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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF6490_high_1 (Length: 426)
Name: NF6490_high_1
Description: NF6490
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6490_high_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 340; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 32665784 - 32665394
Alignment:
| Q |
13 |
aatatggatgatgaaattagttttaagccattttttaaattttgttttattagtgaatcatattttcatagtcacaaacataaatgaacattgtttgatc |
112 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
32665784 |
aatatggatgatgaaattagttttaagccattttttaaattttgttttattagtgaatcattttttcatagtcacaaacataaatgaacattgtttgatc |
32665685 |
T |
|
| Q |
113 |
agaaacatgtaagaaaaatggatattgaaaatagaacaaatttatatttgaaaagataagatagtgggtacttattgagaatagacatgatttgttaaac |
212 |
Q |
| |
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|
|
| T |
32665684 |
agaaacatgtaagaaaaatggatatttaaaatagaacaaatttatatttgaaaagataagatagtgggtacttattgagaatagacatgatttgttaaac |
32665585 |
T |
|
| Q |
213 |
cctgctacatgnnnnnnnncacaaaagaataaaactacgaaattgagagcatggaccattttattgagtattagattttgtatgaatataacacacgcat |
312 |
Q |
| |
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|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
32665584 |
cctgctacatagaaaaaaacacaaaagaataaaactacgaaattgagagcatggaccattttattcagtattagattttgtatgaatataacacacgcat |
32665485 |
T |
|
| Q |
313 |
tgatacctcttcatcaatcaagaccatatctatactaagcagttcatttttcttattgatatggaaattatcccatagtctagcaatgcgca |
404 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32665484 |
tgatacctcttcatcaatcaagaccatatctatactaagcagttca-ttttcttattgatatggaaattgtcccatagtctagcaatgcgca |
32665394 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 13 - 409
Target Start/End: Original strand, 9081348 - 9081746
Alignment:
| Q |
13 |
aatatggatgatgaaattagttttaagccattttttaaattttgtttt-attagtgaatcatattttcatagtcacaaacataaatgaacattgttt-ga |
110 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |
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| T |
9081348 |
aatatggatgatgaaattagttttaagccattttttaaattttgtttttataagtgaattattttttcatagtcacaaacataaatgaacaatgttttga |
9081447 |
T |
|
| Q |
111 |
tcagaaa-catgtaagaaaaatggatattgaaaatagaacaaatttatatttgaaaagataagatagtgggtacttattgagaatagacatgatttgtta |
209 |
Q |
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||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
9081448 |
tcagaaaacatgtaagaaaaatggatattgaaaataaaacaaatttatatttgaaaagataagatagtgggtacttattgagaatagacatgatttgtta |
9081547 |
T |
|
| Q |
210 |
aaccctgctacatgnnnnnnnncacaaaagaataaaactacgaaattgagagcatggaccattttattgagtattagattttgtatgaatataacacacg |
309 |
Q |
| |
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||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
9081548 |
aaccctgctacat-agaaaaaacacaaaagaataaaactacgaaattgagagcatgggccattttattcggtattagattttgtatgaatataacacaca |
9081646 |
T |
|
| Q |
310 |
cattgatacctcttcatcaatcaagaccatatctatactaagcagttcatttttcttattgatatggaaattatcccatagtctagcaatgcgcactttt |
409 |
Q |
| |
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|
|
| T |
9081647 |
cattgatacctcttcatcaatcaagaccatatctatactaagcagttcatttttcttattgatatggaaattgtcccatagtctagaaatgcgcactttt |
9081746 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 359 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 27597642 - 27597600
Alignment:
| Q |
359 |
tttttcttattgatatggaaattatcccatagtctagcaatgc |
401 |
Q |
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||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27597642 |
ttttttttattgatgtggaaattgtcccatagtctagcaatgc |
27597600 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 13 - 352
Target Start/End: Original strand, 6412640 - 6412979
Alignment:
| Q |
13 |
aatatggatgatgaaattagttttaagccattttttaaattttgttttattagtgaatcatatttt-catagtcacaaacataaatgaacattgtttgat |
111 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6412640 |
aatatggatgatgaaattagttttaagccattttttaaattttgttttattagtgaatcatttttttcatagtcacaaacataaatgaacattgtttgat |
6412739 |
T |
|
| Q |
112 |
cagaaacatgtaagaaaaatggatattgaaaatagaacaaatttatatttgaaaagataagatagtgggtacttattgagaatagacatgatttgttaaa |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6412740 |
cagaaacatgtaagaaaaatggatattgaaaatagaacaaatttatatttaaaaagataagatagtggatacttattgagaatagacatgatttgttaaa |
6412839 |
T |
|
| Q |
212 |
ccctgctacatgnnnnnnnncacaaaagaataaaactacgaaattgagagcatggaccattttattgagtattagattttgtatgaatataacacacgca |
311 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6412840 |
ccctgctacat-agaaaaaacacaaaagaataaaactatgaaattgagagcatggaccattttattcagtattagattttgtatgaatataacacacgca |
6412938 |
T |
|
| Q |
312 |
ttgatacctcttcatcaatcaagaccatatctatactaagc |
352 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6412939 |
ttgatgcctcttcatcaatcaagaccatatctatactaagc |
6412979 |
T |
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