View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6487_high_2 (Length: 754)

Name: NF6487_high_2
Description: NF6487
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6487_high_2
NF6487_high_2
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (417-750)||(7263886-7264228)
chr1 (214-391)||(52336130-52336308)
chr1 (214-388)||(4644480-4644656)
chr1 (214-388)||(21527628-21527804)
chr1 (214-388)||(9528250-9528426)
chr1 (214-388)||(14366121-14366297)
chr1 (18-111)||(7264288-7264381)
chr1 (216-388)||(48266215-48266389)
chr1 (215-391)||(47115756-47115934)
chr1 (124-202)||(7264219-7264306)
chr1 (214-377)||(36305251-36305416)
chr1 (214-387)||(36928634-36928809)
chr1 (215-388)||(25639960-25640137)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (216-388)||(1682510-1682683)
chr6 (216-388)||(33629568-33629741)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (215-388)||(3130476-3130650)
chr4 (214-388)||(47540393-47540568)
chr4 (215-388)||(5817678-5817853)
chr4 (214-388)||(8655570-8655746)
chr4 (215-388)||(7663735-7663912)
chr4 (318-388)||(23279180-23279250)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (214-388)||(10487403-10487579)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (215-388)||(32004449-32004623)
chr3 (215-388)||(13447948-13448122)
chr3 (264-388)||(49732430-49732554)
chr3 (214-369)||(30167861-30168020)
chr3 (218-279)||(38542823-38542885)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (214-388)||(19385207-19385382)
chr8 (215-387)||(7451820-7451994)
[»] scaffold0220 (1 HSPs)
scaffold0220 (214-388)||(22710-22886)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (268-388)||(9546259-9546380)
chr7 (214-388)||(46623169-46623347)
chr7 (218-388)||(15654202-15654376)
chr7 (214-387)||(21277549-21277724)
chr7 (215-279)||(19402686-19402751)
chr7 (214-243)||(9534139-9534168)
[»] scaffold0029 (1 HSPs)
scaffold0029 (214-388)||(135133-135309)
[»] scaffold0002 (3 HSPs)
scaffold0002 (214-388)||(312960-313136)
scaffold0002 (214-388)||(328414-328590)
scaffold0002 (214-247)||(321782-321815)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (221-388)||(45420990-45421161)
[»] scaffold0418 (1 HSPs)
scaffold0418 (215-388)||(7141-7318)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (230-296)||(48547-48614)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 417 - 750
Target Start/End: Complemental strand, 7264228 - 7263886
Alignment:
Q  417 acaaaaatttcaattcaaaataagaatcagaaatataacttttttagctcactttatggtaaagattaacatataaatataaagaaatttagaatattaa 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7264228 acaaaaatttcaattcaaaataagaatcagaaatagaacttttttagctcactttatggtaaagattaaaatataaatataaagaaatttagaatattaa 7264129  T
Q  517 tttgaaaataatttaggacccatttgtctcaatatttttcaacaaaatatagaaatatttacttgaaattcgtttacttaataacttaaaaatttatcct 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7264128 tttgaaaataatttaggacccatttgtctcaatatttttcaacaaaatatagaaatattttcttgaaattcgtttacttaataacttaaaaatttatcct 7264029  T
Q  617 ttac----------nnnnnnnnnncttaaaaatttatcgtttc-agcacaaatcttatcatttcattcgattttacctttttaatttgtgctcttagcat 705  Q
    ||||                    ||||||||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7264028 ttacaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacttaaaaatttatcgtttcaagtgcaaattttatcatttcattcgattttacctttttaatttgtgctcttagcac 7263929  T
Q  706 gattcatagaataattacgttaagagtctttttcttcatctcact 750  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||    
T  7263928 gattcatagaataattacgtta--agtctttttcttcctctcact 7263886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 214 - 391
Target Start/End: Original strand, 52336130 - 52336308
Alignment:
Q  214 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtc-ctaaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatcaagagttgcaacaaaacaatcaa 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||  |||||||||||||||||||| |||    
T  52336130 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtctctagagcacaatgtgtgccatagagattacaacaggagccaagagttgcaacaaaacaaccaa 52336229  T
Q  313 tccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaaata 391  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  52336230 cccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaaata 52336308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 214 - 388
Target Start/End: Original strand, 4644480 - 4644656
Alignment:
Q  214 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtcc-taaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatcaagagttgcaacaaaa-caatca 311  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| ||    
T  4644480 gaaaaagccaaaacgaaattatataacaatgcagtccctagagcacaaggtgtgccatagagactacaacaagaaccaagagttacaacaaaaacaacca 4644579  T
Q  312 atccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4644580 acccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagagggcacgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaa 4644656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 214 - 388
Target Start/End: Original strand, 21527628 - 21527804
Alignment:
Q  214 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtcc-taaagcacaaagtgtgtcatagagactacaa-caagaatcaagagttgcaacaaaacaatca 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||| ||||| |||||||||||||| || ||| |||||||| ||||||||||| ||    
T  21527628 gaaaaagccaaaatgaaattatataacagtgcagtccctagagcacaaggtgtgccatagagactacaaacaggaaccaagagttacaacaaaacaaaca 21527727  T
