View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6477_high_1 (Length: 682)

Name: NF6477_high_1
Description: NF6477
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6477_high_1
NF6477_high_1
[»] chr1 (18 HSPs)
chr1 (19-529)||(30368060-30368561)
chr1 (19-383)||(13070128-13070492)
chr1 (19-383)||(13204335-13204699)
chr1 (19-429)||(13094233-13094639)
chr1 (19-433)||(13100831-13101240)
chr1 (19-460)||(13007008-13007440)
chr1 (19-429)||(13129662-13130068)
chr1 (19-429)||(13161355-13161761)
chr1 (79-380)||(13244533-13244834)
chr1 (19-380)||(13085986-13086347)
chr1 (19-372)||(19279120-19279473)
chr1 (74-372)||(12963882-12964180)
chr1 (74-433)||(13080872-13081227)
chr1 (85-388)||(13271457-13271760)
chr1 (19-380)||(13065165-13065526)
chr1 (293-371)||(13010661-13010739)
chr1 (591-648)||(30368685-30368743)
chr1 (46-96)||(19727316-19727366)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (249-321)||(31380253-31380325)
chr6 (163-224)||(377566-377627)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (154-326)||(36668058-36668230)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (166-206)||(12164326-12164366)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 529
Target Start/End: Original strand, 30368060 - 30368561
Alignment:
Q  19 ggagctatatgtgaatccatgaggctgtatcctactgtaccttttgagcttatcagtgcaatcaaatctgatatactacctagtggagagaatgttagtc 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30368060 ggagctatatgtgaatccatgaggttgtatcctactgtaccttttgagcttatcagtgcaatcaaatctgatatactacctagtggagagaatgttagtc 30368159  T
Q  119 caaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaagaaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcaga 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30368160 caaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaaaaaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcaga 30368259  T
Q  219 gagaggacacattataaatgtaccatcttccaagttcatagctttcaatacaggacctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaag 318  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30368260 gagaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaatacaggacctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaag 30368359  T
Q  319 atggttgcagctgccttgttatggaagtttcacatacaggtcgtggaaggtcaccctgtaacccctagggcttctcttttccttcgcatatatgaaacat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    |  |||||||||    
T  30368360 atggttgcagctgccttgttatggaagtttcacatacaggtcgtggaaggtcaccctgtaacccctagggcttctgttgtcctt----tgaatgaaacat 30368455  T
Q  419 ggcttgaaggtcaaattaaagtcgctaaaagatgcatttgacattgttgctctctatgtcctggttaaatattgttatggtctagtgatattatactata 518  Q
    |||||||| |||     || ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  30368456 ggcttgaacgtc-----aaggttactaaaagatgcatttgacattgttgctctctatgtcttggtcgaatattcttatggtctagtgatattatattata 30368550  T
Q  519 tggtattttat 529  Q
    |||||||||||    
T  30368551 tggtattttat 30368561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 19 - 383
Target Start/End: Original strand, 13070128 - 13070492
Alignment:
Q  19 ggagctatatgtgaatccatgaggctgtatcctactgtaccttttgagcttatcagtgcaatcaaatctgatatactacctagtggagagaatgttagtc 118  Q
    ||||||||||||||| || |||| || |||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  13070128 ggagctatatgtgaaaccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtgttagtc 13070227  T
Q  119 caaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaagaaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcaga 218  Q
    ||||||| | |||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13070228 caaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcaga 13070327  T
Q  219 gagaggacacattataaatgtaccatcttccaagttcatagctttcaatacaggacctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaag 318  Q
    || ||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13070328 gacaggacacattatacatgttccatcttacaagttcatagctttcaatacaggtccgagaagttgtttgggtaaagatcttagtttcattcaaatgaag 13070427  T
Q  319 atggttgcagctgccttgttatggaagtttcacatacaggtcgtggaaggtcaccctgtaacccc 383  Q
    ||||| |||||||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13070428 atggtcgcagctgctttgttacagaagtttcacatacaggtggtggaaggtcaccctgtaacccc 13070492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 19 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 13204699 - 13204335
Alignment:
Q  19 ggagctatatgtgaatccatgaggctgtatcctactgtaccttttgagcttatcagtgcaatcaaatctgatatactacctagtggagagaatgttagtc 118  Q
    ||||||||||||||| || |||| || |||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  13204699 ggagctatatgtgaagccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtgttagtc 13204600  T
Q  119 caaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaagaaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcaga 218  Q
    ||||||| | |||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13204599 caaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcaga 13204500  T
Q  219 gagaggacacattataaatgtaccatcttccaagttcatagctttcaatacaggacctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaag 318  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13204499 gacaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaatacaggtcctagaagttgtttgggtaaagatcttagtttcattcaaatgaag 13204400  T
Q  319 atggttgcagctgccttgttatggaagtttcacatacaggtcgtggaaggtcaccctgtaacccc 383  Q
    ||||| |||||||| ||||||  ||| ||||||||| || | |||||||||||||||||||||||    
T  13204399 atggtcgcagctgctttgttacagaattttcacataaagatagtggaaggtcaccctgtaacccc 13204335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 19 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 13094639 - 13094233
Alignment:
Q  19 ggagctatatgtgaatccatgaggctgtatcctactgtaccttttgagcttatcagtgcaatcaaatctgatatactacctagtggagagaatgttagtc 118  Q
    ||||||||||||||| || | ||||| |||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| ||    
T  13094639 ggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaaatctgatatactacctagtggataccatgttactc 13094540  T
Q  119 caaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaagaaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcaga 218  Q
    ||||||| |  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  13094539 caaatacaactttaatttactctttgtattctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctga 13094440  T
Q  219 gagaggacacattataaatgtaccatcttccaagttcatagctttcaatacaggacctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaag 318  Q
    ||| ||| | |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  13094439 gaggggagatattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatattagtttcattcaaatgaag 13094340  T
Q  319 atggttgcagctgccttgttatggaagtttcacatacaggtcgtggaaggtcaccctgtaacccctagggcttctcttttccttcgcatatatgaaacat 418  Q
    ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||| | || ||||||    |||||||||    
T  13094339 atggtcgcagctgctttgttacggaagtttcacatacaggtggtggaaggtcaccctgtaaccccaaggctttctgtgtttcttcgc----atgaaacat 13094244  T
Q  419 ggcttgaaggt 429  Q
    |||||||||||    
T  13094243 ggcttgaaggt 13094233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 19 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 13101240 - 13100831
Alignment:
Q  19 ggagctatatgtgaatccatgaggctgtatcctactgtaccttttgagcttatcagtgcaatcaaatctgatatactacctagtggagagaatgttagtc 118  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||||||||||| |||  || |||||||||| |||||||| ||||||||||||  | ||||||    
T  13101240 ggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatatgttcaatcaaatccgatatacttcctagtggagagcgttttagtc 13101141  T
Q  119 caaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaagaaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcaga 218  Q
    ||||||| | |||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13101140 caaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtgtcaga 13101041  T
Q  219 gagaggacacattataaatgtaccatcttccaagttcatagctttcaatacaggacctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaag 318  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||||    
T  13101040 gagaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaat-caggacctagaagttgtatgggtaaggatattagcttcattcaaatgaag 13100942  T
Q  319 atggttgcagctgccttgttatggaagtttcacatacaggtcgtggaaggtcaccctgtaacccctagggcttctcttttccttcgcatatatgaaacat 418  Q
    ||||| |||||||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |  |||| || | ||||    | |||||||||    
T  13100941 atggtcgcagctgctttgttaccgaagtttcacatacaggtggtggaaggtcaccctataaccccgaagctttcttttgttcttc----acatgaaacat 13100846  T
Q  419 ggcttgaaggtcaaa 433  Q
    |||||||||||||||    
T  13100845 ggcttgaaggtcaaa 13100831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 19 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 13007440 - 13007008
