View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6487_low_1 (Length: 805)

Name: NF6487_low_1
Description: NF6487
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6487_low_1
NF6487_low_1
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-413)||(4916194-4916606)
chr6 (697-788)||(4916100-4916191)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (145-773)||(1506367-1507001)
chr3 (10-134)||(1507122-1507246)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (144-779)||(3012049-3012672)
chr8 (149-788)||(2946750-2947377)
chr8 (138-779)||(2930101-2930721)
chr8 (164-779)||(2920725-2921343)
chr8 (166-788)||(37795609-37796234)
chr8 (1-134)||(2929857-2929990)
chr8 (1-134)||(3012789-3012922)
chr8 (1-132)||(37795337-37795468)
chr8 (13-132)||(2920467-2920586)
chr8 (1-132)||(2946495-2946626)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (164-788)||(28024602-28025229)
chr2 (1-132)||(28024344-28024475)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 4916606 - 4916194
Alignment:
Q  1 aaggtgactggcaagcaaggagcaccccttctcaacttcactaaagacacctattgcattgagttctttctggaaagatgcaattttaggtccataccaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4916606 aaggtgactggcaagcaaggagcaccccttctcaacttcaccaatgacccctattgcattgagttctttctggaaagatgcaattttaggtccataccaa 4916507  T
Q  101 ttctcatcaataaaaggtccatcagttggattcagaagcaagtttgtgatcttgcattagaactcggatgcatcccagaaaagaaaacacacttttaggc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4916506 ttctcatcaataaaaggtccatcagttggattcagaagcaagtttgtgatcttgcattagaactcggatgcatcccagaaaagaaaacacacttttaggc 4916407  T
Q  201 ttaatagtggagggttttgaaggaaattttagacattcggacgcaaacttcactccatctttcaattgagtaacaacgccaaagctcttcagctctgcct 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4916406 ttaatagtggagggttttgaaggaaattttagacattcggacacaaacttcactccatctttcaattgagtaacaacgccaaagctcttcagctctgcct 4916307  T
Q  301 tgtactcatgcattctcataccacgtttcgtactgtaatcaatgaaagggagacaagttatagaagatattgattcccactccggaccatataaaatgca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4916306 tgtactcatgcattctcataccacgtttcgtaccgtaatcaatgaaagggagacaagttatagaagatattgattcccactccggaccatataaaatgca 4916207  T
Q  401 ttctcttgggcac 413  Q
    |||||||||||||    
T  4916206 ttctcttgggcac 4916194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 697 - 788
Target Start/End: Complemental strand, 4916191 - 4916100
Alignment:
Q  697 tgaatacttccaaaatgcagccccacactggatcatacaagaaacattcacttggcgttttgaaaccgatgtttgtcttcaagaaacttgtt 788  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4916191 tgaatacttccaaaatgcagccccacactggatcatacaagaaacattcacttggcgttttgaaaccgatgtttgtcttcaagaaacttgtt 4916100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 145 - 773
Target Start/End: Complemental strand, 1507001 - 1506367
Alignment:
Q  145 tgtgatcttgcattagaactcggatgcatcccagaaaagaaaacacacttttaggcttaatagtggagggttttgaaggaaattttagacattcggacgc 244  Q
    |||||| ||||||||||| | |||| ||| |||| |||||||||||||||| |||  |||| ||||| || || ||||||||  | | |||||| | |      
T  1507001 tgtgattttgcattagaagttggatccattccagcaaagaaaacacactttcaggagtaatggtggaaggattggaaggaaaactcaaacattcaggcaa 1506902  T
Q  245 aaacttcactccatctttcaattgagtaacaacgccaaagctcttcagctctgccttgtactcatgcattctcataccac---gtttcgtactgt---aa 338  Q
    |||| || ||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||||| |  |||| |||||||    ||||   |||||   ||    
