View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6502_low_1 (Length: 946)

Name: NF6502_low_1
Description: NF6502
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6502_low_1
NF6502_low_1
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (28-656)||(55584717-55585346)
chr4 (9-656)||(16420061-16420711)
chr4 (28-578)||(53436920-53437470)
chr4 (9-657)||(46670888-46671538)
chr4 (28-503)||(53438428-53438903)
chr4 (9-555)||(9352730-9353277)
chr4 (28-555)||(6673176-6673705)
chr4 (9-400)||(9341629-9342021)
chr4 (53-556)||(987417-987907)
chr4 (294-555)||(3216101-3216361)
chr4 (17-426)||(42515169-42515574)
chr4 (281-362)||(37662455-37662536)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (28-656)||(9953677-9954307)
chr7 (28-656)||(23409500-23410130)
chr7 (28-409)||(23688354-23688732)
chr7 (9-555)||(30758556-30759103)
chr7 (28-524)||(7747428-7747925)
chr7 (158-555)||(25137005-25137402)
chr7 (741-929)||(9954397-9954585)
chr7 (222-501)||(42779513-42779792)
chr7 (216-296)||(45292032-45292112)
chr7 (9-155)||(25137976-25138123)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (9-578)||(2879879-2880453)
chr6 (9-657)||(35023553-35024203)
chr6 (9-307)||(2867696-2867994)
chr6 (28-555)||(28871649-28872178)
chr6 (17-549)||(33353973-33354507)
chr6 (128-363)||(8630916-8631151)
chr6 (264-473)||(20025814-20026024)
[»] scaffold0144 (1 HSPs)
scaffold0144 (28-556)||(39791-40318)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (28-637)||(275487-276097)
[»] scaffold0434 (1 HSPs)
scaffold0434 (28-652)||(10991-11617)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (28-656)||(41362869-41363500)
chr2 (28-536)||(44679495-44680003)
chr2 (9-578)||(28633738-28634285)
chr2 (9-555)||(11925346-11925894)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (28-525)||(11773252-11773749)
chr3 (28-555)||(559646-560176)
chr3 (265-556)||(27088554-27088844)
chr3 (9-211)||(21221912-21222114)
chr3 (195-472)||(36529777-36530057)
chr3 (195-472)||(36533220-36533500)
chr3 (28-210)||(27088320-27088504)
chr3 (503-656)||(11776443-11776597)
chr3 (9-219)||(12678515-12678727)
chr3 (318-369)||(21221860-21221911)
chr3 (105-179)||(9607345-9607419)
chr3 (216-349)||(23938500-23938633)
[»] scaffold0049 (1 HSPs)
scaffold0049 (9-656)||(38254-38904)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-555)||(36215683-36216230)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (28-555)||(9330262-9330791)
chr8 (9-538)||(10332843-10333372)
chr8 (200-429)||(40454967-40455198)
chr8 (265-485)||(32233170-32233391)
chr8 (218-393)||(12074554-12074729)
chr8 (103-174)||(26180121-26180192)
chr8 (262-400)||(14663597-14663734)
chr8 (261-400)||(14641992-14642130)
chr8 (125-174)||(26269974-26270023)
[»] scaffold0210 (2 HSPs)
scaffold0210 (9-555)||(22965-23513)
scaffold0210 (223-555)||(24185-24517)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (9-335)||(41586093-41586425)
[»] scaffold0718 (1 HSPs)
scaffold0718 (444-555)||(7393-7504)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 502; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 502; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 656
Target Start/End: Original strand, 55584717 - 55585346
Alignment:
Q  28 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaactataataataagattctcagggatg 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  55584717 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaactataataataagattgtcagggatg 55584816  T
Q  128 agtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaatttagtcttgccctaat 227  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55584817 agtttcactagatgaccatcttgagttaacaacttgaatatgaccattgaatagacttgtcgtatcattaccgaattctctaatttagtcttgccctaat 55584916  T
Q  228 tccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggttt 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55584917 tccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggttt 55585016  T
Q  328 caagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatcaa 427  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  55585017 caagggtttccatctattcctagattacaaaggcaagaatttctcatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatata 55585116  T
Q  428 tttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaagtt 527  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55585117 tttaaaggcggccaagcaataaaagcattaagaacatagataagaaaaatgattcaataaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaagtt 55585216  T
Q  528 gtcatctaggtaatctcatccctaacaatggaaaat-tagctactcatgatatttgtcaaaagctaaaagagaattgataattgcacataaaattgcagt 626  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||| ||| | | ||    
T  55585217 gtcatctagataatctcatccctaataattgagaatctagctactcatgatgtttgtcaaaagttaaaagagaattgagaattacacattaaactaccgt 55585316  T
Q  627 taaatgatgatgaaatccagttgaatcacc 656  Q
    | | ||||||| ||| |||||| |||||||    
T  55585317 tgattgatgatcaaagccagttaaatcacc 55585346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 450; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 656
Target Start/End: Complemental strand, 16420711 - 16420061
Alignment:
Q  9 tgtcgaagaatatttgtggcttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaactataat 108  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16420711 tgtcgaataatatttgtgacttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtgtgattgcaataatgaaaattaagtaaagtaaaattggaatgaactataat 16420612  T
Q  109 aataa---gattctcagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattc 205  Q
    |||||   ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  16420611 aataataagattgccagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgaccattaaatagacttatcatatcattaccgaattc 16420512  T
Q  206 tctaatttagtcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattg 305  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16420511 tctaatttattcttgccctaactccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataacccctaattacttagtgaatttaagatcagaattaagcatgattg 16420412  T
Q  306 aacaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgttt 405  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||    
T  16420411 aacaagaattcttaattggttttaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatctcttatctc-aagcctttataaattcaatttccgttt 16420313  T
Q  406 cacagtataaaccgtaaatcaatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaa 505  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  16420312 cacaatataaaccgtaaatcaatttaaaggcggtcaagcaataatagcattaagaacaaagataagaaaaatgattcaataaacttcttcaataatcaaa 16420213  T
Q  506 ataaagtcatatgacaaaagttgtcatctaggtaatctcatccctaacaatggaaaat-tagctactcatgatatttgtcaaaagctaaaagagaattga 604  Q
     ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  16420212 ttaaagtcatagaacaaaagttgtcatctagataatctcatccctaacaattgagaatctaactactcatgatgtttgtcaaaagctaaaagagaattga 16420113  T
Q  605 taattgcacataaaattgcagttaaatgatgatgaaatccagttgaatcacc 656  Q
     |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  16420112 gaattacacataaaattgcagttgaatgatgatcaaagccaattgaatcacc 16420061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 436; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 53437470 - 53436920
Alignment:
Q  28 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaactataataataagattctcagggatg 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  53437470 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtgtgattacaataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaactataataataagattgtcagggatg 53437371  T
Q  128 agtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaatttagtcttgccctaat 227  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  53437370 agtttcaccagatgactatcttcagttaacaacttgaatatgaccattgaatagacttatcgtatcattaccgaattctctaatttattcttgccctaat 53437271  T
Q  228 tccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggttt 327  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53437270 tctttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggttt 53437171  T
Q  328 caagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatcaa 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  53437170 caagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcttatttcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacaatataaaccgtatatcaa 53437071  T
Q  428 tttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaagtt 527  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||| |||||||||    
T  53437070 tttaaaggcggccaagcaataaaagcattaataacagagataagaaaaatgattcaataaacttcttcaataatcagaa-aaagtcatataacaaaagtt 53436972  T
Q  528 gtcatctaggtaatctcatccctaacaa-tggaaaattagctactcatgata 578  Q
    ||||||| | || |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  53436971 gtcatctcgatactctcatccctaacaacatgaaaattagctactcatgata 53436920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 657
Target Start/End: Original strand, 46670888 - 46671538
Alignment:
Q  9 tgtcgaagaatatttgtggcttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ata 106  Q
    ||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||  |||    
T  46670888 tgtcgaataatatttataacttaattgaacaaaaaggtactgaatttggttgattgcaataatgaaaattaagcaaagtaaaattggtttgaactttata 46670987  T
Q  107 ataataagattctcagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattct 206  Q
     |||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||    
T  46670988 gtaataaaattgtcagcgatgagtttcactagatgactatcttgagttatcaacttgaatatgactattgaatcggcttatcgaatcattaccgaattct 46671087  T
Q  207 ctaatttagtcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattga 306  Q
    |||||||| | ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  46671088 ctaatttattattgccctaaatcctcagtgaaaaaatcattaatcctaaaataacccctaattccttggcgaatttaagattagaattaagcatgatgga 46671187  T
Q  307 acaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttc 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  46671188 acaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctatccctacattacaaagacaagaatttcttatctc-aagcgtttataaattcaacttccgtttc 46671286  T
Q  407 acagtataaaccgtaaatcaatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaa 506  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  46671287 acaatataaaccgtaaatcaatttaaaggcggccaagcaataaaagcattaagcacagagataagaaaaatgattcaataaacttattcaataatcaaaa 46671386  T
Q  507 taaagtcatatgacaaaagttgtcatctaggtaatctcatccctaacaa-tggaaaattagctactcatgatatttgtcaaaagctaaaagagaattgat 605  Q
    |||||| |||  |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||     
T  46671387 taaagttatagaacaaaagttgtcatttagataatctcatccctaacaacaagaaaattagctactcatgatgtttgtcaaaagttaaaagagaattgag 46671486  T
Q  606 aattgcacataaaattgcagttaaatgatgatgaaatccagttgaatcacct 657  Q
    |||| |||||| |||| || || |||| |||| ||| ||| |||||||||||    
T  46671487 aattacacatagaattacaattgaatgttgatcaaaaccaattgaatcacct 46671538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 53438903 - 53438428
Alignment:
Q  28 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaactataataataagattctcagggatg 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  53438903 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtgtgattacaataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaactataataataagattgtcagggatg 53438804  T
