View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF6487_low_27 (Length: 304)
Name: NF6487_low_27
Description: NF6487
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6487_low_27 |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 233; Significance: 1e-129; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 25 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 43076276 - 43076004
Alignment:
| Q |
25 |
gagctatatgtgaaaaattgatggaggagatagagatgtgtagnnnnnnnttgtaatatgtactgtaagtttgtaacactgtcatttgaggtgaatcaat |
124 |
Q |
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| T |
43076276 |
gagctatatgtgaaaaattgatggaggagatagagatgtgtagaaaaaaattgtaatatgtactgtaagtttgtaacactgtcatttgaggtgaatcaat |
43076177 |
T |
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| Q |
125 |
acattaataaaataatttt--gtgtcaatttggatagaagatgtgttgttttgctttattctttacttatgaatattcatgaatataatggatgattcgt |
222 |
Q |
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| T |
43076176 |
acattaataaaataattttttgtgtcaatttggatagaagatgtgttgttttgctttattctttacttaagaatattcatgaatataatggatgattcgt |
43076077 |
T |
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| Q |
223 |
ttattatttgcttttggttactttttattggttatgcttacttatgcatgtgtatatccttgtctatattctt |
295 |
Q |
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| T |
43076076 |
ttattatttacttttggttactttttattggttatgcttacttatgcatgtgtatatccttgtctatattctt |
43076004 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 25 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 43086503 - 43086231
Alignment:
| Q |
25 |
gagctatatgtgaaaaattgatggaggagatagagatgtgtagnnnnnnnttgtaatatgtactgtaagtttgtaacactgtcatttgaggtgaatcaat |
124 |
Q |
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| T |
43086503 |
gagctatatgtgaaaaattgatggaggagatagagatgtgtagaaaaaaattgtaatatgtactgtaagtttgtaacactgtcatttgaggtgaatcaat |
43086404 |
T |
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| Q |
125 |
acattaataaaataatttt--gtgtcaatttggatagaagatgtgttgttttgctttattctttacttatgaatattcatgaatataatggatgattcgt |
222 |
Q |
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| T |
43086403 |
acattaataaaataattttttgtgtcaatttggatagaagatgtgttgttttgctttattctttacttaagaatattcatgaatataatggatgattcgt |
43086304 |
T |
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| Q |
223 |
ttattatttgcttttggttactttttattggttatgcttacttatgcatgtgtatatccttgtctatattctt |
295 |
Q |
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| T |
43086303 |
ttattatttacttttggttactttttattggttatgcttacttatgcatgtgtatatccttgtctatattctt |
43086231 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 25 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 43090174 - 43089902
Alignment:
| Q |
25 |
gagctatatgtgaaaaattgatggaggagatagagatgtgtagnnnnnnnttgtaatatgtactgtaagtttgtaacactgtcatttgaggtgaatcaat |
124 |
Q |
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| T |
43090174 |
gagctatatgtgaaaaattgatggaggagatagagatgtgtagaaaaaaattgtaatatgtactgtaagtttgtaacactgtcatttgaggtgaatcaat |
43090075 |
T |
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| Q |
125 |
acattaataaaataatttt--gtgtcaatttggatagaagatgtgttgttttgctttattctttacttatgaatattcatgaatataatggatgattcgt |
222 |
Q |
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| T |
43090074 |
acattaataaaataattttttgtgtcaatttggatagaagatgtgttgttttgctttattctttacttaagaatattcatgaatataatggatgattcgt |
43089975 |
T |
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| Q |
223 |
ttattatttgcttttggttactttttattggttatgcttacttatgcatgtgtatatccttgtctatattctt |
295 |
Q |
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| T |
43089974 |
ttattatttacttttggttactttttattggttatgcttacttatgcatgtgtatatccttgtctatattctt |
43089902 |
T |
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