View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6453A_low_71 (Length: 297)

Name: NF6453A_low_71
Description: NF6453A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6453A_low_71
NF6453A_low_71
[»] scaffold0036 (1 HSPs)
scaffold0036 (1-266)||(50175-50440)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-290)||(3395409-3395698)
chr2 (1-290)||(5788830-5789119)
[»] scaffold0159 (1 HSPs)
scaffold0159 (1-290)||(33203-33492)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-290)||(13228533-13228821)
chr4 (77-290)||(39974684-39974898)
chr4 (79-222)||(281829-281972)
chr4 (78-290)||(49953058-49953271)
chr4 (192-275)||(50814649-50814733)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (1-276)||(38015889-38016163)
chr5 (170-290)||(33014000-33014121)
chr5 (51-143)||(9012721-9012813)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-290)||(43387056-43387344)
chr1 (51-173)||(22636325-22636447)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (1-275)||(42797242-42797516)
chr8 (1-290)||(13756376-13756666)
chr8 (1-275)||(23141752-23142027)
chr8 (1-142)||(10901399-10901540)
chr8 (78-290)||(21588868-21589081)
chr8 (32-142)||(45247768-45247878)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (5-270)||(1599542-1599808)
chr6 (73-286)||(26894747-26894961)
[»] scaffold0380 (2 HSPs)
scaffold0380 (1-110)||(14525-14634)
scaffold0380 (154-290)||(14366-14503)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (77-290)||(36095950-36096164)
chr3 (1-131)||(50331915-50332045)
chr3 (183-275)||(50332065-50332158)
[»] scaffold0024 (1 HSPs)
scaffold0024 (2-110)||(47117-47225)


Alignment Details
Target: scaffold0036 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 1)
Name: scaffold0036
Description:

Target: scaffold0036; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Original strand, 50175 - 50440
Alignment:
Q  1 tcacaacttcacccaaattcttgagacatttgatatttgagttatctcggttatatgttgttctacatctactattgcattcaacgtgttattttaactg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50175 tcacaacttcacccaaattcttgagacatttgatatttgagttatctcggttatatgttgttctacatctactattgcattcaacgtgttattttaactg 50274  T
Q  101 acacttgatatattaaattctctccattaagtacgagactctttgtgtctgcgatccaccactacgaaccacttctgctccacaaaaacgttgaagcgga 200  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  50275 acacttgacatattaaattctctccattaagtacgagactctctatgtccgcgatccaccactacgaaccacttctgctcccaaaaaacgttgaagcgga 50374  T
Q  201 tatgatataactattaggacttttcgagagccaacacttgtgtgaatcaacacattacagaaaaag 266  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  50375 tatgatatcattattaggacttttcgagagccaacacttgtgtgaatcaacacattactgaaaaag 50440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 134; Significance: 9e-70; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Original strand, 3395409 - 3395698
Alignment:
Q  1 tcacaacttcacccaaattcttgagacatttgatatttgagttatctcggttatatgttgttctacatctactattgcattcaacgtgttattttaactg 100  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| ||||| |||||  |||||||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  3395409 tcacaacttcacccaaaatcttaagacattagatatatgagtcatctcacttatatgtttctcaacatctactattgcattcaaagtgttattttaactc 3395508  T
Q  101 acacttgatatattaaattctctccattaagtacgagactctttgtgtctgcgatccaccactacgaaccacttctgctccacaaaaacgttgaagcgga 200  Q
    |||| ||| | |||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||| |||||| |||||||||||    
T  3395509 acacctgacacattaacatctctccattaagtatgagactctttgtgtctgcgatccaccaccaaaaaccacttatgctccccaaaaatgttgaagcgga 3395608  T
Q  201 tatgatataactattaggacttttcgagagccaacacttgtgtgaatcaacacattacagaaaaagcaatcacacacgtgagaataatgt 290  Q
    |||||||| || ||| | |||| | | ||| ||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||||||||| |||| ||| ||||    