Q  128 agtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaatttagtcttgccctaat 227  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  53438803 agtttcaccagatgactatcttcagttaacaacttgaatatgaccattgaatagacttatcgtatcattaccgaattctctaatttattcttgccctaat 53438704  T
Q  228 tccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggttt 327  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53438703 tctttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggttt 53438604  T
Q  328 caagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatcaa 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  53438603 caagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcttatttcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacaatataaaccgtatatcaa 53438504  T
Q  428 tttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatca 503  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  53438503 tttaaaggcggccaagcaataaaagcattaataacagagataagaaaaatgattcaataaacttcttcaataatca 53438428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 9 - 555
Target Start/End: Original strand, 9352730 - 9353277
Alignment:
Q  9 tgtcgaagaatatttgtggcttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaactat--a 106  Q
    ||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||   ||||||||||| || |||||| |||||||   ||| |||||| | ||||| | |  |    
T  9352730 tgtcgaaaaatacttgttacttaattgaacaaaaaggtacgagatttgtttgatagcaataatgtaaattaacagaag-aaaatttgtttgaattttcta 9352828  T
Q  107 ataataagattctcagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattct 206  Q
    |||| || ||| |   ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||  |||| |||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  9352829 ataagaaaattgttgaggatgaggttcgctagatgactatcttaagttagtaactcgaatataactattgaatcaacttatcgaattattaccgaattct 9352928  T
Q  207 ctaatttagtcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattga 306  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9352929 ctaatttattcttgccctaattccttagtgacaaaaccattaattctaaaacaactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatga 9353028  T
Q  307 acaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttc 406  Q
    ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9353029 acaagaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttc 9353128  T
Q  407 acagtataaaccgtaaatcaatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaa 506  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||  ||||||| |  || ||||||||||| ||    
T  9353129 acaatataaaccgtaaatcaatttaaaggtgatcaatcaataaaagcattaagcatggagataagaaaaacaattcaataagtttaatcaataatcataa 9353228  T
Q  507 taaagtcatatgacaaaagttgtcatctaggtaatctcatccctaacaa 555  Q
    |  | ||| |||||||| ||  ||||||||||   |||||||| |||||    
T  9353229 tccaatcacatgacaaatgtaatcatctaggtctactcatccccaacaa 9353277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 247; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 28 - 555
Target Start/End: Original strand, 6673176 - 6673705
Alignment:
Q  28 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ataataataagattctcaggga 125  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||||||||| || |||||| |||||||  | |  |||||| | || ||||  ||||||| || ||| |   |||    
T  6673176 cttaattgaacaaaaaggtacgagatttgtttgatagcaataatgtaaattaaacagaagaaaatttgtttcaactttataataagaaaattgttgagga 6673275  T
Q  126 tgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaatttagtcttgcccta 225  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| |||||  ||||  ||||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6673276 tgaggttcgctagatgactatcttaagttagtaactcaaatataactattgaatcaacttatcgaattattaccgaattctctaatttattcttgcccta 6673375  T
Q  226 attccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggt 325  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || ||||    
T  6673376 attccttagtgacaaaaccattaattctaaaacaactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatgaacaagaattctcaagtggt 6673475  T
Q  326 ttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatc 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  6673476 ttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacaaaataaaccgtaaatc 6673575  T
Q  426 aatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaag 525  Q
    |||||||||| |  ||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||  ||||||| |  |||||||||||||| |||  | ||| |||||||| |    
T  6673576 aatttaaaggtgatcaatcaataaaagcattaagcatggagataagaaaaacaattcaataagtttcatcaataatcataatccaatcacatgacaaatg 6673675  T
Q  526 ttgtcatctaggtaatctcatccctaacaa 555  Q
    |  ||||||||||   |||||||| |||||    
T  6673676 tattcatctaggtctactcatccccaacaa 6673705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 9 - 400
Target Start/End: Original strand, 9341629 - 9342021
Alignment:
Q  9 tgtcgaagaatatttgtggcttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaactat--a 106  Q
    ||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||   ||||||||||| || |||||| |||||||   ||| |||||| | ||||| | |  |    
T  9341629 tgtcgaaaaatacttgttacttaattgaacaaaaaggtacgagatttgtttgatagcaataatgtaaattaacagaag-aaaatttgtttgaattttcta 9341727  T
Q  107 ataataagattctcagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattct 206  Q
    |||| || ||| |   ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||  ||||  ||||  |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  9341728 ataagaaaattgttgaggatgaggttcgctagatgactatcttaagttagtaactctaatagaactattgaatcaacttatcgaattattaccgaattct 9341827  T
Q  207 ctaatttagtcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattga 306  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  9341828 ctaatttattcttgccctaattccttagtgacaaaaccattaattctaaaacaactcctaattccttagtgaatttaggattagaattaagcatgaatga 9341927  T
Q  307 acaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttc 400  Q
    ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9341928 acaagaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaattcaacttc 9342021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 144; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 53 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 987907 - 987417
Alignment:
Q  53 tttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ataataataagattctcagggatgagtttcactagatgactatcttg 150  Q
    |||||||||| || |||||| ||| |||| ||| ||||||| | ||||| |  |||| ||| | ||| |||| ||||||||| |||||||||||  ||||    
T  987907 tttgtttgatagcaataatgcaaagtaagcaaaataaaatttgtttgaaatttataacaattaaattttcagagatgagttttactagatgactgacttg 987808  T
Q  151 agttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaatttagtcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaat 250  Q
    |||||  ||||| |||||||||||| ||| |          |||||||  |||||||||| ||| | ||||  ||||||||||||||||||||  |||||    
T  987807 agttattaactt-aatatgactattaaatca----------tcattacttaattctctaaattatttttgctttaattccttagtgacaaaatg-ttaat 987720  T
Q  251 cctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggtttcaagggtt----tgcatctattc 346  Q
     |||||||||  | |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||    |||||||||||    
T  987719 tctaaaataactcataattctttagtgaaattaagattagaattaagcatgaatgaacaagaattttcaattggtttcaagggttaatttgcatctattc 987620  T
Q  347 ctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatcaatttaaaggcggccaaacaa 446  Q
    |||||||| |||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| ||| |||||| | |||||||| |||||  | ||||| |||    
T  987619 ctagattataaag-caagaatttcttatcttaaagcatttataaattcaacttcctttttacaatataaatcataaatcaaattaaacacagccaagcaa 987521  T
Q  447 taaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaagttgtcatctaggtaatctcat 546  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |       ||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||  |||| ||||    
T  987520 taaaagcattaagaacagagttaagaaaaatgattaaaat------ttcaataatcaaaataaaatcatagtacaaaagttgtcatctaaataatttcat 987427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 294 - 555
Target Start/End: Original strand, 3216101 - 3216361
Alignment:
Q  294 taagcatgattgaacaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaatt 393  Q
    ||||||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  3216101 taagcatgaatgaacaagaattctcaat-ggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagtatttataaatt 3216199  T
Q  394 caacttccgtttcacagtataaaccgtaaatcaatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttca 493  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||||||| |  ||||    
T  3216200 caacttccgtttcacaatataaaccgtaaatcaatttaaaggtgatcaatcaataaaagcattaagcatggagataagaaaaataattcaataagtttca 3216299  T
Q  494 tcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaagttgtcatctaggtaatctcatccctaacaa 555  Q
    |||||||||  |||  | ||| |||||||| ||  ||||||||||   |||||||| |||||    
T  3216300 tcaataatcgtaatccaatcacatgacaaatgtattcatctaggtctactcatccccaacaa 3216361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 17 - 426
Target Start/End: Original strand, 42515169 - 42515574
Alignment:
Q  17 aatatttgtggcttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaactat--aataataag 114  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||||||||| || ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |  ||||||||     
T  42515169 aatatttgtgacttaattgaacaaaaaggtaatggacttgtttgatagcaataatgaaaattaagaaaaataaaattggtttgaactttttaataataaa 42515268  T
Q  115 attctcagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaattta 214  Q
    ||| | | || |||||||||||| ||  | | |||||||| |  | |||| |||||||||||||      ||| | || ||| || |||||||||| |||    
T  42515269 attgtgacggttgagtttcactaaatttcaaacttgagttgatgatttgattatgactattgaactcctctattgaataattgccaaattctctaaatta 42515368  T
Q  215 gtcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaa-caagaa 313  Q
       |||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||  |||||    
T  42515369 cctttgccctaattctttagtgacaaaatcatcaattctaaagcaacccctaattccttagtgaatttaagattagaactaaacatgaatgaataaagaa 42515468  T
Q  314 ttcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtat 413  Q
    ||| | | || |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||      || ||||||||||| || ||||||||||||   |||||||| |||    
T  42515469 ttc-tcaatgatttcaagggtttgcatctatccctagactacaaagaca------tcttatctcaaagcattcataaattcaactcttgtttcacaatat 42515561  T
Q  414 aaaccgtaaatca 426  Q
     ||||||||||||    
T  42515562 gaaccgtaaatca 42515574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 281 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 37662536 - 37662455
Alignment:
Q  281 ttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggca 362  Q
    |||||| ||| | |||||||||||||  |||| |||  | ||||||||| | |||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  37662536 ttaagaataggactaagcatgattgattaagacttctaagttggtttcatgtgtttgcatctattcctcgattgcaaaggca 37662455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 449; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 449; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 656