T  1506901 aaacctcgctccatctttcaattcagtaacaacaccaatgctctccagctcttccttgtactcgtatattcccataccagactgtttgtcactgttataa 1506802  T
Q  339 tcaatgaaagggagacaagttatagaagatattgattcccactccggaccatataaaatgcattctcttgggcacctaaaaccatcaaccgcagtatgca 438  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||||| |||| || ||||| | ||| |||    
T  1506801 tgaatgaaagggagacaagttatggaagatattgattcccactctggaccatataaaatgcactttgttgggcaccgaaaatcaccaacctcggtacgca 1506702  T
Q  439 accacttcatttcacatatgatggttgataaatcagaaggaaaactatagtcagatcccttgagcagcctgtaacaagagagtaatgccataacatgttt 538  Q
    ||||||||||||  | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||||||||| |||||||||| ||||  || |||||||     
T  1506701 accacttcattttccgtatgatggttgagaaatcagaaggaaaactgtagtcagttcctttcagcagcctgcaacaagagagaaatgagatgacatgttg 1506602  T
Q  539 ttggttaattgaagctgcagatgccttttgttcaaatagactagcaaattttttgatagcatccttaaaaccaaccaccacccctgtctgcttcaattca 638  Q
    |  ||||||||||  | |  ||||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||   ||| ||||||||    
T  1506601 tccgttaattgaattttccaatgccttttgttcaaatagcctttcaatttttttgatggcatccttaaaatcaaccagcacccctacttgcatcaattca 1506502  T
Q  639 tctttgtaactgaaaatcttctccccataaaatttatgatcaataacaggaagaccattgaatacttccaaaatgcagccccacactggatcatacaaga 738  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1506501 tctttgtaactgaaaattttctccccataaaattcatgatcaataacaggaagaccatcgaacacctctaaaatgcagccccacactggatcatacaaga 1506402  T
Q  739 aacattcacttggcgttttgaaaccgatgtttgtc 773  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  1506401 aacattcacctggtgttttgaaacccatgtttgtc 1506367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 10 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 1507246 - 1507122
Alignment:
Q  10 ggcaagcaaggagcaccccttctcaacttcactaaagacacctattgcattgagttctttctggaaagatgcaattttaggtccataccaattctcatca 109  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| ||  ||| |||||      
T  1507246 ggcaagcaaagagcaccccttctcaacttcactagtgacccctattgcattgagttctttctggtaaattgcaattttaggtccgtagaaatactcattg 1507147  T
Q  110 ataaaaggtccatcagttggattca 134  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||    
T  1507146 ataaaaggcccatcggttggattca 1507122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 235; Significance: 1e-129; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 144 - 779
Target Start/End: Complemental strand, 3012672 - 3012049
Alignment:
Q  144 ttgtgatcttgcattagaactcggatgcatcccagaaaagaaaacacacttttaggcttaatagtggagggttttgaaggaaattttagacattcggacg 243  Q
    |||| |||| ||||||||| | |||||| | |||| |||| ||||||||||| |||  ||||  ||||||| |||||||||||  | |||||||| | |     
T  3012672 ttgttatctagcattagaagttggatgctttccagcaaagcaaacacactttcaggactaatgatggagggatttgaaggaaacatcagacattcagcca 3012573  T
Q  244 caaacttcactccatctttcaattgagtaacaacgccaaagctcttcagctctgccttgtactcatgcattctcataccacgtttcgtactgtaatcaat 343  Q
    ||||  |||  || |||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||  ||            | || |||   ||| ||||||||    
T  3012572 caaaactcaacccgtctttcaattcagtaacaacaccaatgctcttcagctctgccttataacca------------caacatttgtcactataatcaat 3012485  T
Q  344 gaaagggagacaagttatagaagatattgattcccactccggaccatataaaatgcattctcttgggcacctaaaaccatcaaccgcagtatgcaaccac 443  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||   |||||||||||||    
T  3012484 gaaagggagacaagttatagaagatattgatttccactccggaccatataaaatgcattttcttgggcacctaaaatcaccaacacgagtatgcaaccac 3012385  T
