View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6478_low_3 (Length: 470)

Name: NF6478_low_3
Description: NF6478
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6478_low_3
NF6478_low_3
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (18-470)||(34231601-34232053)
chr5 (17-459)||(34239352-34239794)
chr5 (18-457)||(42124368-42124807)
chr5 (286-459)||(42129741-42129914)
chr5 (362-463)||(41712691-41712792)
chr5 (52-121)||(41712465-41712533)
chr5 (417-463)||(41571205-41571251)
chr5 (426-463)||(41432400-41432437)
chr5 (17-70)||(42118326-42118379)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (17-458)||(12249341-12249782)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-454)||(25521818-25522254)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (165-459)||(8523896-8524190)
chr3 (18-80)||(8524203-8524265)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-316)||(11119079-11119379)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 409; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 470
Target Start/End: Original strand, 34231601 - 34232053
Alignment:
Q  18 tcactttcaaaccttcgccatctcattaacttggatctttcatacaattcattaagcagtcaaattccagatgtatttggcgggatgaccaaactgcaag 117  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34231601 tcactttcaaaccttcgacatctcattaacttggatctttcatacaattcattaagcggtcaaattccagatgtatttggcgggatgaccaaactgcaag 34231700  T
Q  118 aactccgtctatattcaaacaatttagtaggacaaattccactttccttatttaagatgactcaacttgttaggttagattgttcatataataaattaag 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  34231701 aactccgtctatattcaaacaatttagtaggacaaattccactttccttatttaagttgactcaacttgttagattcgattgttcatataataaattaag 34231800  T
Q  218 aggtccattgccgaataaaattacaggttttcaacagctagttcattttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttatct 317  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34231801 aggtccattgccaaataaaattacaggttttcaacagctagttcgttttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttatct 34231900  T
Q  318 ttgcctcgtttgctaaatttatatctatcacacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgtcgtattcgttagaggctctaaatctaggcggta 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34231901 ttgcctcgtttgctaaatttatatctatcaaacaatcaacttacagggcatatcagtgcaatctcgtcctattcgttagaggctctaaatctaggcggta 34232000  T
Q  418 acaagctccaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagct 470  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34232001 acaagctacaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagct 34232053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 459
Target Start/End: Original strand, 34239352 - 34239794
Alignment:
Q  17 ctcactttcaaaccttcgccatctcattaacttggatctttcatacaattcattaagcagtcaaattccagatgtatttggcgggatgaccaaactgcaa 116  Q
    |||| ||||||||||||   |||||||  ||||| ||||||||  ||||||| | ||| ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  34239352 ctcattttcaaaccttcaaaatctcatccacttgtatctttcaggcaattcacttagcggtcaaatcccagatgtatttggtaggatgaccaaactgcaa 34239451  T
Q  117 gaactccgtctatattcaaacaatttagtaggacaaattccactttccttatttaagatgactcaacttgttaggttagattgttcatataataaattaa 216  Q
    | | ||  ||||  ||| ||||| |||| |||||||||||||  ||| ||||||||  ||| ||||||||||   ||||||||| | ||||||||||||     
T  34239452 gtattctatctagcttctaacaaattagaaggacaaattccatcttcattatttaacttgaatcaacttgttgatttagattgtgcttataataaattag 34239551  T
Q  217 gaggtccattgccgaataaaattacaggttttcaacagctagttcattttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttatc 316  Q
      |||||| | |  ||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||  | ||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  34239552 agggtccactacataataaaattgcaggttttcaaaagctaatttatttgaggttaaatgacaacttgctaaatggaacaattccttcctccttgttatc 34239651  T
Q  317 tttgcctcgtttgctaaatttatatctatcacacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgtcgtattcgttagaggctctaaatctaggcggt 416  Q
