View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6474_low_1 (Length: 698)

Name: NF6474_low_1
Description: NF6474
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6474_low_1
NF6474_low_1
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (19-698)||(8868069-8868763)
chr1 (101-616)||(8863915-8864433)
chr1 (19-273)||(9071988-9072242)
chr1 (423-696)||(9099937-9100210)
chr1 (94-352)||(9007250-9007508)
chr1 (101-352)||(8972210-8972461)
chr1 (101-352)||(9093239-9093490)
chr1 (102-285)||(9065556-9065739)
chr1 (101-350)||(9136277-9136526)
chr1 (423-618)||(8971932-8972124)
chr1 (423-618)||(9006960-9007152)
chr1 (93-320)||(9099589-9099816)
chr1 (520-698)||(9136720-9136895)
chr1 (425-592)||(9093565-9093723)
chr1 (469-592)||(9072447-9072570)
chr1 (427-605)||(9065209-9065387)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 580; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 580; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 698
Target Start/End: Original strand, 8868069 - 8868763
Alignment:
Q  19 agagtgatattggtactgttgttaccattttcacttctaatccaacaaggtagcagcagcactacaacaagtgtttgtccatcttcatcttgtggtaaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  8868069 agagtgatattggtactgttgttaccattttcacttctaattcaacaaggtagcagcagcactacaacaagtgcttgtccaccttcatcttgtggtaaaa 8868168  T
Q  119 tttcagacataagttatccatttcgattaaaagatgatccaattcattgcggggatagcaggtatgaactatcttgtgaaaataacgtgacaaccttaaa 218  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8868169 tttcaaacataagttatccatttcgattaaaagatgatccaattcattgcggggatagcaggtatgaactatcttgtgaaaataacgtgacaaccttaaa 8868268  T
Q  219 tttgtattccggaaaatattatgtgaaatccatcaactacaacaatttcacaatcagattggttgatattggaattcaacatgataattgttcttcactt 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  8868269 tttgtattccggaaaatattatgtgaaatccatcaactacaacaatttcataatccgattggttgatattggaattcaacaagataattgttcttcattt 8868368  T
Q  319 cctctctatttcttgactcaatctgatttctgtgtaagatacaattacgtggacaaatattgcacagatccataccaagccacagc------------ag 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||    
T  8868369 cctctctatttcttgactcaatctgatttctgtgtaagatacaattacgtggacaaatattgcacagatccataccaagccacagcaggaggaggaggag 8868468  T
Q  407 gaggaggtt---atgcccatctttttgagcatatagtttacttgaattgtactcatcgagtgaccaacaatcctaaatatgtttatacttcttcatgtct 503  Q
    |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||    
T  8868469 gaggaggttccaatgcccatctttttgagcatatagtttacttgaattgtactcatcgagtgaccaacaatcctaaatatgtgaatatttcttcatgtct 8868568  T
Q  504 caattggagctctaaatccaaagggtattatatttatgctatggctggtgatttaattgctgatgattttcaagttggttgtcatgtgatgttagttact 603  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8868569 caattggagctctaaatcccaagggtattatatttatgctatggctggtgatttaattgctgatgattttcaagttggttgtcatgtgatgttggttact 8868668  T
Q  604 ccaacgtcttggttgagaaacttgcaaggaaatgaagtcgtttcttatgatgttattcgcaaggcgttagaatatggatttgagatttcatggtt 698  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8868669 ccaacgtcttggttgagaaacttgcaaggaaatgaagtggtttcttatgatgttattcgcaaggcgttagaatatggatttgagatttcgtggtt 8868763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 101 - 616
Target Start/End: Original strand, 8863915 - 8864433
Alignment:
Q  101 cttcatcttgtggtaaaatttcagacataagttatccatttcgattaaaagatgatccaattcattgcggggatagcaggtatgaactatcttgtgaaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||    
T  8863915 cttcatcttgtggtaaaatttcaaacataagttatccatttcgattaaaagatgatccaattcattgcggggacagcaggtatgagctatcttgtgcaaa 8864014  T