Q  444 ttcatttcacatatgatggttgataaatcagaaggaaaactatagtcagatcccttgagcagcctgtaacaagagagtaatgccataacatgtttttggt 543  Q
    ||  ||| ||||| ||||||||  || |||||||||||||||||||| | |||||  ||||||||| |||||  ||| |||| ||| ||||||| |||||    
T  3012384 tttgttttacataagatggttgcgaattcagaaggaaaactatagtcggttccctccagcagcctgcaacaattgagaaatgacatgacatgttgttggt 3012285  T
Q  544 taattgaagctgcagatgccttttgttcaaatagactagcaaattttttgatagcatccttaaaaccaaccaccacccctgtctgcttcaattcatcttt 643  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    |||| |||||||||||||  | ||| ||| |||||||||    
T  3012284 taattgaagcttctgatgccttttgttcaaacagactagcaaattttttgatagcatttccaaaatcaaccaccaccccgatttgcctcagttcatcttt 3012185  T
Q  644 gtaactgaaaatcttctccccataaaatttatgatcaataacaggaagaccattgaatacttccaaaatgcagccccacactggatcatacaagaaacat 743  Q
      ||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3012184 aaaagagaaaatcttctgcccgtaaaatttatgatcaataacagggagaccattgaatacctccaaaatgcagccccacactggatcgtacaagaaacat 3012085  T
Q  744 tcacttggcgttttgaaaccgatgtttgtcttcaag 779  Q
    |||  ||| || |||||||| ||||| |||||||||    
T  3012084 tcagctggtgtcttgaaacccatgttggtcttcaag 3012049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 149 - 788
Target Start/End: Original strand, 2946750 - 2947377
Alignment:
Q  149 atcttgcattagaactcggatgcatcccagaaaagaaaacacacttttaggcttaatagtggagggttttgaaggaaattttagacattcggacgcaaac 248  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||  |||||| ||||||||| |||  |||||||||| || || |||||||| || ||| |||| |   ||||     
T  2946750 atcttgcattagaagtcggatgcattccatcaaagaacacacactttcaggagtaatagtggatggattggaaggaaaattcagagattcaggtacaaat 2946849  T
Q  249 ttcactccatctttcaattgagtaacaacgccaaagctcttcagctctgccttgtactcatgcattctcataccacgtttcgtactgtaatcaatgaaag 348  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||| |||| |  | | ||||||  ||||||||  || ||||||            ||||| |  ||||||||||    
T  2946850 gtcactccatctttcaattcagtaacaacaccaatgtgcataagctcttgcttgtacttgtgtattctc------------gtactatcgtcaatgaaag 2946937  T
Q  349 ggagacaagttatagaagatattgattcccactccggaccatataaaatgcattctcttgggcacctaaaaccatcaaccgcagtatgcaaccacttcat 448  Q
    |||||||||| || ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | || ||||   | ||||||||||  ||||    
T  2946938 ggagacaagtaattgaagaaatagatccccactccggaccatataaaatgcattctcttggtctcctaagatcaccaacactactatgcaaccaactcat 2947037  T
Q  449 ttcacatatgatggttgataaatcagaaggaaaactatagtcagatcccttgagcagcctgtaacaagagagtaatgccataacatgtttttggttaatt 548  Q
     | || |||||||||||  ||| |||||||||||| ||||  || |||||| |||  ||||||||||||||| ||||  ||||||||| || ||||||||    
T  2947038 attacgtatgatggttgggaaaccagaaggaaaacaatagcgagttcccttcagcttcctgtaacaagagagaaatgagataacatgtgttgggttaatt 2947137  T
Q  549 gaagctgcagatgccttttgttcaaatagactagcaaattttttgatagcatccttaaaaccaaccaccacccctgtctgcttcaattcatctttgtaac 648  Q
    || | | | |||||||||||||  ||||||||||||||  | ||    |||||||| ||| |||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  2947138 gaggtttctgatgccttttgtttgaatagactagcaaaaatatttgcggcatccttgaaatcaaccagcacccctatttgctttaattcatctttgtaac 2947237  T
Q  649 tgaaaatcttctccccataaaatttatgatcaataacaggaagaccattgaatacttccaaaatgcagccccacactggatcatacaagaaacattcact 748  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||  ||||||||||||||||     
