View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6464_low_1 (Length: 676)

Name: NF6464_low_1
Description: NF6464
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6464_low_1
NF6464_low_1
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (18-659)||(11118982-11119628)
chr2 (18-555)||(11111211-11111747)
chr2 (27-477)||(10793121-10793574)
chr2 (142-397)||(11156587-11156842)
chr2 (142-396)||(11149919-11150173)
chr2 (142-396)||(11137645-11137899)
chr2 (149-281)||(11145957-11146089)
chr2 (204-262)||(11183613-11183671)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 573; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 573; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 659
Target Start/End: Original strand, 11118982 - 11119628
Alignment:
Q  18 ttttcatacttgatcgattatacgacttcgaaaatactggcaaacctgatccaactcttgacccaacatacttaaaacagttgcaaaaacaatgtcctca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11118982 ttttcatacttgatcgattatacgacttcgacaatactggcaaacctgatccaactcttgacccaacatacttaaaacagttgcaaaaacaatgtcctca 11119081  T
Q  118 aaatggacctggaaataacgttgtcaatttcgatccaacaactcctgataaattagacaagaactactacaacaatcttcaaggtaaaaagggtttgctt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11119082 aaatggacctggaaataacgttgtcaattttgatccaacaactcccgataaattcgacaagaactactacaacaatcttcaaggtaaaaagggtttgctt 11119181  T
Q  218 caaagtgaccaagaattgttctcaacaccgggtgcagataccattagcattgtcaacaactttggaaacaaccaaaatgttttcttccagaactttataa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11119182 caaagtgaccaagaattgttctcaacaccgggtgcagataccattagcattgtcaacaactttggaaacaaccaaaatgttttcttccagaactttataa 11119281  T
Q  318 attcaatgattaaaatgggtaatattggcgtgcttactggaaagaaaggagaaattagaaagcagtgcaattttgttaacaagaaatcttctgaattgga 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11119282 attcaatgattaaaatgggtaatattggcgtgcttactggaaagaaaggagaaattagaaagcagtgcaattttgttaacaagaaatcttctgaattgga 11119381  T
Q  418 tcttgctagtgtggcctcagaatcaatggagggggatatggttagttcaatctaaatgaatgtgggttactttagttgaaatgcatgtggtgattggaat 517  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11119382 tcttgctagtgtgacctcagaatcaatggagggggatatggttagttcaatctaaatgaatgtgggttactttagttgaaatgcatgtggtgattggaat 11119481  T
Q  518 tcactaataaagaaaagtgctagctaggcacatctgtgccttgatgtgtatgttatgtgctttatgtgtgcaagataaccnnnnnnnnnnctaagtaatt 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |          ||||||||||    
T  11119482 tcactaataaagaaaagtgctagctaggcacatctgtgccttgatgtgtatgttatgtgctttatgtgtgcaagataatcttttttttttctaagtaatt 11119581  T
Q  618 ttc-----attatagtatatcctctctttccgtcacaagttatgtct 659  Q
    |||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11119582 ttcattatattatagtatatcctctctttccgtcacaagttatgtct 11119628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 555
Target Start/End: Original strand, 11111211 - 11111747
Alignment:
Q  18 ttttcatacttgatcgattatacgacttcgaaaatactggcaaacctgatccaactcttgacccaacatacttaaaacagttgcaaaaacaatgtcctca 117  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||    
T  11111211 ttttcatccttgatcgattatacaacttcaacaatactggcaaacccgatccaactcttgatacaacatacttacaacagttgcgaaaccaatgccctca 11111310  T
Q  118 aaatggacctggaaataacgttgtcaatttcgatccaacaactcctgataaattagacaagaactactacaacaatcttcaaggtaaaaagggtttgctt 217  Q
     |||||| |||||||||||  ||| |||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11111311 gaatggaactggaaataaccgtgttaatttcgacccaacgactcctgatacattggacaagaacttctacaacaatcttcaaggtaaaaagggtttgctt 11111410  T
