View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6513_low_2 (Length: 445)

Name: NF6513_low_2
Description: NF6513
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6513_low_2
NF6513_low_2
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (22-430)||(23283512-23283920)
chr6 (55-430)||(23289825-23290199)
chr6 (119-376)||(23587035-23587292)
chr6 (153-423)||(23391301-23391571)
chr6 (153-385)||(23266439-23266671)
chr6 (153-385)||(23257884-23258116)
chr6 (153-364)||(23583164-23583374)
chr6 (153-385)||(23251908-23252140)
chr6 (153-385)||(23247496-23247728)
chr6 (153-389)||(23634056-23634292)
chr6 (153-388)||(23506877-23507112)
chr6 (159-389)||(23594088-23594318)
chr6 (340-389)||(23506714-23506763)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 349; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 23283920 - 23283512
Alignment:
Q  22 ccccaactctctatcttcatttcccactttctctctcaaaacctttttcctactttctctaacatatacatatgtttgctaataacaatggggaggggcg 121  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23283920 ccccaactctctatcttcagttcacactttctctctcaaaacccttttcctactttctctaacatatacatatgtttactaataacaatggggaggggcg 23283821  T
Q  122 attagcggaaagttgcccgaagaaaccggccgggaggaagaagtttaaggagactcgccacccggtgtataggggtgtgaggaagaggaacttagataaa 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23283820 attagcggaaagttgcccgaagaaaccggccgggaggaagaagtttaaggagactcgccacccggtgtataggggtgtgaggaagaggaacttagataaa 23283721  T
Q  222 tgggtttgtgaaatgagggaacccaacaaaaagactaggatttggctagggacttttgcaacagccgagatggctgcccgtgcacacgacgttgcagcaa 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| |    
T  23283720 tgggtttgtgaaatgagggaacccaacaaaaagactaggatttggctagggacttttccaacggctgagatggctgcacgagcacacgacgttgcagcca 23283621  T
Q  322 ttgcattgaggggccgctacgcctgtctcaactttgcagactcggcgtggaggcttcctattcctgcctccgctgaagcaaaagacattcaaagggcagc 421  Q
    | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23283620 tggcattaaggggccgctatgcctgtctcaactttgcagactcggtgtggaggcttcctattcctgcctccgctgaagcaaaagacattcaaagggcagc 23283521  T
Q  422 tggagaagc 430  Q
    || ||||||    
T  23283520 tgcagaagc 23283512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 55 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 23290199 - 23289825
Alignment:
Q  55 tctcaaaacctttttcctactttctctaacatatacatatgtttgctaataacaatggggaggggcgattagcggaaagttgcccgaagaaaccggccgg 154  Q
    ||||||||||| |||| || |||||| || | |||||||||| | | | |||||| ||||||||||| |||||||  |||||||| || ||||| || ||    
T  23290199 tctcaaaacctctttcata-tttctccaatacatacatatgtatacaagtaacaacggggaggggcggttagcggcgagttgcccaaaaaaaccagcagg 23290101  T
Q  155 gaggaagaagtttaaggagactcgccacccggtgtataggggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggaacccaacaaaaag 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||    
T  23290100 gaggaagaagtttaaggagactcgccacccggtgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgagggaaccaaataagaag 23290001  T
Q  255 actaggatttggctagggacttttgcaacagccgagatggctgcccgtgcacacgacgttgcagcaattgcattgaggggccgctacgcctgtctcaact 354  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23290000 actaggatttggctagggacttttgcaacagccgagatggctgcccgtgcacacgacgttgcagcaattgcattgaggggccgctacgcctgtctcaact 23289901  T
Q  355 ttgcagactcggcgtggaggcttcctattcctgcctccgctgaagcaaaagacattcaaagggcagctggagaagc 430  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23289900 ttgcagactcggcgtggaagcttcctattcctgcctccgctgaagcaaaagacattcaaagggcagctggagaagc 23289825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 119 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 23587292 - 23587035
Alignment:
Q  119 gcgattagcggaaagttgcccgaagaaaccggccgggaggaagaagtttaaggagactcgccacccggtgtataggggtgtgaggaagaggaacttagat 218  Q
    ||||||||||| || |  ||||||||| |  || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||    
T  23587292 gcgattagcggcaactaccccgaagaagcgtgcagggaggaagaagttcaaggaaactcgccacccagtctatagaggagtgaggaagaggaacttagat 23587193  T
Q  219 aaatgggtttgtgaaatgagggaacccaacaaaaagactaggatttggctagggacttttgcaacagccgagatggctgcccgtgcacacgacgttgcag 318  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |    
T  23587192 aaatgggtttgtgaaatgagggagcctaacaagaagactaagatttggctagggacttttccaactgccgagatggcagcccgtgcccacgatgttgctg 23587093  T
Q  319 caattgcattgaggggccgctacgcctgtctcaactttgcagactcggcgtggaggct 376  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  23587092 caatggcattgaggggccgctacgcttgtctcaactttgcagactcagcgtggcggct 23587035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 153 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 23391571 - 23391301
