View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6521_low_6 (Length: 320)

Name: NF6521_low_6
Description: NF6521
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6521_low_6
NF6521_low_6
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (19-310)||(30516952-30517243)
chr6 (100-306)||(24713954-24714160)
chr6 (51-306)||(33334746-33335002)
chr6 (41-306)||(14741231-14741497)
chr6 (100-305)||(24434802-24434998)
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (28-310)||(21984290-21984573)
chr7 (100-306)||(9188865-9189071)
chr7 (51-306)||(21640851-21641107)
chr7 (51-306)||(24264993-24265249)
chr7 (41-305)||(12397917-12398182)
chr7 (100-306)||(16881088-16881294)
chr7 (104-306)||(24273629-24273831)
chr7 (223-306)||(18409827-18409910)
chr7 (28-168)||(18409956-18410097)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (41-310)||(9227992-9228262)
chr4 (100-306)||(16627712-16627918)
chr4 (100-310)||(3791852-3792062)
chr4 (51-306)||(18856737-18856993)
chr4 (199-249)||(5144138-5144188)
chr4 (100-168)||(5144209-5144277)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (28-306)||(18869317-18869596)
chr8 (100-306)||(19751256-19751462)
chr8 (28-306)||(33036580-33036859)
chr8 (100-306)||(26402069-26402275)
chr8 (51-306)||(10687934-10688190)
chr8 (51-306)||(35741550-35741806)
chr8 (100-306)||(34587136-34587342)
chr8 (28-306)||(26297544-26297822)
chr8 (28-306)||(26310801-26311079)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (100-310)||(22172028-22172238)
chr3 (100-305)||(1307033-1307238)
chr3 (142-306)||(6793628-6793792)
chr3 (51-306)||(2675890-2676146)
chr3 (51-305)||(8513256-8513511)
chr3 (152-310)||(3327260-3327418)
chr3 (100-306)||(32476501-32476707)
chr3 (100-168)||(4386095-4386163)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (51-306)||(28806392-28806648)
chr5 (28-306)||(28833220-28833499)
chr5 (100-306)||(43593282-43593488)
chr5 (100-306)||(43626076-43626282)
chr5 (100-306)||(27445984-27446190)
chr5 (51-306)||(33769200-33769456)
chr5 (100-306)||(37560313-37560519)
chr5 (51-310)||(31400662-31400922)
chr5 (175-304)||(22828227-22828356)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (51-306)||(1055-1311)
[»] scaffold0197 (2 HSPs)
scaffold0197 (51-306)||(13100-13356)
scaffold0197 (51-306)||(17979-18235)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (100-306)||(19360278-19360484)
chr1 (100-306)||(13599404-13599610)
chr1 (51-306)||(41391613-41391869)
chr1 (142-310)||(47101769-47101937)
chr1 (28-306)||(47702683-47702962)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (100-306)||(6689-6895)
scaffold0006 (100-306)||(7201-7407)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (199-306)||(31057119-31057226)
chr2 (51-306)||(19345438-19345695)
chr2 (28-310)||(39483923-39484197)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (200-310)||(33197-33307)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 310
Target Start/End: Original strand, 30516952 - 30517243
Alignment:
Q  19 attgtttgatttgtattagattggacttagtatatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtg 117  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||  | ||||||||| |||||||| |||||||||    
T  30516952 attgtttaatttgtattagatcggacttagcatatgtgattagcatagtaagtcagtatatggcaaatctggaaattattcattggcaagctttgaagtg 30517051  T
Q  118 cgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30517052 cgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggcatgtcaagatgaaaatgcttgacaggcgtatgtagatgcggactat 30517151  T
Q  218 acggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatctgtg 310  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30517152 acggacaatgtggatac-agaaaatctctatcttattttttgtttatcctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatttgtg 30517243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 100 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 24714160 - 24713954
Alignment:
Q  100 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 199  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| | | ||   | | |    
T  24714160 ttggcaagctttgaagtgggtattgaggtatttgaatgggtctttgaagggaggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagacgttttggagggg 24714061  T
Q  200 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 299  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  24714060 tatgtagatgcggactatgcgggtaatgtggacacaagaaaatccttatcgagttttgtgtttactctttatggcacgactattagttggaaggcaaatc 24713961  T
Q  300 aacaatc 306  Q
    |||||||    
T  24713960 aacaatc 24713954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 51 - 306
Target Start/End: Original strand, 33334746 - 33335002
Alignment:
Q  51 tatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaagg 149  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| ||  |||| | | |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||   |||||||    
T  33334746 tatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgggaattgtgcattggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatgggtcgttgaagg 33334845  T
Q  150 atggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatc 249  Q
      ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||  | ||    
T  33334846 gcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggaggggtatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaaaatccttgtc 33334945  T
Q  250 tcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
      ||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  33334946 gggttttgtgtttactctttatggcacagcgattagttggaaggcaaatcaacaatc 33335002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 41 - 306
Target Start/End: Original strand, 14741231 - 14741497
Alignment:
