View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6453_low_6 (Length: 499)

Name: NF6453_low_6
Description: NF6453
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6453_low_6
NF6453_low_6
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (87-480)||(5347943-5348333)
chr5 (87-408)||(36429581-36429902)
chr5 (1-356)||(26380043-26380407)
chr5 (422-459)||(36429532-36429569)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (87-480)||(54560253-54560643)
chr3 (87-462)||(50837763-50838139)
chr3 (87-459)||(47470944-47471313)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (87-480)||(14790893-14791287)
chr8 (87-459)||(20111794-20112160)
chr8 (364-408)||(18308867-18308911)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (87-469)||(15347663-15348042)
chr6 (87-408)||(17732321-17732642)
chr6 (87-408)||(30709792-30710113)
chr6 (87-462)||(6008940-6009313)
chr6 (422-459)||(30709739-30709776)
chr6 (422-462)||(17732658-17732698)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (87-480)||(4592847-4593229)
chr2 (87-391)||(10256013-10256317)
chr2 (353-408)||(10255972-10256027)
chr2 (422-459)||(10255919-10255956)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (87-459)||(27455168-27455540)
chr4 (115-368)||(49681590-49681850)
chr4 (422-462)||(49681878-49681918)
[»] scaffold0102 (1 HSPs)
scaffold0102 (87-459)||(32602-32972)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (87-408)||(36067614-36067935)
chr7 (425-462)||(36067544-36067581)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (90-462)||(47445290-47445660)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 87 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 5348333 - 5347943
Alignment:
87 atccaaaagggtcattgcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 186  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5348333 atccaaaagggtcgtagcagaaagatcaagagacaattgatgatgat---cattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 5348237  T
187 tgagggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtgt 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5348236 tgagggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtgt 5348137  T
287 tcatgctattcatcataacctttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 386  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5348136 tcatgctattcatcataacccttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 5348037  T
387 taattgaagaaggtaacaaacannnnnnnnnnnnnatcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgttgtttcttaaattttttctgga 480  Q
    ||||| ||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5348036 taattcaagaaggtaacaaacaagagagagagagaatcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgttgtttcttaaattttttctgga 5347943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 87 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 36429902 - 36429581
Alignment:
87 atccaaaagggtcattgcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 186  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
36429902 atccaaaagggtcgtagcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttggtaatctcatcgctgctccaaaaaagaaatccatttgaa 36429803  T
187 tgagggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtgt 286  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||    
36429802 tgagggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacagtaacatcatgagaatgagaagaaccgttgctgttgatgttgttgt 36429703  T
287 tcatgctattcatcataacctttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 386  Q
     ||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
36429702 ccatgctattcatcataaaccttgttctttttcaaacaagttcatgatcttttctattattcattttgttgttgatgaattccaaaaggttgttgttgat 36429603  T
387 taattgaagaaggtaacaaaca 408  Q
    ||||| ||||||||||||||||    
36429602 taattcaagaaggtaacaaaca 36429581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 26380407 - 26380043
Alignment:
1 agattgttattactattattacctctgattctggacatgttgttaacaacgttgctaggttgagaatgttgttgatgatgatcttcatccaaaagggtca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
26380407 agattgttattactattattacctctgattctggacatgttgttaacaacgttgctaggttgagaatgttgttgatgatgatcttcatccaaaagggtca 26380308  T
101 ttgcagaaagatcaagagacaattgatgatga---tgatcattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa------tgagg 191  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||      |||||    
26380307 ttgcagagagatcaagagacaattgatgatgatgatgatcattgttattgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaacccatttgaatgagcctgagg 26380208  T
192 gttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtgttcatg 291  Q
    |||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| || || || || |||| |||    
26380207 gttaaagattgattgattctgaagatgagacatgagtgatgatggaacagtaacatcatgagaatgagaagaaccattgttgctgttgctgttgttaatg 26380108  T
292 ctattcatcataacctttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgtt 356  Q
     |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
26380107 ttattcatcataaaccttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattcattctgtt 26380043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 422 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 36429569 - 36429532
Alignment:
422 atcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgtt 459  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
36429569 atcattataaagtgtgtgatgttaatgatgatgttgtt 36429532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 317; Significance: 1e-178; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 87 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 54560643 - 54560253
Alignment:
87 atccaaaagggtcattgcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 186  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
54560643 atccaaaagggtcgtagcagaaagatcaagagacaattgatgatgat---cattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 54560547  T
187 tgagggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtgt 286  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
54560546 tgagggttaaaaagtgattgattatgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtgt 54560447  T
287 tcatgctattcatcataacctttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 386  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
54560446 tcatgctattcatcataacccttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgttgttgatgaattccaaagggttgtagttgat 54560347  T
387 taattgaagaaggtaacaaacannnnnnnnnnnnnatcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgttgtttcttaaattttttctgga 480  Q
    ||||| ||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
54560346 taattcaagaaggtaacaaacaagagagagagagaatcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgttgtttcttaaattttttctgga 54560253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 87 - 462
Target Start/End: Original strand, 50837763 - 50838139