Target Start/End: Original strand, 9953677 - 9954307
Alignment:
Q  28 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ataataataagattctcaggga 125  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||  || |||||||    
T  9953677 cttaattgaacaaaaaggtactcaatttgtttgattgcaataatgaaaattaagtaaagtaaa-ttggtttgaactttataataataaagttgtcaggga 9953775  T
Q  126 tgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaatttagtcttgcccta 225  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| |||||||  |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9953776 tgagtttcactagatgactatcttaagctatcaacttgaatatgacaattgaatccacttatcaaatcattaccgaattctctaatttattcttgcccta 9953875  T
Q  226 attccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggt 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9953876 attccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataacccctaattccttagtgaacttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggt 9953975  T
Q  326 ttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatc 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  9953976 ttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtatcacaatataaaccgtaaatc 9954075  T
Q  426 aatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaag 525  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9954076 aatttaaaggcggccaagcaataaaaacattaagaaaagagataagaaaaatgattcaataaacttcatcaataatcaaaataaagtaatatgacaaaag 9954175  T
Q  526 ttgtcatctaggtaatctcatccctaacaatggaaaat-tagctactcatgatatttgtcaaaagctaaaagagaattgataattgcacataaaattgca 624  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||  |     
T  9954176 ttgtcatctagataatctcatccctaacaattgagaatctagctactcatgatgtttgtcaaaagttaaaagagaattgagaattacacataaaatcacc 9954275  T
Q  625 gttaaatgatgatgaaatccagttgaatcacc 656  Q
    ||| | ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  9954276 gttgattgatgatcaaagccagttgaatcacc 9954307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 656
Target Start/End: Complemental strand, 23410130 - 23409500
Alignment:
Q  28 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ataataataagattctcaggga 125  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||  ||||||||||  || | |||||    
T  23410130 cttaattgaacaaaaaggtcctgaatttgtttgattgcaataatgaaaattaagcaaagtaaatttggtttgaactttataataataaagttgttaggga 23410031  T
Q  126 tgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaatttagtcttgcccta 225  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23410030 tgagtttcaccagatgactatcttgagttaacaacttgaacatgactattgaatcgacttatcaaatcattaccgaattctctaatttattcttgcccta 23409931  T
Q  226 attccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggt 325  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23409930 attctttagtgacaaaatcattaatcctaaaataacccctaattccttagtgaatttaagatcagaattatgcatgattgaacaagaattcttaattggt 23409831  T
Q  326 ttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatc 425  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  23409830 ttcaagggtttgcatctattcttagattacaaaggcaagaatctcttatctcaaa-cgtttataaattcaacttctgtttcacaatataaaccgtaaatc 23409732  T
Q  426 aatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaag 525  Q
    |||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| |||||  |||||||    
T  23409731 aattgaaaggcggccaagcaataaaaacattaagaacagagataagaaaaatgattcaataaacttcttcaataatcaaaagaaaatcatagaacaaaag 23409632  T
Q  526 ttgtcatctaggtaatctcatccctaacaa-tggaaaattagctactcatgatatttgtcaaaagctaaaagagaattgataattgcacataaaattgca 624  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||    
T  23409631 ttgtcatctagataatctcatccctaacaacacgaaaattagctactcatgatgtttgtcaaaagctaaaagagaattgagaattacacatataattgca 23409532  T
Q  625 gttaaatgatgatgaaatccagttgaatcacc 656  Q
     || ||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  23409531 attgaatgatgatcaaagccagttgaatcacc 23409500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 28 - 409
Target Start/End: Original strand, 23688354 - 23688732
Alignment:
Q  28 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaactataataataagattctcagggatg 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||| ||    |||  || |||||||||    
T  23688354 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcaataatgaaaattaagcaaagtaaatttggtttgaacttta----taaagttgtcagggatg 23688449  T
Q  128 agtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaatttagtcttgccctaat 227  Q
    ||||||||||||||| |||||| || || | ||||||||||||| |||||||  |||||||  ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||    
T  23688450 agtttcactagatgagtatcttaagctatcgacttgaatatgacaattgaatccacttatcaaatcattaccaaattctctaatatattcttgccctaat 23688549  T
Q  228 tccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaat-ttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggtt 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23688550 tccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataacccctaattccttagtgaaacttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggtt 23688649  T
Q  327 tcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcaca 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23688650 tcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcatttataaattcaacttccgtttcaca 23688732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 9 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 30759103 - 30758556
Alignment:
Q  9 tgtcgaagaatatttgtggcttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ata 106  Q
    ||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||   ||||||||||| || |||||| |||||||   ||| |||||| | ||||| |  |||    
T  30759103 tgtcgaataatacttgttacttaattgaacaaaaaggtacgagatttgtttgatagcaataatgtaaattaacagaag-aaaatttgtttgaattttata 30759005  T
Q  107 ataataagattctcagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattct 206  Q
    |||| || ||| |   ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||  |||| |||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  30759004 ataagaaaattgttgaggatgaggttcgctagatgactatcttaagttagtaactcgaatataactattgaatcaacttatcgaattattaccgaattct 30758905  T
Q  207 ctaatttagtcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattga 306  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30758904 ctaatttattcttaccctaattccttagtgacaaaaccattaattctaaaacaactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatga 30758805  T
Q  307 acaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttc 406  Q
    ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30758804 acaagaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttc 30758705  T
Q  407 acagtataaaccgtaaatcaatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaa 506  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||  ||||||| |  |||||||||||||| ||    
T  30758704 acaatataaaccgtaaatcaatttaaaggtgatcaatcaataaaagcattaagcatggagataagaaaaacaattcaataagtttcatcaataatcataa 30758605  T
Q  507 taaagtcatatgacaaaagttgtcatctaggtaatctcatccctaacaa 555  Q
    |  | ||| |||||||| ||  ||||||||||   |||||||| |||||    
T  30758604 tccaatcacatgacaaatgtaatcatctaggtctactcatccccaacaa 30758556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 252; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 28 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 7747925 - 7747428
Alignment:
Q  28 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ataataataagattctcaggga 125  Q
    ||||| |||||||||||||||   ||||||||||| || ||||||||||||||| |||  |||||||| |||||||  |||||||||| ||| ||| |||    
T  7747925 cttaagtgaacaaaaaggtacgagatttgtttgatagcaataatgaaaattaagcaaaa-aaaattggtttgaactttataataataaaattgtcaagga 7747827  T
Q  126 tgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaatttagtcttgcccta 225  Q
    |||| |||  ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||| || ||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  7747826 tgaggttcgatagatgactatcttgagttaacaactcaaatatgactattgaatctacttatcgaattattaccgaattctctgatttattcttgcccta 7747727  T
Q  226 attccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggt 325  Q
    |||||||||||||| || |||| || |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  || ||||    
T  7747726 attccttagtgacagaaccattcattctaaaataactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatgaacaaaaattctcaagtggt 7747627  T
Q  326 ttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatc 425  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7747626 ttcaaaggtttgcatctattcctatattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagagtttataaattcaacttccgtttcacaatataaaccgtaaatc 7747527  T
Q  426 aatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaa 524  Q
    |||||||||| |   || |||||||||||||||| |  |||||||||||||  ||||||  |  |||||||||||||| ||| || ||| |||||||||    
T  7747526 aatttaaaggtgattaatcaataaaagcattaagcatggagataagaaaaacaattcaagaagtttcatcaataatcataatcaaatcacatgacaaaa 7747428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 158 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 25137402 - 25137005
Alignment:
Q  158 aacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaatttagtcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaa 257  Q
    |||| |||||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  25137402 aactcgaatataactattgaatcaacttatcgaattattaccgaattctctaatttattcttgccctaattccttagtgacaaaaccattaattctaaaa 25137303  T
Q  258 taatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaa 357  Q
     ||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25137302 caactcctaattcctcagtgaatttaagattagaattaagcatgaatgaacaagaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaa 25137203  T
Q  358 aggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatcaatttaaaggcggccaaacaataaaagcatta 457  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||    
T  25137202 aggcaagaatttcttatctcaaaacgtatataaattcaacttccgtttcacaatataaaccgtaaatcaatttaaaggtgatcaatcaataaaagcatta 25137103  T
Q  458 agaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaagttgtcatctaggtaatctcatccctaacaa 555  Q
    || |  |||||||||||||| ||||||| |  |||||||||||||| |||  | ||| |||||||| ||  ||||||||||   |||||||| |||||    
T  25137102 agcatggagataagaaaaataattcaataagtttcatcaataatcataatccaatcacatgacaaatgtattcatctaggtctactcatccccaacaa 25137005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 160; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 741 - 929
Target Start/End: Original strand, 9954397 - 9954585
Alignment:
Q  741 tttgtttcatcttatatagcatgttaatgttaatccgagacccttctgccaatccaacgtgtgtgggaatatacacgtcaactcatggaattgtttgtgg 840  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9954397 tttgtttcatcttatatagcatgttaatgttaatccgcgacccttctgccaatccaacgtgtgtggggatatacacgtcaactcatggaattgtttgtgg 9954496  T
Q  841 tgcgttggatatttggcaataattatgtgatggtccaatgatnnnnnnntaatacatcaaccaataacaatgcacttcaagagagaagt 929  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9954497 tgcgttggatatttggcaataattatgtgatggtccaatgataaaaaagtaatacatcaaccaataacaatgcacttcaagagagaagt 9954585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 222 - 501
