View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF6499_high_3 (Length: 476)
Name: NF6499_high_3
Description: NF6499
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6499_high_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 460
Target Start/End: Original strand, 34217217 - 34217663
Alignment:
| Q |
12 |
acagatggggtctcaccttatctctttagcaccaactaaaggcatgtcccatgtccgacaaaaatacaacaccaacacatgtaaatgtaaatgtaaatgt |
111 |
Q |
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| T |
34217217 |
acagatggggtctcaccttatctctttagcaccaactaaaggcatgtcccatgtccgacaaaaatacaacaccaacacatgt------aaatgtaaatgt |
34217310 |
T |
|
| Q |
112 |
accaattgcacccgaaattttacttcagtattacaatctacacaatgtaaatgtacctgtagcttggcttttacatttatgcagaatattaataatgtat |
211 |
Q |
| |
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| T |
34217311 |
accaattgcacccgaaattttacttcagtattacaatctacacaatgtaaatgtacctgtagcttggcttttacatttatgcagaatattaataatgtat |
34217410 |
T |
|
| Q |
212 |
gtgatttcaaaccatgcccttattgatagctataaacgacttggctctgttgtgaattaacttttccagatttcttatggtttttaaatgaagatactaa |
311 |
Q |
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| T |
34217411 |
gtgatttcaaaccatgcccttattgatagctataaacgacttggctctgttgtgaattaacttttctagattttttatggtttttaaatgaagatactaa |
34217510 |
T |
|
| Q |
312 |
cagcgccnnnnnnngtaagac----taagtgattattgctataattcatatcatcttattgtatattcttttcaatgtatattcattatggttcctatga |
407 |
Q |
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| T |
34217511 |
cagcaccaaaaaatgtaagactaattaagtgattattgctataattcatatcatcttattgtatattcttttcaatgtatattcattatggttcccatga |
34217610 |
T |
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| Q |
408 |
attgattacagggaaataatgatgatgatgcatggtttgttgaaatttctttt |
460 |
Q |
| |
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|
|
| T |
34217611 |
attgattacagggaaataatgatgatgatgcatggttttttgaaatttctttt |
34217663 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 164 - 308
Target Start/End: Original strand, 10242146 - 10242292
Alignment:
| Q |
164 |
gtacctgtagcttggcttttacatttatgcagaatattaataatgtat--gtgatttcaaaccatgcccttattgatagctataaacgacttggctctgt |
261 |
Q |
| |
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| T |
10242146 |
gtacctgtagcttgcctttaacatttatgcagagtactaataatatatatgtgattccaaactatgcccttattgatagctataaatgacttgaatctgt |
10242245 |
T |
|
| Q |
262 |
tgtgaattaacttttccagatttcttatggtttttaaatgaagatac |
308 |
Q |
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|
| T |
10242246 |
tgtgaattaacttttccaaaattgttatgttttttaaattaagatac |
10242292 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 100 - 153
Target Start/End: Original strand, 10241785 - 10241838
Alignment:
| Q |
100 |
aaatgtaaatgtaccaattgcacccgaaattttacttcagtattacaatctaca |
153 |
Q |
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||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
10241785 |
aaatgtaaatgtaccaactgcacccgaaattttacttcagtattacaatctaca |
10241838 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 99 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 2683451 - 2683090
Alignment:
| Q |
99 |
taaatgtaaatgtaccaattgcacccgaaattttacttcagtattacaatctacacaatgtaaatgtacctgtagcttggcttttacatttatgcagaat |
198 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2683451 |
taaatgtaaatgtaccaactgcacccgaaattttacttcagtattacaatctacacaatgtaaatgtacctgtagcttggcttttacatttatgcagaat |
2683352 |
T |
|
| Q |
199 |
attaataatgtatgtgatttcaaaccatgcccttattgatagctataaacgacttggctctgttgtgaattaacttttccagatttcttatggtttttaa |
298 |
Q |
| |
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|
|
| T |
2683351 |
attaataatgtatgtgatttcaaaccatgcccttattgatagctataaacgacttggctctgttgtgaattaacttttccagatttcttatggtttttaa |
2683252 |
T |
|
| Q |
299 |
atgaagatactaacagcgccnnnnnnngtaagactaagtgattattgctataattcatatcatcttattgtatattcttttcaatgtatattcattatgg |
398 |
Q |
| |
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||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2683251 |
atgaagatactaacaacaccaaaaaatgtaagactaagtgattattgctataattcatatcatcttattgtatattcttttcaatgtatattcattatgg |
2683152 |
T |
|
| Q |
399 |
ttcctatgaattgattacagggaaataatgatgatgatgcatggtttgttgaaatttctttt |
460 |
Q |
| |
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| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2683151 |
tgcctatgaattgattacagggaaataatgatgatgatgcatggtttgttgaaatttctttt |
2683090 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 9684729 - 9684650
