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 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6478_high_3 (Length: 470)

Name: NF6478_high_3
Description: NF6478
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6478_high_3
NF6478_high_3
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (18-470)||(34231601-34232053)
chr5 (17-459)||(34239352-34239794)
chr5 (18-457)||(42124368-42124807)
chr5 (286-459)||(42129741-42129914)
chr5 (362-463)||(41712691-41712792)
chr5 (52-121)||(41712465-41712533)
chr5 (417-463)||(41571205-41571251)
chr5 (426-463)||(41432400-41432437)
chr5 (17-70)||(42118326-42118379)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (17-458)||(12249341-12249782)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-454)||(25521818-25522254)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (165-459)||(8523896-8524190)
chr3 (18-80)||(8524203-8524265)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-316)||(11119079-11119379)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 409; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 470
Target Start/End: Original strand, 34231601 - 34232053
Alignment:
Q  18 tcactttcaaaccttcgccatctcattaacttggatctttcatacaattcattaagcagtcaaattccagatgtatttggcgggatgaccaaactgcaag 117  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34231601 tcactttcaaaccttcgacatctcattaacttggatctttcatacaattcattaagcggtcaaattccagatgtatttggcgggatgaccaaactgcaag 34231700  T
Q  118 aactccgtctatattcaaacaatttagtaggacaaattccactttccttatttaagatgactcaacttgttaggttagattgttcatataataaattaag 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  34231701 aactccgtctatattcaaacaatttagtaggacaaattccactttccttatttaagttgactcaacttgttagattcgattgttcatataataaattaag 34231800  T
Q  218 aggtccattgccgaataaaattacaggttttcaacagctagttcattttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttatct 317  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34231801 aggtccattgccaaataaaattacaggttttcaacagctagttcgttttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttatct 34231900  T
Q  318 ttgcctcgtttgctaaatttatatctatcacacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgtcgtattcgttagaggctctaaatctaggcggta 417  Q
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T  34231901 ttgcctcgtttgctaaatttatatctatcaaacaatcaacttacagggcatatcagtgcaatctcgtcctattcgttagaggctctaaatctaggcggta 34232000  T
Q  418 acaagctccaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagct 470  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34232001 acaagctacaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagct 34232053  T

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Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 459
Target Start/End: Original strand, 34239352 - 34239794
Alignment:
Q  17 ctcactttcaaaccttcgccatctcattaacttggatctttcatacaattcattaagcagtcaaattccagatgtatttggcgggatgaccaaactgcaa 116  Q
    |||| ||||||||||||   |||||||  ||||| ||||||||  ||||||| | ||| ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  34239352 ctcattttcaaaccttcaaaatctcatccacttgtatctttcaggcaattcacttagcggtcaaatcccagatgtatttggtaggatgaccaaactgcaa 34239451  T
Q  117 gaactccgtctatattcaaacaatttagtaggacaaattccactttccttatttaagatgactcaacttgttaggttagattgttcatataataaattaa 216  Q
    | | ||  ||||  ||| ||||| |||| |||||||||||||  ||| ||||||||  ||| ||||||||||   ||||||||| | ||||||||||||     
T  34239452 gtattctatctagcttctaacaaattagaaggacaaattccatcttcattatttaacttgaatcaacttgttgatttagattgtgcttataataaattag 34239551  T
Q  217 gaggtccattgccgaataaaattacaggttttcaacagctagttcattttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttatc 316  Q
      |||||| | |  ||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||  | ||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  34239552 agggtccactacataataaaattgcaggttttcaaaagctaatttatttgaggttaaatgacaacttgctaaatggaacaattccttcctccttgttatc 34239651  T
Q  317 tttgcctcgtttgctaaatttatatctatcacacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgtcgtattcgttagaggctctaaatctaggcggt 416  Q
    |||||||  |||| ||  | | ||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||| |||||| || ||||| ||||||  ||||  |||| ||       
T  34239652 tttgccttctttggtacttctgtatctatcaaacaatcgacttacagggcctatcagtgaaatctcatcatattccttagagtatctatctctatgcaac 34239751  T
Q  417 aacaagctccaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttg 459  Q
    |||||||| |||||  |||||||| | ||||||||||||||||    
T  34239752 aacaagctacaaggtgatattccaaattcaattttcaaccttg 34239794  T