Target Start/End: Original strand, 42779513 - 42779792
Alignment:
Q  222 cctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatc-cctaattccttagtgaattt-aagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgta 319  Q
    |||||||||||||||||| || | |||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||||||  |    
T  42779513 cctaattccttagtgacagaacctttaatcctaaaataaaaacctaattccttagtgaatttgaagattagaattaagcatgaac-aacaagaattctca 42779611  T
Q  320 attggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccg 419  Q
    |  |||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| || || |||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||    
T  42779612 accggttccaagggtttgcacctattcctagattgcaaaggcaaggatctcttatctcaa-gcgtttataaattccactttcgtttcacaatataaaccg 42779710  T
Q  420 taaatcaatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataat 501  Q
    |||||||||||||||| |  ||| ||||||||| |||||| |  |||||||  ||||  ||||||| |  ||||||||||||    
T  42779711 taaatcaatttaaaggtgatcaatcaataaaagtattaagcatggagataattaaaacaattcaataagtttcatcaataat 42779792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 216 - 296
Target Start/End: Original strand, 45292032 - 45292112
Alignment:
Q  216 tcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaa 296  Q
    |||||||||||||||||||| |     |||||||| ||||||||| | |||| | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  45292032 tcttgccctaattccttagttaacgggtcattaattctaaaataacctctaaattcttagtgaatttaagattaaaattaa 45292112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 9 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 25138123 - 25137976
Alignment:
Q  9 tgtcgaagaatatttgtggcttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ata 106  Q
    ||||||| ||||||| |  ||||||||||||||| |||||   ||||||||||| || |||||| ||||||| || |  |||||| | |||||||  |||    
T  25138123 tgtcgaataatatttataacttaattgaacaaaa-ggtacgagatttgtttgatagcaataatgtaaattaaatagaagaaaatttgtttgaactttata 25138025  T
Q  107 ataataagattctcagggatgagtttcactagatgactatcttgagtta 155  Q
    |||| || ||| |   ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||    
T  25138024 ataagaaaattgttgaggatgaggttcgctagatgactatcttaagtta 25137976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 442; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 442; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 2880453 - 2879879
Alignment:
Q  9 tgtcgaagaatatttgtggcttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaactataat 108  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2880453 tgtcgaataatatttgtgacttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtgtgattgcaataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaactataat 2880354  T
Q  109 aataagattctcagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctct 208  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2880353 aataagattgtcagggatgagtttcaccagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgaccattgaatagacttatcgtatcattaccgaattctct 2880254  T
Q  209 aatttagtcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaac 308  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2880253 aatttattcttgccctaattccttagtgaaaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaac 2880154  T
Q  309 aagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaa----ttcaacttccgtt 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||    ||||||||| |||    
T  2880153 aagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaataatttcttatctgaaagcgtttataaattcattcaacttctgtt 2880054  T
Q  405 tcacagtataaaccgtaaatcaatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaa 504  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  2880053 tcacaatataaaccgtatatcaatttaaaggcggccaagcaataaaagcattaagaatagagataagaaaaatgattcaataaacttcttcaataatcaa 2879954  T
Q  505 aataaagtcatatgacaaaagttgtcatctaggtaatctcatccctaacaa-tggaaaattagctactcatgata 578  Q
    || ||| |||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  2879953 aagaaaatcatataacaaaagttgtcatctagatactctcatccctaacaacatgaaaattagctactcatgata 2879879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 35024203 - 35023553
Alignment:
Q  9 tgtcgaagaatatttgtggcttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttg--attgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaactata 106  Q
    ||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||| ||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35024203 tgtcgaataatatttgtgatttaattgaacaaaaagttactgaatttgtgtgtgattgcaataatgaaagttaagtaaagtaaaattggattgaactata 35024104  T
Q  107 ataataagattctcagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattct 206  Q
    |||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||  ||||||||||||||||    
T  35024103 ataagaaaattgtcagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgatcattgaatggacttatcaaatcattaccgaattct 35024004  T
Q  207 ctaatttagtcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattga 306  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  35024003 ctaatttattcttgccctaattccttagtgacaaaaacattaatactaaaaaaaaacctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaaaga 35023904  T
Q  307 acaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttc 406  Q
    ||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  35023903 acaagaattcaaaaatggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaataatttcttatctc-aagcatttataaattcaacttccgtttc 35023805  T
Q  407 acagtataaaccgtaaatcaatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaa 506  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  35023804 acaatataaactgtaaatcaatttaaaggcggccaagcaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaataaacttattcaataatcaaaa 35023705  T
Q  507 taaagtcatatgacaaaagttgtcatctaggtaatctcatccctaacaa-tggaaaattagctactcatgatatttgtcaaaagctaaaagagaattgat 605  Q
     |||||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||     
T  35023704 gaaagtcatagaacaaaagttatcatctagataatctcatccctaacaacaaaaaaattagctactcatgatgtttgtcaaaagttaaaaaagaattgag 35023605  T
Q  606 aattgcacataaaattgcagttaaatgatgatgaaatccagttgaatcacct 657  Q
    ||||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||  || |||||||||||    
T  35023604 aattgcacatagaattacagttgaatgatgatcaaagtcaattgaatcacct 35023553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 9 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 2867994 - 2867696
Alignment:
Q  9 tgtcgaagaatatttgtggcttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaactataat 108  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2867994 tgtcgaataatatttgtgacttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtgtgattgtaataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaactataat 2867895  T
Q  109 aataagattctcagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctct 208  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  2867894 aataagattgtcagggatgagtttcaccagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgaccattgaatagacttatcgtatcactaccgaattctct 2867795  T
Q  209 aatttagtcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaa 307  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2867794 aatttattcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaa 2867696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 28 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 28872178 - 28871649
Alignment:
Q  28 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ataataataagattctcaggga 125  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||||||||| || |||||| |||||||  |||  |||||| | || ||||  ||||||| || ||| |   |||    
T  28872178 cttaattgaacaaaaaggtacgagatttgtttgatagcaataatgtaaattaaacaaaagaaaatttgtttaaactttataataagaaaattgttgagga 28872079  T
Q  126 tgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaatttagtcttgcccta 225  Q
    |||| ||| || |||||||||||| |||||  |||| |||||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28872078 tgaggttcgctggatgactatcttaagttagtaactcgaatataactattgaatcaacttatcgaattattaccgaattctctaatttattcttgcccta 28871979  T
Q  226 attccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggt 325  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || ||||    
T  28871978 attccttagtgacaaaaccattaattctaaaagaactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatgaacaagaattctcaagtggt 28871879  T
Q  326 ttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatc 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28871878 ttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacaatataaaccgtaaatc 28871779  T
Q  426 aatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaag 525  Q
    |||||||||| |  ||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||  ||||||| |  |||||||||||||| ||| || | | |||||||| |    
T  28871778 aatttaaaggtgatcaatcaataaaagcattaagcatggagataagaaaaacaattcaataagtttcatcaataatcataatcaaataacatgacaaatg 28871679  T
Q  526 ttgtcatctaggtaatctcatccctaacaa 555  Q
    |  ||||||||||   |||||||| |||||    
T  28871678 taatcatctaggtctactcatccccaacaa 28871649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 17 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 33354507 - 33353973
Alignment:
Q  17 aatatttgtggcttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ataataataag 114  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||   || |||||||| || |||||| |||||||  | |  |||||| | || ||||  ||||||| ||     
T  33354507 aatatttgttacttaattgaacaaaaaggtacgagatatgtttgatagcaataatgtaaattaatcagaagaaaatttgttttaactttataataagaaa 33354408  T
Q  115 attctcagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaattta 214  Q
    ||| |   ||||||| ||  ||||||||||||||| |||||  |||| |||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  33354407 attgttgaggatgaggtttgctagatgactatcttaagttagtaactcgaatataactattgaatcaacttatcgaattattaccgaattctctaattta 33354308  T
Q  215 gtcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaat 314  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  33354307 ttcttgccctaattccttagtgacaaaaccattaattctaaaacaactcttaattccttagtgaatttaagattagaattaagcataaatgaacaagaat 33354208  T
Q  315 tcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtata 414  Q
    ||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||    
T  33354207 tctcaagtggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaattccacccccgtttcacaatata 33354108  T
Q  415 aaccgtaaatcaatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaataaagtca 514  Q
    ||||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||| || ||| || |||    
T  33354107 aaccgtaaatcaatttaaaggtgatcaatcaataaaagcattaagcatggagataagaaaaataattcaataagtttcatcaataaacataatcaaatca 33354008  T
Q  515 tatgacaaaagttgtcatctaggtaatctcatccc 549  Q
     |||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  33354007 catgacaaaagtattcatctaggtatactcatccc 33353973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 128 - 363
Target Start/End: Original strand, 8630916 - 8631151
Alignment:
Q  128 agtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaatttagtcttgccctaat 227  Q
    |||||||||||||  ||||| | || || |||||||||| ||| |||||||| ||||||||| |||||| |  |||||||||| ||| |||||| |||||    
