View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6451_low_1 (Length: 404)

Name: NF6451_low_1
Description: NF6451
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6451_low_1
NF6451_low_1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (15-404)||(21776428-21776817)
chr1 (15-404)||(19713583-19713972)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 404
Target Start/End: Original strand, 21776428 - 21776817
Alignment:
Q  15 acatgtttggtctatactcaagagaaatgaaatcagttttgggttatgaccaatccactctcactctcttaagcttctacaaagacttaggttcttgcat 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21776428 acatgtttggtctatactcaagagaaatgaaatcagttttgggttatgaccaatccactctcactctcttaagcttctacaaggacttaggttcttgcat 21776527  T
Q  115 aggaattctctcaggcctactcaatgaaatcacacctccttgggttgtcttaacaattggtggtgttctcaacttttttggctatttcatgatttggctt 214  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21776528 aggaattctctcaggtctactcaatgaaatcacacctccatgggttgtcttaacaattggtggtgttctcaacttttttggctatttcatgatttggctt 21776627  T
Q  215 gcagtcacaagaaaaaactcgaaaccgcaaatatggaatatgtgcttatacacattcattggagcaacttcgcattgttcaaccaacactggcgttgtag 314  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21776628 gcagtcacaagaaaaatctcgaaaccgcaaatatggaatatgtgcttatacacattcattggagccaattcgcattgttcaaccaacactggagttgtag 21776727  T
Q  315 tcaccagtgtaaggaatttccctggcagcagcggcattgtcataggtcttttgagtggttatcttggtttgagcgcagctatcatcactc 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  21776728 tcaccagtgtaaggaatttccctggtagtagaggtattgtcataggtcttttgagtggttatcttggtttgagtggagctatcattactc 21776817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 15 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 19713972 - 19713583
Alignment:
Q  15 acatgtttggtctatactcaagagaaatgaaatcagttttgggttatgaccaatccactctcactctcttaagcttctacaaagacttaggttcttgcat 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||  |||    
T  19713972 acatgtttggtctatactcaagagaaatcaaatcagttttgggttatgaccaatccactctcactctcttaagcttcttcaaggacttgggatctaacat 19713873  T
Q  115 aggaattctctcaggcctactcaatgaaatcacacctccttgggttgtcttaacaattggtggtgttctcaacttttttggctatttcatgatttggctt 214  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19713872 aggcattctctcaggcctactcaatgaaatcacacctccttgggttgtcttaacaattggtggtcttctcaacttttttggctatttcatgatttggctt 19713773  T
Q  215 gcagtcacaagaaaaaactcgaaaccgcaaatatggaatatgtgcttatacacattcattggagcaacttcgcattgttcaaccaacactggcgttgtag 314  Q
    |||||||||||||||| | | ||||| | ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | | |||    
T  19713772 gcagtcacaagaaaaatcccaaaacctccaatatggaatatgtgcttatacatatttattggagcaaattctcattgttcaaccaacactggagctttag 19713673  T
Q  315 tcaccagtgtaaggaatttccctggcagcagcggcattgtcataggtcttttgagtggttatcttggtttgagcgcagctatcatcactc 404  Q
    |||||||||||| |||||||||||| || || ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  19713672 tcaccagtgtaaagaatttccctggtagtagaggtgttgtcataggccttttgagtggttatcttggtttgagtggagctatcattactc 19713583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University