Alignment:
Q  19 ggagctatatgtgaatccatgaggctgtatcctactgtaccttttgagcttatcagtgcaatcaaatctgatatactacctagtggagagaatgttagtc 118  Q
    |||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  13007440 ggagctctatgtgaagccatgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaattccgatatactacctagtggagagcgtgttagtc 13007341  T
Q  119 caaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaagaaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcaga 218  Q
    ||||||| | |||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13007340 caaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtgtcaga 13007241  T
Q  219 gagaggacacattataaatgtaccatcttccaagttcatagctttcaatacaggacctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaag 318  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| |||| ||| |||||||||||    
T  13007240 gagaggacacattatacatgtaccatcttacaagttcatagctttcaatacaggtcctagaagttgtatgggcaaggatattagcttcattcaaatgaag 13007141  T
Q  319 atggttgcagctgccttgttatggaagtttcacatacaggtcgtggaaggtcaccctgtaacccctagggcttctcttttccttcgcatatatgaaacat 418  Q
    ||||| ||||| || ||||||   |||||||||||| |||| |||| |||||||||| ||||||| | |  |||| || | ||||    | |||||||||    
T  13007140 atggtcgcagcagctttgttaccaaagtttcacataaaggtggtggcaggtcaccctataaccccgaagctttcttttgttcttc----acatgaaacat 13007045  T
Q  419 ggcttgaaggtcaaattaaagtcgctaaaagatgcatttgac 460  Q
    ||||||||||     |||||||| ||||||||||||||||||    
T  13007044 ggcttgaagg-----ttaaagtcactaaaagatgcatttgac 13007008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 19 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 13130068 - 13129662
Alignment:
Q  19 ggagctatatgtgaatccatgaggctgtatcctactgtaccttttgagcttatcagtgcaatcaaatctgatatactacctagtggagagaatgttagtc 118  Q
    ||||||||||||||| || | ||||| |||||| || |||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  13130068 ggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcatatctgttcaatcaaatctgatatactacctagtggataccatgttagtc 13129969  T
Q  119 caaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaagaaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcaga 218  Q
    ||||||| |  || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  13129968 caaatacaactttgatttactctttgtattctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctga 13129869  T
Q  219 gagaggacacattataaatgtaccatcttccaagttcatagctttcaatacaggacctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaag 318  Q
    ||| ||| | |||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13129868 gaggggagatattatacatgtaccatcttacaagttcgtagctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatcttagtttcattcaaatgaag 13129769  T
Q  319 atggttgcagctgccttgttatggaagtttcacatacaggtcgtggaaggtcaccctgtaacccctagggcttctcttttccttcgcatatatgaaacat 418  Q
    ||||| |||||||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||| |  | ||||||    |||||||||    
T  13129768 atggtcgcagctgctttgttacagaagtttcacatacaggtggtggaaggtcaccctgtaaccccaaggctttctgtgcttcttcgc----atgaaacat 13129673  T
Q  419 ggcttgaaggt 429  Q
    |||||||||||    
T  13129672 ggcttgaaggt 13129662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 19 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 13161761 - 13161355
Alignment:
Q  19 ggagctatatgtgaatccatgaggctgtatcctactgtaccttttgagcttatcagtgcaatcaaatctgatatactacctagtggagagaatgttagtc 118  Q
    ||||||||||||||| || | ||||| |||||  || |||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||   | ||||||    
T  13161761 ggagctatatgtgaaaccttaaggctttatccacctataccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagaacgtattagtc 13161662  T
Q  119 caaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaagaaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcaga 218  Q
    ||||||| |  ||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||| || ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  13161661 caaatacaagtttaatgtactctatgtattctatgggcaggatggaacaactatggggggaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctga 13161562  T
Q  219 gagaggacacattataaatgtaccatcttccaagttcatagctttcaatacaggacctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaag 318  Q
    ||| ||| | |||||| ||||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13161561 gaggggagatattatacatgtaccttcttacaagttcatatctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatcttagtttcattcaaatgaag 13161462  T