T  8630916 agtttcactagatatctatcatcaggtatcaacttgaatgtgattattgaatcaacttatcgaatcattgctaaattctctaaattaatcttgctctaat 8631015  T
Q  228 tccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggttt 327  Q
    |||||||||| |||||| ||||| ||||||||| || ||| |||||||||||||||| |  |||||||||| ||| ||||||||||||| |||||  |||    
T  8631016 tccttagtgataaaatcgttaattctaaaataacccataaatccttagtgaatttaaaaacagaattaagcttgaatgaacaagaattcttaattatttt 8631115  T
Q  328 caagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaa 363  Q
    ||||   |||||||||||| |||| |||||||||||    
T  8631116 caagaagttgcatctattcatagactacaaaggcaa 8631151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 264 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 20026024 - 20025814
Alignment:
Q  264 ctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaa 363  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| | ||||||| ||||||||||||  |||||||||||    
T  20026024 ctaattccttagttaatttaagaatagaattaagcatgaatgaacatgaattcttaattggtttaaggggtttgaatctattcctaggctacaaaggcaa 20025925  T
Q  364 gaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatcaatt--taaaggcggccaaacaataaaagcattaagaa 461  Q
     |||||| |||||| ||||||||||||||| |||||  | |||||| |||||||| | ||||||||  || |   || ||||| ||||||||||||||||    
T  20025924 taatttcttatctc-aagcgtttataaattaaacttttgattcacaatataaaccatgaatcaatttatatatatggtcaaacgataaaagcattaagaa 20025826  T
Q  462 cagagataagaa 473  Q
    | ||||||||||    
T  20025825 ctgagataagaa 20025814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0144 (Bit Score: 441; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0144
Description:

Target: scaffold0144; HSP #1
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 556
Target Start/End: Original strand, 39791 - 40318
Alignment:
Q  28 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaactataataataagattctcagggatg 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39791 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtgtgattgcaataatgaaaattaagtaaagtataattggattgaactataataataagattgtcagggatg 39890  T
Q  128 agtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaatttagtcttgccctaat 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39891 agtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgaccattgaatagacttatcgtatcattaccgaattctctaatttattcttgccctaat 39990  T
Q  228 tccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggttt 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  39991 tccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattgattt 40090  T
Q  328 caagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatcaa 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  40091 caagggtttgcatctattcctagattacaaaagcaagaatttcttatctc-aagcgtttataaattcaacttccgtttcacaatataaacagtaaatcaa 40189  T
Q  428 tttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaagtt 527  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||||    
T  40190 tttaaaggcggccaagcaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaataaacttcttcaataatcaaaagaaagtcatagaacaaaagtt 40289  T
Q  528 gtcatctaggtaatctcatccctaacaat 556  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  40290 gtcatctagataatctcatcccaaacaat 40318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 276097 - 275487
Alignment:
Q  28 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ataataataagattctcaggga 125  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||  |||||||||| ||| |||  ||    
T  276097 cttaattgaacaaaaaggtaccgaatttgtttgattgcaataatgaaaattaagcaaagtaaa-ttggtttgaactttataataataaaattgtcaaaga 275999  T
Q  126 tgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaatttagtcttgcccta 225  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || | ||||||||||||| |||||||  |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  275998 tgagtttcactagatgactatcttaagctatcgacttgaatatgacaattgaatccacttatcaaatcattaccgaattctctaatttattcttgcccta 275899  T
Q  226 attccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggt 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  275898 attccttagtgacaaaatcattaattttaaaataatccctaattccttagtgaatctaagatcagaattaagcatgattgaacaagagttcttaattggt 275799  T
Q  326 ttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatc 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  275798 ttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatctcttatctcaaa-cgtttataaattcaacttccgtttcacaatataaaccgtaaatc 275700  T
Q  426 aatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaag 525  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||  |||||||    
T  275699 aatttaaaggcggccaagcaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaataaacttcttcaataatcaaattaaagtcatagaacaaaag 275600  T
Q  526 ttgtcatctaggtaatctcatccctaacaatgga-aaattagctactcatgatatttgtcaaaagctaaaagagaattgataattgcacataaaattgca 624  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  275599 ttgtcatctagataatctcatccctaacaattgagaatttagctactcatgatgtttgtcaaaagttaaaagagaattgagaattacacataaaattgca 275500  T
Q  625 gttaaatgatgat 637  Q
    ||| |||||||||    
T  275499 gttgaatgatgat 275487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0434 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0434
Description:

Target: scaffold0434; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 11617 - 10991
Alignment:
Q  28 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ataataataagattctcaggga 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||  ||||||||||  || |||||||    
T  11617 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcaataatgaaaattaagcaaattaaa-ttggtttgaactttataataataaagttgtcaggga 11519  T
Q  126 tgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaatttagtcttgcccta 225  Q
    ||| ||||||||||| |||||||| ||||| | | ||||||||||| |||||||  |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11518 tgactttcactagataactatcttaagttatcgaattgaatatgacaattgaatcgacttatcaaatcattaccgaattctctaatttattcttgcccta 11419  T
Q  226 attccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggt 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||  || ||||    
T  11418 attccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataacccctaattccttagtgaatttaagattataattaagcataattgaacaagaattctcaagtggt 11319  T
Q  326 ttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatc 425  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||    
T  11318 ttctagggtttgcatctattcctagattacaaaggaaagaatttcttatctcaaagtgtttataaattcaacttccgattcccaatataaaccgtaaatc 11219  T
Q  426 aatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaag 525  Q
    |||||| |||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11218 aatttagaggcgggcaagcaataaaagcattaagagcagagataagaaaaatgattcaataaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaag 11119  T
Q  526 ttgtcatctaggtaatctcatccctaacaatggaaaat-tagctactcatgatatttgtcaaaagctaaaagagaattgataattgcacataaaattgca 624  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||| ||    
T  11118 ttgtcatctagataatctcatccctaacaattgagaatctaactactcatgatgtttgtcaaaaggtaaaagagaattgagaattacacaaaaaattaca 11019  T
Q  625 gttaaatgatgatgaaatccagttgaat 652  Q
    ||| | ||||||| ||| | ||||||||    
T  11018 gttgattgatgatcaaagctagttgaat 10991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 656
Target Start/End: Complemental strand, 41363500 - 41362869
Alignment:
Q  28 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ataataataagattctcaggga 125  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||  ||||||||||  || ||  |||    
T  41363500 cttaatcgaacaaaaaggtacttaatttgtttgattgcaataatgaaaattaagcaaagtaaatttggtttgaactttataataataaagttgtcgtgga 41363401  T
Q  126 tgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaatttagtcttgcccta 225  Q
    ||||||||||||||| |||||||| || || | ||||||||||||| ||||||   |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41363400 tgagtttcactagatcactatcttaagctatcgacttgaatatgacaattgaaacgacttatcaaatcattaccgaattctctaatttattcttgcccta 41363301  T
Q  226 attccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggt 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||    
T  41363300 attccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataacccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcaatattgaacaagaatttgtaattggt 41363201  T
Q  326 ttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatc 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  41363200 ttcaagggtttgcatctattcctagattacaaagtcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaatttaacttctgtttcacaatataaaccgtaaatc 41363101  T
Q  426 aatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaag 525  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||    
T  41363100 aatttaaaggcggtcaagcaataaaagcattaagaaaagatataagaaaaatgattcaataaacttcttcaataatcaaaagaaagtcatagaacaaaag 41363001  T
Q  526 ttgtcatctaggtaatctcatccctaacaa-tggaaaattagctactcatgatatttgtcaaaagctaaaagagaattgataattgcacataaaattgca 624  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||    
T  41363000 ttgtcatctagataatctcatccataacaacataaaaattagctactcatgatgtttgtcaaaagctaaaagagaattgagaattacacatagaattgca 41362901  T
Q  625 gttaaatgatgatgaaatccagttgaatcacc 656  Q
     || ||||||||| ||| || |||||||||||    
T  41362900 attgaatgatgatcaaagccggttgaatcacc 41362869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 536
Target Start/End: Original strand, 44679495 - 44680003
Alignment:
Q  28 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ataataataagattctcaggga 125  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||  || |||||||    
T  44679495 cttaattgaacaaaaatgtgctgaatttgtttgattgcaataatgaaaattaagtaaagtaaatttggtttgaactttataataataaagttgtcaggga 44679594  T
Q  126 tgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgac-tattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaatttagtcttgccct 224  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44679595 agagtttcactagatgactatcttgagttattaacttgaatatgacctattgaatcgacttatggaatcattaccgaattctctaatttattcttgccct 44679694  T
Q  225 aattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattgg 324  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||| |||||| ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||  || |||    
T  44679695 aattccttagtggcaaaaccattaattctaaaacaactcctaattccttagtgaatttaaggttagaattaagcatgaatgaacaagaattctcaagtgg 44679794  T
Q  325 tttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaat 424  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||    
T  44679795 tttcaagggtttgcatctattcctagactacaaaggaaagaatttcttatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacaat---aaccgtaaat 44679891  T
Q  425 caatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaa 524  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||    
T  44679892 caatttaaaggcggccaaacaatacaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaataaacttcatcaataattagaataaagtcatataacaaaa 44679991  T
Q  525 gttgtcatctag 536  Q
    ||| ||||||||    
T  44679992 gttttcatctag 44680003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 9 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 28634285 - 28633738