Q  201 taacgtgacaaccttaaatttgtattccggaaaatattatgtgaaatccatcaactacaacaatttcacaatcagattggttgatattggaattcaacat 300  Q
    ||| || ||||| ||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||| |||||||     
T  8864015 taatgttacaactttatatttgtattcgggaaaatatcatgtgcaatccatcaactacaacaatttcacaatcagactggttgatcccggagttcaacaa 8864114  T
Q  301 gataattgttcttcacttcctctctatttcttgactcaatctgatttctgtgtaagatacaattacgtggacaaatattgcacagatccataccaagcca 400  Q
      |||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||||| ||||  |  ||| | || | ||||||| ||||||  |||||||||||||||     
T  8864115 tctaattgctcttcacttcctcgctatttcttgtctcgatcggatttttgtgatacttacgaatatgaggacaaacattgcaaggatccataccaagccg 8864214  T
Q  401 cagcaggaggaggt---tatgcccatctttttgagcatatagtttacttgaattgtactcatcgagtgaccaacaatcctaaatatgtttatacttcttc 497  Q
      | || || || |     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| |||||| |||| ||||||||||||  ||||||||||    
T  8864215 tggtagaagaagatccaagtgcccttctttttgagcatatagtttacttgaattgcagccatcaagtgactaacagtcctaaatatgtgaatacttcttc 8864314  T
Q  498 atgtctcaattggagctctaaatccaaagggtattatatttatgctatggctggtgatttaattgctgatgattttcaagttggttgtcatgtgatgtta 597  Q
    |||||| |||| || ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||  ||     
T  8864315 atgtctgaatttgaactccaaatccaaagggtattatatatatgctatggctggtgatttaattgctcaagattttcaagttggttgtcatgtgaaattg 8864414  T
Q  598 gttactccaacgtcttggt 616  Q
    ||||||||||| |||||||    
T  8864415 gttactccaacttcttggt 8864433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 273
Target Start/End: Original strand, 9071988 - 9072242
Alignment:
Q  19 agagtgatattggtactgttgttaccattttcacttctaatccaacaaggtagcagcagcactacaacaagtgtttgtccatcttcatcttgtggtaaaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||   |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |||| |||||||| ||||    
T  9071988 agagtgatattggtactgttgttaccgtttatgcttctactccaacaaggtaacagcagcactacaacaaatgcttgtccaccttcttcttgtggcaaaa 9072087  T
Q  119 tttcagacataagttatccatttcgattaaaagatgatccaattcattgcggggatagcaggtatgaactatcttgtgaaaataacgtgacaaccttaaa 218  Q
    ||||  |||||||||| |||||||||||| ||||||| || |  || ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||| |    
T  9072088 tttccaacataagttacccatttcgattacaagatgaccccaaacactgcggagaaagcaggtacgaactatcttgtgaaaataatgtggcaactttata 9072187  T
Q  219 tttgtattccggaaaatattatgtgaaatccatcaactacaacaatttcacaatc 273  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9072188 tttgtattcgggaaaatattatgtgcaatccatcaactacaacaatttcacaatc 9072242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 423 - 696
Target Start/End: Original strand, 9099937 - 9100210
Alignment:
Q  423 tctttttgagcatatagtttacttgaattgtactcatcgagtgaccaacaatcctaaatatgtttatacttcttcatgtctcaattggagctctaaatcc 522  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||||  || |||| || || || |||| || ||| ||||||    
T  9099937 tctttttgagcatatagtttacatgaattgtactcatcaagtgattaacaatcataaatatgtgaatgcttcatcttgccttaattcgaactccaaatcc 9100036  T
Q  523 aaagggtattatatttatgctatggctggtgatttaattgctgatgattttcaagttggttgtcatgtgatgttagttactccaacgtcttggttgagaa 622  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||| | |||||||||||||||||||||| || ||||||  |||| || || |||||| |||    
T  9100037 aaagggtattatatttatgctattgctggtaaattagttgctcaagattttcaagttggttgtcatgcgaagttagtggctcccacttcatggttgggaa 9100136  T
Q  623 acttgcaaggaaatgaagtcgtttcttatgatgttattcgcaaggcgttagaatatggatttgagatttcatgg 696  Q
