View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6518_low_2 (Length: 733)

Name: NF6518_low_2
Description: NF6518
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6518_low_2
NF6518_low_2
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (19-723)||(42211862-42212550)
chr1 (19-723)||(42202994-42203682)
chr1 (19-637)||(42420697-42421306)
chr1 (226-637)||(42217915-42218332)
chr1 (38-322)||(42408893-42409172)
chr1 (658-723)||(42421338-42421403)
chr1 (29-95)||(42218340-42218406)
chr1 (663-723)||(42217818-42217878)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 610; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 610; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 42212550 - 42211862
Alignment:
Q  19 agctcatcatcagccaccctttgctgctcaatatcattacgtgttagcttaaccaataaagctttgatagcagttctgtcacaatctgaaagactggatc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42212550 agctcatcatcagccaccctttgctgctcaatatcattacgtgttagcttaaccaataaagctttgatagcagttctgtcacaatctgaaagactggatc 42212451  T
Q  119 cagannnnnnngttctgtaactcccttgcttctttggtagttcaacaccattgctatcacaccataaaccaatcagactcttcaaaacgtagttaggagt 218  Q
    ||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42212450 cagatttttttgttctgtaactcccttgcttctttggtagttcaacaccattgctatcacaccataaaccaatcagactcttcaaaacgtagttaggagt 42212351  T
Q  219 aactgagtaagggatgtttgcaaaagtgtctgctgtgttttagggcaggttatgtgaccagcatcatgccatttttgaatgcaggatctttcatatgtct 318  Q
    ||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42212350 aa--------gggatgtttgcaaaagtgtctgctgtgttttagggcaggttctgtgaccagcatcatgccatttttgaatgcaggatctttcatatgtct 42212259  T
Q  319 gcaaaataaagtaggaatttcatcaataatcataattgacaccatcagaacaatgtttcgcacaaaaaggattgtggataatacctgacgggtggagaca 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42212258 gcaaaataaagtaggaatttcatcaataatcataattgacaccatcagaacaatgtttcgcacaaaaaggattgtggataatacctgaccggtggagaca 42212159  T
Q  419 gttataggatctttcattagttcaagagatataggacatcgaaaatcgactggtgcttaattgaaactattctcgctctcatagagtcataggtatcaac 518  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42212158 attataggatctttcattagttcaagagatataggacatcgaaaatcgactggtgcttaattgaaactattctcgctctcatagagtcataggtatcaac 42212059  T
Q  519 ctcaggattttctgtgagcacgcagtctttcagtttcctaagaagggatgagacggtttcaaaattgtcttctactcttctagttctccgttgcctatta 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||        |||||||||||||||||||||||||    
T  42212058 ctcaggattttctgtgagcacgcagtctttcagtttcctaagaagggatgagacggtttcaaaactg--------tcttctagttctccgttgcctatta 42211967  T
Q  619 tgaccaattcgtgtaattcttagtcctcagatgcagcttctcagatgcaacttctcagagagccttttgagtataacaggatcagggtctttatctatct 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42211966 tgaccaattcgtgtaattcttagtcctcagatgcagcttctcagatgcaacttctcagagagccttttgagtataacaggatcagggtctttatctatct 42211867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 602; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 42203682 - 42202994
Alignment:
Q  19 agctcatcatcagccaccctttgctgctcaatatcattacgtgttagcttaaccaataaagctttgatagcagttctgtcacaatctgaaagactggatc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42203682 agctcatcatcagccaccctttgctgctcaatatcattacgtgttagcttaaccaataaagctttgatagcagttctgtcacaatctgaaagactggatc 42203583  T
Q  119 cagannnnnnngttctgtaactcccttgcttctttggtagttcaacaccattgctatcacaccataaaccaatcagactcttcaaaacgtagttaggagt 218  Q
    ||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42203582 cagatttttttgttctgtaactcccttgcttctttggtagttcaacaccattgctatcacaccataaaccaatcagactcttcaaaacgtagttaggagt 42203483  T
Q  219 aactgagtaagggatgtttgcaaaagtgtctgctgtgttttagggcaggttatgtgaccagcatcatgccatttttgaatgcaggatctttcatatgtct 318  Q