Alignment:
87 atccaaaagggtcattgcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 186  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
50837763 atccaaaagggtcgtagcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcagtgttgttgataatttcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 50837862  T
187 tgaggg-ttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtg 285  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
50837863 tgaggggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgctgttgatgttggtg 50837962  T
286 ttcatgctattcatcataacctttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttga 385  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
50837963 ttcatgctattcatcataacccttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattcattctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttga 50838062  T
386 ttaattgaagaaggtaacaaacannnnnnnnnnnnnatcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgttgtt 462  Q
    |||||| ||||||||||||||||             ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
50838063 ttaattcaagaaggtaacaaacaagagagagagagaatcattagaaagtgtgtgaggttgatgatgatgatgttgtt 50838139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 87 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 47471313 - 47470944
Alignment:
87 atccaaaagggtcattgcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 186  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
47471313 atccaaaagggtcgtagcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttggtaatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 47471214  T
187 tgagggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtgt 286  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
47471213 tgagggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacagtaacatcatgagaatgagaagaaccgttgatgttgatgttgttgt 47471114  T
287 tcatgctattcatcataacctttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 386  Q
    ||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
47471113 tcatgctattcattataaaccttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctattattcattttgttgttgatg-attccaaagggttgttgttgat 47471015  T
387 taattgaagaaggtaacaaacannnnnnnnnnnnnatcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgtt 459  Q
    ||||| ||||||||||||||||             ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
47471014 taattcaagaaggtaacaaaca--agagagagagaatcattataaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgtt 47470944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 312; Significance: 1e-176; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 87 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 14791287 - 14790893
Alignment:
87 atccaaaagggtcattgcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 186  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14791287 atccaaaagggtcgtagcagaaagatcaagagacaattgatgatgat---cattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 14791191  T
187 tgagggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtgt 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14791190 tgagggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtgt 14791091  T
287 tcatgctattcatcataacctttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 386  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14791090 tcatgctattcatcataacccttgttctttttccaacaagttcatgatattttctgttattctttctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 14790991  T
387 taattgaagaaggtaacaaaca----nnnnnnnnnnnnnatcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgttgtttcttaaattttttctgga 480  Q
    ||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14790990 taattgaagaaggtaacaaacaagagagagagagagataatcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgttgtttcttaaattttttctgga 14790893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 87 - 459
Target Start/End: Original strand, 20111794 - 20112160
Alignment:
87 atccaaaagggtcattgcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 186  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
20111794 atccaaaagggtcgtggcagaaagatcaagagacaattgat---gatgatcattgttgttggtaatctcatcgctgctccaaaaagaaaatccatttgaa 20111890  T
187 tgagggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtgt 286  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||    
20111891 tgagggttaaaaagtgattgattttgaagatgagacatgagtgatgatggaacagtaacatcatgagaatgagaagaaccgttgttgttgatgttgttgt 20111990  T
287 tcatgctattcatcat-aacctttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttga 385  Q
    |||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
20111991 tcatgctattcatcataaaaccttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctattattcattttgttgttgatgaattccaaagggttgctgttga 20112090  T
386 ttaattgaagaaggtaacaaacannnnnnnnnnnnnatcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgtt 459  Q
    |||||| ||||||||||||||||             ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
20112091 ttaattcaagaaggtaacaaaca----agagagagaatcattataaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgtt 20112160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 364 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 18308911 - 18308867
Alignment:
364 aattccaaagggttgttgttgattaattgaagaaggtaacaaaca 408  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
18308911 aattccaaagagttgttgttgattaattcaagatggtaacaaaca 18308867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 87 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 15348042 - 15347663
Alignment:
87 atccaaaagggtcattgcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 186  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
15348042 atccaaaagggtcgtagcagaaagatcaagagacaattgatgatgat---cattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaatggaaatccatttgaa 15347946  T
187 tgagggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtgt 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15347945 tgagggttaaaaagtgattgattctaaagaggagacatgagtgatgatggaacaataatatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtgt 15347846  T
287 tcatgctattcatcataacctttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 386  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
15347845 tcatgctattcatcataacccttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 15347746  T
387 taattgaagaaggtaacaaacannnnnnnnnnnnnatcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgttgtttcttaaa 469  Q
    ||||| ||||||||||||||||             |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
15347745 taatttaagaaggtaacaaacaagagagagagagaatcattagaaagtgtgcgatgttgatgatgatgttgttgtttcttaaa 15347663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 87 - 408
Target Start/End: Original strand, 17732321 - 17732642
Alignment:
87 atccaaaagggtcattgcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 186  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
17732321 atccaaaagggtcgtagcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcagtgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 17732420  T
187 tgagggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtgt 286  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
17732421 tgagggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgctgttgatgttggtgt 17732520  T
287 tcatgctattcatcataacctttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 386  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
17732521 tcatgctattcatcataacccttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattcattctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 17732620  T
387 taattgaagaaggtaacaaaca 408  Q
    ||||| ||||||||||||||||    
17732621 taattcaagaaggtaacaaaca 17732642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 87 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 30710113 - 30709792
Alignment:
87 atccaaaagggtcattgcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 186  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
30710113 atccaaaagggtcgtagcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttggtaatctcatcgctgctccaaaaaagaaatccatttgaa 30710014  T
187 tgagggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtgt 286  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||    
30710013 tgagggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacagtaacatcatgagaatgagaagaaccgttgctgttgatgttgttgt 30709914  T
287 tcatgctattcatcataacctttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 386  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
30709913 tcatgctattcatcataaaccttgttctttttcaaacaagttcatgatcttttctattattcattttgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 30709814  T
387 taattgaagaaggtaacaaaca 408  Q
    ||||| ||||||||||||||||    
30709813 taattcaagaaggtaacaaaca 30709792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 87 - 462
Target Start/End: Original strand, 6008940 - 6009313
Alignment:
87 atccaaaagggtcattgcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 186  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6008940 atccaaaagggtcgtagcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 6009039  T
187 tgagggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtgt 286  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
6009040 tgagggttcaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaat------atgagaatgagaagaaacattgatgttgatgttggtgt 6009133  T
287 tcatgctattcatcataacctttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 386  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6009134 tcatgctattcatcataacccttgttctttttccaacaagtccacgatcttttctgttattcattttgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 6009233  T
387 taattgaagaaggtaacaaaca----nnnnnnnnnnnnnatcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgttgtt 462  Q
    ||||| ||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6009234 taattcaagaaggtaacaaacaagagagagagagagagaatcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgttgtt 6009313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 422 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 30709776 - 30709739
Alignment:
422 atcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgtt 459  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
30709776 atcattataaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgtt 30709739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 422 - 462
Target Start/End: Original strand, 17732658 - 17732698
Alignment:
422 atcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgttgtt 462  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
17732658 atcattagaaagtgtgtgaggttgatgatgatgatgttgtt 17732698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 87 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 4593229 - 4592847
Alignment:
87 atccaaaagggtcattgcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 186  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
4593229 atccaaaagggtcgtagcagaaagatcaagagacaattgatgatgat---cattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaattcatttgaa 4593133  T
187 tgagggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtgt 286  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||    
4593132 tgagggttaaaaagtgattgattatgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgat------gttggtgt 4593039  T
287 tcatgctattcatcataacctttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 386  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4593038 tcatgctattcatcataacccttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 4592939  T
387 taattgaagaaggtaacaaacannnnnnnnnnnnnatcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgttgtttcttaaattttttctgga 480  Q
    ||||| ||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4592938 taattcaagaaggtaacaaaca--agagagagagaatcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgttgtttcttaaattttttctgga 4592847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 87 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 10256317 - 10256013
Alignment:
87 atccaaaagggtcattgcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 186  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
10256317 atccaaaagggtcgtagcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttggtaatctcatcgctgctccaaaatggaaatccatttgaa 10256218  T
187 tgagggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtgt 286  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||    
10256217 tgagggttagaaagtgattgattctcaagaggagacatgagtgatgatggaacagtaacatcatgagaatgagaagaaccgttgctgttgatgttgttgt 10256118  T
287 tcatgctattcatcataacctttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 386  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10256117 tcatgctattcatcataaaccttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctattattcattttgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 10256018  T
387 taatt 391  Q
     ||||    
10256017 gaatt 10256013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 353 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 10256027 - 10255972
Alignment:
353 tgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgattaattgaagaaggtaacaaaca 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
10256027 tgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgattaattcaagaaggtaacaaaca 10255972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 422 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 10255956 - 10255919
Alignment:
422 atcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgtt 459  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
