcattgttgtttag 46200828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 36 - 143
Target Start/End: Original strand, 13706347 - 13706453
Alignment:
Q  36 tcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgttagt-ttta 134  Q
    |||| ||| ||| ||||||||| |||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| ||||    
T  13706347 tcaagtaaatcataagtaagttattttgtttctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgtta-ttttcataatttt-agcaaaatgttagtgttta 13706444  T
Q  135 ggttaggtt 143  Q
    |||||||||    
T  13706445 ggttaggtt 13706453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 14 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 42058483 - 42058288
Alignment:
Q  14 cacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataatt 113  Q
    |||| ||||| |||||||||  |||| ||||| ||||||||||| |||  || |||||||||||||| ||||||||||||| || ||| ||||||||  |    
T  42058483 cacggatttgagccaaatttgttcaagtaattaacaagtaagttattttatttctatttacatgcaacgtagtttgtttagagtatta-ttttcataggt 42058385  T
Q  114 ttgagccaaatgttagt-tttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttag 210  Q
    || ||| |||||||||| |||||||||||||   |||||| |||||| | | || || |||||| ||| || | |||| |||||| ||||||||||||    
T  42058384 tt-agcaaaatgttagtgtttaggttaggtttaaaaattgcaaattatgttagaatttgatgttataatgtttggtttttgctggcattgttgtttag 42058288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 27108913 - 27108852
Alignment:
Q  19 atttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaa 80  Q
    ||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  27108913 atttgagccaaatttcttcaagtaattaacaagtaagttattttcttcctatttacatgcaa 27108852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 36 - 210
Target Start/End: Original strand, 18239704 - 18239874
Alignment:
Q  36 tcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatg-ttagtttta 134  Q
    |||| ||| |||||||||||| | || | |||||||||| |||||||||| |||||||||||     |||| |||||||| ||| ||||| |||| ||||    
T  18239704 tcaagtaaatcacaagtaagtacctttcatcctatttacttgcaatgtaggttgtttagggt----atttttataatttt-agcaaaatgtttaggttta 18239798  T
Q  135 ggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttag 210  Q
    |||||||||   |||||| |||||| | | || ||||||||| |||   ||| |||||||||  ||||||||||||    
T  18239799 ggttaggtttaaaaattgcaaattatgatagaattagatgttgtaattgattttttatgctgacattgttgtttag 18239874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 67; Significance: 7e-30; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 26 - 210
Target Start/End: Original strand, 1550818 - 1551002
Alignment:
Q  26 ccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatg 125  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||      
T  1550818 ccaaatttcatcaat-aattcacaagtaagttattttcttcctatttacatgcaatgtagattgtttagggtattagttttcataatttt-agcaaaact 1550915  T
Q  126 ttagt-tttaggttagg-ttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttag 210  Q
    ||||| |||| |||||| ||  ||||||| |||||| | | || || |||||| |||||||| |||  |||| | ||||||||||||    
T  1550916 ttagtgtttatgttaggtttttgaaattgcaaattatgatagaatttgatgttataaagtatagttcttgctcgcattgttgtttag 1551002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 14 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 44119254 - 44119057
Alignment:
Q  14 cacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataatt 113  Q
    |||| ||||| ||||| |||| |||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  44119254 cacggatttgagccaactttcttcaagtaattaacaagtaagttattttcttcctatttacatgcaatgtaggttgtttagggtgttagttttcatagtt 44119155  T
Q  114 ttgagccaaatgttagt-tttaggttagg-ttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttag 210  Q
    || ||| |||  ||||| ||||||||||| ||  |||||||||||||| | | || || |||||| ||| |||  |||| || ||| ||||||||||||    
T  44119154 tt-agcaaaactttagtgtttaggttaggtttttgaaattgaaaattatgttagaatttgatgttataatgtagggtttttgttggcattgttgtttag 44119057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 14 - 210
Target Start/End: Original strand, 23877917 - 23878109
Alignment:
Q  14 cacgaatttgcgccaaatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataatt 113  Q
    |||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||||    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  23877917 cacgaatttgagcccaattttttcaattaattcacaagt----tcttttcttcctatttacatgcaatgtagattgtttagggtgttagtttttataatt 23878012  T
Q  114 ttgagccaaatgttagt-tttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttag 210  Q
    || ||| |||| ||||| |||| |||||||| | |||||   ||||| |  ||| ||||||||| | | | ||||||||||| | |||||||||||||    
T  23878013 tt-agcaaaattttagtgtttaagttaggtttgaaaatttctaattatgagtgaattagatgttgtgatggattgtttatgcagaaattgttgtttag 23878109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 29 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 21551578 - 21551423
Alignment:
Q  29 aatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgtta 128  Q
    |||||| |||| ||| |||||| |||||  ||| |||||||||||||||||| | || |||||||| || ||| ||| | |||||||  || || |||||    
T  21551578 aatttcttcaagtaaatcacaa-taagtcattttcttcctatttacatgcaacggaggttgtttagtgttttattttgcttaatttttcgcaaattgtta 21551480  T
Q  129 gttttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtat 185  Q
    ||||| |||||||||||  ||||  |||||||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  21551479 gtttttggttaggttagagaatttcaaattaagcttgattttgatgttataatgtat 21551423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 29 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 21552624 - 21552469
Alignment:
Q  29 aatttcatcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgtta 128  Q
    |||||| |||| ||| |||||| |||||  ||| |||||||||||||||||| | || |||||||| || ||| ||| | |||||||  || || |||||    
T  21552624 aatttcttcaagtaaatcacaa-taagtcattttcttcctatttacatgcaacggaggttgtttagtgttttattttgcttaatttttcgcaaattgtta 21552526  T
Q  129 gttttaggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtat 185  Q
    ||||| |||||||||||  ||||  |||||||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  21552525 gtttttggttaggttagagaatttcaaattaagcttgattttgatgttataatgtat 21552469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 36 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 20495359 - 20495185
Alignment:
Q  36 tcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgtt--agtttt 133  Q
    |||| ||| |||||||||||| | || | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||   | |||    
T  20495359 tcaactaaatcacaagtaagtacctttcctcctatttacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-tattcataatttt-agcaaaatgtttatggttt 20495262  T
Q  134 aggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttag 210  Q
    |||||| |||   |||||| |||||| | | || ||||||||| |||   ||| |||||| ||| ||||||||||||    
T  20495261 aggttaagtttaaaaattgtaaattatgatagaattagatgttgtaattgattttttatgttggcattgttgtttag 20495185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 36 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 23718531 - 23718425
Alignment:
Q  36 tcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgttagt-ttta 134  Q
    |||| ||| |||||| ||||| | || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  || ||||||||||||| ||| |||||||||| || |    
T  23718531 tcaagtaaatcacaaataagtacctttcttcctatttacatgcaatgtaggttgtttagggttgta-ttttcataatttt-agcaaaatgttagtgttga 23718434  T
Q  135 ggttaggtt 143  Q
    |||||||||    
T  23718433 ggttaggtt 23718425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 63 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 42100549 - 42100404
Alignment:
Q  63 cttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatg-ttagttttaggttaggttaggaaattgaaaattaag 161  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||  |||||||| |||   |||||| |||||| |    
T  42100549 cttcctatttacatgcaatgtaggttatttagggtgtta-ttttcataatttt-agcaaaatgtttagggttaggttatgtttaaaaattgcaaattatg 42100452  T
Q  162 cttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgttta 209  Q
     | || ||||||||| |||   |||||||||| | | |||||||||||    
T  42100451 atagaattagatgttgtaagtgattgtttatgtttgcattgttgttta 42100404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1813 (Bit Score: 57; Significance: 6e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold1813
Description:

Target: scaffold1813; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 36 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 683 - 577
Alignment:
Q  36 tcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgttagt-ttta 134  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| ||||    
T  683 tcaagtaattaacaagtaagttattttctttctatttacatgcaatgtagtttgtttaggatgtta-ttttcataatttt-agcaaaatgttagtgttta 586  T
Q  135 ggttaggtt 143  Q
    |||||||||    
T  585 ggttaggtt 577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0184 (Bit Score: 54; Significance: 4e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0184
Description:

Target: scaffold0184; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 36 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 28473 - 28299
Alignment:
Q  36 tcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgtt--agtttt 133  Q
    |||| ||| |||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||   | |||    
T  28473 tcaactaaatcacaagtaagtacctttcttcctatttacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataatttt-agcaaaatgtttagggttt 28376  T
Q  134 aggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttag 210  Q
    ||||||||||   |||||| |||||| | | || ||||||||| |||   ||| |||||||||  ||||||||||||    
T  28375 aggttaggtttaaaaattgcaaattatgatagaattagatgttgtaattgattttttatgctgacattgttgtttag 28299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 54; Significance: 4e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 36 - 210
Target Start/End: Original strand, 44371 - 44545
Alignment:
Q  36 tcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgtt--agtttt 133  Q
    |||| ||| |||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||   | |||    
T  44371 tcaactaaatcacaagtaagtacctttcttcctatttacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataatttt-agcaaaatgtttagggttt 44468  T
Q  134 aggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttag 210  Q
    ||||||||||   |||||| |||||| | | || ||||||||| |||   ||| |||||||||  ||||||||||||    
T  44469 aggttaggtttaaaaattgcaaattatgatagaattagatgttgtaattgattttttatgctgacattgttgtttag 44545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 36 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 1881 - 1708
Alignment:
Q  36 tcaattaattcacaagtaagttctttccttcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgtt--agtttt 133  Q
    |||| ||| |||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||   | |||    
T  1881 tcaagtaaatcacaagtaagtacctttcttcctatttacatgcaatgtaggttgtttagggtgtta-ttttcataatttt-agcaaaatgtttagggttt 1784  T
Q  134 aggttaggttaggaaattgaaaattaagcttgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgttta 209  Q
    | ||||||||   |||||| ||||||   | || ||||||||| |||   |||||||||||||| |||||||||||    
T  1783 atgttaggtttaaaaattgcaaattattatagaattagatgttgtaattgattgtttatgctggcattgttgttta 1708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0916 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0916
Description:

Target: scaffold0916; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 65 - 221
Target Start/End: Original strand, 503 - 659
Alignment:
Q  65 tcctatttacatgcaatgtagtttgtttagggtgttagttttcataattttgagccaaatgttagt-tttaggttaggttaggaaattgaaaattaagct 163  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |   ||| ||| |  |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| | |    
T  503 tcctatttacatgcaatgtaggttgtttatgactttattttactaaattttaagcaaaatgttagtgtttaggttaggttagaaaattgaaaattatgat 602  T
Q  164 tgatttagatgttttaaagtattgtttatgctggaattgttgtttagtgtaaatgtag 221  Q
     |  || |||||| |  || ||||||||||||  ||||||||||||| |||| |||||    
T  603 agtatttgatgttgtttaggattgtttatgct-aaattgttgtttagagtaagtgtag 659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University