    ||        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42203482 aa--------gggatgtatgcaaaagtgtctgctgtgttttagggcaggttctgtgaccagcatcaagccatttttgaatgcaggatctttcatatgtct 42203391  T
Q  319 gcaaaataaagtaggaatttcatcaataatcataattgacaccatcagaacaatgtttcgcacaaaaaggattgtggataatacctgacgggtggagaca 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42203390 gcaaaataaagtaggaatttcatcaataatcataattgacaccatcagaacaatgtttcgcacaaaaaggattgtggataatacctgaccggtggagaca 42203291  T
Q  419 gttataggatctttcattagttcaagagatataggacatcgaaaatcgactggtgcttaattgaaactattctcgctctcatagagtcataggtatcaac 518  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42203290 attataggatctttcattagttcaagagatataggacatcgaaaatcgactggtgcttaattgaaactattctcgctctcatagagtcataggtatcaac 42203191  T
Q  519 ctcaggattttctgtgagcacgcagtctttcagtttcctaagaagggatgagacggtttcaaaattgtcttctactcttctagttctccgttgcctatta 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||        |||||||||||||||||||||||||    
T  42203190 ctcaggattttctgtgagcacgcagtctttcagtttcctaagaagggatgagacggtttcaaaactg--------tcttctagttctccgttgcctatta 42203099  T
Q  619 tgaccaattcgtgtaattcttagtcctcagatgcagcttctcagatgcaacttctcagagagccttttgagtataacaggatcagggtctttatctatct 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42203098 tgaccaattcgtgtaattcttagtcctcagatgcagcttctcagatgcaacttctcagagagccttttgagtataacaggatcagggtctttatctatct 42202999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 637
Target Start/End: Original strand, 42420697 - 42421306
Alignment:
Q  19 agctcatcatcagccaccctttgctgctcaatatcattacgtgttagcttaaccaataaagctttgatagcagttctgtcacaatctgaaagactggatc 118  Q
    |||||| || ||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  42420697 agctcaccagcagccgccctttgctgttcaatatcattacttgttagcttatccaataaagctttgatagcagttttgtcacaatctgaaagactggttc 42420796  T
Q  119 cagannnnnnngttctgtaactcccttgcttctttggtagttcaacaccattgctatcacaccataaaccaatcagactcttcaaaacgtagttaggagt 218  Q
    ||||       |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42420797 cagatttctttgttctgcaactcccttgcttctttggtagttcaacaccattgctatcacaccataaaccaatcagactcttcaaaacgtagttaggagt 42420896  T
Q  219 aactgagtaagggatgtttgcaaaagtgtctgctgtgttttagggcaggttatgtgaccagcatcatgccatttttgaatgcaggatctttcatatgtct 318  Q
    ||        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42420897 aa--------gggttgtttgcaaaagtgtctgctgtgttttagggcaggttctgtgaccagcatcatgccatttttgaatgcaggatctttcatatgtct 42420988  T
Q  319 gcaaaataaagtaggaatttcatcaataatcataattgacaccatcagaacaatgtttcgcacaaaaaggattgtggataatacctgacgggtggagaca 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||     
T  42420989 gcaaaataaagtaggaatttcatcaataatcatagctgacatcatcagaacattgtttcgcacaaaaaggattgtcgataatacctgaccggttgagacg 42421088  T
Q  419 gttataggatctttcattagttcaagagatataggacatcgaaaatc----------------gactggtgcttaattgaaactattctcgctctcatag 502  Q
     ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||                ||| |||||||||||| ||| |||||| ||           
T  42421089 attacagggtctttcattagttcaagagatataggacaccgaaaatcatctgggattacaggagaccggtgcttaattggaac-attctcact------- 42421180  T
Q  503 agtcataggtatcaacctcaggattttctgtgagcacgcagtctttcagtttcctaagaagggatgagacggtttcaaaattgtcttctactcttctagt 602  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||        ||| |||||    
T  42421181 -gtcataggtatcaacctcaggattttctgcgagcacgcagtctttcagtttcctaagaagagatgagacggtttcaaaactg--------tctcctagt 42421271  T
Q  603 tctccgttgcctattatgaccaattcgtgtaattc 637  Q
    |||||||||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  42421272 tctccgttgcttgttatgaccaattcatgtaattc 42421306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 226 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 42218332 - 42217915
Alignment:
Q  226 taagggatgtttgcaaaagtgtctgctgtgttttagggcaggttatgtgaccagcatcatgccatttttgaatgcaggatctttcatatgtctgcaaaat 325  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42218332 taagggatgtatgcaaaagtgtctactgtattttagggcaggttatgtgaccagcatcaagtcatttttgaatgcaggatctttcatatgtctgcaaaat 42218233  T
Q  326 aaagtaggaatttcatcaataatcataattgacaccatcagaacaatgtttcgcacaaaaaggattgtggataatacctgacgggtggagacagttatag 425  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| ||    
T  42218232 aaagtaggaatttcatcaataatcataaccgacaccatcagaacaatgtttcacacaaaaaggattgtggataatacctgaccggttgagacaattacag 42218133  T
Q  426 gatctttcattagttcaagagatataggacatcgaaaatc----------------gactggtgcttaattgaaactattctcgctctcatagagtcata 509  Q
    |||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||                |||  ||||||||||||||| |||| ||| ||        ||||    
T  42218132 gatcttcccttaattcaagagatataggacatcgaaaatcctctgggattacacgagaccagtgcttaattgaaac-attcgcgccct--------cata 42218042  T
Q  510 ggtatcaacctcaggattttctgtgagcacgcagtctttcagtttcctaagaagggatgagacggtttcaaaattgtcttctactcttctagttctccgt 609  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||     ||  ||| ||||||||||||    
T  42218041 ggtatcaaccttaggattttctgcgagcatgcagtttttcagtttcctaagaagggatgagatggtttcaactttcaaaact-gtctcctagttctccgt 42217943  T
Q  610 tgcctattatgaccaattcgtgtaattc 637  Q
    | | | ||||||||||||||||||||||    
T  42217942 tactttttatgaccaattcgtgtaattc 42217915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 38 - 322
Target Start/End: Original strand, 42408893 - 42409172
Alignment:
Q  38 tttgctgctcaatatcattacgtgttagcttaaccaataaagctttgatagcagttctgtcacaatctgaaagactggatccagannnnnnngttctgta 137  Q
    ||||||| |||||| |||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||  |||||       |||||  |    
T  42408893 tttgctgttcaataccattacttgtttgcttatccaataatgctttgatagcggttctgtcgcaatctgaaagattggtcccagatttctttgttctaca 42408992  T
Q  138 actcccttgctt---ctttggtagttcaacaccattgctat-cacaccataaaccaatcagactcttcaaaacgtagttaggagtaactgagtaagggat 233  Q
      ||||||||||   ||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||        ||||||||| |    
T  42408993 gttcccttgctttttctttgttagttaaacaccattgctgttcacaccataaaccaatcagactcttcaaaacatggttag--------gagtaagggct 42409084  T
Q  234 gtttgcaaaagtgtctgctgtgttttagggcaggttatgtgaccagcatcatgccatttttgaatgcaggatctttcatatgtctgcaa 322  Q
    || | | ||||| ||||||||||||| | ||| ||| ||||||||||||||    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  42409085 gtat-ccaaagtatctgctgtgttttcgcgcaagttctgtgaccagcatcaaataatttttgaatgcaagatctttcatatgtccgcaa 42409172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 658 - 723
Target Start/End: Original strand, 42421338 - 42421403
Alignment:
Q  658 ctcagatgcaacttctcagagagccttttgagtataacaggatcagggtctttatctatctgtgct 723  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  42421338 ctcagatgcaacttctcagagagtcttttgagtatagcaggatcagggtctttatctttctgtgct 42421403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 29 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 42218406 - 42218340
Alignment:
Q  29 cagccaccctttgctgctcaatatcattacgtgttagcttaaccaataaagctttgatagcagttct 95  Q
    ||||| ||||||  || ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  42218406 cagccgcccttttttgttcaatatcattacttgttagcttatccaataaagctttgatagcagttct 42218340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 663 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 42217878 - 42217818
Alignment:
Q  663 atgcaacttctcagagagccttttgagtataacaggatcagggtctttatctatctgtgct 723  Q
    |||||||||||||| | | |||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  42217878 atgcaacttctcagtgggtcttttgaggatagcaggatcagggtctttatctttctgtgct 42217818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University