Q  312 atccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21527728 acccaacagagctacatcagcctatacccaaacacataagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaa 21527804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 214 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 9528426 - 9528250
Alignment:
Q  214 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtcc-taaagcacaaagtgtgtcatagagactacaa-caagaatcaagagttgcaacaaaacaatca 311  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||| || ||||| |||||||||||||| || ||| |||||||| || |||||||| ||    
T  9528426 gaaaaagctaaaatgaaattatataacaatgcagtccctagagcataaggtgtgccatagagactacaaacaggaaccaagagttacaccaaaacaaaca 9528327  T
Q  312 atccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9528326 acccaacagagttacatcagcctatacccaaacacataagaggacaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaa 9528250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 214 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 14366297 - 14366121
Alignment:
Q  214 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtcc-taaagcacaaagtgtgtcatagagactacaa-caagaatcaagagttgcaacaaaacaatca 311  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||| |||||||||| ||| || ||| |||||||| ||||||||||| ||    
T  14366297 gaaaaagccaaaataaaattatataacaatgcaatccctagagcacaaggtgtgccatagagactgcaaacaggaaccaagagttacaacaaaacaacca 14366198  T
Q  312 atccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14366197 acccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaa 14366121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 18 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 7264381 - 7264288
Alignment:
Q  18 atgataatatatgatgaattgcaattgtttaagaaacttttcacttagataataacacaatcgatacttactgacacagcttaaaacccgttaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7264381 atgataatatatgatgaattgcaattgtttaagaaacttttcacttagataataacacaatcgatacttactgacacagcttaaaacccgttaa 7264288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 216 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 48266389 - 48266215
Alignment:
Q  216 aaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagt-cctaaagcacaaagtgtgtcatagagactacaa-caagaatcaagagttgcaacaaaacaatcaat 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||| |||||||||||||| || ||| |||||||| ||||||||||| |||     
T  48266389 aaaagccaaaatgaaattatataacaatgcaattcctagagcacaatgtgtgccatagagactacaaacaggaaccaagagttacaacaaaacaaccaac 48266290  T
Q  314 ccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |  |||||||||| | |||| |||||||||||    
T  48266289 acaacagagctacatcaacctatacccaaacacacaagagggtatgaccaccactgctaagtatcaaacacaaaa 48266215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 215 - 391
Target Start/End: Original strand, 47115756 - 47115934
Alignment:
Q  215 aaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtcctaa-agcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatcaagagttgcaacaaa-acaatcaa 312  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | ||||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||||||| ||||||| |||| |||    
T  47115756 aaaaagctaaaatgaaattatataataatgaagttcttagagcacaaggtgtgtcttagagactacaacagaaaccaagagttacaacaaatacaaccaa 47115855  T
Q  313 tccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaaata 391  Q
     |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| || ||||||||  ||||||||    
T  47115856 cccaacaaagctacattagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgggtaccaaaagcaaaaata 47115934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 124 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 7264306 - 7264219
Alignment:
Q  124 acagcttaaaacccgttaattaataatgctaatttcatgtatcaatctattat---------atataattttaaaaatacaaaaattt 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||    
T  7264306 acagcttaaaacccgttaattaataatgctaatttcatgtatcaatctattatatcattatgatataattttaaaaatacaaaaattt 7264219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 214 - 377
Target Start/End: Original strand, 36305251 - 36305416
Alignment:
Q  214 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagt-cctaaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatcaagagttgcaacaa-aacaatca 311  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||  |||| |||| ||||||| ||||| | |||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||  |||| |     
T  36305251 gaaaaagccaaaatgaaa-tatataacaaaacagtccctagagcacaaggtgtgccttagagactaccacaggaaccaagagttacaacaattacaaacc 36305349  T
Q  312 at-ccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtac 377  Q
    || |||||||  |||||| |||| ||| ||||||| |||||||| ||  ||||||||||||| ||||    
T  36305350 atcccaacaggactacattagccaatagccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgttgggtac 36305416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 214 - 387
Target Start/End: Original strand, 36928634 - 36928809
Alignment:
Q  214 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagt-cctaaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatcaagagttgcaacaa--aacaatc 310  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||| ||||||| ||||| | |||||||||| | | ||| |||||||| ||||||  |  || |    
T  36928634 gaaaaagccaaaatgaaa-tatataacaaagcagtccctagagcacaaggtgtgccttagagactaccataggaaccaagagttacaacaattacaaacc 36928732  T
Q  311 aatccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaa 387  Q