Q  41 ggacttagtatatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatggg 139  Q
    ||||||||  |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| ||  |||| | | ||| |||| ||||||||| ||  |||  ||||||||||||    
T  14741231 ggacttagcttatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgggaattgtgcattgacaagctttgaagtgggtaatgaggtatttgaatggg 14741330  T
Q  140 attttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaa 239  Q
       |||||||  ||||||||||||| ||||| |  |||||||||| |  |||   | | |||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||    
T  14741331 tcgttgaagggcggtttgaagtacataagggcagctcaagatgaagacactttggaggggtatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaa 14741430  T
Q  240 aatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
    ||||  | ||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14741431 aatccttgtcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatcaacaatc 14741497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 100 - 305
Target Start/End: Original strand, 24434802 - 24434998
Alignment:
Q  100 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 199  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||| ||  ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| | ||||  |||| |    
T  24434802 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatcggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagacgctttgcaaggg 24434901  T
Q  200 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 299  Q
    ||||||||||||||         ||||||||||||||||||||   ||||  ||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||||    
T  24434902 tatgtagatgcgga---------caatgtggacacaagaaaatacttatcgggttttgtgtttactctttatggcacaactattagttggaaggcaaatc 24434992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 88; Significance: 3e-42; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 28 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 21984573 - 21984290
Alignment:
Q  28 tttgtattagattggacttagtatatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaa 126  Q
    |||||| ||||  ||||||||  |||| ||||||||| |||||||||| | |||||||||||   ||| | | |||||||| ||||||||| || ||||     
T  21984573 tttgtagtagaccggacttagcttatgcggttagcattgtaagtcggtttatggcaaattcgggtattgtgcattggcaagctttgaagtgggtgttgag 21984474  T
Q  127 atatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaat 226  Q
     ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| | ||||   | | |||||| |||||| ||||| |||  |||    
T  21984473 gtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagacgctttggaggggtatgttgatgcgaactatgcgggtaat 21984374  T
Q  227 gtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatctgtg 310  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21984373 gtggacacaagaaaatctctatcgggttttgtgtttactctctatggcacgactattagttggaaggcaaatcaacaatctgtg 21984290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 100 - 306
Target Start/End: Original strand, 9188865 - 9189071
Alignment:
Q  100 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 199  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| | |  ||||||  || | ||||   | | |    
T  9188865 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagagaaagacgcttttgagggg 9188964  T
Q  200 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 299  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9188965 tatgttgatgcggactatgcgggcaatgtggacacaagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatc 9189064  T
Q  300 aacaatc 306  Q
    |||||||    
T  9189065 aacaatc 9189071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 51 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 21641107 - 21640851
Alignment:
Q  51 tatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaagg 149  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| ||  |||| | | |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||    
T  21641107 tatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgggaattgtgcattggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagg 21641008  T
Q  150 atggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatc 249  Q
      ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||  | ||    
T  21641007 gcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggaggggtatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaaaatccttgtc 21640908  T
Q  250 tcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
      ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21640907 gggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatcaacaatc 21640851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 51 - 306
Target Start/End: Original strand, 24264993 - 24265249
Alignment:
Q  51 tatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaagg 149  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| ||  |||| | | |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||    
T  24264993 tatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgggaattgtgcattggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagg 24265092  T
Q  150 atggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatc 249  Q
      ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||  | ||    
T  24265093 gcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggaggggtatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaaaatccttgtc 24265192  T
Q  250 tcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
      ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  24265193 gggttttgtgtttactctttatggcacggcgattagttggaaggcaaatcaacaatc 24265249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 41 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 12398182 - 12397917
Alignment:
Q  41 ggacttagtatatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatggg 139  Q