Alignment:
Q  9 tgtcgaagaatatttgtggcttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ata 106  Q
    ||||||| ||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||  ||| |||||||  |||    
T  28634285 tgtcgaataatatttataacttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcaataatgaaaattaagcaaaataaatctggtttgaactttata 28634186  T
Q  107 ataataagattctcagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattct 206  Q
    |||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||||||| || || | ||||||||||||| |||||||  |||||||  ||||||||||||||||    
T  28634185 ataagaaagttgtcagggatgagtttcactagatgactatcttaagctatcgacttgaatatgacaattgaatcgacttatcaaatcattaccgaattct 28634086  T
Q  207 ctaatttagtcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattga 306  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28634085 ctaatttattcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataacccctaattccttagtgaatttaagattagaattaaacatgattga 28633986  T
Q  307 acaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttc 406  Q
    |||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28633985 acaag-----------ggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatctcttatc-ccaagtgtttataaattcaacttccgtttc 28633898  T
Q  407 acagtataaaccgtaaatcaatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaa 506  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||             | |||||||||||    
T  28633897 acaatataaaccgtaaatcaatttaaaggcggccaagcaataaaagcattaagaacagggataagaaaaataat-------------ttaataatcaaaa 28633811  T
Q  507 taaagtcatatgacaaaagttgtcatctaggtaatctcatccctaacaatggaaaat-tagctactcatgata 578  Q
     |||||||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| || ||| |||||||||||||||    
T  28633810 gaaagtcatagaacaaaagttgtcatctagataatttcatccctaacaattgagaatctagctactcatgata 28633738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 9 - 555
Target Start/End: Original strand, 11925346 - 11925894
Alignment:
Q  9 tgtcgaagaatatttgtggcttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ata 106  Q
    ||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||   ||||||||||| || |||||| |||||||  | |  |||||| | |||||||  |||    
T  11925346 tgtcgaataatacttgttacttaattgaacaaaaaggtacgagatttgtttgatagcaataatgtaaattaaacagaagaaaatttgtttgaactttata 11925445  T
Q  107 ataataagattctcagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattct 206  Q
    |||| || ||| |   ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||  ||||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  11925446 ataagaaaattgttgaggatgaggttcgctagatgactatcttaagttagtaacttgaatataactattgaatcaacttatcgaattattaccgaattct 11925545  T
Q  207 ctaatttagtcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattga 306  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11925546 ctaatttattcttgccctaattccttagtgacaaaaccattaattctaaaacaactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatga 11925645  T
Q  307 acaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttc 406  Q
    ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11925646 acaagaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcttatatcaaagcgtttataaattcaacttcagtttc 11925745  T
Q  407 acagtataaaccgtaaatcaatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaa 506  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| | |  ||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||  ||||||| |  ||| |||||||||| ||    
T  11925746 acaatataaaccgtaaatcaatttaaatgtgatcaatcaataaaagcattaagcatggagataagaaaaacaattcaatgagtttcttcaataatcataa 11925845  T
Q  507 taaagtcatatgacaaaagttgtcatctaggtaatctcatccctaacaa 555  Q
    |  | ||| |||||||| ||  ||||||||||   |||||||| |||||    
T  11925846 tccaatcacatgacaaatgtattcatctaggtctactcatccccaacaa 11925894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 525
Target Start/End: Original strand, 11773252 - 11773749
Alignment:
Q  28 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ataataataagattctcaggga 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||  ||||||||||  || | |||||    
T  11773252 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgttcgattgcaataatgaaaattaagcaaagtaaa-ttggtttgaactttataataataaagttgtgaggga 11773350  T
Q  126 tgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaatttagtcttgcccta 225  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || | ||||||||||||| |||||||  ||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11773351 tgagtttcactagatgactatcttaagctatcgacttgaatatgacaattgaatccactaatcaaatcattaccgaattctctaatttattcttgcccta 11773450  T
Q  226 attccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggt 325  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11773451 attccttagtgagaaaatcattaatcctaaaataacccctaattccttagtgaacttaagattagaattaagcat-attgaacaagaattcgtaattggt 11773549  T
Q  326 ttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatc 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  11773550 ttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttattatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtatcacaatataaaccgtaaatc 11773649  T
Q  426 aatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaag 525  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11773650 aatttaaaggcggccaagcaataaaagcattaagaaaagagataagaaaaatgattcaataaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaag 11773749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 28 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 560176 - 559646
Alignment:
Q  28 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ataataataagattctcaggga 125  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||||||||| || |||||| |||||||  | |  |||||| | |||||||  |||||||| | ||| ||  |||    
T  560176 cttaattgaacaaaaaggtacgagatttgtttgatagcaataatgtaaattaaacagaagaaaatttgtttgaactttataataatgaaattgtcgagga 560077  T
Q  126 tgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaatttagtcttgcccta 225  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| |||||  |||| |||||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  560076 tgaggttcgctagatgactatcttaagttagtaactcgaatataactattgaatcaacttatcgaattattaccgaattctctaatttattcttacccta 559977  T
Q  226 attccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggt 325  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || ||||    
T  559976 attccttagtgacaaaaccattaattctaaaacaacttctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatgaacaagaattctcaagtggt 559877  T
Q  326 ttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatc 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||    
T  559876 ttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatgtcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacaatataatctgtaaatc 559777  T
Q  426 aatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataaga-aaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaa 524  Q
    |||||||||| |  ||| |||||||||||||||| |  ||||||||| ||||  ||||||| |  |||||||||||||| |||  | ||| ||||||||     
T  559776 aatttaaaggtgatcaatcaataaaagcattaagcatggagataagaaaaaaaaattcaataagtttcatcaataatcataatccaatcacatgacaaat 559677  T
Q  525 gttgtcatctaggtaatctcatccctaacaa 555  Q
    ||  ||||||||||   |||||||| |||||    
T  559676 gtattcatctaggtctactcatccccaacaa 559646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 265 - 556
Target Start/End: Original strand, 27088554 - 27088844
Alignment:
Q  265 taattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaag 364  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  27088554 taattcattagtgaatttaagattagaattaagcatgaatgaacaagaattctcatttggttttaagggtttgcatctattcctagatcacaaaggcaaa 27088653  T
Q  365 aatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatcaatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacag 464  Q
    || ||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||||| |||||||||||    
T  27088654 aacttcttatctcaa-gtgtttataaattcaacttccgttttacaatataaaccgtaaatcaatttaaaggtgatcaatcaataaaagtattaagaacag 27088752  T
Q  465 agataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaagttgtcatctaggtaatctcatccctaacaat 556  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27088753 agataagaaaaatgatttaataaacttcatcaataatcagaataaagtcatagaacaaaagttgtcatctagataatctcatccctaacaat 27088844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 9 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 21222114 - 21221912
Alignment:
Q  9 tgtcgaagaatatttgtggcttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaactataat 108  Q
    ||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||   |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21222114 tgtcgaataatacttgttacttaattgaacaaaaaggtaccagatttgtgtgattgcaataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaactataat 21222015  T
Q  109 aataagattctcagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctct 208  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||    
T  21222014 aataagattgtcagggatgagtttcaccagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgaccattgaatagacttattgtatcattatcgaattctct 21221915  T
Q  209 aat 211  Q
    |||    
T  21221914 aat 21221912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 195 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 36530057 - 36529777
Alignment:
Q  195 ttaccgaattctctaatttagtcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatc-cctaattccttagtgaattt-aagattagaa 292  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| | | |||| ||||||||||   |||||||||||||||||||| |||||||  |    
T  36530057 ttaccgaattctctattttattcttgccctaattccttagtgacaacaactttaaccctaaaataaaaacctaattccttagtgaatttgaagattaaga 36529958  T
Q  293 ttaagcatgattgaacaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaat 392  Q
    |||||||| |  ||||||||||||   | || || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || || ||| |||||||||||||||||    
T  36529957 ttaagcattaacgaacaagaattctctaatgattccaagggtttgtatctattcctagattacaaaggcaatgatctcttatttcaaagcgtttataaat 36529858  T
Q  393 tcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatcaatttaaaggcggccaaacaat-aaaagcattaagaacagagataaga 472  Q
    || ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||| |  ||| |||| ||||||||||||||| || ||||||    
T  36529857 tccacttccgtttcacaagataaaccgtaaatcaaattaaaggtgatcaatcaataaaaagcattaagaacggaaataaga 36529777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 195 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 36533500 - 36533220
Alignment:
Q  195 ttaccgaattctctaatttagtcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatc-cctaattccttagtgaattt-aagattagaa 292  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| | | |||| ||||||||||   |||||||||||||||||||| |||||||  |    
T  36533500 ttaccgaattctctattttattcttgccctaattccttagtgacaacaactttaaccctaaaataaaaacctaattccttagtgaatttgaagattaaga 36533401  T
Q  293 ttaagcatgattgaacaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaat 392  Q
    |||||||| |  ||||||||||||   | || || |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || || ||| |||||||||||||||||    