Q  319 atggttgcagctgccttgttatggaagtttcacatacaggtcgtggaaggtcaccctgtaacccctagggcttctcttttccttcgcatatatgaaacat 418  Q
    ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||  |||| | || ||||||    |||||||||    
T  13161461 atggtcgcagctgctttgttacggaagtttcacatacaggtggtggaaggtcaccttgtaaccccaaggctttctgtgtttcttcgc----atgaaacat 13161366  T
Q  419 ggcttgaaggt 429  Q
    |||||||||||    
T  13161365 ggcttgaaggt 13161355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 79 - 380
Target Start/End: Original strand, 13244533 - 13244834
Alignment:
Q  79 atcaaatctgatatactacctagtggagagaatgttagtccaaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaagaaatatggggag 178  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||| || || ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||    
T  13244533 atcaaatctgatatactacctagtggagaacatgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatgcaacaaatatggggag 13244632  T
Q  179 aagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagagaggacacattataaatgtaccatcttccaagttcatagctttcaatacaggacctag 278  Q
    | |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||  ||||||   |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  13244633 atgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagctagaggagggattataaatgtaccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctag 13244732  T
Q  279 aagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaagatggttgcagctgccttgttatggaagtttcacatacaggtcgtggaaggtcaccctgta 378  Q
    ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13244733 aagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggtggtggaaggtcaccctgta 13244832  T
Q  379 ac 380  Q
    ||    
T  13244833 ac 13244834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 13086347 - 13085986
Alignment:
Q  19 ggagctatatgtgaatccatgaggctgtatcctactgtaccttttgagcttatcagtgcaatcaaatctgatatactacctagtggagagaatgttagtc 118  Q
    ||||||||||||||| |  ||||||| |||||| ||||||| ||| |||  |   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||  |    
T  13086347 ggagctatatgtgaagcattgaggctttatcctcctgtaccatttcagcacaagtgtgcaatcaaagctgatatactacctagtggagattatgttaaac 13086248  T
Q  119 caaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaagaaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcaga 218  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||  | ||| || | ||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  13086247 caaatactaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatgaaacaaatatggggtaaggatcgcttcgaatttaagcccgagagatggatatcaga 13086148  T
Q  219 gagaggacacattataaatgtaccatcttccaagttcatagctttcaatacaggacctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaag 318  Q
     | |||||| ||| |  |||||||||||| |||||||||||| || ||| |||| ||| |||||||| | || |||||| ||||  | |||||||||||     
T  13086147 taaaggacatattttgcatgtaccatcttgcaagttcatagcatttaatgcaggtcctcgaagttgtcttgggaaagatattagcattgttcaaatgaaa 13086048  T
Q  319 atggttgcagctgccttgttatggaagtttcacatacaggtcgtggaaggtcaccctgtaac 380  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || |||||||||||  |||||||    
T  13086047 atggttgcagctgctatgttatggaagtttcacatacaagttgtggaaggtcattctgtaac 13085986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 372
Target Start/End: Original strand, 19279120 - 19279473
Alignment:
Q  19 ggagctatatgtgaatccatgaggctgtatcctactgtaccttttgagcttatcagtgcaatcaaatctgatatactacctagtggagagaatgttagtc 118  Q
    ||||||||||||||| || | ||||| |||||  ||||||| ||||| |  |   ||||| | || || ||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  19279120 ggagctatatgtgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatatactacctagtggagaccatgttagtc 19279219  T
Q  119 caaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaagaaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcaga 218  Q
     |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || |||||| | ||||||  ||||||||||||| |||| ||    
T  19279220 taaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctagaatttcggcctgagagatggatatcgga 19279319  T
Q  219 gagaggacacattataaatgtaccatcttccaagttcatagctttcaatacaggacctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaag 318  Q
     |||||||| |||||| |||||||||| | |||||||||||| || ||| |||| || ||||| ||| | || |||||| ||| |||| ||||||||||     
T  19279320 tagaggacaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaa 19279419  T
Q  319 atggttgcagctgccttgttatggaagtttcacatacaggtcgtggaaggtcac 372  Q