    ||||||||  |||| ||||||||| || ||||||| | ||| |||||||  |||| | | |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||    
T  12398182 ggacttagcttatgcggttagcattgtgagtcggtttatggaaaattcgggaattgtgcattggcaagctttgaagtgggtattgaggtatttgaatggg 12398083  T
Q  140 attttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaa 239  Q
      ||||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |||||| |||||||| ||| ||| ||| || ||||| || |    
T  12398082 tctttgaagggcggtttgaagtacacaagggcaactcaagatgaagacgctttggaggggtatgttgatgcggattatgcgggcaaagtagacactagga 12397983  T
Q  240 aatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaat 305  Q
    ||||  | ||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12397982 aatccttgtcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatcaacaat 12397917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 100 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 16881294 - 16881088
Alignment:
Q  100 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 199  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  || |||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  16881294 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtacttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 16881195  T
Q  200 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 299  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||| || |||||  | ||  ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  16881194 tatgttgatgcggattatgcgggcaatgtggacactaggaaatccttgtcgggttttgtgtttactctttatggcacggcgattagttggaaggcaaatc 16881095  T
Q  300 aacaatc 306  Q
    |||||||    
T  16881094 aacaatc 16881088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 104 - 306
Target Start/End: Original strand, 24273629 - 24273831
Alignment:
Q  104 caagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatg 203  Q
    |||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  || |||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| | ||||   | | |||||    
T  24273629 caagctttgaagtgggtattgaggtatttgaatgggtcttagaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagacgctttggaggggtatg 24273728  T
Q  204 tagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaaca 303  Q
    |  ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| || ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||    
T  24273729 ttaatgcggactatgcgggaaatgtggacacaagaaaatctctatcgggttttatgtttactctctatggcacaactattagttggaaggcaaatcaaca 24273828  T
Q  304 atc 306  Q
    |||    
T  24273829 atc 24273831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 223 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 18409910 - 18409827
Alignment:
Q  223 caatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18409910 caatgtggacactagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatcaacaatc 18409827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 28 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 18410097 - 18409956
Alignment:
Q  28 tttgtattagattggacttagtatatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaa 126  Q
    |||||| ||||  ||||||||  |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| ||   ||| | | |||||||| ||||||||| || ||||     
T  18410097 tttgtagtagaccggacttagcctatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgggtattgtgcattggcaagctttgaagtgggtgttgag 18409998  T
Q  127 atatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaag 168  Q
     ||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||    
T  18409997 gtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaag 18409956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 41 - 310
Target Start/End: Original strand, 9227992 - 9228262
Alignment:
Q  41 ggacttagtatatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatggg 139  Q
    ||||||||  |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| ||  |||| | | |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||    
T  9227992 ggacttagcttatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgggaattgtgcattggcaagctttgaagtgggtattgaggtatttgaatggg 9228091  T
Q  140 attttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaa 239  Q
       ||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||    
T  9228092 tccttgaagggtggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggaggggtatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaa 9228191  T
Q  240 aatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatctgtg 310  Q
    ||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9228192 aatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatcaacaatctgtg 9228262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 100 - 306
Target Start/End: Original strand, 16627712 - 16627918
Alignment:
Q  100 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 199  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| ||||||   | | |    
T  16627712 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagatgctttggagggg 16627811  T
Q  200 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 299  Q
    ||||| ||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| | || ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  16627812 tatgttgatgcagactatgcgggcaatgtggacacaagaaaatctctaccgggttttttgttttctctctatggcatggctattagttggaaggcaaatc 16627911  T
Q  300 aacaatc 306  Q
    |||||||    
T  16627912 aacaatc 16627918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 100 - 310
Target Start/End: Original strand, 3791852 - 3792062
Alignment:
Q  100 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 199  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| | ||||   | | |    
T  3791852 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagacgctttggagggg 3791951  T