    || ||||  |  |||| | |||| ||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  36928733 aacccaatcggactacgttagccaatacccaaacaaacaagagggcttaaccaccactgttgggtaccaaaaacaaa 36928809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 215 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 25640137 - 25639960
Alignment:
Q  215 aaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtc-ctaaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatcaagagttgcaacaaa---acaatc 310  Q
    |||||| |||||||| ||||||||| || |||||| ||| ||||||| || ||   |||||||||| ||| ||| |||||||| |||||||   | || |    
T  25640137 aaaaagtcaaaatgagattatataataaagcagtctctagagcacaaggtctgctttagagactactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaacc 25640038  T
Q  311 aatccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    || |||||||  |||||| || | ||||||||||| ||||||||  |  |||||||||| || |||||||| ||||||    
T  25640037 aacccaacaggactacattagtcaatacccaaacaaacaagagggtatgaccaccactgctgggtaccaaaaacaaaa 25639960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 122; Significance: 3e-62; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 216 - 388
Target Start/End: Original strand, 1682510 - 1682683
Alignment:
Q  216 aaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagt-cctaaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatcaagagttgcaacaaaacaatcaatc 314  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  1682510 aaaagtcaaaatgaaattatatgacaatgcagtgcctaaagcacaaggtgtgccatagagactactacaagaaccaagagttacaacaaaacaaccaatc 1682609  T
Q  315 caacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1682610 caacagagctacatgagcctatacccaaacacacaagaggacatgaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 1682683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 216 - 388
Target Start/End: Original strand, 33629568 - 33629741
Alignment:
Q  216 aaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtcc-taaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatcaagagttgcaacaaaacaatcaatc 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| |    
T  33629568 aaaagccaaaatgaaattatataacaatgtagtccctaaagcacaaggtgtgccatagagactacaacaagaaccaagagttacaacaaaacaaccaacc 33629667  T
Q  315 caacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33629668 caacagagctacatcagcctatactcaaacacacaagagggcatgaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 33629741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 215 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 3130650 - 3130476
Alignment:
Q  215 aaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagt-cctaaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatcaagagttgcaacaaaacaatcaat 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||| | |||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||     
T  3130650 aaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagttcctaaagtacaaggtgtgccgtagagactacaacaggaaccaagagttacaacaaaacaaccaac 3130551  T
Q  314 ccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3130550 ccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagagggcaagaccaccactgttgagtatcaaacacaaaa 3130476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 214 - 388
Target Start/End: Original strand, 47540393 - 47540568
Alignment:
Q  214 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtcc-taaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatcaagagttgcaacaaaacaatcaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||    
T  47540393 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtccctaacgcacaaagtgtgctatagatactacaacaggaaccaagagttacaacaaaacaaccaa 47540492  T
Q  313 tccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  47540493 cccaacagagttacatcagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaa 47540568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 215 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 5817853 - 5817678
Alignment:
Q  215 aaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtcc-taaagcacaaagtgtgtcatagagactacaa-caagaatcaagagttgcaacaaaacaatcaa 312  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||  ||||| |||||||||||||| || ||| ||||| ||  |||||||||| |||    
T  5817853 aaaaagccaaaataaaattatataacaatgcagtccctagagcacagggtgtgccatagagactacaaacaggaaccaagaattaaaacaaaacaaacaa 5817754  T
Q  313 tccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5817753 cccaacagagctacatcagcctatacccaaacacataagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaa 5817678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 214 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 8655746 - 8655570
Alignment:
Q  214 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtcc-taaagcacaaagtgtgtcatagagactacaa-caagaatcaagagttgcaacaaaacaatca 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| ||||| |||||||||||||| || ||| |||||||| ||||||||||| ||    
T  8655746 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagcccgtagagcacaaggtgtgccatagagactacaaacaggaaccaagagttacaacaaaacaaaca 8655647  T
Q  312 atccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    | |||||| | |||||||||||||||||||||||||  |||||  || |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8655646 acccaacataactacatcagcctatacccaaacacatgagagggtaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaa 8655570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 215 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 7663912 - 7663735
Alignment:
Q  215 aaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagt-cctaaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatcaagagttgcaacaaa---acaatc 310  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||| | ||||||||| || ||||| | |||||||||| ||| ||| |||||||| |||||||   | || |    
T  7663912 aaaaagccaaaatgagattatataacaaagcaatccctaaagcataaggtgtgccttagagactactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaacc 7663813  T
Q  311 aatccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    || ||||||   |||||| |||| ||||||||||| |||||||  ||  |||||||||| || |||||||| ||||||    
T  7663812 aacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagagcatgaccaccactgatgggtaccaaaaacaaaa 7663735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 318 - 388
Target Start/End: Original strand, 23279180 - 23279250
Alignment:
Q  318 cagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    |||||| |||| | |||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| ||||| || ||||||    
T  23279180 cagagcaacattaacctatacccaaacaaacaagagggcaagaccaccactgttgggtaccgaaaacaaaa 23279250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 117; Significance: 3e-59; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 214 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 10487579 - 10487403
Alignment:
Q  214 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtcc-taaagcacaaagtgtgtcatagagactaca-acaagaatcaagagttgcaacaaaacaatca 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||| ||    
T  10487579 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtccctagagcacaaggtgtgccatagagactacacacatgaaccaagagttacaacaaaacaaaca 10487480  T
Q  312 atccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10487479 acccaacagagctacatcagcctatacccaaacacataagagggcaagaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 10487403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 111; Significance: 1e-55; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 215 - 388
Target Start/End: Original strand, 32004449 - 32004623
Alignment:
Q  215 aaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtcc-taaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatcaagagttgcaacaaaacaatcaat 313  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||     
T  32004449 aaaaagccaaaataaaattatataacaatgcagtccctagagcacaacgtgtgccatagagactacaacaggaaccaagagttacaacaaaacaaccaac 32004548  T
Q  314 ccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32004549 ccaacagagctacatcagcctatacccaaacatacaagagggcatgaccaccactgctgagtaccaaacacaaaa 32004623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 215 - 388
Target Start/End: Original strand, 13447948 - 13448122
Alignment:
Q  215 aaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtcc-taaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatcaagagttgcaacaaaacaatcaat 313  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| || ||| |||||||| ||| ||||||| |||     
T  13447948 aaaacgccaaaatgaaattatataccaatgcagtccctaaagcacaaggtgtgccatagagactacagcaggaaccaagagttacaataaaacaaccaac 13448047  T
Q  314 ccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13448048 ccaacagagctacatcaacctatactcaaacacacaagagagcaagaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 13448122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 264 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 49732554 - 49732430
Alignment:
Q  264 gtgtcatagagactacaacaagaatcaagagttgcaacaaaacaatcaatccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaacca 363  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||    
T  49732554 gtgtcatagagactacaacaggaatcaagagttacaacaaaacaaccaacccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagagggcatgacca 49732455  T
Q  364 ccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    |||||| ||||||||||||||||||    
T  49732454 ccactgctgagtaccaaacacaaaa 49732430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 214 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 30168020 - 30167861
Alignment:
Q  214 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagt-cctaaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatcaagagttgcaacaaa---acaat 309  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| | |||| ||||| ||| ||| |||||||| |||||||   | ||     
T  30168020 gaaaaagccaaaatgagattatataacaaagcagtccctaaagcacaaggtgtgccttagaaactactacacgaaccaagagttacaacaaatacaaaac 30167921  T
Q  310 caatccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactg 369  Q
    ||| ||||||   |||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||    
T  30167920 caacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactg 30167861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 218 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 38542885 - 38542823
Alignment:
Q  218 aagccaaaatgaaattatataacaatgcagt-cctaaagcacaaagtgtgtcatagagactac 279  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||||||| ||||| | ||||||||||    
T  38542885 aagccaaaatggaattatataacaaagcagtccctagagcacaaggtgtgccttagagactac 38542823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 214 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 19385382 - 19385207
Alignment:
Q  214 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtcc-taaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatcaagagttgcaacaaaacaatcaa 312  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||| |||    
