View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6500_low_2 (Length: 673)

Name: NF6500_low_2
Description: NF6500
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6500_low_2
NF6500_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-662)||(30346577-30347238)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 654; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 654; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 662
Target Start/End: Original strand, 30346577 - 30347238
Alignment:
Q  1 gttgagcttaactgctcttagtcctctatgctttgtacgactgcacttatcatggactagatgaacaaacaattgttgtttaagataaagacaaaattac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30346577 gttgagcttaactgctcttagtcctctatgctttgtacgactgcactaatcatggactagatgaacaaacaattgctgtttaagataaagacaaaattac 30346676  T
Q  101 aattatttttagtgcttaattaattgacattacaggaacagcttcacctttacaatttttatatatgtatgtattgtcaatatggtttcgttagtttttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30346677 aattatttttagtgcttaattaattgacattacaggaacagcttcacctttacaatttttatatatgtatgtattgtcaatatggtttcgttagtttttt 30346776  T
Q  201 gtttcttagtgaaagaagagtaatcaagtgttaattaatctaagctttattaagtcactaagcttccgttaatcaacatacatcaggttaagtataagta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30346777 gtttcttagtgaaagaagagtaatcaagtgttaattaatctaagctttattaagtcactaagcttccgttaatcaacatacatcaggttaagtataagta 30346876  T
Q  301 acgcactcaaaggtagacaactcaacctgcttcaacaaacccatttttgattcttacaatcaatgatgcttcttcatattgaagaaatagtatatatcag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30346877 acgcactcaaaggtagacaactcaacctgcttcaacaaacccatttttgattcttacaatcaatgatgcttcttcatattgaagaaatagtatatatcag 30346976  T
Q  401 atttatttggtctcaatcttcttgaggtgtagatttatttggacgtttgcttggaatgcaatactcctagatcgagtccaaaacaagtaaacaaaaagga 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30346977 atttatttggtctcaatcttcttgaggtgtagatttatttggacgtttgcttggaatgcaatactcctagatcgagtccaaaacaagtaaacaaaaagga 30347076  T
Q  501 gcattggatatataagggcttttattcaaataaaatataaattatgtatttcataaactaaccaattacaaggaaaagatagataagaaataataattaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30347077 gcattggatatataagggcttttattcaaataaaatataaattatgtatttcataaactaaccaattacaaggaaaagatagataagaaataataattaa 30347176  T
Q  601 atattgttgataacttattgtagaagagaggcaaatatcacttgaaggggaaaattatgatg 662  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30347177 atattgttgataacttattgtagaagagaggcaaatatcacttgaaggggaaaattatgatg 30347238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University