T  2947238 tgaaaatcttctctccataaaatttatggtcaataataggaataccattgaatacctccaaaatgcatccccacacttgattgtacaagaaacattcaca 2947337  T
Q  749 tggcgttttgaaaccgatgtttgtcttcaagaaacttgtt 788  Q
    ||| | ||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||    
T  2947338 tggtgctttgaaacccatgtttgtcttaaagcaccttgtt 2947377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 138 - 779
Target Start/End: Original strand, 2930101 - 2930721
Alignment:
Q  138 gcaagtttgtgatcttgcattagaactcggatgcatcccagaaaagaaaacacacttttaggcttaatagtggagggttttgaaggaaattttagacatt 237  Q
    ||||| |||| |||||| ||||||| | |||||||| |||  |||||||||||||||| |||  |||| |||||||| ||||||||||| || |||||||    
T  2930101 gcaaggttgttatcttgtattagaagttggatgcattccaataaagaaaacacactttcaggactaatggtggagggatttgaaggaaaattcagacatt 2930200  T
Q  238 cggacgcaaacttcactccatctttcaattgagtaacaacgccaaagctcttcagctctgccttgtactcatgcattctcataccacgtttcgtactgta 337  Q
    | | | ||||| |||  || |||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||  ||            |||| |||   ||| ||    
T  2930201 cagccacaaacctcaacccgtctttcaattcagtaacaacaccaatgctcttcagctctgccttgtaacca------------ccacatttgtcactata 2930288  T
Q  338 atcaatgaaagggagacaagttatagaagatattgattcccactccggaccatataaaatgcattctcttgggcacctaaaaccatcaaccgcagtatgc 437  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| | | ||||||||||||| ||| ||||   |||||||    
T  2930289 atcaatgaaagggagacgagttatagaagatattgattcccactccggactgtataaaatgcaattttttgggcacctaaatccaccaacactagtatgc 2930388  T
Q  438 aaccacttcatttcacatatgatggttgataaatcagaaggaaaactatagtcagatcccttgagcagcctgtaacaagagagtaatgccataacatgtt 537  Q
    ||||||||||||| ||  |||| || ||| |||||||||||||||         || ||||  ||| ||||| ||||    || ||||  ||||||||||    
T  2930389 aaccacttcattttacgcatgagggctgagaaatcagaaggaaaa---------gacccctccagctgcctgcaacattttagaaatgagataacatgtt 2930479  T
Q  538 tttggttaattgaagctgcagatgccttttgttcaaatagactagcaaattttttgatagcatccttaaaaccaaccaccacccctgtctgcttcaattc 637  Q
    ||||||||||||||| | |  |||||||| ||||||| ||||| | ||| ||||| |||||||    | || |||||||||||||  | ||| ||| |||    
T  2930480 tttggttaattgaagtttccaatgcctttcgttcaaagagacttgaaaacttttttatagcatttccataatcaaccaccaccccgatttgcctcagttc 2930579  T
Q  638 atctttgtaactgaaaatcttctccccataaaatttatgatcaataacaggaagaccattgaatacttccaaaatgcagccccacactggatcatacaag 737  Q
     |||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2930580 gtctttgtaagagaaaatcttcgccccataaaagttatgatcaataacaggaagatcaatgaatacctccagaatgcagccccacactggatcatacaag 2930679  T
Q  738 aaacattcacttggcgttttgaaaccgatgtttgtcttcaag 779  Q
    |||||||||  ||| |||||||||||  |||| |||||||||    
T  2930680 aaacattcagctggtgttttgaaacccgtgttggtcttcaag 2930721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 164 - 779
Target Start/End: Original strand, 2920725 - 2921343
Alignment:
Q  164 tcggatgcatcccagaaaagaaaacacacttttaggcttaatagtggagggttttgaaggaaattttagacattcggacgcaaacttcactccatctttc 263  Q
    ||||||||||  ||| |||||||||||||| | |||  |||| |||||||| | ||||||||| || | ||||   | | ||||| ||||||||| ||||    
T  2920725 tcggatgcatttcagcaaagaaaacacactgtcaggactaatggtggagggatctgaaggaaaattcaaacatgtaggcacaaacctcactccatttttc 2920824  T
Q  264 aattgagtaacaacgccaaagctcttcagctctgccttgtactcatgcattctcataccacg---tttcgtactgtaatcaatgaaagggagacaagtta 360  Q
    |||| ||||||||| |||| ||||||||| ||| | ||||| ||||| ||   |||||||     |||   |||||  |||||||||||||||| ||| |    