T  19385382 gaaaaagccgaaatgaaattatataacaatacagtccctaaagcataaggtgtgccatagagactacaataggaaccaagagttacaacaaaacaaccaa 19385283  T
Q  313 tccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||| |||||||||    
T  19385282 cccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagagggcatgaccaccactgctgagtaccgaacacaaaa 19385207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 215 - 387
Target Start/End: Original strand, 7451820 - 7451994
Alignment:
Q  215 aaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagt-cctaaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatcaagagttgcaacaa--aacaatca 311  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||| |||||||  |||| | |||||||||| | | ||| |||||||| ||||||  |  || ||    
T  7451820 aaaaagccaaaatgaaa-tatataacaaagcagtccctagagcacaagctgtgccttagagactaccataggaaccaagagttacaacaattacaaacca 7451918  T
Q  312 atccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaa 387  Q
    | ||||| |  |||| | |||| ||||||||| | |||||||| |   ||||||||||||| |||||||| |||||    
T  7451919 acccaaccggactacgttagccaatacccaaataaacaagagggcttgaccaccactgttgggtaccaaaaacaaa 7451994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 97; Significance: 3e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 214 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 22886 - 22710
Alignment:
Q  214 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtcc-taaagcacaaagtgtgtcatagagactacaa-caagaatcaagagttgcaacaaaacaatca 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| |||||||||| ||||||||| || ||| |||||||| ||||||||||| ||    
T  22886 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatacagtccctagagcacaaggtgtgtcatacagactacaaacaggaaccaagagttacaacaaaacaaaca 22787  T
Q  312 atccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    | |||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22786 acccaacagaactatatcagcctatacccaaatacataagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaa 22710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 78; Significance: 6e-36; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 268 - 388
Target Start/End: Original strand, 9546259 - 9546380
Alignment:
Q  268 catagagactacaa-caagaatcaagagttgcaacaaaacaatcaatccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccacca 366  Q
    |||||||||||||| || ||| |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||    
T  9546259 catagagactacaaacaggaaccaagagttacaacaaaacaaacaacccaacagagctacatcagcctatacccaaacacataagagggcaagaccacca 9546358  T
Q  367 ctgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    ||| ||||||||||||||||||    
T  9546359 ctgctgagtaccaaacacaaaa 9546380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 214 - 388
Target Start/End: Original strand, 46623169 - 46623347
Alignment:
Q  214 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtcc-taaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatcaagagttgcaacaaa---acaat 309  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| || |||| |||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||| |||||||   | |||    
T  46623169 gaaaaagtcaaaatgagattatataacaaagcagtccctacagcataaagtgtgtcttagagactactacaggaatcaagagttacaacaaatacaaaat 46623268  T
Q  310 caatccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    ||| ||||||   |||||| | || ||||||||||| |||||||| ||  |||||||||  || |||||||| ||||||    
T  46623269 caacccaacatgactacattaaccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactactgggtaccaaaaacaaaa 46623347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 218 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 15654376 - 15654202
Alignment:
Q  218 aagccaaaatgaaattatataacaatgcagt-cctaaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatcaagagttgcaaca---aaacaatcaat 313  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||| |||||||| |||||   | | || |||     
T  15654376 aagccaaaatgagattatataacaaagcagtccctagagcacaaggtgtgtcttagagactactacaggaaccaagagttacaacaattacaaaaccaac 15654277  T
Q  314 ccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    ||||||   |||||| |||| |||||||| || |||||||| ||  |||| ||||| || |||||||| ||||||    
T  15654276 ccaacatgactacattagccaatacccaagcaaacaagagggcatgaccatcactgctgggtaccaaaaacaaaa 15654202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 214 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 21277724 - 21277549
Alignment:
Q  214 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagt-cctaaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatcaagagttgcaacaa-aacaatca 311  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||| ||||||| ||||| | |||| ||||| ||| ||| |||||||| ||||||  |||| |     
T  21277724 gaaaaagccaaaatgaaa-tatataacaaagcagtccctagagcacaaggtgtgccttagacactaccacaggaaccaagagttacaacaattacaaacc 21277626  T
Q  312 at-ccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaa 387  Q
     | ||||| |  |||| | |||| ||||||||||| |||||||| ||  |||||||||| || |||||||| |||||    
T  21277625 gtcccaaccggactacgttagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtaccaaaaacaaa 21277549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 215 - 279
Target Start/End: Original strand, 19402686 - 19402751
Alignment:
Q  215 aaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagt-cctaaagcacaaagtgtgtcatagagactac 279  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||| ||||| | ||||||||||    
T  19402686 aaaaagccaaaatgagattatataacaaagcagtccctagagcacaaggtgtgccttagagactac 19402751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 243