Q  200 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 299  Q
    ||||| |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| ||| || ||||||||| ||||||||||||| || ||||    
T  3791952 tatgttgatgcggactatgcgggtaatgtggacacaagaaaatctctatcgggttttgtgtctactctctatggcacgactattagttggaaggctaatc 3792051  T
Q  300 aacaatctgtg 310  Q
    |||||||||||    
T  3792052 aacaatctgtg 3792062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 51 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 18856993 - 18856737
Alignment:
Q  51 tatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaagg 149  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| ||  |||| | | |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||    
T  18856993 tatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgggaattgtgcattggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagg 18856894  T
Q  150 atggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatc 249  Q
      ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||  | ||    
T  18856893 gcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggaggggtatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaaaatccttgtc 18856794  T
Q  250 tcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
      ||||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  18856793 gggttttgtgtttactctttatggcacgacaattagttggaaggcaaatcaacaatc 18856737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 199 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 5144188 - 5144138
Alignment:
Q  199 gtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatc 249  Q
    |||||| |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  5144188 gtatgttgatgcggactatgcgggtaatgtggacacaagaaaatctctatc 5144138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 100 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 5144277 - 5144209
Alignment:
Q  100 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaag 168  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||    
T  5144277 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaag 5144209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 84; Significance: 7e-40; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 28 - 306
Target Start/End: Original strand, 18869317 - 18869596
Alignment:
Q  28 tttgtattagattggacttagtatatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaa 126  Q
    |||||| ||||  ||||||||  |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| ||   ||| | | |||||||| ||||||||| || ||||     
T  18869317 tttgtagtagaccggacttagcttatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgggtattgtgcattggcaagctttgaagtgggtattgag 18869416  T
Q  127 atatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaat 226  Q
     ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | || |   | | |||||| |||||||||||| ||| ||||    
T  18869417 gtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgcattggaggggtatgttgatgcggactatgcgggcaat 18869516  T
Q  227 gtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
    |||||||| ||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18869517 gtggacactagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatcaacaatc 18869596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 100 - 306
Target Start/End: Original strand, 19751256 - 19751462
Alignment:
Q  100 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 199  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| | |  ||||||  || | ||||   | | |    
T  19751256 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagagaaagacgctttggagggg 19751355  T
Q  200 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 299  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19751356 tatgttgatgcggactatgcgggcaatgtggacacaagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatc 19751455  T
Q  300 aacaatc 306  Q
    |||||||    
T  19751456 aacaatc 19751462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 28 - 306
Target Start/End: Original strand, 33036580 - 33036859
Alignment:
Q  28 tttgtattagattggacttagtatatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaa 126  Q
    |||||| ||||  |||||||| ||||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| ||   ||| | | |||||||| ||||||||| || ||||     
T  33036580 tttgtagtagaccggacttagcatatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgggtattgtgcattggcaagctttgaagtgggtattgag 33036679  T
Q  127 atatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaat 226  Q
     ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||||||| | ||||   | | |||||| |||||||||||| |||  |||    
T  33036680 gtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagatgaagacgctttggaggggtatgttgatgcggactatgcgggaaat 33036779  T
Q  227 gtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
    |||||||| ||||||||  |||   | ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33036780 gtggacactagaaaatccttattgggatttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatcaacaatc 33036859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 100 - 306
Target Start/End: Original strand, 26402069 - 26402275
Alignment:
Q  100 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 199  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  |||||||||||   |||||||   ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| | ||||   | | |    
T  26402069 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatggatctttgaagagcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagacgctttggagggg 26402168  T
Q  200 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 299  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||| || ||||    