T  3395609 tatgatatcaccattggaacttatggggagacaacacttgtgtgaatcgacacgttgcagaaagagcaatcacacaagtgaaaatgatgt 3395698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Original strand, 5788830 - 5789119
Alignment:
Q  1 tcacaacttcacccaaattcttgagacatttgatatttgagttatctcggttatatgttgttctacatctactattgcattcaacgtgttattttaactg 100  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||  |||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  5788830 tcacaacttcacccaaaatcttaagacattagatat--gagtcatctcacttatatgttgttcaacatctactattgcattcaatgtgttattttaactc 5788927  T
Q  101 acacttgatatattaaattctctccattaagtacgagactctttgtgtctgcgatccaccactacgaaccacttctgctccacaaaaacgttgaagcgga 200  Q
    ||| |||| | |||||  ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||     
T  5788928 acatttgacacattaacatctcttcattaagtatgagactctctgtgtctgcgatccaccaccacgaaccacttccgcttcccaaaaatgttgaagcggg 5789027  T
Q  201 tatgatataactattaggacttttcgagagccaacacttgtgtgaatca--acacattacagaaaaagcaatcacacacgtgagaataatgt 290  Q
    |||||||| |  |||  ||||| | | |||||||||||||||||||| |  ||||||| |||||| |||||||||||| |||||||| ||||    
T  5789028 tatgatatcaacattgagacttatggggagccaacacttgtgtgaatgatgacacattgcagaaagagcaatcacacaagtgagaatgatgt 5789119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0159 (Bit Score: 126; Significance: 5e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0159
Description:

Target: scaffold0159; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Original strand, 33203 - 33492
Alignment:
Q  1 tcacaacttcacccaaattcttgagacatttgatatttgagttatctcggttatatgttgttctacatctactattgcattcaacgtgttattttaactg 100  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||  |||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  33203 tcacaacttcacccaaaatcttaagacattagatat--gagtcatctcacttatatgttgttcaacatctactattgcattcaatgtgttattttaactc 33300  T
Q  101 acacttgatatattaaattctctccattaagtacgagactctttgtgtctgcgatccaccactacgaaccacttctgctccacaaaaacgttgaagcgga 200  Q
    ||| |||| | |||||  ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||     
T  33301 acatttgacacattaacatctcttcattaagtatgagactctctgtgtctgcgatccaccaccacgaaccacttccgcttcccaaaaatgttgaagcggg 33400  T
Q  201 tatgatataactattaggacttttcgagagccaacacttgtgtgaatca--acacattacagaaaaagcaatcacacacgtgagaataatgt 290  Q
    |||||||| |  |||  ||||| | | |||||||||||||||||||| |  ||||||| |||||| |||||||||||| |||||||| ||||    
T  33401 tatgatatcaacattgagacttatggggagccaacacttgtgtgaatgatgacacattgcagaaagagcaatcacacaagtgagaatgatgt 33492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 126; Significance: 5e-65; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 13228821 - 13228533
Alignment:
Q  1 tcacaacttcacccaaattcttgagacatttgatatttgagttatctcggttatatgttgttctacatctactattgcattcaacgtgttattttaactg 100  Q
    ||||||||||||||||| | || ||| ||| ||||| ||||| |||||  |||||||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  13228821 tcacaacttcacccaaaattttaaga-attagatatatgagtcatctcacttatatgtttctcaacatctactattgcattcaatgtgttattttaactc 13228723  T
Q  101 acacttgatatattaaattctctccattaagtacgagactctttgtgtctgcgatccaccactacgaaccacttctgctccacaaaaacgttgaagcgga 200  Q
    |||||||| | |||||  ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||| |||||| |||||||||||    
T  13228722 acacttgacacattaacatctctccattaagtatgagactttttgtgtctgcgatccaccaccaaaaaccacttatgctccccaaaaatgttgaagcgga 13228623  T
Q  201 tatgatataactattaggacttttcgagagccaacacttgtgtgaatcaacacattacagaaaaagcaatcacacacgtgagaataatgt 290  Q
    |||||||| || |||   |||| | | |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||| |||| ||| ||||    
T  13228622 tatgatatcaccattgaaacttatggggagccaacacttgtgtgaatcaacgcattgcagaaagagcaatcacacaagtgaaaatgatgt 13228533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 77 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 39974898 - 39974684