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Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 42124807 - 42124368
Alignment:
Q  18 tcactttcaaaccttcgccatctcattaacttggatctttcatacaattcattaagcagtcaaattccagatgtatttggcgggatgaccaaactgcaag 117  Q
    ||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||   |  |||||||| ||  ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  42124807 tcactttcaaaccttcgacaactcattcacttggatcttgggtggaattcatttagtggtcaaatcccagatgtgtttggtgggatgaccaaactgcaag 42124708  T
Q  118 aactccgtctatattcaaacaatttagtaggacaaattccactttccttatttaagatgactcaacttgttaggttagattgttcatataataaattaag 217  Q
    |||||  | ||  ||| |||||||||| |||||||||||||  |||  |||||||  ||||||| ||| | |  |||||||||  |  ||| ||||||      
T  42124707 aactcgatttaacttccaacaatttagaaggacaaattccatcttcactatttaacttgactcagcttttcacattagattgtagaggtaacaaattaga 42124608  T
Q  218 aggtccattgccgaataaaattacaggttttcaacagctagttcattttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttatct 317  Q
     |||||  | || || |||||||||||  | ||| ||||| |  ||||   |||||| ||||||   ||||| |||||| |||||||||| |||||||||    
T  42124607 gggtcccctacccaacaaaattacaggactccaaaagctaatgtatttgaatttaaaagacaacttgctaaatggaacagttccttcctccttgttatct 42124508  T
Q  318 ttgcctcgtttgctaaatttatatctatcacacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgtcgtattcgttagaggctctaaatctaggcggta 417  Q
    ||||||  ||||  || |||| |||||||| | |||| | |||||||||||||||||| ||| || || ||||| ||| |    |||| |||| ||   |    
T  42124507 ttgccttctttggcaattttagatctatcatataatcgacttacagggcatatcagtgaaatatcatcatattctttaaacatgctaactctaagcaaca 42124408  T
Q  418 acaagctccaaggcaatattccagaatcaattttcaacct 457  Q
    ||| ||| |||||||||||||| || || |||||||||||    
T  42124407 acaggctacaaggcaatattcctgagtccattttcaacct 42124368  T

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Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 286 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 42129914 - 42129741
Alignment:
Q  286 taaacggaacaattccttcctctttgttatctttgcctcgtttgctaaatttatatctatcacacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgtc 385  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||| |  |||||  ||||||| | ||||   ||||| ||||||||| ||||||||| ||    
T  42129914 taaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccgtctttggttcatttagttctatcaaataatcgtcttacaaggcatatcactgcaatctcatc 42129815  T
Q  386 gtattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctccaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttg 459  Q
     ||||| ||| ||   ||| ||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  42129814 atattccttaaagaagctagatctaagcggcaacaagctacaaggcaatattccaaaatctattttcaaccttg 42129741  T

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Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 362 - 463
Target Start/End: Original strand, 41712691 - 41712792
Alignment:
Q  362 agggcatatcagtgcaatctcgtcgtattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctccaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgta 461  Q
    ||||||||||| ||||||||| || ||||| |||||||  ||| |||||  ||| ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  41712691 agggcatatcattgcaatctcatcatattccttagaggagctatatctattcggcaacaaactagaaggcaatattccagaatcaattttcaaacttata 41712790  T
Q  462 aa 463  Q
    ||    
T  41712791 aa 41712792  T

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Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 52 - 121
Target Start/End: Original strand, 41712465 - 41712533
Alignment:
Q  52 atctttcatacaattcattaagcagtcaaattccagatgtatttggcgggatgaccaaactgcaagaact 121  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  41712465 atctttcattcaattcatttagcggtcaaataccagatgtgtttggtgggatgaccaaa-tgcaagaact 41712533  T