T  2920825 aattcagtaacaacaccaatgctcttcagatcttctttgtattcatgtatagccataccataaaatttgtcactgtcgtcaatgaaagggagacgagtaa 2920924  T
Q  361 tagaagatattgattcccactccggaccatataaaatgcattctcttgggcacctaaaaccatcaaccgcagtatgcaaccacttcatttcacatatgat 460  Q
      |||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| | |||||||||| || ||| | | |||  ||||| || |||||||   | || ||||||    
T  2920925 ccgaagatatagatttccactccggaccgtataaaatgcaatatcttgggcacatataacaacctaccttagtatacagccacttctgattacgtatgat 2921024  T
Q  461 ggttgataaatcagaaggaaaactatagtcagatcccttgagcagcctgtaacaagagagtaatgccataacatgtttttggttaattgaagctgcagat 560  Q
    |||||| ||||| ||||||||  ||||  ||| ||| || ||||||||   ||||||||| |||| ||||||||| | |||||||| ||| | |   |||    
T  2921025 ggttgagaaatcggaaggaaatttatatgcagttcctttcagcagcctccgacaagagagaaatgacataacatgatgttggttaaatgaggattgtgat 2921124  T
Q  561 gccttttgttcaaatagactagcaaattttttgatagcatccttaaaaccaaccaccacccctgtctgcttcaattcatctttgtaactgaaaatcttct 660  Q
    ||||| ||||  || |||  |||||||||||||||||||||   |||| |||||||| | ||| | | | ||| |||||||||||||  |||||||||||    
T  2921125 gccttctgtttgaagagagaagcaaattttttgatagcatctccaaaatcaaccaccgcacctattttcctcagttcatctttgtaatcgaaaatcttct 2921224  T
Q  661 ccccataaaatttatgatcaataacaggaagaccattgaatacttccaaaatgcagccccacactggatcatacaagaaacattcacttggcgttttgaa 760  Q
    | |||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||| | ||||||||| |||||| |  | ||||||| | |||||||||||||  ||| |||    
T  2921225 ctccataaaatttatggtcaatcacaggaaggtcattgaatacatacaaaatgcatccccactcctggtcatacaggtaacattcacttggtatttggaa 2921324  T
Q  761 accgatgtttgtcttcaag 779  Q
    ||| || ||||||||||||    
T  2921325 acccatatttgtcttcaag 2921343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 166 - 788
Target Start/End: Original strand, 37795609 - 37796234
Alignment:
Q  166 ggatgcatcccagaaaagaaaacacacttttaggcttaatagtggagggttttgaaggaaattttagacattcggacgcaaacttcactccatctttcaa 265  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||| |||  |||| |||||||| | ||||||||| || |||||||  | | ||||| |||| |||| ||||||    
T  37795609 ggatgcattccagcaaagaaaacacactttcaggagtaatggtggagggatctgaaggaaaattcagacatttaggcacaaacctcacaccatgtttcaa 37795708  T
Q  266 ttgagtaacaacgccaaagctcttcagctctgccttgtactcatgcattctcataccacg---tttcgtactgtaatcaatgaaagggagacaagttata 362  Q
    || ||||||||| |||| | ||||||| ||| ||||||| ||||| ||   | |||||     |||   |||||  |||||||||||||||||||| ||     
T  37795709 ttcagtaacaacaccaaggttcttcagttcttccttgtattcatgtatagccgtaccataaaatttgtcactgtcgtcaatgaaagggagacaagtaatc 37795808  T
Q  363 gaagatattgattcccactccggaccatataaaatgcattctcttgggcacctaaaaccatcaaccgcagtatgcaaccacttcatttcacatatgatgg 462  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||   | ||| | |||||  ||||| || |||||||   | |  ||| ||||    
T  37795809 gaagatatagatttccactccggaccatataaaatgcattgttttgggcatgcataacaaccaaccttagtatacagccacttctgattatgtataatgg 37795908  T
Q  463 ttgataaatcagaaggaaaactatagtcagatcccttgagcagcctgtaacaagagagtaatgccataacatgtttttggttaattgaagctgcagatgc 562  Q
    | || |||||||||||||| |||||  |||  ||||| ||||| ||  |||| || || |||| ||| |||| || ||| |||| |||||||   |||||    
T  37795909 tagaaaaatcagaaggaaatctataaacagtccccttcagcagtctacaacatgaaagaaatgacatgacattttcttgattaaatgaagcttgggatgc 37796008  T
Q  563 cttttgttcaaatagactagcaaattttttgatagcatccttaaaaccaaccaccacccctgtctgcttcaattcatctttgtaactgaaaatcttctcc 662  Q
    ||| ||||  || |||  ||||||| | |||||||||||   |||| |||| || || ||  | |  |||| ||||| |||||||  |||||| || ||     