Alignment:
Q  77 gcattcaacgtgttattttaactgacacttgatatattaaattctctccattaagtacgagactctttgtgtctgcgatccaccactacgaaccacttct 176  Q
    ||||||||  ||||||||||||  |||||||| | ||||   |||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||     
T  39974898 gcattcaatatgttattttaacccacacttgacacattaccatctctcaattaaatacgatactctttgtgtccgcgatccaccaccacgaagcacttcc 39974799  T
Q  177 gctccacaaaaacgttgaagcggatatgatataactattaggactt-ttcgagagccaacacttgtgtgaatcaacacattacagaaaaagcaatcacac 275  Q
     |||| |||||| ||||||||| ||||||||| || ||| | ||||    | ||| |||||||||||||| || ||||||| |||||||| ||| |||||    
T  39974798 actccccaaaaatgttgaagcgtatatgatatcaccattggaacttacgggggagacaacacttgtgtgattcgacacattgcagaaaaaacaaccacac 39974699  T
Q  276 acgtgagaataatgt 290  Q
    | |||||||| ||||    
T  39974698 aggtgagaatgatgt 39974684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 79 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 281972 - 281829
Alignment:
Q  79 attcaacgtgttattttaactgacacttgatatattaaattctctccattaagtacgagactctttgtgtctgcgatccaccactacgaaccacttctgc 178  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||||| | |||||  |||||| ||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||| ||  | |||||| ||    
T  281972 attcaatgtgttattttaacccacacttgacacattaacatctctcaattaaatacgagactcttcgtgtccgcgatccaccaccacacagcacttccgc 281873  T
Q  179 tccacaaaaacgttgaagcggatatgatataactattaggactt 222  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||| || ||| ||||||    
T  281872 tccacaaaaatgttgaagcgtatatgatatcaccattgggactt 281829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 78 - 290
Target Start/End: Original strand, 49953058 - 49953271
Alignment:
Q  78 cattcaacgtgttattttaactgacacttgatatattaaattctctccattaagtacgagactctttgtgtctgcgatccaccactacgaaccacttctg 177  Q
    ||||||| ||||||||||||   |||||||| | |||||  |||||| ||||| || ||||||||| ||||| | |||||||||| ||||| |||||| |    
T  49953058 cattcaatgtgttattttaatccacacttgacacattaacatctctcaattaaatatgagactcttcgtgtccgtgatccaccaccacgaagcacttccg 49953157  T
Q  178 ctccacaaaaacgttgaagcggatatgatataactattaggactt-ttcgagagccaacacttgtgtgaatcaacacattacagaaaaagcaatcacaca 276  Q
    |||| |||||| ||||||||| ||||||||| ||  || ||||||    | ||| |||||||||||||| || | ||||| |||||||| ||| ||||||    
T  49953158 ctccccaaaaatgttgaagcgtatatgatatcaccgttgggacttacgggggagacaacacttgtgtgattcgaaacattgcagaaaaaacaaccacaca 49953257  T
Q  277 cgtgagaataatgt 290  Q
     |||||||| ||||    
T  49953258 agtgagaatgatgt 49953271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 192 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 50814733 - 50814649
Alignment:
Q  192 tgaagcggatatgatataactattaggacttttcgag-agccaacacttgtgtgaatcaacacattacagaaaaagcaatcacac 275  Q
    |||||| |||||||||| || ||| |||||| | | | ||||||| |||||||||||| ||||||| || ||| |||||||||||    
T  50814733 tgaagcagatatgatatcaccattgggacttatgggggagccaacgcttgtgtgaatcgacacattgcataaagagcaatcacac 50814649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 276
Target Start/End: Original strand, 38015889 - 38016163
Alignment:
Q  1 tcacaacttcacccaaattcttgagacatttgatatttgagttatctcggttatatgttgttctacatctactattgcattcaacgtgttattttaactg 100  Q
    ||||||||||||||||| |||| || |||| ||||| ||||| |||||  |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  38015889 tcacaacttcacccaaaatcttaagtcattagatatatgagtcatctcacttatatgttgctcaacatctactattgcattcaatgtgttattttaactc 38015988  T
Q  101 acacttgatatattaaattctctccattaagtacgagactctttgtgtctgcgatccaccactacgaaccacttctgctccacaaaaacgttgaagcgga 200  Q
    |||||||| | |||||  ||||||||| ||||| |||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||| |||||||||||    
T  38015989 acacttgacacattaacatctctccatcaagtatgagact-tttgtgtccacgatccaccaccacgaaccacttccgttccacaaaaatgttgaagcgga 38016087  T