    |||||||  |||| ||  | | ||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||| |||||| || ||||| ||||||  ||||  |||| ||       
T  34239652 tttgccttctttggtacttctgtatctatcaaacaatcgacttacagggcctatcagtgaaatctcatcatattccttagagtatctatctctatgcaac 34239751  T
Q  417 aacaagctccaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttg 459  Q
    |||||||| |||||  |||||||| | ||||||||||||||||    
T  34239752 aacaagctacaaggtgatattccaaattcaattttcaaccttg 34239794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 42124807 - 42124368
Alignment:
Q  18 tcactttcaaaccttcgccatctcattaacttggatctttcatacaattcattaagcagtcaaattccagatgtatttggcgggatgaccaaactgcaag 117  Q
    ||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||   |  |||||||| ||  ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  42124807 tcactttcaaaccttcgacaactcattcacttggatcttgggtggaattcatttagtggtcaaatcccagatgtgtttggtgggatgaccaaactgcaag 42124708  T
Q  118 aactccgtctatattcaaacaatttagtaggacaaattccactttccttatttaagatgactcaacttgttaggttagattgttcatataataaattaag 217  Q
    |||||  | ||  ||| |||||||||| |||||||||||||  |||  |||||||  ||||||| ||| | |  |||||||||  |  ||| ||||||      
T  42124707 aactcgatttaacttccaacaatttagaaggacaaattccatcttcactatttaacttgactcagcttttcacattagattgtagaggtaacaaattaga 42124608  T
Q  218 aggtccattgccgaataaaattacaggttttcaacagctagttcattttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttatct 317  Q
     |||||  | || || |||||||||||  | ||| ||||| |  ||||   |||||| ||||||   ||||| |||||| |||||||||| |||||||||    
T  42124607 gggtcccctacccaacaaaattacaggactccaaaagctaatgtatttgaatttaaaagacaacttgctaaatggaacagttccttcctccttgttatct 42124508  T
Q  318 ttgcctcgtttgctaaatttatatctatcacacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgtcgtattcgttagaggctctaaatctaggcggta 417  Q
    ||||||  ||||  || |||| |||||||| | |||| | |||||||||||||||||| ||| || || ||||| ||| |    |||| |||| ||   |    
T  42124507 ttgccttctttggcaattttagatctatcatataatcgacttacagggcatatcagtgaaatatcatcatattctttaaacatgctaactctaagcaaca 42124408  T
Q  418 acaagctccaaggcaatattccagaatcaattttcaacct 457  Q
    ||| ||| |||||||||||||| || || |||||||||||    
T  42124407 acaggctacaaggcaatattcctgagtccattttcaacct 42124368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 286 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 42129914 - 42129741
Alignment:
Q  286 taaacggaacaattccttcctctttgttatctttgcctcgtttgctaaatttatatctatcacacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgtc 385  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||| |  |||||  ||||||| | ||||   ||||| ||||||||| ||||||||| ||    
T  42129914 taaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccgtctttggttcatttagttctatcaaataatcgtcttacaaggcatatcactgcaatctcatc 42129815  T
Q  386 gtattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctccaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttg 459  Q
     ||||| ||| ||   ||| ||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  42129814 atattccttaaagaagctagatctaagcggcaacaagctacaaggcaatattccaaaatctattttcaaccttg 42129741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 362 - 463
Target Start/End: Original strand, 41712691 - 41712792
Alignment:
Q  362 agggcatatcagtgcaatctcgtcgtattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctccaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgta 461  Q
    ||||||||||| ||||||||| || ||||| |||||||  ||| |||||  ||| ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  41712691 agggcatatcattgcaatctcatcatattccttagaggagctatatctattcggcaacaaactagaaggcaatattccagaatcaattttcaaacttata 41712790  T
Q  462 aa 463  Q
    ||    
T  41712791 aa 41712792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 52 - 121
Target Start/End: Original strand, 41712465 - 41712533
Alignment:
Q  52 atctttcatacaattcattaagcagtcaaattccagatgtatttggcgggatgaccaaactgcaagaact 121  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  41712465 atctttcattcaattcatttagcggtcaaataccagatgtgtttggtgggatgaccaaa-tgcaagaact 41712533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 417 - 463
Target Start/End: Original strand, 41571205 - 41571251
Alignment:
Q  417 aacaagctccaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaa 463  Q
    |||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  41571205 aacaagctacaaggcgatattcctgaatctattttcaaccttgtaaa 41571251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 426 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 41432437 - 41432400
Alignment:
Q  426 caaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaa 463  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41432437 caaggaaatattccagaatcacttttcaaccttgtaaa 41432400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 42118379 - 42118326
Alignment:
Q  17 ctcactttcaaaccttcgccatctcattaacttggatctttcatacaattcatt 70  Q
    |||||||||||||||||  || |||||| ||||||||||||| | |||||||||    
T  42118379 ctcactttcaaaccttcaacaactcattcacttggatctttcttccaattcatt 42118326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 12249782 - 12249341
Alignment:
Q  17 ctcactttcaaaccttcgccatctcattaacttggatctttcatacaattcattaagcagtcaaattccagatgtatttggcgggatgaccaaactgcaa 116  Q
    |||| ||||||||||||  | ||||||| || |||||||||||| ||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||| | | ||||||||||||||||    
T  12249782 ctcattttcaaaccttcaacgtctcattcacgtggatctttcattcaattcatttagcggtcaaataccagatgtgtttagtgcgatgaccaaactgcaa 12249683  T
Q  117 gaactccgtctatattcaaacaatttagtaggacaaattccactttccttatttaagatgactcaacttgttaggttagattgttcatataataaattaa 216  Q
    ||||||  ||||  ||||||||| |||  ||||||||||||  |||| ||||||||  |||||||||||||||  |||||||||||  |||| ||||||     
T  12249682 gaactcaatctagcttcaaacaaattacaaggacaaattccgttttcattatttaacttgactcaacttgttacattagattgttcgcataacaaattag 12249583  T
Q  217 gaggt-ccattgccgaataaaattacaggttttcaacagctagttcattttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttat 315  Q
     |||| || ||| | || ||||| ||||| |||||| || ||  | ||||  |||||| ||| |||  ||||||||||||||||||| || | |||||||    
T  12249582 aaggtccccttggc-aacaaaatcacagggtttcaaaagttaacttatttcagtttaagtgataactttctaaacggaacaattcctcccaccttgttat 12249484  T
Q  316 ctttgcctcgtttgctaaatttatatctatcacacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgtcgtattcgttagaggctctaaatctaggcgg 415  Q
    ||||||||  ||||  | || || | || ||| |||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||| |||||   ||    
T  12249483 ctttgccttctttggaacatctagagctgtcaaacaatcgatttacaggacatatcagtgcaatctcatcgtattcgttagatacgctatatctatctgg 12249384  T
Q  416 taacaagctccaaggcaatattccagaatcaattttcaacctt 458  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  12249383 taacaagctacaaggcaatattccaaaatccattttcaacctt 12249341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 105; Significance: 3e-52; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 18 - 454
Target Start/End: Original strand, 25521818 - 25522254
Alignment:
Q  18 tcactttcaaaccttcgccatctcattaacttggatctttcatacaattcattaagcagtcaaattccagatgtatttggcgggatgaccaaactgcaag 117  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| || || || |||||||||||| ||||||    
T  25521818 tcactttcaaaccttcaacatctcattcgcttggatctttcatacaattcatttagaggtcaaatcccagacgtgttcggtgggatgaccaaattgcaag 25521917  T
Q  118 aactccgtctatattcaaacaatttagtaggacaaattccactttccttatttaagatgactcaacttgttaggttagattgttcatataataaattaag 217  Q
    |||||  ||||||||  ||||| |||| |||||| ||||||  ||| ||||||||  |||||   |||     |||| |||||||  |||||||||||      
T  25521918 aactcgatctatattttaacaaattagaaggacagattccatcttcgttatttaaattgactggtcttaagttgttatattgttctaataataaattaga 25522017  T
Q  218 aggtccattgccgaataaaattacaggttttcaacagctagttcattttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttatct 317  Q