Alignment:
Q  153 gggaggaagaagtttaaggagactcgccacccggtgtataggggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggaacccaacaaaa 252  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |    
T  23391571 gggaggaagaagttcaaggagactcgccacccggtatataggggtgtgaggaaaagaaacttagataaatgggtgtgtgaaatgagggaaccaaataaga 23391472  T
Q  253 agactaggatttggctagggacttttgcaacagccgagatggctgcccgtgcacacgacgttgcagcaattgcattgaggggccgctacgcctgtctcaa 352  Q
    ||||||  ||||||||||| |||||| |||| || |||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23391471 agactaaaatttggctaggcacttttccaactgcggagatggcagcccgagcacatgatgttgccgcaatggcattgaggggccgctacgcctgtctcaa 23391372  T
Q  353 ctttgcagactcggcgtggaggcttcctattcctgcctccgctgaagcaaaagacattcaaagggcagctg 423  Q
    |||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||| || || | |||||||| || |||| ||| ||||    
T  23391371 ctttgcagactccgcgtggcggctccctatacctgccaccactcaggcaaaagatatacaaaaggcggctg 23391301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 153 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 23266671 - 23266439
Alignment:
Q  153 gggaggaagaagtttaaggagactcgccacccggtgtataggggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggaacccaacaaaa 252  Q
    ||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  23266671 gggaggaagatattcaaggaaactcgccacccggtgtatagaggtgtaaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggaacccaacacga 23266572  T
Q  253 agactaggatttggctagggacttttgcaacagccgagatggctgcccgtgcacacgacgttgcagcaattgcattgaggggccgctacgcctgtctcaa 352  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23266571 agactagaatttggctaggaacttttccaacagccgagatggcagcccgagcccacgatgttgctgcgatggcattgaggggtcgctacgcctgtctcaa 23266472  T
Q  353 ctttgcagactcggcgtggaggcttcctattcc 385  Q
     |||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  23266471 ttttgcagattcggtgtggcggcttcctattcc 23266439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 153 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 23258116 - 23257884
Alignment:
Q  153 gggaggaagaagtttaaggagactcgccacccggtgtataggggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggaacccaacaaaa 252  Q
    ||||||||||  || ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  23258116 gggaggaagatcttcaaggaaactcgccacccgatgtatagaggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgagggaacccaacacaa 23258017  T
Q  253 agactaggatttggctagggacttttgcaacagccgagatggctgcccgtgcacacgacgttgcagcaattgcattgaggggccgctacgcctgtctcaa 352  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23258016 agaccaggatttggctggggacttttccaacacccgaaatggcagcccgagcccacgatgttgccgcaatggcattgaggggccgctatgcctgtctcaa 23257917  T
Q  353 ctttgcagactcggcgtggaggcttcctattcc 385  Q
     ||||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  23257916 ttttgcagactcggtgtggcgccttcctattcc 23257884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 153 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 23583374 - 23583164
Alignment:
Q  153 gggaggaagaagtttaaggagactcgccacccggtgtataggggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggaacccaacaaaa 252  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| |    
T  23583374 gggaggaagaagttcaaggagactcgccacccggtctataggggtgtaaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgaggaagcctaacaaga 23583275  T
Q  253 agactaggatttggctagggacttttgcaacagccgagatggctgcccgtgcacacgacgttgcagcaattgcattgaggggccgctacgcctgtctcaa 352  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| || ||||||||  ||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23583274 agactaagatttggctagggacttttccaactgcggagatggcaacccgtgcccacgatgttgctgcaatggcattga-gggccgctacgcctgtctcaa 23583176  T
Q  353 ctttgcagactc 364  Q
    ||||||||||||    
T  23583175 ctttgcagactc 23583164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 153 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 23252140 - 23251908
Alignment:
Q  153 gggaggaagaagtttaaggagactcgccacccggtgtataggggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggaacccaacaaaa 252  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||    
T  23252140 gggaggaagatatttaaggaaactcgtcaccctgtctatagaggtgtgaggaagaggaacttaaataaatgggtttgtgaaatgagggagccgaacacaa 23252041  T
Q  253 agactaggatttggctagggacttttgcaacagccgagatggctgcccgtgcacacgacgttgcagcaattgcattgaggggccgctacgcctgtctcaa 352  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23252040 agaataggatttggctaggaacttttccaacagccgagatggcagcccgagcccacgatgttgccgcgatagcattgaggggccgctatgcctgtctcaa 23251941  T