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Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 417 - 463
Target Start/End: Original strand, 41571205 - 41571251
Alignment:
Q  417 aacaagctccaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaa 463  Q
    |||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  41571205 aacaagctacaaggcgatattcctgaatctattttcaaccttgtaaa 41571251  T

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Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 426 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 41432437 - 41432400
Alignment:
Q  426 caaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaa 463  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41432437 caaggaaatattccagaatcacttttcaaccttgtaaa 41432400  T

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Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 42118379 - 42118326
Alignment:
Q  17 ctcactttcaaaccttcgccatctcattaacttggatctttcatacaattcatt 70  Q
    |||||||||||||||||  || |||||| ||||||||||||| | |||||||||    
T  42118379 ctcactttcaaaccttcaacaactcattcacttggatctttcttccaattcatt 42118326  T

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Target: chr2 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 12249782 - 12249341
Alignment:
Q  17 ctcactttcaaaccttcgccatctcattaacttggatctttcatacaattcattaagcagtcaaattccagatgtatttggcgggatgaccaaactgcaa 116  Q
    |||| ||||||||||||  | ||||||| || |||||||||||| ||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||| | | ||||||||||||||||    
T  12249782 ctcattttcaaaccttcaacgtctcattcacgtggatctttcattcaattcatttagcggtcaaataccagatgtgtttagtgcgatgaccaaactgcaa 12249683  T
Q  117 gaactccgtctatattcaaacaatttagtaggacaaattccactttccttatttaagatgactcaacttgttaggttagattgttcatataataaattaa 216  Q
    ||||||  ||||  ||||||||| |||  ||||||||||||  |||| ||||||||  |||||||||||||||  |||||||||||  |||| ||||||     
T  12249682 gaactcaatctagcttcaaacaaattacaaggacaaattccgttttcattatttaacttgactcaacttgttacattagattgttcgcataacaaattag 12249583  T
Q  217 gaggt-ccattgccgaataaaattacaggttttcaacagctagttcattttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttat 315  Q
     |||| || ||| | || ||||| ||||| |||||| || ||  | ||||  |||||| ||| |||  ||||||||||||||||||| || | |||||||    
T  12249582 aaggtccccttggc-aacaaaatcacagggtttcaaaagttaacttatttcagtttaagtgataactttctaaacggaacaattcctcccaccttgttat 12249484  T
Q  316 ctttgcctcgtttgctaaatttatatctatcacacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgtcgtattcgttagaggctctaaatctaggcgg 415  Q
    ||||||||  ||||  | || || | || ||| |||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||| |||||   ||    
T  12249483 ctttgccttctttggaacatctagagctgtcaaacaatcgatttacaggacatatcagtgcaatctcatcgtattcgttagatacgctatatctatctgg 12249384  T
Q  416 taacaagctccaaggcaatattccagaatcaattttcaacctt 458  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  12249383 taacaagctacaaggcaatattccaaaatccattttcaacctt 12249341  T

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Target: chr6 (Bit Score: 105; Significance: 3e-52; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 18 - 454
Target Start/End: Original strand, 25521818 - 25522254
Alignment:
Q  18 tcactttcaaaccttcgccatctcattaacttggatctttcatacaattcattaagcagtcaaattccagatgtatttggcgggatgaccaaactgcaag 117  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| || || || |||||||||||| ||||||    
T  25521818 tcactttcaaaccttcaacatctcattcgcttggatctttcatacaattcatttagaggtcaaatcccagacgtgttcggtgggatgaccaaattgcaag 25521917  T
Q  118 aactccgtctatattcaaacaatttagtaggacaaattccactttccttatttaagatgactcaacttgttaggttagattgttcatataataaattaag 217  Q
    |||||  ||||||||  ||||| |||| |||||| ||||||  ||| ||||||||  |||||   |||     |||| |||||||  |||||||||||      
T  25521918 aactcgatctatattttaacaaattagaaggacagattccatcttcgttatttaaattgactggtcttaagttgttatattgttctaataataaattaga 25522017  T
Q  218 aggtccattgccgaataaaattacaggttttcaacagctagttcattttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttatct 317  Q
     ||||| || || || ||||||| ||| || ||| |||||  | ||||  ||||| ||||||||    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  25522018 gggtcctttacctaacaaaattatagggttccaaaagctaactgatttaagtttacatgacaacttgttaaatggaacaattccttcctctttgttatct 25522117  T
Q  318 ttgcctcgtttgctaaatttatatctatcacacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgtcgtattcgttagaggctctaaatctaggcggta 417  Q
    ||||||  |||| || |||||||||||||  |||||| | |||||||   ||||||||||| ||| || ||||| ||||||  | ||||||||  |   |    
T  25522118 ttgccttctttggtatatttatatctatctaacaatcgacttacaggatctatcagtgcaacctcatcatattccttagagagtttaaatctatacaaca 25522217  T
Q  418 acaagctccaaggcaatattccagaatcaattttcaa 454  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25522218 acaagctacaaggcaatattccagaatccattttcaa 25522254  T