    | |||||| ||||| ||||  |||| |||||| | ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9100137 atttgcaaagaaatcaagtactttcatatgatatcattcataaggcgttagtatatggatttgagatttcatgg 9100210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 94 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 9007508 - 9007250
Alignment:
Q  94 tgtccatcttcatcttgtggtaaaatttcagacataagttatccatttcgattaaaagatgatccaattcattgcggggatagcaggtatgaactatctt 193  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||| ||| ||||||||||||||  |||| |||||| |||||||||| |  ||||| ||| || | |    
T  9007508 tgtccaccttcatcttgtggcaaaatttccaacataacttacccatttcgattaaataatgacccaattaattgcggggacaaaaggtacgaattagcat 9007409  T
Q  194 gtgaaaataacgtgacaaccttaaatttgtattccggaaaatattatgtgaaatccatcaactacaacaatttcacaatcagattggttgatattggaat 293  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |    
T  9007408 gtgaaaataatgtgacaactttaaatttgtattcaggaaaatatcatgtgcaatccatcaactacaacaatttcacaatccgattggttgatcttggagt 9007309  T
Q  294 tcaacatgataattgttcttcacttcctctctatttcttgactcaatctgatttctgtg 352  Q
    ||||||   |||||| |||||  | ||||| ||||  ||| |||||||| |||||||||    
T  9007308 tcaacaatctaattgctcttctatacctctttattctttgtctcaatctaatttctgtg 9007250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 101 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 8972461 - 8972210
Alignment:
Q  101 cttcatcttgtggtaaaatttcagacataagttatccatttcgattaaaagatgatccaattcattgcggggatagcaggtatgaactatcttgtgaaaa 200  Q
    |||| |||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||| || || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  8972461 cttcctcttgtggcaaaattttaaacatatgttatccatttcgattaaaagatgacccaaaacgttgtggagacagcaggtatgaactagcttgtgaaaa 8972362  T
Q  201 taacgtgacaaccttaaatttgtattccggaaaatattatgtgaaatccatcaactacaacaatttcacaatcagattggttgatattggaattcaacat 300  Q
    ||| || ||||| ||| |||| ||||| | ||||||| ||||    || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||     
T  8972361 taatgtcacaactttatatttatattctgcaaaatatcatgtccggtcgatcaactacaacaatttcacaatccgattggttgatcctggaattcaacaa 8972262  T
Q  301 gataattgttcttcacttcctctctatttcttgactcaatctgatttctgtg 352  Q
      |||||| |||||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||||||||    
T  8972261 tctaattgctcttcacttcctctctattcgttgtctcgatctaatttctgtg 8972210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 101 - 352
Target Start/End: Original strand, 9093239 - 9093490
Alignment:
Q  101 cttcatcttgtggtaaaatttcagacataagttatccatttcgattaaaagatgatccaattcattgcggggatagcaggtatgaactatcttgtgaaaa 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| | || || || || ||||||||||||||    
T  9093239 cttcatcttgtggcaaaatttccaacataacttatccatttcgactaaaaaatgacccaattcattgcgggaacagaagttacgagctatcttgtgaaaa 9093338  T
Q  201 taacgtgacaaccttaaatttgtattccggaaaatattatgtgaaatccatcaactacaacaatttcacaatcagattggttgatattggaattcaacat 300  Q
    ||| || |||||  |||||||||| || | ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | || |||  ||||||||||||     
T  9093339 taatgtaacaacaataaatttgtactctgcaaaatacaatgtgaagtccatcaactacaacaatttcacaatcaggctagtggatcctggaattcaacaa 9093438  T
Q  301 gataattgttcttcacttcctctctatttcttgactcaatctgatttctgtg 352  Q
    |||||||| |||||| |||||| | ||| |||| ||  ||||||||||||||    
T  9093439 gataattgctcttcatttcctcgcaattacttgtctacatctgatttctgtg 9093490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 102 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 9065739 - 9065556
Alignment:
Q  102 ttcatcttgtggtaaaatttcagacataagttatccatttcgattaaaagatgatccaattcattgcggggatagcaggtatgaactatcttgtgaaaat 201  Q
    |||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||  | |||| ||||||||||||||||||||||    