Target Start/End: Original strand, 9534139 - 9534168
Alignment:
Q  214 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaat 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9534139 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaat 9534168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 77; Significance: 2e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 214 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 135309 - 135133
Alignment:
Q  214 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtcc-taaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatc-aagagttgcaacaaaacaatca 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| | ||| ||||||||||||||   ||| | || |||| ||||||||||| ||    
T  135309 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagcccctagagcacaaggcgtgccatagagactacaaaccgaaaccaaaagttacaacaaaacaaaca 135210  T
Q  312 atccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    | |||||| |  ||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  135209 acccaacataattacatcagcctatacccaaacacatgagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaa 135133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 77; Significance: 2e-35; HSPs: 3)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 214 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 313136 - 312960
Alignment:
Q  214 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtcc-taaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatc-aagagttgcaacaaaacaatca 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| | ||| ||||||||||||||   ||| | || |||| ||||||||||| ||    
T  313136 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagcccctagagcacaaggcgtgccatagagactacaaaccgaaaccaaaagttacaacaaaacaaaca 313037  T
Q  312 atccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    | |||||| |  ||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  313036 acccaacataattacatcagcctatacccaaacacatgagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaa 312960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 214 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 328590 - 328414
Alignment:
Q  214 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagtcc-taaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatc-aagagttgcaacaaaacaatca 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| | ||| ||||||||||||||   ||| | || |||| ||||||||||| ||    
T  328590 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagcccctagagcacaaggcgtgccatagagactacaaaccgaaaccaaaagttacaacaaaacaaaca 328491  T
Q  312 atccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    | |||||| |  ||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  328490 acccaacataattacatcagcctatacccaaacacatgagagggcaagaccaccactgctgagtaccaaacacaaaa 328414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 214 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 321815 - 321782
Alignment:
Q  214 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcag 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  321815 gaaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcag 321782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 221 - 388
Target Start/End: Original strand, 45420990 - 45421161
Alignment:
Q  221 ccaaaatgaaattatataacaatgcagtcc-taaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatcaagagttgcaacaaa---acaatcaatcca 316  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||| ||| ||| |||||||| |||||||   | || ||| |||    
T  45420990 ccaaaatgagattatataacaaagcagtccctaaagcacaaggtgtgccttagagactactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaaccaaccca 45421089  T
Q  317 acagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    |||   |||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||  |||||||||| || |||||| | ||||||    
T  45421090 acaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagggcatgaccaccactgctgggtaccataaacaaaa 45421161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0418 (Bit Score: 48; Significance: 5e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0418
Description:

Target: scaffold0418; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 215 - 388
Target Start/End: Original strand, 7141 - 7318
Alignment:
Q  215 aaaaagccaaaatgaaattatataacaatgcagt-cctaaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatcaagagttgcaacaaa---acaatc 310  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||| | ||||||||| || ||||| | |||||||||| ||| ||| |||||||| |||||||   | || |    
T  7141 aaaaagccaaaatgagattatataacaaagcaatccctaaagcataaggtgtgccttagagactactacaggaaccaagagttacaacaaatacaaaacc 7240  T
Q  311 aatccaacagagctacatcagcctatacccaaacacacaagaggacaaaaccaccactgttgagtaccaaacacaaaa 388  Q
    || ||||||   |||||| |||| ||||||||||| |||||||  ||  |||||||||| || |||||||| ||||||    
T  7241 aacccaacaagactacattagccaatacccaaacaaacaagagagcatgaccaccactgatgggtaccaaaaacaaaa 7318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 230 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 48614 - 48547
Alignment:
Q  230 aattatataacaatgcagtcc-taaagcacaaagtgtgtcatagagactacaacaagaatcaagagtt 296  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||  |||| | |||| ||||||||| ||||||||||||    
T  48614 aattatataacaatgcagtccttagagcacaatttgtgccttagaaactacaacaggaatcaagagtt 48547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University