Q  201 tatgatataactattaggacttttcgagagccaacacttgtgtgaatcaacacattacagaaaaagcaatcacaca 276  Q
    ||||||||  | ||| |||||| | | |||||| |||||||||||||| | | ||| |||||| ||||||||||||    
T  38016088 tatgatatcgccattgggacttatggggagccagcacttgtgtgaatcgatatattgcagaaagagcaatcacaca 38016163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 170 - 290
Target Start/End: Original strand, 33014000 - 33014121
Alignment:
Q  170 cacttctgctccacaaaaacgttgaagcggatatgatataactattaggacttttc-gagagccaacacttgtgtgaatcaacacattacagaaaaagca 268  Q
    |||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||| || ||| ||||||    | ||| |||||||||||||| || ||||||| |||||||| ||    
T  33014000 cacttccgctccccaaaaatgttgaagcgtatatgatatcaccattgggacttacatgggagacaacacttgtgtgattcgacacattgcagaaaaaaca 33014099  T
Q  269 atcacacacgtgagaataatgt 290  Q
    | |||||| |||||||| ||||    
T  33014100 accacacaagtgagaatgatgt 33014121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 51 - 143
Target Start/End: Original strand, 9012721 - 9012813
Alignment:
Q  51 ttatatgttgttctacatctactattgcattcaacgtgttattttaactgacacttgatatattaaattctctccattaagtacgagactctt 143  Q
    |||||||||| || ||||||||| ||| |||||  |||  ||||||||| |||||||| | |||||  | ||||||||||||  |||||||||    
T  9012721 ttatatgttgctcaacatctactcttgaattcattgtgaaattttaactaacacttgacacattaatatgtctccattaagtgtgagactctt 9012813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Original strand, 43387056 - 43387344
Alignment:
Q  1 tcacaacttcacccaaattcttgagacatttgatatttgagttatctcggttatatgttgttctacatctactattgcattcaacgtgttattttaactg 100  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||  |||| || ||  |||||||||  || |||||||||||||||||||| |||| |||||||||     
T  43387056 tcacaacttcacccaaaatcttaagacattagatatacgagtcatttcacttatatgtttctcaacatctactattgcattcaatgtgtaattttaactc 43387155  T
Q  101 acacttgatatattaaattctctccattaagtacgagactctttgtgtctgcgatccaccactacgaaccacttctgctccacaaaaacgttgaagcgga 200  Q
    |||||||| | |||||  ||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||  ||||| |||||| ||||    
T  43387156 acacttgacacattaacatctctctgttaagtacgagactctccgtgtctgcgatcca-caccacgaaccacttttgctcccaaaaaatgttgaaacgga 43387254  T
Q  201 tatgatataactattaggacttttcgagagccaacacttgtgtgaatcaacacattacagaaaaagcaatcacacacgtgagaataatgt 290  Q
    |||||||| || ||| |||||| | | || |||||||||||||||||  ||||| |  |||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  43387255 tatgatatcaccattgggacttatggggatccaacacttgtgtgaattgacacaatgtagaaaaagcaatcacacaagtgaaaataatgt 43387344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 51 - 173
Target Start/End: Original strand, 22636325 - 22636447
Alignment:
Q  51 ttatatgttgttctacatctactattgcattcaacgtgttattttaactgacacttgatatattaaattctctccattaagtacgagactctttgtgtct 150  Q
    |||||||| | || ||||||||| |||||||||| ||   ||||||||| |||||||| | |||||  |||||||||||||||  ||||||| | ||| |    
T  22636325 ttatatgtagctcaacatctactcttgcattcaaagtcaaattttaactcacacttgaaaaattaacatctctccattaagtataagactctctatgttt 22636424  T
Q  151 gcgatccaccactacgaaccact 173  Q
    | ||||||| || | ||||||||    
T  22636425 gggatccacaaccaagaaccact 22636447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 96; Significance: 4e-47; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 42797242 - 42797516
Alignment:
Q  1 tcacaacttcacccaaattcttgagacatttgatatttgagttatctcggttatatgttgttctacatctactattgcattcaacgtgttattttaactg 100  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||  ||||| |||||  |||||||||  || |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  42797242 tcacaacttcacccaaaatcttaagacattagatacatgagtcatctcacttatatgtttctcaacatatactattgcattcaatgtgttattttaactc 42797341  T
Q  101 acacttgatatattaaattctctccattaagtacgagactctttgtgtctgcgatccaccactacgaaccacttctgctccacaaaaacgttgaagcgga 200  Q