T  9065739 ttcatcttgtggcaaaatatcaaaaataagttatccatttcgattaaaagatgatccaatacactgcggtaacagcaagtatgaactatcttgtgaaaat 9065640  T
Q  202 aacgtgacaaccttaaatttgtattccggaaaatattatgtgaaatccatcaactacaacaatttcacaatcagattggttgat 285  Q
    || |||||||| ||| ||||||| |||  ||||||| ||||    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  9065639 aatgtgacaactttatatttgtactccacaaaatataatgtccgttccatcaactacaacaattttacaatcagactggttgat 9065556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 101 - 350
Target Start/End: Original strand, 9136277 - 9136526
Alignment:
Q  101 cttcatcttgtggtaaaatttcagacataagttatccatttcgattaaaagatgatccaattcattgcggggatagcaggtatgaactatcttgtgaaaa 200  Q
    |||||| |||||| ||||||||  | ||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||  || ||||| || ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  9136277 cttcatattgtggcaaaatttccaagataagctctccttttcgattaaaagatgacccaaaacactgcggtgacagcagttatgaactagcttgtgaaaa 9136376  T
Q  201 taacgtgacaaccttaaatttgtattccggaaaatattatgtgaaatccatcaactacaacaatttcacaatcagattggttgatattggaattcaacat 300  Q
    |||  | ||||  ||| |||| || || | ||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||     
T  9136377 taatataacaagtttatatttatactctgcaaaatattatgtgcagtccatcaactacaacgatttcacaatccgattggttgatcctggagttcaacaa 9136476  T
Q  301 gataattgttcttcacttcctctctatttcttgactcaatctgatttctg 350  Q
      |||||| |||||||||||||||||||  ||| ||| |||| |||||||    
T  9136477 tctaattgctcttcacttcctctctattctttgtctcgatctaatttctg 9136526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 423 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 8972124 - 8971932
Alignment:
Q  423 tctttttgagcatatagtttacttgaattgtactcatcgagtgaccaacaatcctaaatatgtttatacttcttcatgtctc-aattggagctctaaatc 521  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||  |||||||||| ||| || |||| |     | | ||    
T  8972124 tctttttaagcatatagtttacttgaattgtacccatcaagtaactaacaatcctaaatatgtgaatacttcttcctgtttccaatttgg----ttactc 8972029  T
Q  522 caaagggtattatatttatgctatggctggtgatttaattgctgatgattttcaagttggttgtcatgtgatgttagttactccaacgtcttggttg 618  Q
    |||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| |||| ||||    
T  8972028 caaaagtaattatatatatgctatggctggtgatttaattgctcaagattttcaagttggttgtcatgtgaaattggttactccaacatctttgttg 8971932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 423 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 9007152 - 9006960
Alignment:
Q  423 tctttttgagcatatagtttacttgaattgtactcatcgagtgaccaacaatcctaaatatgtttatacttcttcatgtctc-aattggagctctaaatc 521  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||  |||||||||| ||| || |||| |     | | ||    
T  9007152 tctttttaagcatatagtttacttgaattgtacccatcaagtaactaacaatcctaaatatgtgaatacttcttcctgtttccaatttgg----ttactc 9007057  T
Q  522 caaagggtattatatttatgctatggctggtgatttaattgctgatgattttcaagttggttgtcatgtgatgttagttactccaacgtcttggttg 618  Q
    |||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| |||| ||||    
T  9007056 caaaagtaattatatatatgctatggctggtgatttaattgctcaagattttcaagttggttgtcatgtgaaattggttactccaacatctttgttg 9006960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 93 - 320
Target Start/End: Original strand, 9099589 - 9099816
Alignment:
Q  93 ttgtccatcttcatcttgtggtaaaatttcagacataagttatccatttcgattaaaagatgatccaattcattgcggggatagcaggtatgaactatct 192  Q
    |||||| | |||||| ||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  || ||||| || |||||||| |||||| ||    
T  9099589 ttgtcccttttcatcctgtgggaaaatatcaaacataagttacccatttcgattaaaagatgacccaaaacaatgcggagacagcaggtacgaactagct 9099688  T