    ||||||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19279420 atggttgcagctgctgtattatggaagtttcgcatacaggtcgtggaaggtcac 19279473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 74 - 372
Target Start/End: Original strand, 12963882 - 12964180
Alignment:
Q  74 gtgcaatcaaatctgatatactacctagtggagagaatgttagtccaaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaagaaatatg 173  Q
    ||||||| ||||| |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  12963882 gtgcaattaaatcagatatattacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatg 12963981  T
Q  174 gggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagagaggacacattataaatgtaccatcttccaagttcatagctttcaatacagga 273  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| | |||||| | |||||| | || |||||||  ||||||||||| |||||| ||||     
T  12963982 gggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcaaatagaggagaaattatacaagtgccatcttataagttcatagcattcaatgcaggt 12964081  T
Q  274 cctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaagatggttgcagctgccttgttatggaagtttcacatacaggtcgtggaaggtcac 372  Q
    |||||||||||||| || |||||| |||| || ||||||||||| |||||||| |||    |||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||    
T  12964082 cctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggttgctgctaatgtgttgtggaagtttcacatagaagtggtggaaggtcac 12964180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 74 - 433
Target Start/End: Original strand, 13080872 - 13081227
Alignment:
Q  74 gtgcaatcaaatctgatatactacctagtggagagaatgttagtccaaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaagaaatatg 173  Q
    |||| |||||||| |||| ||| |||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||    
T  13080872 gtgctatcaaatcggataaacttcctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatggagcaaatatg 13080971  T
Q  174 gggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagagaggacacattataaatgtaccatcttccaagttcatagctttcaatacagga 273  Q
    |||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| | || || ||||  ||||||||||| || ||| ||||     
T  13080972 gggagaggattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagatagaggacaaattatacaagtgccgtcttataagttcatagcgtttaatgcaggt 13081071  T
Q  274 cctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaagatggttgcagctgccttgttatggaagtttcacatacaggtcgtggaaggtcacc 373  Q
    || ||||| ||| | || |||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||||  | ||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||     
T  13081072 ccaagaagctgtcttgggaaagatattagttttcttcaaatgaaaatggttgcagctgcagttttatttaagtttcacattcaggtggtggaaggtcact 13081171  T
Q  374 ctgtaacccctagggcttctcttttccttcgcatatatgaaacatggcttgaaggtcaaa 433  Q
    |  |||  ||||||| |||| || ||||||||    ||| |||||||||| |||||||||    
T  13081172 caataattcctagggtttctattctccttcgc----atggaacatggctttaaggtcaaa 13081227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 85 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 13271760 - 13271457
Alignment:
Q  85 tctgatatactacctagtggagagaatgttagtccaaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaagaaatatggggagaagatt 184  Q
    ||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |  ||||||| |  ||||    
T  13271760 tctgatatactacctagtggacaccatgttggtccaaacacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaagaatggaacatgtatggggtggtgatt 13271661  T
Q  185 gcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagagaggacacattataaatgtaccatcttccaagttcatagctttcaatacaggacctagaagttg 284  Q
    || |||| |||||||||||||||||| ||||||| | |||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||    
T  13271660 gcttggagtttaagcctgagagatggatatcagataaaggacaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagctg 13271561  T
Q  285 tatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaagatggttgcagctgccttgttatggaagtttcacatacaggtcgtggaaggtcaccctgtaacccct 384  Q
    | | || |||||| |||| ||  |||||||||| |||||||||||| |  | |||||||||||||||||||| || |||||||||||  |||| || |||    
T  13271560 tcttgggaaagatattagctttattcaaatgaaaatggttgcagcttctgtattatggaagtttcacatacatgtggtggaaggtcagtctgttactcct 13271461  T
Q  385 aggg 388  Q
    ||||    
T  13271460 aggg 13271457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 19 - 380
Target Start/End: Original strand, 13065165 - 13065526
Alignment:
Q  19 ggagctatatgtgaatccatgaggctgtatcctactgtaccttttgagcttatcagtgcaatcaaatctgatatactacctagtggagagaatgttagtc 118  Q
