View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6471_low_1 (Length: 738)

Name: NF6471_low_1
Description: NF6471
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6471_low_1
NF6471_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-663)||(909181-909825)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 583; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 583; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 663
Target Start/End: Original strand, 909181 - 909825
Alignment:
Q  18 gtttgatgtctagcttgtgttggtgtcggacacatgcaa--tatgtatgcttaaatttgatcactatgtgcttaccttcaatcaattacattttcttaaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  909181 gtttgatgtctagcttgtgttggtgtcggacacatgcaaaatatgtatgcttaaatttgatcactatatgcttaccttcaatcaattacattttcttaaa 909280  T
Q  116 attattaccggtatctatatgcgcgtttctgtgatgtactttatgctcgtaggtgacaataacatagactcgcccaaaattagtaaaccgaaagaatgta 215  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  909281 attattacctgtatctatatgcgcgttcctgtgatgtactttatgctcgtaggcgacaataacatagactcgcccaaaattagtaaaccgaaagaatgta 909380  T
Q  216 tctgcattgccaacgattctccaaatctcgactctagctacgaacttgacaaagataaaatacaaaaatcgtttagaaaccaaacatgcttcaagccatc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  909381 tctgcattgccaacgattctccaaatgtcgactctagctactaacttgacaaagataaaatacaaaaatcgtttagaaaccaaacatgcttcaagccaac 909480  T
Q  316 ttctatatacaagggtctcaaatccagtatgtaccacacaaaacagccactcccctaacacgcagacccggagtataaaaacgaagacttgctgattgat 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||    
T  909481 ttctatatacaagggtctcaaatccagtatgtaccacacgaaacagccactcccctaacacgcagacccggagtataaaaacgaagact---tgattgat 909577  T
Q  416 tatagcaatcttgagattgcaacaccatttttgcaaaacaaacaaggagacactttaaacctactcaaactccatgtcaatataacatcttaatctgata 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  909578 tatagcaatcttgagattgcaacaccatttttgtaaaacaaacaaggagacactttaaacctactcaaactccatgtcaatataacatcttaatctgata 909677  T
Q  516 tactacatcatccacattgattcaagaaaataagaataattggatgcagatcaaaatatagtttataatactgaagattaacagtaacaaacatgcagca 615  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  909678 tactatatcatccacattgattcaagaaaataagaataattggatgcagatcaaaatatagtttataatactgaagattaacagtaacaaacatgcagca 909777  T
Q  616 ataagtctttctacaccatagagtcaactgtcaagctcttacacatag 663  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  909778 ataagtctttctacaccatagagtcaactgtcaagctcttacacatag 909825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University