Q  193 tgtgaaaataacgtgacaaccttaaatttgtattccggaaaatattatgtgaaatccatcaactacaacaatttcacaatcagattggttgatattggaa 292  Q
    ||||||||||| |||||||  ||| |||| || || | ||||||  ||||  | |||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||  || |     
T  9099689 tgtgaaaataatgtgacaaaattatatttatactctgcaaaataccatgtccagtccatcaactacaataatttcacaatccgattagttgatcctgaag 9099788  T
Q  293 ttcaacatgataattgttcttcacttcc 320  Q
    |||||||   |||||| |||||||||||    
T  9099789 ttcaacaatctaattgctcttcacttcc 9099816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 520 - 698
Target Start/End: Original strand, 9136720 - 9136895
Alignment:
Q  520 tccaaagggtattatatttatgctatggctggtgatttaattgctgatgattttcaagttggttgtcatgtgatgttagttactccaacgtcttggttga 619  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| ||||||||||  | |||||||| ||| ||||||| |     
T  9136720 tccaaagggtattctatttatgctatggctggtgatttagttgctcaagattttcaagttggctgtcatgtgaaatcagttactctaacttcttggtcgg 9136819  T
Q  620 gaaacttgcaaggaaatgaagtcgtttcttatgatgttattcgcaaggcgttagaatatggatttgagatttcatggtt 698  Q
    |    |||||| ||||| || |  || | |||||||| ||||  ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||    
T  9136820 g---tttgcaaagaaatcaattacttacatatgatgtcattcataaggcgttagtgtatggatttgaggtttcatggtt 9136895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 425 - 592
Target Start/End: Original strand, 9093565 - 9093723
Alignment:
Q  425 tttttgagcatatagtttacttgaattgtactcatcgagtgaccaacaatcctaaatatgtttatacttcttcatgtctcaattggagctctaaatccaa 524  Q
    ||||| |||||||||| ||| | |||||||  ||||| |||||||||||| ||||||||||  |||||||||| ||||||||      |||  |||||||    
T  9093565 tttttcagcatatagtatacataaattgtagccatcgtgtgaccaacaattctaaatatgtcaatacttcttcctgtctcaa------ctcgcaatccaa 9093658  T
Q  525 agggtattatatttatgctatggctggtgatttaattgctgatgattttcaagttggttgtcatgtga 592  Q
    ||| || |   |||||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||||||||||||||||    
T  9093659 aggctact---tttatgctatggctggtgatttaattgtcgaagactttcaagttggttgtcatgtga 9093723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 469 - 592
Target Start/End: Original strand, 9072447 - 9072570
Alignment:
Q  469 aacaatcctaaatatgtttatacttcttcatgtctcaatt-ggagctctaaatccaaagggtattatatttatgctatggctggtgatttaattgctgat 567  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| |  |||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||||     
T  9072447 aacaatcctaaatatgtgaatacttcttcctgtctcactcaggag-tccaaatcaaaaggctattatatttatgctatagctggtcatataactgctgaa 9072545  T
Q  568 gattttcaagttggttgtcatgtga 592  Q
    ||||| |||||||||||||||||||    
T  9072546 gatttacaagttggttgtcatgtga 9072570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 427 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 9065387 - 9065209
Alignment:
Q  427 tttgagcatatagtttacttgaattgtactcatcgagtgaccaacaatcctaaatatgtttatacttcttcatgtctcaattggagctctaaatccaaag 526  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||  ||| ||| || | |||| | || |||||   ||||||  | ||||||||| |   ||| ||||||||||    
T  9065387 tttgagcatatagtttacctgagttgtaccaatcaagtcactagcaattccaactatgtgattacttcaccttgtctcaatcgacactccaaatccaaag 9065288  T
Q  527 ggtattatatttatgctatggctggtgatttaattgctgatgattttcaagttggttgtcatgtgatgttagttactcc 605  Q
    |  |||||||||||||||| | |||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||||||||  || ||||||||    
T  9065287 gcaattatatttatgctatagttggtgatttaacggctgaggactttcaagttggttgtcatgtgaaattggttactcc 9065209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University