10255956 atcattataaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgtt 10255919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 87 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 27455540 - 27455168
Alignment:
87 atccaaaagggtcattgcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 186  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27455540 atccaaaagggtcgtagcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttggtaatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 27455441  T
187 tgagggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtgt 286  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||    
27455440 tgagggttaaaaagtgatttattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacagtaacatcatgagaatgagaagaaccgttgttgttgatgttgttgt 27455341  T
287 tcatgctattcatcataacctttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 386  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
27455340 tcatgctattcatcataaaccttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctattattcattttgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 27455241  T
387 taattgaagaaggtaacaaacannnnnnnnnnnnnatcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgtt 459  Q
    ||||| ||||||||||||||||             ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
27455240 taattcaagaaggtaacaaacaagagagagagagaatcattataaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgtt 27455168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 115 - 368
Target Start/End: Original strand, 49681590 - 49681850
Alignment:
115 agagacaattgatgatgatgatcattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaatgagggttaaaaagtgattgattctgaa 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
49681590 agagacaattgatgatgatgatcattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaacccatttgaatgagggttaaaaagtgattgattctaaa 49681689  T
215 gagga-gacatg------agtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtgttcatgctattcatcataacct 307  Q
    ||  | ||||||      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |     
49681690 gattaagacatgctattcagtgatgatggaacagtaacatcatgagaatgagaagaatcgttgttgttgatgttgttgttcatgctattcatcataaacg 49681789  T
308 ttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgttgttgatgaattc 368  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||    
49681790 ttgttctttttccaacaatttcatgatcttttatgttattcattatgttgttgatgaattc 49681850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 422 - 462
Target Start/End: Original strand, 49681878 - 49681918
Alignment:
422 atcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgttgtt 462  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
49681878 atcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgttgtt 49681918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0102 (Bit Score: 265; Significance: 1e-147; HSPs: 1)
Name: scaffold0102
Description:

Target: scaffold0102; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 87 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 32972 - 32602
Alignment:
87 atccaaaagggtcattgcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 186  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
32972 atccaaaagggtcgtagcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttggtaatctcatcactgctccaaaaaggaaatccatttgaa 32873  T
187 tgagggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtgt 286  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||    
32872 tgagggttaaaaagtgattgattctgaaaaggagacatgagtgatgatggaacagtaacatcatgagaatgagaagaaccgttgctgttgatgttgttgt 32773  T
287 tcatgctattcatcataacctttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 386  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
32772 tcatgctattcatcataaaccttgttctttttccaacaagttcatgatattttctattattcattctgttgttgatgaatttcaaagggttgttgttgat 32673  T
387 taattgaagaaggtaacaaacannnnnnnnnnnnnatcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgtt 459  Q
    ||||| ||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32672 taattcaagaaggtaacaaaca--agagagagagaatcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgtt 32602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 87 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 36067935 - 36067614
Alignment:
87 atccaaaagggtcattgcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 186  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36067935 atccaaaagggtcgtagcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaa 36067836  T
187 tgagggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtgt 286  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| |||    
36067835 tgagagttaaaaagtgattgattttgaagaggagacatgagttacgatggaacagtaacatcatgagaatgagaagaaccgttattgttgatgttgttgt 36067736  T
287 tcatgctattcatcataacctttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 386  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36067735 tcatgctattcatcataaaccttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattcattctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgat 36067636  T
387 taattgaagaaggtaacaaaca 408  Q
    ||||| ||||||||||||||||    
36067635 taattcaagaaggtaacaaaca 36067614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 425 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 36067581 - 36067544
Alignment:
425 attagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgttgtt 462  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
36067581 attagaaagtgtgtgatgttgaagatgatgttgttgtt 36067544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 90 - 462
Target Start/End: Original strand, 47445290 - 47445660
Alignment:
90 caaaagggtcattgcagaaagatcaagagacaattgatgatgatgatcattgttgttgataatctcatcgctgctccaaaaaggaaatccatttgaatga 189  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
47445290 caaaagggtcgtagcagaaagatcaagagacaatttatgatgatgatcattgttgttggtaatctcatcgttgctccaaaaaggaaatccatttgaatga 47445389  T
190 gggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtgatgatggaacaataacatcatgagaatgagaagaaacgttgatgttgatgttggtgttca 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
47445390 gggttaaaaagtgattgattctgaagaggagacatgagtggtgatggaacagtaacatcatgagaatgagaagaaccgttgctgttgatgttgttgttca 47445489  T
290 tgctattcatcataacctttgttctttttccaacaagttcatgatcttttctgttattctttctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgattaa 389  Q
    |||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
47445490 tgctattcattataaaccttgttctttttccaacaagttcatgattttttctgttattcattctgttgttgatgaattccaaagggttgttgttgattaa 47445589  T
390 ttgaagaaggtaacaaacannnnnnnnnnnnnatcattagaaagtgtgtgatgttgatgatgatgttgttgtt 462  Q
    || ||||||||||||||||             ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
47445590 ttcaagaaggtaacaaaca--agagagagagaatcattagaaaatgtgtgatgttgatgatgatgttgttgtt 47445660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University