View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6487_high_9 (Length: 495)

Name: NF6487_high_9
Description: NF6487
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6487_high_9
NF6487_high_9
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (16-482)||(31604321-31604787)
chr5 (16-482)||(31594069-31594535)
chr5 (16-470)||(31578551-31579008)
chr5 (60-470)||(31563197-31563610)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 443; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 31604787 - 31604321
Alignment:
Q  16 atggtagtgggttgatagctgttctatggttaacaggaataaccacacccattttgaaattcctatatgacccatctaagagatatttgtccttaaataa 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31604787 atggtagtgggttgatagctgttctatggttaacaggaataaccacacccattttgaaattcctatatgacccatctaagagatatttgtccttaaataa 31604688  T
Q  116 gagaagaaccattgaacaatcaacttcagatattgagctacgtctcatggcatgtgtacacagtcaagaaaacacaccaaccattatcaatcttcttgaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  31604687 gagaagaaccattgaacaatcaacttcagatattgagctacgtctcatggcatgtgtacacagtcaagaaaacacaccatccattatcaatcttcttgaa 31604588  T
Q  216 atgtcaaacccttctttggaaaatcctatttgtttctatgtccaacatcttattcaacttagagggagatcagcaccacttttcatagatcatcaacgaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  31604587 atgtcaaacccttctttggaaaatcctatttgtttctatgtcctacatcttattcaacttagaggaagatcagcaccacttttcgtagatcatcaacgaa 31604488  T
Q  316 caagcaacaagacaaaatcgtcgcactcctcttgttcaaatcacataataaatgcctttagatcatatgagcaacacaagtcaaataatgtgattgtgaa 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31604487 caagcaacaagacaaaatcgtcgcactcctctagttcaaatcacataataaatgcctttagatcatatgagcaacacaagtcaaataatgtgattgtgaa 31604388  T
Q  416 acttttcacatcgatctcgccttttgagacaatgcatgatgaaatatgtttgcaattagctgaaaag 482  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31604387 acttttcacatcgatctcgccttttgagacaatgcatgatgaaatatgtttgcaagtagctgaaaag 31604321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 16 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 31594535 - 31594069
Alignment:
Q  16 atggtagtgggttgatagctgttctatggttaacaggaataaccacacccattttgaaattcctatatgacccatctaagagatatttgtccttaaataa 115  Q
    |||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31594535 atggtagtgggttgatagctctggtatgggtaacaggactaatcacacccattgtgaaattcctatatgacccatctaagagatatttgtccttaaataa 31594436  T
Q  116 gagaagaaccattgaacaatcaacttcagatattgagctacgtctcatggcatgtgtacacagtcaagaaaacacaccaaccattatcaatcttcttgaa 215  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||    
T  31594435 gagaagaaccattgaacaatcagcttcagatattgagctacgtctcatggcatgtgtacacgatcaagaaaacataccatccatgatcaatcttcttgaa 31594336  T
Q  216 atgtcaaacccttctttggaaaatcctatttgtttctatgtccaacatcttattcaacttagagggagatcagcaccacttttcatagatcatcaacgaa 315  Q
    ||||||||||||||  ||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||||  ||||||| |||||||||||||||| ||    
T  31594335 atgtcaaacccttcactgcgaagtcctatttgtttctatgtcctacatcttattcaacttgcaggaagatcgacaccactcttcatagatcatcaaccaa 31594236  T
Q  316 caagcaacaagacaaaatcgtcgcactcctcttgttcaaatcacataataaatgcctttagatcatatgagcaacacaagtcaaataatgtgattgtgaa 415  Q
     |      ||||| || ||||| ||||| |||| |||||  | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    |||| |||| |||||||    
T  31594235 tatatgggaagactaagtcgtcacactcttcttattcaagacgcataataaacgcctttagatcatatgagcaacaaaaagagaatagtgtggttgtgaa 31594136  T
Q  416 acttttcacatcgatctcgccttttgagacaatgcatgatgaaatatgtttgcaattagctgaaaag 482  Q
    | | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||    
T  31594135 aatcttcacgtcgatctcgccttatgagacaatgcatgatgaaatatgtatgcaagttgctgaaaag 31594069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 16 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 31579008 - 31578551
Alignment:
Q  16 atggtagtgggttgatagctgttctatggttaacaggaataaccacacccattttgaaattcctatatgacccatctaagagatatttgtccttaaataa 115  Q
    |||||| ||||||||||||| |  ||||| |||||| |   || ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||     
T  31579008 atggtattgggttgatagctttaatatggataacagcagccacaacacccattgtgaaattcctatatgatccatctaagaggtacttatccttaaatag 31578909  T
Q  116 gagaagaaccattgaacaatcaacttcagatattgagctacgtctcatggcatgtgtacacagtcaagaaaacacaccaaccattatcaatcttcttgaa 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  31578908 gagaagaaccattgaacaatcaacttcagatattgaacttcgtatcttggcatgtatacacagtcaagaaaacacaccatccattatcaatcttcttgaa 31578809  T
Q  216 atgtcaaacccttctttggaaaatcctatttgtttctatgtccaacatcttattcaacttagagggagatcagcaccacttttcatagatcatcaacgaa 315  Q
    ||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||  | ||||| |||||||||||||||||| ||    
T  31578808 atgtcaagcccttcattgaaaaatccaatttgtttctatgtcctacatcttattcaacttagaggacgagtaacaccagttttcatagatcatcaaccaa 31578709  T
Q  316 caagcaacaagacaaaatcgtcgcactcctc---ttgttcaaatcacataataaatgcctttagatcatatgagcaacacaagtcaaataatgtgattgt 412  Q
    || ||||||||   ||  |  |||||||  |   || |||| | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||||||| ||||    
T  31578708 catgcaacaaggagaatccaccgcactcgacgagttattcacaacacataataaatgcttttagatcgtatgagcaacaaaattcgaataatgtggttgt 31578609  T
Q  413 gaaacttttcacatcgatctcgccttttgagacaatgcatgatgaaatatgtttgcaa 470  Q
    |||||| ||||||||||| || |||| |||||| ||||||||||| |||||| |||||    
T  31578608 gaaactcttcacatcgatttctccttatgagacgatgcatgatgagatatgtatgcaa 31578551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 60 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 31563610 - 31563197
Alignment:
Q  60 acacccattttgaaattcctatatgacccatctaagagatatttgtccttaaataagagaagaaccattgaacaatcaacttcagatattgagctacgtc 159  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||    
T  31563610 acacccattgtgaaattcctatatgatccatctaagaaatacttatccttaaataggagaagaaccattgaacaatcaacttcagataccgaactaagtc 31563511  T
Q  160 tcatggcatgtgtacacagtcaagaaaacacaccaaccattatcaatcttcttgaaatgtcaaacccttctttggaaaatcctatttgtttctatgtcca 259  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  31563510 tcatggcatgtatacatagtcaagaaaacacaccatccattattaatcttcttgaaatgtcaaacccttcattggagaatcctatttgtttctatgtcct 31563411  T
Q  260 acatcttattcaacttagagggagatcagcaccacttttcatagatcatcaacgaacaagcaacaagacaaaatcgtcgcactcctc---ttgttcaaat 356  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |   ||  |  |||||||  |   || |||| |     
T  31563410 acatcttattcaacttagaggaagatcaactccacttttcatagatcatcaaccaacatgcaacagggagaatccaccgcactcggcgagttattcacaa 31563311  T
Q  357 cacataataaatgcctttagatcatatgagcaacacaagtcaaataatgtgattgtgaaacttttcacatcgatctcgccttttgagacaatgcatgatg 456  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| || || || |||||| |||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||||||||| |||    
T  31563310 cacataataaacgcgtttagatcgtatgagcaacaaaattcgaacaatgtggttgtgaaactcttcacatcgatttctccttatgagacaatgcataatg 31563211  T
Q  457 aaatatgtttgcaa 470  Q
    | |||||| |||||    
T  31563210 agatatgtatgcaa 31563197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University