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Target: chr3 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 165 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 8524190 - 8523896
Alignment:
Q  165 ttatttaagatgactcaacttgttaggttagattgttcatataataaattaagaggtccattgccgaataaaattacaggttttcaacagctagttcatt 264  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||  |||||||||||  |||||||||||   ||||| || || || |||| ||||||| ||||| |||||  | |||    
T  8524190 ttatttaacttgactcatcttgttactttagattgttctcataataaattagatggtcccttacccaacaaaactacaggtcttcaaaagctaactaatt 8524091  T
Q  265 ttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttatctttgcctcgtttgctaaatttatatctatcacacaatcaaattacagg 364  Q
    | || ||||||||||||   ||||| || ||||||||| |||| |||||||| |||||   |||||||   ||| || ||||| | |||||| |||||||    
T  8524090 tgcgattaaatgacaacttgctaaatggtacaattcctccctccttgttatccttgccatttttgctagtattagatttatcaaataatcaacttacagg 8523991  T
Q  365 gcatatcagtgcaatctcgtcgtattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctccaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttg 459  Q
    | ||||||| |||||||| || ||||| ||||||  ||||  |||| |    |||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8523990 gaatatcagcgcaatctcatcatattccttagagtttctatctctaagtaacaacaggctacaaggcaatattccagaatccattttcaaccttg 8523896  T

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Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 18 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 8524265 - 8524203
Alignment:
Q  18 tcactttcaaaccttcgccatctcattaacttggatctttcatacaattcattaagcagtcaa 80  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  8524265 tcactatcaaaccttcgtcatctcatttacttggatgtttcatacaattcatttagcggtcaa 8524203  T

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Target: chr4 (Bit Score: 61; Significance: 5e-26; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 16 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 11119379 - 11119079
Alignment:
Q  16 tctcactttcaaaccttcgccatctcattaacttggatctttcatacaattcattaagcagtcaaattccagatgtatttggcgggatgaccaaactgca 115  Q
    ||||||||||||||||||  || || ||| |||||||| |||| | |||| |||| ||| ||| ||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  11119379 tctcactttcaaaccttcaacaacttattcacttggatatttcttccaatgcatttagcggtccaataccagatgtgtttggtgggatgacaaaactgca 11119280  T
Q  116 agaactccgtctatattcaaacaatttagtaggacaaattccactttccttatttaagatgactcaacttgttaggttagattgttcatataataaatta 215  Q
    |||||||    || |||  ||||| |||| |||||||||||||   || ||||||||  ||||||||||||||   |||| ||||||  |||||||||||    
T  11119279 agaactcgacttagattataacaagttagaaggacaaattccatcatcattatttaacttgactcaacttgttgcattaggttgttctaataataaatta 11119180  T
Q  216 agaggtccattgccgaataaaattacaggttttcaacagctagttcattttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttat 315  Q
       |||||  |||| || ||||||||||| || ||| |||||    ||||  | ||||||||||||    |||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  11119179 gatggtcccctgcccaacaaaattacagggttccaaaagctaacaaatttgagattaaatgacaacttgataaatggaacaattccttcctccttgttat 11119080  T
Q  316 c 316  Q
    |    
T  11119079 c 11119079  T

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