Q  218 caaagtgaccaagaattgttctcaacaccgggtgcagataccattagcattgtcaacaactttggaaacaaccaaaatgttttcttccagaactttataa 317  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11111411 caaagtgaccaagaattattctcaacaccgggtgcagataccattagcattgtcaacagctttgcaaatagccaaaatgttttctttcagaactttataa 11111510  T
Q  318 attcaatgattaaaatgggtaatattggcgtgcttactggaaagaaaggagaaattagaaagcagtgcaattttgttaacaagaaatcttctgaattgga 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11111511 attcaatgattaaaatgggtaatattgatgtgcttaccggaaagaaaggagaaattagaaaacaatgcaattttattaacaagaaatcttctgaattgga 11111610  T
Q  418 tcttgctagtgtggcct---cagaatcaatggagggggatatggttagttcaatctaaatgaatgtgggttactttagttgaaatgcatgtggtgattgg 514  Q
    |||||  | ||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    |||||||||||||    
T  11111611 tcttggcattgtggcctctgcagaatcaatggaaggggatatggttagttcaatctaaatgaatgtgggttactttagatgaa----atgtggtgattgg 11111706  T
Q  515 aattcactaataaagaaaagtgctagctaggcacatctgtg 555  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||    
T  11111707 aattcactaataaagagaagtgctggctaagcacatttgtg 11111747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 27 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 10793574 - 10793121
Alignment:
Q  27 ttgatcgattatacgacttcgaaaatactggcaaacctgatccaactcttgacccaacatacttaaaacagttgcaaaaacaatgtcctcaaaatggacc 126  Q
    |||||||||||||| |||||   ||||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  10793574 ttgatcgattatacaacttcagcaatactggcgaacctgatccaactcttgatacaacgtacttaaaacaattgcaaaacgaatgtcctcaaaatggacc 10793475  T
Q  127 tggaaataacgttgtcaatttcgatccaacaactcctgataaattagacaagaactactacaacaatcttcaaggtaaaaagggtttgcttcaaagtgac 226  Q
    ||||||||||  ||| |||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  10793474 tggaaataaccgtgtaaatttcgacccaactactcctgatacattggacaagaacttctacaacaatcttcaggttaaaaagggtttgcttcaaagtgac 10793375  T
Q  227 caagaattgttctcaacaccgggtgcagataccattagcattgtcaacaactttggaaacaaccaaaatgttttcttccagaactttataaattcaatga 326  Q
    ||||||||||| ||||||||   ||||||||||| ||||||||| || |||||||  || ||||||| || ||||||  ||| |||||  ||  ||||||    
T  10793374 caagaattgttttcaacaccaaatgcagataccactagcattgttaataactttgccaataaccaaagtgctttctttgagagctttaagaaagcaatga 10793275  T
Q  327 ttaaaatgggtaatattggcgtgcttactggaaagaaaggagaaattagaaagcagtgcaattttgttaacaagaaatcttctgaattggatcttgctag 426  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||       
T  10793274 ttaaaatgggtaatattggtgtgcttaccggaaagaaaggagaaataaggaaacaatgcaattttgttaacaaaaaatcttctgagttagatcttgccgc 10793175  T
Q  427 tgtgg---cctcagaatcaatggagggggatatggttagttcaatctaaatgaa 477  Q
    | |||   || |||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10793174 tctggtctccacagaatcatttgatggggatatggttagttcaatttaaatgaa 10793121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 142 - 397
Target Start/End: Original strand, 11156587 - 11156842
Alignment:
Q  142 caatttcgatccaacaactcctgataaattagacaagaactactacaacaatcttcaaggtaaaaagggtttgcttcaaagtgaccaagaattgttctca 241  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||||  |||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||    
T  11156587 caatttcgatccaacgactcctgataaatttgacaagaactattactccaatcttcaagtgaaaaagggcttgctccaaagtgatcaagagttgttctca 11156686  T
Q  242 acaccgggtgcagataccattagcattgtcaacaactttggaaacaaccaaaatgttttcttccagaactttataaattcaatgattaaaatgggtaata 341  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||  | | | | ||||| | ||||||  ||| |||||    | |||||||||||||||| ||||    