T  37796009 cttctgtttgaagagagaagcaaatatgttgatagcatctccaaaatcaacaactacaccgatttttttcagttcatttttgtaagagaaaatattatct 37796108  T
Q  663 ccataaaatttatgatcaataacaggaagaccattgaatacttccaaaatgcagccccac-actggatcatacaagaaacattcacttggcgttttgaaa 761  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||  |||||||     
T  37796109 ccatagaatttatgatcaatcacaggaagggcattgaatacatccaaaatgcagccccacgtctgg-tcatacaagaaacattcacttggtattttgaag 37796207  T
Q  762 ccgatgtttgtcttcaagaaacttgtt 788  Q
    || ||||||||||||||| | ||||||    
T  37796208 cccatgtttgtcttcaagcatcttgtt 37796234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Original strand, 2929857 - 2929990
Alignment:
Q  1 aaggtgactggcaagcaaggagcaccccttctcaacttcactaaagacacctattgcattgagttctttctggaaagatgcaattttaggtccataccaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||  ||    
T  2929857 aaggtgactggcaagcaaggagcaccccttttcaacttcactaatgacccctatcgcgttgagttctttctggaaaaatgcaatatttggtccataaaaa 2929956  T
Q  101 ttctcatcaataaaaggtccatcagttggattca 134  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2929957 ttctcatctataaaaggtccatcagttggattca 2929990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 3012922 - 3012789
Alignment:
Q  1 aaggtgactggcaagcaaggagcaccccttctcaacttcactaaagacacctattgcattgagttctttctggaaagatgcaattttaggtccataccaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||  |     
T  3012922 aaggtgactggcaagcaaggagcaacccttctcaacttcactagtgacccctattgcattcagttctttctggaaaattgcaattttaggtccataaaat 3012823  T
Q  101 ttctcatcaataaaaggtccatcagttggattca 134  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3012822 ttctcatcaataaaaggcccatcagttggattca 3012789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 132
Target Start/End: Original strand, 37795337 - 37795468
Alignment:
Q  1 aaggtgactggcaagcaaggagcaccccttctcaacttcactaaagacacctattgcattgagttctttctggaaagatgcaattttaggtccataccaa 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||| || ||||| |  ||| |   |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||    
T  37795337 aaggtgaccggcaagcaaggagcatcctttctctaggtcagtggtgacaccgattgcattgaattctttctggaaagatgctattttaggtccataaaaa 37795436  T
Q  101 ttctcatcaataaaaggtccatcagttggatt 132  Q
    ||  ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37795437 tttgcatcaataaaaggcccatcagttggatt 37795468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 13 - 132
Target Start/End: Original strand, 2920467 - 2920586
Alignment:
Q  13 aagcaaggagcaccccttctcaacttcactaaagacacctattgcattgagttctttctggaaagatgcaattttaggtccataccaattctcatcaata 112  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||| ||  ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| || |||  ||||||  |||| |||||||||    
T  2920467 aagcaaggagcaccctttctctagttcaatagtgactcctattgcaccgagttctttctggaaagatgctatcttaattccataaaaattttcatcaata 2920566  T
Q  113 aaaggtccatcagttggatt 132  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  2920567 aaaggtccgtcagttggatt 2920586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 132
Target Start/End: Original strand, 2946495 - 2946626
Alignment:
Q  1 aaggtgactggcaagcaaggagcaccccttctcaacttcactaaagacacctattgcattgagttctttctggaaagatgcaattttaggtccataccaa 100  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| |||  ||||||||| ||| ||    |||||| |||||||||  ||    