    ||||||||||||||| || | ||||| |||||| |||||||| | ||||  |    |||||||||| |||||||||| ||||||||||   |||| ||||    
T  13065165 ggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatatacttcctagtggagtccatgtaagtc 13065264  T
Q  119 caaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaagaaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcaga 218  Q
    ||||||| | | || | |||| ||||||| | ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  13065265 caaatacaaggatattatactatttgtattcaatgggaaggatggagaaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatcaaa 13065364  T
Q  219 gagaggacacattataaatgtaccatcttccaagttcatagctttcaatacaggacctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaag 318  Q
     || ||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| ||||||||||| | |  |||||| ||||||||    
T  13065365 aagcggacaaattatacatgtaccgtcttacaagttcatagctttcaatgcagggccaagaagttgtttgggtaaagatatcaccttcgttgaaatgaag 13065464  T
Q  319 atggttgcagctgccttgttatggaagtttcacatacaggtcgtggaaggtcaccctgtaac 380  Q
    |||| ||| || ||  |  |||||||||||  ||||||  | ||||| ||||| ||||||||    
T  13065465 atggctgccgcggctatactatggaagttttgcatacatttagtggatggtcatcctgtaac 13065526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 293 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 13010739 - 13010661
Alignment:
Q  293 aagatcttagtttcgttcaaatgaagatggttgcagctgccttgttatggaagtttcacatacaggtcgtggaaggtca 371  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||  ||||||||||| |||| |||||| || |||||||||||    
T  13010739 aagatcttagtttcattctaatgaagatggtcgcagctgatttgttatggaaatttcgcatacaagtggtggaaggtca 13010661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 591 - 648
Target Start/End: Original strand, 30368685 - 30368743
Alignment:
Q  591 atcagagatatttttaaactttct-ttttgccttgttatatgaatctgtttctcctctt 648  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30368685 atcagagatatttttaaactttttgtttttccttgttatatgaatatgtttctcctctt 30368743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 46 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 19727366 - 19727316
Alignment:
Q  46 tatcctactgtaccttttgagcttatcagtgcaatcaaatctgatatacta 96  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||  |||||||||||||| ||||||||    
T  19727366 tatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatctcatatacta 19727316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 49; Significance: 1e-18; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 249 - 321
Target Start/End: Original strand, 31380253 - 31380325
Alignment:
Q  249 caagttcatagctttcaatacaggacctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaagatg 321  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  31380253 caagttcatatctttcaatacaggacccggaagttgtattggtaaagatcttagtttcattcaaattaagatg 31380325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 163 - 224
Target Start/End: Original strand, 377566 - 377627
Alignment:
Q  163 gaagaaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagagagg 224  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  377566 gaagagatatggggagaagattgcttggagttcaagccagagagatggatatctgagagagg 377627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 154 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 36668230 - 36668058
Alignment:
Q  154 ggaaggatggaagaaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagagaggacacattataaatgtaccatcttccaagt 253  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||| ||||| ||  ||| ||||   |  ||  ||||||| |||| |||||    
T  36668230 ggaagggtggaggaaatatggggagaagattgcttggaatttaaaccagagaggtgggtttctaagaaaggagggacaattcatgtaccttcttacaagt 36668131  T
Q  254 tcatagctttcaatacaggacctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaagatggttgc 326  Q
    |||| ||||||||| | ||||| || ||| || ||||||| ||| | || ||| || |  |||||||||||||    
T  36668130 tcattgctttcaatgctggaccaaggagtcgtttgggtaaggatataagcttcattgagttgaagatggttgc 36668058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 166 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 12164366 - 12164326
Alignment:
Q  166 gaaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgagag 206  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  12164366 gaaatatggggagaagattgcttggaatttaagccagagag 12164326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University