T  11156687 acatccggtgcagataccattagcattgtcaacaaattcagcaccgatcaaaacgctttctttgagagctttaaggctgcaatgattaaaatgggcaata 11156786  T
Q  342 ttggcgtgcttactggaaagaaaggagaaattagaaagcagtgcaattttgttaac 397  Q
    |||| ||||| || || | ||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||    
T  11156787 ttggtgtgctaacagggacgaaaggagagattagaaaacaatgcaactttgttaac 11156842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 142 - 396
Target Start/End: Original strand, 11149919 - 11150173
Alignment:
Q  142 caatttcgatccaacaactcctgataaattagacaagaactactacaacaatcttcaaggtaaaaagggtttgcttcaaagtgaccaagaattgttctca 241  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||   ||||||||||  |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||    
T  11149919 caatttcgatccaacgactcctgataaatttgacaagaactattactctaatcttcaagtgaaaaagggtttgctccaaagtgatcaagagttgttctca 11150018  T
Q  242 acaccgggtgcagataccattagcattgtcaacaactttggaaacaaccaaaatgttttcttccagaactttataaattcaatgattaaaatgggtaata 341  Q
    ||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| |||| || | | ||||| | ||| ||  ||| |||||    | | ||||| |||||||| ||||    
T  11150019 acatctggttcagataccattagcattgtcaacaaatttgcaaccgatcaaaaagctttttttgagagctttaaggctgctatgatcaaaatgggaaata 11150118  T
Q  342 ttggcgtgcttactggaaagaaaggagaaattagaaagcagtgcaattttgttaa 396  Q
    |||| ||| | ||||| ||  ||||||| |||||||| || ||||| ||||||||    
T  11150119 ttggtgtgttaactgggaaacaaggagagattagaaaacaatgcaactttgttaa 11150173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 142 - 396
Target Start/End: Original strand, 11137645 - 11137899
Alignment:
Q  142 caatttcgatccaacaactcctgataaattagacaagaactactacaacaatcttcaaggtaaaaagggtttgcttcaaagtgaccaagaattgttctca 241  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||     
T  11137645 caattttgacccaacgactcctgataaatttgacaagaactactactccaatcttcagggtaaaaagggtttgcttcagagtgaccaagagcttttctcg 11137744  T
Q  242 acaccgggtgcagataccattagcattgtcaacaactttggaaacaaccaaaatgttttcttccagaactttataaattcaatgattaaaatgggtaata 341  Q
    ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |     || |||||| ||||||  | | ||||  |    | |||||||||||||||||||    
T  11137745 acatctggtgctgataccattagcattgtcaacaagttcagtgctgacaaaaatgctttctttgatagctttgaagccgccatgattaaaatgggtaata 11137844  T
Q  342 ttggcgtgcttactggaaagaaaggagaaattagaaagcagtgcaattttgttaa 396  Q
    |||| ||||| || || || |||||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  11137845 ttggtgtgctgaccgggaaaaaaggagagattagaaaacattgcaattttgttaa 11137899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 149 - 281
Target Start/End: Original strand, 11145957 - 11146089
Alignment:
Q  149 gatccaacaactcctgataaattagacaagaactactacaacaatcttcaaggtaaaaagggtttgcttcaaagtgaccaagaattgttctcaacaccgg 248  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||   ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | |    
T  11145957 gatccaactactcctgataaatttgacaagaactattactctaatcttcaagtgaaaaaaggtttgcttcaaagtgatcaagagttgttctcaacatctg 11146056  T
Q  249 gtgcagataccattagcattgtcaacaactttg 281  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11146057 gtgctgataccattagcattgtcaacaactttg 11146089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 204 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 11183671 - 11183613
Alignment:
Q  204 aaaagggtttgcttcaaagtgaccaagaattgttctcaacaccgggtgcagataccatt 262  Q
    ||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||    
T  11183671 aaaaggggttgtttcagagtgaccaagaattgttttccacacctggtgctgataccatt 11183613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University