Alignment:
| Q |
14 |
agatggggtctcaccttatctctttagcaccaactaaaggcatgtcccatgtccgacaaaaatacaacaccaacacatgt |
93 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||| |||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9684729 |
agatggggtctcaccttatatctgatgcaccgaccaaaggcgtgtcttgtgtctgacacaaatacaacaccaacacatgt |
9684650 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 100 - 460
Target Start/End: Original strand, 5479861 - 5480221
Alignment:
| Q |
100 |
aaatgtaaatgtaccaattgcacccgaaattttacttcagtattacaatctacacaatgtaaatgtacctgtagcttggcttttacatttatgcagaata |
199 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5479861 |
aaatgtaaatgtaccaactgcacccgaaattttacttcagtattacaatctacacaatgtaaatgtacctgtagcttggcttttacatttatgcagaata |
5479960 |
T |
|
| Q |
200 |
ttaataatgtatgtgatttcaaaccatgcccttattgatagctataaacgacttggctctgttgtgaattaacttttccagatttcttatggtttttaaa |
299 |
Q |
| |
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|
|
| T |
5479961 |
ttaataatgtatgtgatttcaaaccatgcccttattgatagctataaacgacttggctctgttgtgaattaacttttccagatttcttatggtttttaaa |
5480060 |
T |
|
| Q |
300 |
tgaagatactaacagcgccnnnnnnngtaagactaagtgattattgctataattcatatcatcttattgtatattcttttcaatgtatattcattatggt |
399 |
Q |
| |
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|||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
5480061 |
tgaagatactaacaacaccaaaaaatgtaagactaagtgattattgctataattcatatcatcttattgtatattcttttcaatgtatattcattatggt |
5480160 |
T |
|
| Q |
400 |
tcctatgaattgattacagggaaataatgatgatgatgcatggtttgttgaaatttctttt |
460 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5480161 |
gcctatgaattgattacagggaaataatgatgatgatgcatggtttgttgaaatttctttt |
5480221 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 100 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 45006876 - 45006516
Alignment:
| Q |
100 |
aaatgtaaatgtaccaattgcacccgaaattttacttcagtattacaatctacacaatgtaaatgtacctgtagcttggcttttacatttatgcagaata |
199 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45006876 |
aaatgtaaatgtaccaactgcacccgaaattttacttcagtattacattctacacaatgtaaatgtacctgtagcttggcttttacatttatgcagaata |
45006777 |
T |
|
| Q |
200 |
ttaataatgtatgtgatttcaaaccatgcccttattgatagctataaacgacttggctctgttgtgaattaacttttccagatttcttatggtttttaaa |
299 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45006776 |
ttaataatgtatgtgatttcaaaccatgcccttattgatagctataaacgacttggctctgttgtgaattaacttttccagatttcttatggtttttaaa |
45006677 |
T |
|
| Q |
300 |
tgaagatactaacagcgccnnnnnnngtaagactaagtgattattgctataattcatatcatcttattgtatattcttttcaatgtatattcattatggt |
399 |
Q |
| |
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|||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45006676 |
tgaagatactaacaacaccaaaaaatgtaagactaagtgattattgctataattcatatcatcttattgtatattcttttcaatgtatattcattatggt |
45006577 |
T |
|
| Q |
400 |
tcctatgaattgattacagggaaataatgatgatgatgcatggtttgttgaaatttctttt |
460 |
Q |
| |
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|
|
| T |
45006576 |
gcctatgaattgattacagggaaataatgatgatgatgcatggtttgttgaaatttctttt |
45006516 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 100 - 201
Target Start/End: Original strand, 25575557 - 25575658
Alignment:
| Q |
100 |
aaatgtaaatgtaccaattgcacccgaaattttacttcagtattacaatctacacaatgtaaatgtacctgtagcttggcttttacatttatgcagaata |
199 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25575557 |
aaatgtaaatgtaccaactgcacccgaaattttacttcactattacaatctaaacaatttaaatgtacctatagcttggcttttacatttatgcagaata |
25575656 |
T |
|
| Q |
200 |
tt |
201 |
Q |
| |
|
|| |
|
|
| T |
25575657 |
tt |
25575658 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 326 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 5421368 - 5421234
Alignment:
| Q |
326 |
gtaagactaagtgattattgctataattcatatcatcttattgtatattcttttcaatgtatattcattatggttcctatgaattgattacagggaaata |
425 |
Q |
| |
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|||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
5421368 |
gtaagactaactaattattgctataattcatatcatattattgtatatttttttcaatgtatattcattatggttcctatgtattgactacagggaaatg |
5421269 |
T |
|
| Q |
426 |
atgatgatgatgcatggtttgttgaaatttctttt |
460 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5421268 |
atgatgatgatgcatggtttgttgaaatttctttt |
5421234 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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