    |||||||| | |||||  ||| || |||||| | |||||||| ||| ||||| ||||||||| ||  |||||||| ||||| |||||| |||||||| ||    
T  42797342 acacttgacacattaacatctttctattaagcatgagactctctgtatctgctatccaccaccacagaccacttccgctccccaaaaatgttgaagcaga 42797441  T
Q  201 tatgatataactattaggacttttcga-gagccaacacttgtgtgaatcaacacattacagaaaaagcaatcacac 275  Q
    |||||||| || |||  ||| || ||| |||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||    
T  42797442 tatgatatcaccattgagac-ttacgaggagcaaacacttgtgtgaatcgacacattgcagaaagagcaatcacac 42797516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 13756666 - 13756376
Alignment:
Q  1 tcacaacttcacccaaattcttgagacatttgatatttgagttatctcggttatatgttgttctacatctactattgcattcaacgtgttattttaactg 100  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||  ||||| || ||  ||| |||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  13756666 tcacaacttcacccaaaatcttaagacattagatacatgagtcatttcacttaaatgtttctcaacatctactattgcattcaatgtgttattttaactc 13756567  T
Q  101 acacttgatatattaaattctctccattaagtacgagactctttgtgtctgcgatccaccactacgaaccacttctgctccacaaaaacgttgaagcgga 200  Q
    |||||||| | |||||  | |||  |||||| | |||||||||||| ||| | ||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||| |||||||| ||    
T  13756566 acacttgacacattaacatatctatattaagcatgagactctttgtatctactatccaccaccacggaccacttccgctccccaaaaatgttgaagcaga 13756467  T
Q  201 tatgatataactattaggactt-ttcgagagccaacacttgtgtgaatcaacacattacagaaaaagcaatcacacacgtgagaataatgt 290  Q
    |||||||| || ||| |||||| |  |  ||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| |||| ||| ||||    
T  13756466 tatgatatcaccattgggacttatgtggaagccaacgcttgtgtgaatcgacacattgcagaaagagcaatcacacaagtgataatgatgt 13756376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 23141752 - 23142027
Alignment:
Q  1 tcacaacttcacccaaattcttgagacatttgatatttgagttatctcggttatatgttgttctacatctactattgcattcaacgtgttattttaactg 100  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||  ||||| |||||  |||||||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  23141752 tcacaacttcacccaaaatcttaagacattagatacatgagtcatctcatttatatgtttctcaacatctactattgcattcaatgtgttattttaactc 23141851  T
Q  101 acacttgatatattaaattctctccattaagtacgagactctttgtgtctgcgatccaccactacgaaccacttctgctccacaaaaacgttgaagcgga 200  Q
    | |||||| |  ||||  |||||| |||||| | |||||||| ||| ||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||| | |||| |||||||| ||    
T  23141852 atacttgacacgttaacatctctctattaagcatgagactctctgtatctgctatccaccaccacggaccacttccgctccccgaaaatgttgaagcaga 23141951  T
Q  201 tatgatataactattaggactt-ttcgagagccaacacttgtgtgaatcaacacattacagaaaaagcaatcacac 275  Q
    |||||||| || |||  ||||| |  | |||||||| |||||||||||| ||||||| || ||| |||||||||||    
T  23141952 tatgatatcaccattgagacttatgggggagccaacgcttgtgtgaatcgacacattgcataaagagcaatcacac 23142027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 142
Target Start/End: Original strand, 10901399 - 10901540
Alignment:
Q  1 tcacaacttcacccaaattcttgagacatttgatatttgagttatctcggttatatgttgttctacatctactattgcattcaacgtgttattttaactg 100  Q
    ||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||  |||| |||||  || ||||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  10901399 tcacaacttcacccaaaatcttaacacattagatatacgagtcatctcacttgtatgttactcaacatctactattgcattcaatgtgttattttaactc 10901498  T
Q  101 acacttgatatattaaattctctccattaagtacgagactct 142  Q
    ||| |||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  10901499 acatttgatacattaacatctctccattaagtacgagactct 10901540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 78 - 290
Target Start/End: Original strand, 21588868 - 21589081
Alignment:
Q  78 cattcaacgtgttattttaactgacacttgatatattaaattctctccattaagtacgagactctttgtgtctgcgatccaccactacgaaccacttctg 177  Q