     ||||| || || || ||||||| ||| || ||| |||||  | ||||  ||||| ||||||||    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  25522018 gggtcctttacctaacaaaattatagggttccaaaagctaactgatttaagtttacatgacaacttgttaaatggaacaattccttcctctttgttatct 25522117  T
Q  318 ttgcctcgtttgctaaatttatatctatcacacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgtcgtattcgttagaggctctaaatctaggcggta 417  Q
    ||||||  |||| || |||||||||||||  |||||| | |||||||   ||||||||||| ||| || ||||| ||||||  | ||||||||  |   |    
T  25522118 ttgccttctttggtatatttatatctatctaacaatcgacttacaggatctatcagtgcaacctcatcatattccttagagagtttaaatctatacaaca 25522217  T
Q  418 acaagctccaaggcaatattccagaatcaattttcaa 454  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25522218 acaagctacaaggcaatattccagaatccattttcaa 25522254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 165 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 8524190 - 8523896
Alignment:
Q  165 ttatttaagatgactcaacttgttaggttagattgttcatataataaattaagaggtccattgccgaataaaattacaggttttcaacagctagttcatt 264  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||  |||||||||||  |||||||||||   ||||| || || || |||| ||||||| ||||| |||||  | |||    
T  8524190 ttatttaacttgactcatcttgttactttagattgttctcataataaattagatggtcccttacccaacaaaactacaggtcttcaaaagctaactaatt 8524091  T
Q  265 ttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttatctttgcctcgtttgctaaatttatatctatcacacaatcaaattacagg 364  Q
    | || ||||||||||||   ||||| || ||||||||| |||| |||||||| |||||   |||||||   ||| || ||||| | |||||| |||||||    
T  8524090 tgcgattaaatgacaacttgctaaatggtacaattcctccctccttgttatccttgccatttttgctagtattagatttatcaaataatcaacttacagg 8523991  T
Q  365 gcatatcagtgcaatctcgtcgtattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctccaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttg 459  Q
    | ||||||| |||||||| || ||||| ||||||  ||||  |||| |    |||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8523990 gaatatcagcgcaatctcatcatattccttagagtttctatctctaagtaacaacaggctacaaggcaatattccagaatccattttcaaccttg 8523896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 18 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 8524265 - 8524203
Alignment:
Q  18 tcactttcaaaccttcgccatctcattaacttggatctttcatacaattcattaagcagtcaa 80  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  8524265 tcactatcaaaccttcgtcatctcatttacttggatgtttcatacaattcatttagcggtcaa 8524203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 61; Significance: 5e-26; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 16 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 11119379 - 11119079
Alignment:
Q  16 tctcactttcaaaccttcgccatctcattaacttggatctttcatacaattcattaagcagtcaaattccagatgtatttggcgggatgaccaaactgca 115  Q
    ||||||||||||||||||  || || ||| |||||||| |||| | |||| |||| ||| ||| ||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  11119379 tctcactttcaaaccttcaacaacttattcacttggatatttcttccaatgcatttagcggtccaataccagatgtgtttggtgggatgacaaaactgca 11119280  T
Q  116 agaactccgtctatattcaaacaatttagtaggacaaattccactttccttatttaagatgactcaacttgttaggttagattgttcatataataaatta 215  Q
    |||||||    || |||  ||||| |||| |||||||||||||   || ||||||||  ||||||||||||||   |||| ||||||  |||||||||||    
T  11119279 agaactcgacttagattataacaagttagaaggacaaattccatcatcattatttaacttgactcaacttgttgcattaggttgttctaataataaatta 11119180  T
Q  216 agaggtccattgccgaataaaattacaggttttcaacagctagttcattttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttat 315  Q
       |||||  |||| || ||||||||||| || ||| |||||    ||||  | ||||||||||||    |||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  11119179 gatggtcccctgcccaacaaaattacagggttccaaaagctaacaaatttgagattaaatgacaacttgataaatggaacaattccttcctccttgttat 11119080  T
Q  316 c 316  Q
    |    
T  11119079 c 11119079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University