View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6449_high_1 (Length: 959)

Name: NF6449_high_1
Description: NF6449
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6449_high_1
NF6449_high_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (4-959)||(28266826-28267781)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 882; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 882; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 959
Target Start/End: Complemental strand, 28267781 - 28266826
Alignment:
Q  4 agatggacatcatcaattagtagaagtgctatgtcactgaaaaaactcaaaccaccgctttctataccatatcgcgacactgcatcaaatttctattcat 103  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267781 agatggacttcatcaattagtagaagtgctatgtcactgaaaaaactcaaaccaccgctttctataccatatcgcgacactgcatcaaatttctattcat 28267682  T
Q  104 tgaaaaatgaactttagccacctcatagtgtcaacaaatcagtcagtgtgtgtgtcagtctgacaggaaaaataaatgtttattgtgtctctttggattg 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267681 tgaaaaatgaactttagccacctcatagtgtcaacaaatcagtcagtgtgtgtgtcagtctgacaggaaaaataaatgtttattgtgtctctttggattg 28267582  T
Q  204 aggaatacgtgcataaacatcataatttatgattactttgaaatctatgtccatttaatatttcaaaggnnnnnnn--gaaacaggaaagtacactaaag 301  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||    
T  28267581 aggaatacatgcataaacatcataatttatgattgctttgaaatctatgtccatttaatatttcaaaggaaaaaaaaagaaacaggaaagtacactaaag 28267482  T
Q  302 attaaagtgtcttggtatacttatgtttagataactctcatttgaatactgacctctggagtggttagaatgatatctgcttcatttatatttcttggag 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267481 attaaagtgtcttggtatacttatgtttagataactctcatttgaatactgacctctggagtggttagaatgatatctgcttcatttatatttcttggag 28267382  T
Q  402 tgtaagattcattgtcacctgtcagctccaggcaacaaatcccccatggtccaaatttctgattccaatcacggaccttctcctgaactaaagccttaga 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267381 tgtaagattcattgtcacctgtcagctccaggcaacaaatcccccatggtccaaatttctgattccaatcacggaccttctcctgaactaaagccttaga 28267282  T
Q  502 tggggcaatatagatcttgacaccaagtaaaaagataaccgtaccaataattagttaacaagacatgataatgaaaatagatttcaagttgtaagcttca 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28267281 tggggcaatatagatcttgacaccaagtaaaaagataaccgtaccaataattagttaacaagacatgataatgaaaatagatttcaagttgtaagcttca 28267182  T
Q  602 aattattcagtgattcaccatacaaaagcgtagactgttttttatgcaccaatacaatatcagtcttctttgtggcaaaaaagtactgggtttaccccac 701  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||    
T  28267181 aattattcagtgattcaccatacaaaagcgtagactgttttttatgcaccaatacaatatcagtcttctttatggc-aaaaagtactgggtttacaccac 28267083  T
Q  702 tgacactaaaagaaagagaacccgtctaccagttttatctttcttgaacacaaatcaatactactacagagaaatattactaatagaaaagttttcagag 801  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28267082 tgacactaaaagaaagagaacctgtctaccagttttacctttcttgaacacaaatcaatactactacagagaaatattactaatagaaaag-tttcagag 28266984  T
Q  802 ccggaattttgtgagaaattacttactgttttaagagatcccttcacatgtatgaatcttccctcagatgatatggacctggagagaagcctcaaaatgc 901  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28266983 ccggaattttgtgagaaattacttactgttttaagagatcccttcacatgtatgaatcttccctcagatgatatggacctggagagaagcctcaaaatgc 28266884  T
Q  902 aaagctcaaagagtactgttttaccacttccggtcggagcagagatgaccatgtttac 959  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28266883 aaagctcaaagagtactgttttaccacttccggtcggagcagagatgaccatgtttac 28266826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University