    ||||||| |||||||||||||  || ||||| | ||||   |||||| ||||| ||||| |||||| |||||  ||||||||||| ||||| |||||  |    
T  21588868 cattcaatgtgttattttaacccacccttgacacattaccatctctcaattaaatacgatactcttcgtgtccacgatccaccaccacgaagcactttcg 21588967  T
Q  178 ctccacaaaaacgttgaagcggatatgatataactattaggactt-ttcgagagccaacacttgtgtgaatcaacacattacagaaaaagcaatcacaca 276  Q
    |||| || ||  ||||||||| ||||||||| || ||| | ||||    | ||| |||||||||||||| || ||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  21588968 ctccccataattgttgaagcgtatatgatatcaccattggaacttacgggggagacaacacttgtgtgattcgacacattgcagaaaaaacaaccacaca 21589067  T
Q  277 cgtgagaataatgt 290  Q
     |||||||| ||||    
T  21589068 ggtgagaatgatgt 21589081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 32 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 45247878 - 45247768
Alignment:
Q  32 gatatttgagttatctcggttatatgttgttctacatctactattgcattcaacgtgttattttaactgacacttgatatattaaattctctccattaag 131  Q
    ||||| ||||| |||||  |||||| |||||| |||  |||| |||||||||||||   | ||||||| |||||||| |||||||| ||||||| |||||    
T  45247878 gatatatgagtcatctcatttatattttgttcaacacatacttttgcattcaacgtagaactttaactcacacttgacatattaaaatctctcccttaag 45247779  T
Q  132 tacgagactct 142  Q
    |  ||||||||    
T  45247778 tgtgagactct 45247768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 5 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 1599808 - 1599542
Alignment:
Q  5 aacttcacccaaattcttgagacatttgatatttgagttatctcggttatatgttgttctacatctactattgcattcaacgtgttattttaactgacac 104  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||| ||||  ||||| |||||  |||||||||  || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  1599808 aacttcacccaaaatcttaagacattagatacatgagtcatctcacttatatgtttctcaacatctactattgcattcaatgtgttattttaactcacac 1599709  T
Q  105 ttgatatattaaattctctccattaagtacgagactctttgtgtctgcgatccaccactacgaaccacttctgctccacaaaaacgttgaagcggatatg 204  Q
    |||| | |||||  |||||| |||||| | |||||||| ||| ||||| ||||||||| ||  |||||||| |||||  ||||| ||||||||  |||||    
T  1599708 ttgacacattaacatctctctattaagcatgagactctctgtatctgctatccaccaccacataccacttccgctcccaaaaaatgttgaagcatatatg 1599609  T
Q  205 atataactattaggactt-ttcgagagccaacacttgtgtgaatcaacacattacagaaaaagcaat 270  Q
    |||| ||  || |||||| |  | ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||    
T  1599608 atatcacctttgggacttatgggggagccaatacttgtgtgaatcgacacattgcagaaagagcaat 1599542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 73 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 26894961 - 26894747
Alignment:
Q  73 tattgcattcaacgtgttattttaactgacacttgatatattaaattctctccattaagtacgagactctttgtgtctgcgatccaccactacgaaccac 172  Q
    |||||||| ||| |||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| |  |||||||| ||||||||| | |||||||    
T  26894961 tattgcatccaatgtgttattttaaatcacacttgatatattaacatctctccattaagtatgagactatccgtgtctgcaatccaccaccatgaaccac 26894862  T
Q  173 ttctgctccacaaaaacgttgaagcggatatgatataactattaggacttttcgag-agccaacacttgtgtgaatcaacacattacagaaaaagcaatc 271  Q
    |||  |||| | |||| ||||||| |||||| |||| | |||| |||||| | | | |||||||| ||||||||||  ||||||| |||||| || ||||    
T  26894861 ttccactcccctaaaatgttgaagtggatattatatcattattgggacttatggggtagccaacagttgtgtgaatacacacattgcagaaagagaaatc 26894762  T
Q  272 acacacgtgagaata 286  Q
    |||||  ||||||||    
T  26894761 acacaaatgagaata 26894747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0380 (Bit Score: 66; Significance: 3e-29; HSPs: 2)
Name: scaffold0380
Description:

Target: scaffold0380; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 14634 - 14525
Alignment:
Q  1 tcacaacttcacccaaattcttgagacatttgatatttgagttatctcggttatatgttgttctacatctactattgcattcaacgtgttattttaactg 100  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||  |||| ||||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  14634 tcacaacttcacccaaaatcttaagacattaaatatgtgagtcatctcatttatatgttgttcaacatctactattgcattcaatgtgttattttaactc 14535  T
Q  101 acacttgata 110  Q
    ||||||||||    
T  14534 acacttgata 14525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0380; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 154 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 14503 - 14366
Alignment:
Q  154 atccaccactacgaaccacttctgctccacaaaaacgttgaagcggatatgatataactattaggacttttcgag-agccaacacttgtgtgaatcaaca 252  Q
    ||||||||  ||||||||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||| || |||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14503 atccaccatcacgaaccacatccgctcctcaaaaatgttgaagcggatatgatatcaccattaagacttatggaggagccaacacttgtgtgaatcaaca 14404  T
Q  253 cattacagaaaaagcaatcacacacgtgagaataatgt 290  Q
    ||||  |||||  ||||||||||| |||||| ||||||    
T  14403 cattgaagaaagggcaatcacacaagtgagactaatgt 14366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 59; Significance: 5e-25; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 77 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 36096164 - 36095950
Alignment:
Q  77 gcattcaacgtgttattttaactgacacttgatatattaaattctctccattaagtacgagactctttgtgtctgcgatccaccactacgaaccacttct 176  Q
    |||||||| || ||||||||||  |||||||| | |||| | |||||| ||||| ||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||||     
T  36096164 gcattcaatgtattattttaacccacacttgacacattacaatctctcaattaaatacgatactcttcgtgtccgcgatccaccaccacgaagcacttcc 36096065  T
Q  177 gctccacaaaaacgttgaagcggatatgatataactattaggac-ttttcgagagccaacacttgtgtgaatcaacacattacagaaaaagcaatcacac 275  Q
    ||||| |||||| ||||||||| ||||||||| || ||| |||| |    | ||  |||||||||||||| || ||||||| |||||||| ||| ||||     
T  36096064 gctccccaaaaatgttgaagcgtatatgatatcaccattgggacatacgggggatacaacacttgtgtgattcgacacattgcagaaaaaacaaccacaa 36095965  T
Q  276 acgtgagaataatgt 290  Q
    | |||||||| ||||    
T  36095964 aggtgagaatgatgt 36095950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 131
Target Start/End: Original strand, 50331915 - 50332045
Alignment:
Q  1 tcacaacttcacccaaattcttgagacatttgatatttgagttatctcggttatatgttgttctacatctactattgcattcaacgtgttattttaactg 100  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||  ||||| |||||  |||||||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  50331915 tcacaacttcacccaaaatcttaagacattagatacatgagtcatctcacttatatgtttctcaacatctactattgcattcaatgtgttattttaactc 50332014  T
Q  101 acacttgatatattaaattctctccattaag 131  Q
    |||||||| | |||||  |||||| ||||||    
T  50332015 acacttgacacattaacatctctctattaag 50332045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 183 - 275
Target Start/End: Original strand, 50332065 - 50332158
Alignment:
Q  183 caaaaacgttgaagcggatatgatataactattaggacttttcgag-agccaacacttgtgtgaatcaacacattacagaaaaagcaatcacac 275  Q
    |||||| |||||||| |||||||||| || ||| |||||| | | | ||||||| ||||||||||||  |||||| |||||| |||||||||||    
T  50332065 caaaaatgttgaagcagatatgatatcaccattgggacttatgggggagccaacgcttgtgtgaatcgtcacattgcagaaagagcaatcacac 50332158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 2 - 110
Target Start/End: Original strand, 47117 - 47225
Alignment:
Q  2 cacaacttcacccaaattcttgagacatttgatatttgagttatctcggttatatgttgttctacatctactattgcattcaacgtgttattttaactga 101  Q
    |||| ||||||||||| |||| ||||||  | ||| || || |||||  ||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||  | ||||||| |    
T  47117 cacatcttcacccaaagtcttaagacatgaggtatgtgtgtcatctcacttatatgttgttcaacatctactattccatacaacgtgaaactttaactca 47216  T
Q  102 cacttgata 110  Q
    |||||||||    
T  47217 cacttgata 47225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University