View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6507_high_3 (Length: 727)

Name: NF6507_high_3
Description: NF6507
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6507_high_3
NF6507_high_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (9-709)||(5172772-5173472)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 693; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 693; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 709
Target Start/End: Complemental strand, 5173472 - 5172772
Alignment:
Q  9 agcagagatcaaagactcactacagaaagttaggctttggcttggaacattcgactcagccgaagaggcagctcgtgcttatgacactgctgctagagct 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5173472 agcagagatcaaagactcactacagaaagttaggctttggcttggaacattcgactcagccgaagaggcagctcgtgcttatgacactgctgctagagct 5173373  T
Q  109 ttgagaggtgctaatgcaagaaccaactttgaattgccagaatctgaaacaaatggtagtggaggttcaaagcgcggtgctggttccaaattcatgctag 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5173372 ttgagaggtgctaatgcaagaaccaactttgaattgccagaatctgaaacaaatggtagtggaggttcaaagcgcggtgctggttccaaattcatgctag 5173273  T
Q  209 agaatacagaacctttttcttttgaagatgtcagtgactcgggttcaggttcagaacacggtcttcttggtgcactcaaggcaaaactttttgacggaaa 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5173272 agaatacagaacctttttcttttgaagatgtcagtgactcgggttcaggttcagaacacggtcttcttggtgcactcaaggcaaaactttttgacggaaa 5173173  T
Q  309 agaagggaaattttcattttcatttccttctggtagcatggttacaaaatcaactcagaattgttctggaaagaaagcctcatcattatcagctacttat 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5173172 agaagggaaattttcattttcatttccttctggtagcatggttacaaaatcaactcagaattgttctggaaagaaagactcatcattatcagctacttat 5173073  T
Q  409 tgcctatcacagatgaatgaagctcatgcaaatcctctgcctagttctttgagtatttcatcaaacacttttgctaagagtgtggctatcccaaatcatg 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5173072 tgcctatcacagatgaatgaagctcatgcaaatcctctgcctagttctttgagtatttcatcaaacacttttgctaagagtgtggctatcccaaataatg 5172973  T
Q  509 atcatgaaatttgtcaaacaccatctatgacaaacatgttatggtccaatgaaatggaaaatgaatttccttggccaattcagatgagtcatgttcatga 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5172972 atcatgaaatttgtcaaacaccatctatgacaaacatgttatggtccaatgaaatggaaaatgaatttccttggccaattcagatgagtcatgttcatga 5172873  T
Q  609 gaatcatgaaaatagtactagtatgcttgcatctggaagtacatcaaattttgcatggccactaatagagtccaatattgacatgacatgtatggaccaa 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5172872 gaatcatgaaaatagtactagtatgcttgcatctggaagtacatcaaattttgcatggccactaatagagtccaatattgacatgacatgtatggaccaa 5172773  T
Q  709 g 709  Q
    |    
T  5172772 g 5172772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University