T  36533400 ttaagcattaacgaacaagaattctctaatgattccaagggtttgtatctattcttagattacaaaggcaaggatctcttatttcaaagcgtttataaat 36533301  T
Q  393 tcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatcaatttaaaggcggccaaacaat-aaaagcattaagaacagagataaga 472  Q
    || ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||| |  ||| |||| ||||||||||||||| || ||||||    
T  36533300 tccacttccgtttcacaagataaaccgtaaatcaaattaaaggtgatcaatcaataaaaagcattaagaacggaaataaga 36533220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 28 - 210
Target Start/End: Original strand, 27088320 - 27088504
Alignment:
Q  28 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ataataataagattctcaggga 125  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||||| |||||| || ||||||||||||| || |||||||||||| || ||||  |||||||||| ||| | |||||    
T  27088320 cttaattgaacaaaatagtactaaatttttttgatagcaataatgaaaattatgtgaagtaaaattggtttaaacttgataataataaaattgttaggga 27088419  T
Q  126 tgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  27088420 tgagtttcactagatgactatcttgagttaacaactttaatatgactattggatggacttatggaatcattaccgaattctctaa 27088504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 503 - 656
Target Start/End: Original strand, 11776443 - 11776597
Alignment:
Q  503 aaaataaagtcatatgacaaaagttgtcatctaggtaatctcatccctaacaatggaaaat-tagctactcatgatatttgtcaaaagctaaaagagaat 601  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  11776443 aaaaaaaagtcatatgacaaaagttgtcatctagataatctcatccctaacaattgagaatctagctactcatgatgtttgtcaaaagataaaagagaat 11776542  T
Q  602 tgataattgcacataaaattgcagttaaatgatgatgaaatccagttgaatcacc 656  Q
    ||| |||| ||||||||| | |  || | ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  11776543 tgagaattacacataaaactacccttgattgatgatcaaagccagttgaatcacc 11776597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 9 - 219
Target Start/End: Original strand, 12678515 - 12678727
Alignment:
Q  9 tgtcgaagaatatttgtggcttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ata 106  Q
    ||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||   ||||||| ||| || |||||| |||||||  | |  |||||| | ||||| |  |||    
T  12678515 tgtcgaataatacttgttacttaattgaacaaaaaggtacgagatttgttcgatagcaataatgtaaattaaacagaagaaaatttgtttgaattttata 12678614  T
Q  107 ataataagattctcagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattct 206  Q
    |||| || ||| |   ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||  |||| |||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  12678615 ataagaaaattgttgaggatgaggttcgctagatgactatcttaagttagtaactcgaatataactattgaatcaacttatcgaattattaccgaattct 12678714  T
Q  207 ctaatttagtctt 219  Q
    |||||||| ||||    
T  12678715 ctaatttattctt 12678727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 318 - 369
Target Start/End: Original strand, 21221860 - 21221911
Alignment:
Q  318 taattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaattt 369  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21221860 taattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaattt 21221911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 105 - 179
Target Start/End: Original strand, 9607345 - 9607419
Alignment:
Q  105 taataataagattctcagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaat 179  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||| |||  ||||||||    
T  9607345 taataataaaattgtcagggatgagtttcactaaatgactgtcttaagttatcaacttgaacatgggtattgaat 9607419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 216 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 23938633 - 23938500
Alignment:
Q  216 tcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaatt 315  Q
    |||||||||||||| ||||||||  ||||||| || |||||| ||  | ||||||   ||||| |||||||| |  ||||||||||  ||||||| ||||    
T  23938633 tcttgccctaattctttagtgactgaatcattgattctaaaaaaaatcataattcacaagtgagtttaagatcaatattaagcatggatgaacaaaaatt 23938534  T
Q  316 cgtaattggtttcaagggtttgcatctattccta 349  Q
    | ||||| |||||||| ||||| || ||||||||    
T  23938533 cataattagtttcaagagtttggatttattccta 23938500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0049 (Bit Score: 352; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0049
Description:

Target: scaffold0049; HSP #1
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 656
Target Start/End: Original strand, 38254 - 38904
Alignment:
Q  9 tgtcgaagaatatttgtggcttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ata 106  Q
    ||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||   ||||||||||| || |||||| |||||||  | |  |||||| | |||||||  |||    
T  38254 tgtcgaataatacttgttacttaattgaacaaaaaggtacgagatttgtttgatagcaataatgtaaattaaacagaagaaaatttgtttgaactttata 38353  T
Q  107 ataataagattctcagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattct 206  Q
    |||| || ||| |   ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||  |||| |||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  38354 ataagaaaattgttgaggatgaggttcgctagatgactatcttaagttagtaactcgaatataactattgaatcaacttatcgaattattaccgaattct 38453  T
Q  207 ctaatttagtcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattga 306  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||   ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  38454 ctaatttattcttgccctaattccttagtgacaaaaccattaattctaattcaactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatga 38553  T
Q  307 acaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttc 406  Q
    |||| |||||  || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38554 acaaaaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattcctaaattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttc 38653  T
Q  407 acagtataaaccgtaaatcaatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaa 506  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38654 acaatataaaccgtaaatcaatttaaaggcggccaagcaataaaagctttaagaacagagataagaaaaatgattcaataaacttcatcaataatcaaaa 38753  T
Q  507 taaagtcatatgacaaaagttgtcatctaggtaatctcatccctaacaatggaaaat-tagctactcatgatatttgtcaaaagctaaaagagaattgat 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||     
T  38754 taaagtcatatgacaaaagttgtcatctagataatctcatccctaacaattgagaatctagctactcatgatgtttgtcagaagttaaaagagaattgag 38853  T
Q  606 aattgcacataaaattgcagttaaatgatgatgaaatccagttgaatcacc 656  Q
    |||| || || ||| | | ||| | ||||||| ||| |||||| |||||||    
T  38854 aattacagattaaactaccgttgattgatgatcaaagccagttaaatcacc 38904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 9 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 36216230 - 36215683
Alignment:
Q  9 tgtcgaagaatatttgtggcttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ata 106  Q
    ||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||   ||||||||||| || |||||| |||||||   ||| |||||| | ||||| |  |||    
T  36216230 tgtcgaataatacttgttacttaattgaacaaaaaggtacgagatttgtttgatagcaataatgtaaattaacagaag-aaaatttgtttgaattttata 36216132  T
Q  107 ataataagattctcagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattct 206  Q
    |||| || ||| |   ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||  |||| |||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  36216131 ataagaaaattgttgaggatgaggttcgctagatgactatcttaagttagtaactcgaatataactattgaatcaacttatcgaattattaccgaattct 36216032  T
Q  207 ctaatttagtcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattga 306  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  36216031 ctaatttattcttgccctaattccttagtgacaaaaccattaattctaaaacaactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatga 36215932  T
Q  307 acaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttc 406  Q
    |||||||||   || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36215931 acaagaattttcaagtggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttc 36215832  T
Q  407 acagtataaaccgtaaatcaatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaa 506  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||  ||||||| |  |||||||||||||| ||    
T  36215831 acaatataaaccgtaaatcaatttaaaggtgatcaatcaataaaagcattaagcatggagataagaaaaacaattcaataagtttcatcaataatcataa 36215732  T
Q  507 taaagtcatatgacaaaagttgtcatctaggtaatctcatccctaacaa 555  Q
    |  | ||| |||||||| ||  ||||||||||   |||||||| |||||    
T  36215731 tccaatcacatgacaaatgtaatcatctaggtctactcatccccaacaa 36215683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 28 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 9330791 - 9330262
Alignment:
Q  28 cttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ataataataagattctcaggga 125  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||||||||| || |||||| |||||||  |||  |||||| | |||||||  ||||||| || ||| |   |||    
T  9330791 cttaattgaacaaaaaggtacaagatttgtttgatagcaataatgtaaattaaacaaaagaaaatttgtttgaactttataataagaaaattgttgagga 9330692  T
Q  126 tgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattctctaatttagtcttgcccta 225  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| |||||  |||| |||||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9330691 tgaggttcgctagatgactatcttaagttagtaactcgaatataactattgaatcaacttatcgaattattaccgaattctctaatttattcttgcccta 9330592  T
Q  226 attccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggt 325  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| |||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  || ||||    
T  9330591 attccttagtgccaaaaccattaattctaaaacaactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaaggatgaatgaacaagaattctcaagtggt 9330492  T
Q  326 ttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatc 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9330491 ttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcttatctcgaagcgtttataaattcaacttccgtttcacaatataaaccgtaaatc 9330392  T
Q  426 aatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaag 525  Q
    |||||||||| |  ||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||  ||||||| |  |||| ||||||||| |||  | ||| ||||||||||    
T  9330391 aatttaaaggtgatcaatcaataaaagcattaagcatggagataagaaaaacaattcaataagtttcagcaataatcataatccaatcacatgacaaaag 9330292  T
Q  526 ttgtcatctaggtaatctcatccctaacaa 555  Q
    |  ||||||||||   |||||||| |||||    
T  9330291 tattcatctaggtctactcatccccaacaa 9330262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 9 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 10333372 - 10332843
Alignment:
Q  9 tgtcgaagaatatttgtggcttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaactat--a 106  Q
    ||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||   ||||||||||| || |||||| |||||||   ||| |||||| | ||||| | |  |    
T  10333372 tgtcgaaaaatacttgttacttaattgaacaaaaaggtacgagatttgtttgatagcaataatgtaaattaacagaag-aaaatttgtttgaattttcta 10333274  T
Q  107 ataataagattctcagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattct 206  Q
    |||| || ||| |   ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||  ||||  ||||  |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  10333273 ataagaaaattgttgaggatgaggttcgctagatgactatcttaagttagtaactctaatagaactattgaatcaacttatcgaattattaccgaattct 10333174  T