Q  353 ctttgcagactcggcgtggaggcttcctattcc 385  Q
     ||||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  23251940 ttttgcagactcggtgtggcgccttcctattcc 23251908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 153 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 23247728 - 23247496
Alignment:
Q  153 gggaggaagaagtttaaggagactcgccacccggtgtataggggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggaacccaacaaaa 252  Q
    ||||||||||  |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||    
T  23247728 gggaggaagatatttaaggaaactcgccacccggtctatagaggtgtgaggaagaggaacttaaataaatgggtttgtgaaatgagggagccgaacacaa 23247629  T
Q  253 agactaggatttggctagggacttttgcaacagccgagatggctgcccgtgcacacgacgttgcagcaattgcattgaggggccgctacgcctgtctcaa 352  Q
    ||| |||||||||||| || |||||| ||||| | |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23247628 agaataggatttggctgggaacttttccaacaccggagatggctgcccgagcccacgatgttgctgcaatggcattgaggggccgctatgcctgtctcaa 23247529  T
Q  353 ctttgcagactcggcgtggaggcttcctattcc 385  Q
     ||  ||||||||| |||| | |||||||||||    
T  23247528 tttctcagactcggtgtggcgccttcctattcc 23247496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 153 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 23634292 - 23634056
Alignment:
Q  153 gggaggaagaagtttaaggagactcgccacccggtgtataggggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggaacccaacaaaa 252  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |    
T  23634292 gggaggaagaagttcaaggagacacgccacccggtgtacaggggtgtgaggaggaggaacttagataaatgggtgtgtgaaatgagggagcctaacaaga 23634193  T
Q  253 agactaggatttggctagggacttttgcaacagccgagatggctgcccgtgcacacgacgttgcagcaattgcattgaggggccgctacgcctgtctcaa 352  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || || ||||| || || || ||| | ||||| || || ||| |||||||||| ||    
T  23634192 agactaagatttggctagggacttttccaacggccgagatggcagcacgagcacatgatgtcgcggcattggcattaagaggtcgcaacgcctgtcttaa 23634093  T
Q  353 ctttgcagactcggcgtggaggcttcctattcctgcc 389  Q
     ||||| ||||| || | | |||||||||||||||||    
T  23634092 ttttgctgactctgcctcgcggcttcctattcctgcc 23634056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 153 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 23507112 - 23506877
Alignment:
Q  153 gggaggaagaagtttaaggagactcgccacccggtgtataggggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggaacccaacaaaa 252  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||| |||||||| ||  | || |||||||    
T  23507112 gggaggaagaaattcaaggaaactcgccacccggtgtataggggtgtgaggagtaggaacctagataaatgggtgtgtgaaataagacagcctaacaaaa 23507013  T
Q  253 agactaggatttggctagggacttttgcaacagccgagatggctgcccgtgcacacgacgttgcagcaattgcattgaggggccgctacgcctgtctcaa 352  Q
    |||| | |||||||||||| |||||| |||||||||||||||| || || || || || ||||| ||| | || ||||  ||  || |||||||||||||    
T  23507012 agaccaagatttggctaggaacttttccaacagccgagatggcagctcgggcccatgatgttgcggcactggcgttgaaaggtggcgacgcctgtctcaa 23506913  T
Q  353 ctttgcagactcggcgtggaggcttcctattcctgc 388  Q
    ||||||||||||||| | || ||| |||||||||||    
T  23506912 ctttgcagactcggccttgacgctccctattcctgc 23506877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 159 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 23594318 - 23594088
Alignment:
Q  159 aagaagtttaaggagactcgccacccggtgtataggggtgtgaggaagaggaacttagataaatgggtttgtgaaatgagggaacccaacaaaaagacta 258  Q
    |||||||| |||| |||| |||||||| | ||||||||||||||||  ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| || ||||| | |||||    
T  23594318 aagaagttcaaggtgacttgccacccgatctataggggtgtgaggagtaggaatttaggtaaatgggtgtgtgaaatgagggagcctaacaagatgacta 23594219  T
Q  259 ggatttggctagggacttttgcaacagccgagatggctgcccgtgcacacgacgttgcagcaattgcattgaggggccgctacgcctgtctcaactttgc 358  Q
     ||| |||||||| |||||| |||  || |||||||  || || || || || || ||  || | |||||||| ||  | ||||| ||||||||||||||    
T  23594218 agatatggctaggaacttttccaatggctgagatggaagcacgagcccatgatgtcgcgacattggcattgagaggttgttacgcttgtctcaactttgc 23594119  T
Q  359 agactcggcgtggaggcttcctattcctgcc 389  Q
    |||||| || ||| |||| | ||||||||||    
T  23594118 agactctgcatggcggctccttattcctgcc 23594088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 340 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 23506763 - 23506714
Alignment:
Q  340 acgcctgtctcaactttgcagactcggcgtggaggcttcctattcctgcc 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||    
T  23506763 acgcctgtctcaactttgcagactcggcctcgcggcttcctattcctgcc 23506714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University