T  2946495 aaggtgattggcaagcaaagagcaccctttctcaacttcactaatgacccctatggcagcgagttctttatggtaaaggacaatttcaggtccataaaaa 2946594  T
Q  101 ttctcatcaataaaaggtccatcagttggatt 132  Q
     |||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  2946595 ctctcatcaataaaaggcccattagttggatt 2946626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 126; Significance: 1e-64; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 164 - 788
Target Start/End: Original strand, 28024602 - 28025229
Alignment:
Q  164 tcggatgcatcccagaaaagaaaacacacttttaggcttaatagtggagggttttgaaggaaattttagacattcggacgcaaacttcactccatctttc 263  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||| |||  |||| |||| ||| | ||||||||| || |||||||| | | ||||  ||||||||| |||     
T  28024602 tcggatgcattccagcaaagaaaacacactttcaggagtaatggtggtgggatctgaaggaaaattcagacattcaggcacaaatctcactccatgtttg 28024701  T
Q  264 aattgagtaacaacgccaaagctcttcagctctgccttgtactcatgcattctcataccacgt---ttcgtactgtaatcaatgaaagggagacaagtta 360  Q
     ||| ||||||||| |||  ||| ||||||||  |||||||  |||| |||  ||| |||      ||   |||||  |||||||||||||||||||| |    
T  28024702 tattcagtaacaacaccagtgcttttcagctcgtccttgtaaccatgtattgccatgccataaaaatttacactgtcgtcaatgaaagggagacaagtaa 28024801  T
Q  361 tagaagatattgattcccactccggaccatataaaatgcattctcttgggcacctaaaaccatcaaccgcagtatgcaaccacttcatttcacatatgat 460  Q
    | ||||||||  ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| | | |||  ||||| || |||||||   | |  ||| ||    
T  28024802 ttgaagatataaatttccactcgggaccatataaaatgcattctcttgggcacgcataacaaccgaccttagtatacagccacttctgattatgtataat 28024901  T
Q  461 ggttgataaatcagaaggaaaactatagtcagatcccttgagcagcctgtaacaagagagtaatgccataacatgtttttggttaattgaagctgcagat 560  Q
    | |||| |||||||||||||| |||||  ||| |||||  ||| | ||| ||||||| || |||| ||| |||| || |||  ||| ||||| |   |||    
T  28024902 gcttgagaaatcagaaggaaatctataaacagttccctccagctgtctgcaacaagaaagaaatgacatgacattttcttgagtaaatgaagtttgtgat 28025001  T
Q  561 gccttttgttcaaatagactagcaaattttttgatagcatccttaaaaccaaccaccacccctgtctgcttcaattcatctttgtaactgaaaatcttct 660  Q
    || || ||||  || |||  |||||||||||| |||||||| | |||| |||||||||| ||  | ||||||| ||||| |||||||  |||||| || |    
T  28025002 gctttctgtttgaagagagaagcaaatttttttatagcatcttcaaaatcaaccaccacaccgatttgcttcagttcatttttgtaagagaaaatattat 28025101  T
Q  661 ccccataaaatttatgatcaataacaggaagaccattgaatacttccaaaatgcagccccacactggatcatacaagaaacattcacttggcgttttgaa 760  Q
    | ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  28025102 ctccatagaatttatgatcaatcacaggaaggccattgaatacatcaaaaatgcagccccacacctggtcatacaagaaacattcacttggtattttgaa 28025201  T
Q  761 accgatgtttgtcttcaagaaacttgtt 788  Q
    ||| ||||||||||||||| | ||||||    
T  28025202 acccatgtttgtcttcaagcagcttgtt 28025229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 132
Target Start/End: Original strand, 28024344 - 28024475
Alignment:
Q  1 aaggtgactggcaagcaaggagcaccccttctcaacttcactaaagacacctattgcattgagttctttctggaaagatgcaattttaggtccataccaa 100  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| || ||||| |  ||| |   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||| |||||  ||    
T  28024344 aaggtgaccggcgagcaaggagcatcctttctctaggtcagtggtgacacctattgcattgaattctttctggaaagatgctattgtaggaccataaaaa 28024443  T
Q  101 ttctcatcaataaaaggtccatcagttggatt 132  Q
    ||  ||||||  ||||| ||||||||| ||||    
T  28024444 tttgcatcaacgaaaggcccatcagtttgatt 28024475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University