Q  207 ctaatttagtcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattga 306  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10333173 ctaatttattcttgccctaattccttagtgacaaaaccattaattctaaaacaactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatga 10333074  T
Q  307 acaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttc 406  Q
    ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10333073 acaagaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaattcaacttctgtttc 10332974  T
Q  407 acagtataaaccgtaaatcaatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaa 506  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||    ||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||  ||||||| |  |||||||||||||| ||    
T  10332973 acaatataaaccgtaaatcaatttaaaggttatcaatcaataaaagcattaagcatggagataagaaaaa-aattcaataagtttcatcaataatcataa 10332875  T
Q  507 taaagtcatatgacaaaagttgtcatctaggt 538  Q
    |  | ||| |||||||| ||  ||||||||||    
T  10332874 tccaatcacatgacaaatgtaatcatctaggt 10332843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 200 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 40455198 - 40454967
Alignment:
Q  200 gaattctctaatttagtcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcc---taaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaa 296  Q
    ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||     | |||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  40455198 gaattctctaaattactcttgtcctaattcctttgtgacaaaaccattaattaattttaaataacccttaattccttggtgaatttaagattagaattaa 40455099  T
Q  297 gcatgattgaacaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaa 396  Q
     ||||    |||| |||||| | | |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||| ||||||||||    
T  40455098 acatggacaaacatgaattc-tcaatggttttaaggatttgcatctattcctagactacaaaggcaataattttttatctcaaagcgttcataaattcaa 40455000  T
Q  397 cttccgtttcacagtataaaccgtaaatcaatt 429  Q
    |||  |||| ||| |||||||||||||||||||    
T  40454999 cttatgtttaacaatataaaccgtaaatcaatt 40454967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 265 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 32233391 - 32233170
Alignment:
Q  265 taattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggtttcaagggttt-gcatctattcctagattacaaaggcaa 363  Q
    ||||||||||| || |||||||| | |||||||||||  | ||||||||||  ||||||||||||| ||||| | || |||||||||| ||||||| ||     
T  32233391 taattccttagcgagtttaagatcataattaagcatgtatcaacaagaattattaattggtttcaaaggttttgtatatattcctagaatacaaagacat 32233292  T
Q  364 gaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaaatcaatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaaca 463  Q
    |||| |  ||| | |||| |||||||||||||||||  |||||| | |||||||   |||||| ||||||| ||| ||| |||||||  |||| ||  ||    
T  32233291 gaatgtattattttaaagtgtttataaattcaacttatgtttcataatataaactacaaatcagtttaaagacggtcaagcaataaatacatttagctca 32233192  T
Q  464 gagataagaaaaatgattcaat 485  Q
    |||||||||||||| |||||||    
T  32233191 gagataagaaaaatcattcaat 32233170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 218 - 393
Target Start/End: Original strand, 12074554 - 12074729
Alignment:
Q  218 ttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcg 317  Q
    |||||||||||||||||||||| |||  | | | ||||||||| || | || ||||||||| |||||||||| ||||||| ||||    |||||||||      
T  12074554 ttgccctaattccttagtgacataatagtaatttctaaaataacccatgatcccttagtgactttaagattaaaattaagaatgaacatacaagaattat 12074653  T
Q  318 taattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaatt 393  Q
     ||||| ||||||||| ||| ||||||||||| | |||||||||||||||| | |||||||||| ||| |||||||    
T  12074654 caattgatttcaagggattgtatctattcctatactacaaaggcaagaattgcttatctcaaagtgttaataaatt 12074729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 103 - 174
Target Start/End: Original strand, 26180121 - 26180192
Alignment:
Q  103 tataataataagattctcagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactat 174  Q
    ||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  26180121 tataataataaaattgtcaaggatgaatttcactagatgactatcttgagttatcaacttgactatgactat 26180192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 262 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 14663734 - 14663597
Alignment:
Q  262 ccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggc 361  Q
    |||| ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||  ||| | | |||||||    
T  14663734 ccctgattccttagagaattcaagatta-aattaagcatgaaagtacaagaattctcaattggtttcaatggtttgcatctatatctatactgcaaaggc 14663636  T
Q  362 aagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttc 400  Q
    || | |||| ||| |||||| ||| || || ||||||||    
T  14663635 aatattttcttatttcaaagtgttcattaactcaacttc 14663597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 261 - 400
Target Start/End: Original strand, 14641992 - 14642130
Alignment:
Q  261 tccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaagg 360  Q
    |||| |||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||  | ||||||||||  |||||||||||| |||| |||||||| | || ||| ||||||    
T  14641992 tccccaattccttagagaattcaatatta-aattaagcatgaaagtacaagaattctcaattggtttcaatggttcgcatctatacatatattgcaaagg 14642090  T
Q  361 caagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttc 400  Q
    ||| |||| | ||| |||||| ||| || || ||||||||    
T  14642091 caataattgcttatttcaaagtgttcattaactcaacttc 14642130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 125 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 26270023 - 26269974
Alignment:
Q  125 atgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactat 174  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||    
T  26270023 atgagtttcactagatgactatcttgagttatctacttgactatgactat 26269974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0210 (Bit Score: 242; Significance: 1e-133; HSPs: 2)
Name: scaffold0210
Description:

Target: scaffold0210; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 9 - 555
Target Start/End: Original strand, 22965 - 23513
Alignment:
Q  9 tgtcgaagaatatttgtggcttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaact--ata 106  Q
    ||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||||   ||||||||||| || |||||| |||||||  | |  |||||| | ||||| |  |||    
T  22965 tgtcgaataatacttgttacttaattgaacaaaaaggtacgagatttgtttgatagcaataatgtaaattaaacagaagaaaatttgtttgaattttata 23064  T
Q  107 ataataagattctcagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaattct 206  Q
    |||| || ||| |   ||||||| ||| || |||||||||||| |||||  |||| |||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||    
T  23065 ataagaaaattgttgaggatgaggttcgctggatgactatcttaagttagtaactcgaatataactattgaatcaacttatcgaattattaccgaattct 23164  T
Q  207 ctaatttagtcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattga 306  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  23165 ctaatttattcttgccctaattccttagtgacaaaaccattaattctaaaacaactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatga 23264  T
Q  307 acaagaattcgtaattggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttc 406  Q
    ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  23265 acaagaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaattcaacttcaatttc 23364  T
Q  407 acagtataaaccgtaaatcaatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaa 506  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||  |  ||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||  ||||||| |  |||||||||||||| ||    
T  23365 acaaaataaaccgtaaatcaatttaaagatgatcaatcaataaaagcattaagcatggagataagaaaaacaattcaataagtttcatcaataatcataa 23464  T
Q  507 taaagtcatatgacaaaagttgtcatctaggtaatctcatccctaacaa 555  Q
    |  | ||| |||||||| ||  |||||||||| | |||||||| |||||    
T  23465 tccaatcacatgacaaatgtaatcatctaggtcaactcatccccaacaa 23513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0210; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 223 - 555
Target Start/End: Original strand, 24185 - 24517
Alignment:
Q  223 ctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaatt 322  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || |    
T  24185 ctaattccttagtgacaaaaccattaattctaaaacaactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatgaacaagaattctcaagt 24284  T
Q  323 ggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcatatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacagtataaaccgtaa 422  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||    
T  24285 ggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaattcaacttcaatttcacaaaataaaccgtaa 24384  T
Q  423 atcaatttaaaggcggccaaacaataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaa 522  Q
    ||||||||||||  |  ||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||  ||||||| |  |||||||||||||| |||  | ||| |||||||    
T  24385 atcaatttaaagatgatcaatcaataaaagcattaagcatggagataagaaaaacaattcaataagtttcatcaataatcataatccaatcacatgacaa 24484  T
Q  523 aagttgtcatctaggtaatctcatccctaacaa 555  Q
    | ||  |||||||||| | |||||||| |||||    
T  24485 atgtaatcatctaggtcaactcatccccaacaa 24517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 230; Significance: 1e-126; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 9 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 41586425 - 41586093
Alignment:
Q  9 tgtcgaagaatatttgtggcttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtttgattgcgataatgaaaattaagtaaagtaaaattggattgaactataat 108  Q
    ||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41586425 tgtcgaataatatttttgacttaattgaacaaaaaggtactgaatttgtgtgattgcaataatgaaaattaattaaagtaaaattggattgaactataat 41586326  T
Q  109 aataa------gattctcagggatgagtttcactagatgactatcttgagttaacaacttgaatatgactattgaataaacttatcgtatcattaccgaa 202  Q
    |||||      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || || | ||||||||||||| |||||||  |||||||  ||||||||||||    
T  41586325 aataataataagattgtcagggatgagtttcactagatgactatcttaagctatcgacttgaatatgacaattgaatccacttatcaaatcattaccgaa 41586226  T
Q  203 ttctctaatttagtcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatga 302  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  41586225 ttctctaatttattcttgccctaattccttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaacttaaaattagaattaagcatga 41586126  T
Q  303 ttgaacaagaattcgtaattggtttcaagggtt 335  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41586125 ttgaacaagaattcataattggtttcaagggtt 41586093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0718 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0718
Description:

Target: scaffold0718; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 444 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 7504 - 7393
Alignment:
Q  444 caataaaagcattaagaacagagataagaaaaatgattcaattaacttcatcaataatcaaaataaagtcatatgacaaaagttgtcatctaggtaatct 543  Q
    |||||||||||||||| |  |||||||||||||  ||||||| |  |||||||||||||| |||  | ||| |||||||| ||  ||||||||||   ||    
T  7504 caataaaagcattaagcatggagataagaaaaacaattcaatcagtttcatcaataatcataatccaatcacatgacaaatgtattcatctaggtctact 7405  T
Q  544 catccctaacaa 555  Q
    |||||| |||||    
T  7404 catccccaacaa 7393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University