T  26402169 tatgttgatgcggactatacgggcaatgtggacacaagaaaatctctatcgggttttgtgtttactctatatggcacgactattagttggaaggctaatc 26402268  T
Q  300 aacaatc 306  Q
    |||||||    
T  26402269 aacaatc 26402275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 51 - 306
Target Start/End: Original strand, 10687934 - 10688190
Alignment:
Q  51 tatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaagg 149  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| ||  |||| | | |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||    
T  10687934 tatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgggaattgtgcattggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagg 10688033  T
Q  150 atggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatc 249  Q
      ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||  | ||    
T  10688034 gcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggaggggtatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaaaatccttgtc 10688133  T
Q  250 tcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
      ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  10688134 gggttttgtgtttactctttatggcacggcgattagttggaaggcaaatcaacaatc 10688190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 51 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 35741806 - 35741550
Alignment:
Q  51 tatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaagg 149  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| ||  |||| | | |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||    
T  35741806 tatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgggaattgtgcattggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagg 35741707  T
Q  150 atggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatc 249  Q
      ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |||||| |||||||| ||| |||  || |||||||| ||||||||  | ||    
T  35741706 gcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggaggggtatgttgatgcggattatgcgggaaacgtggacactagaaaatccttgtc 35741607  T
Q  250 tcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
      ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  35741606 gggttttgtgtttactctttatggcacggcgattagttggaaggcaaatcaacaatc 35741550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 100 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 34587342 - 34587136
Alignment:
Q  100 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 199  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||| |||||||||| |  |||||||    |||||||||||||||  | |  |||||| ||| | ||||   | | |    
T  34587342 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaagtatttgaatgagtctttgaagagcagtttgaagtacacaaaagcagctcaagaggaagacgctttggagggg 34587243  T
Q  200 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 299  Q
    ||||| ||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  34587242 tatgttgatgcagactatgcgggcaatgtggacacaagaaaatctctatcgggttttgtgtttactctctatggcacgactattagttggaaggcaaatc 34587143  T
Q  300 aacaatc 306  Q
    |||||||    
T  34587142 aacaatc 34587136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 28 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 26297822 - 26297544
Alignment:
Q  28 tttgtattagattggacttagtatatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaa 126  Q
    |||||| ||||  ||||||||  |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| |||  ||| | | |||||||| ||||||||| || ||||     
T  26297822 tttgtagtagaccggacttagcctatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgagtattgtgcattggcaagctttgaagtgggtattgag 26297723  T
Q  127 atatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaat 226  Q
     |||||||||| |  ||||||||  |||||||||||||||||   |  |||||| ||| | ||||   | | |||||| |||||| ||||| ||| ||||    
T  26297722 gtatttgaatgagtctttgaagggcggtttgaagtacacaagatcagctcaagaggaagacgctttggaggggtatgttgatgcgaactatgcgggcaat 26297623  T
Q  227 gtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
    |||||||| ||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26297622 gtggacactagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacgactattagttgg-aagcaaatcaacaatc 26297544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 28 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 26311079 - 26310801
Alignment:
Q  28 tttgtattagattggacttagtatatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaa 126  Q
    |||||| ||||  ||||||||  |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| |||  ||| | | |||||||| ||||||||| || ||||     
T  26311079 tttgtagtagaccggacttagcctatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgagtattgtgcattggcaagctttgaagtgggtattgag 26310980  T
Q  127 atatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaat 226  Q
     |||||||||| |  ||||||||  |||||||||||||||||   |  |||||| ||| | ||||   | | |||||| |||||| ||||| ||| ||||    
T  26310979 gtatttgaatgagtctttgaagggcggtttgaagtacacaagatcagctcaagaggaagacgctttggaggggtatgttgatgcgaactatgcgggcaat 26310880  T
Q  227 gtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
    |||||||| ||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  26310879 gtggacactagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacgactattagttgg-aagcaaatcaacaatc 26310801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 79; Significance: 6e-37; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 100 - 310
Target Start/End: Original strand, 22172028 - 22172238
Alignment:
Q  100 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 199  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  22172028 ttggcaagctttgaagtgggtattgaggtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 22172127  T
Q  200 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 299  Q
    ||||| |||||||| ||| | | ||| |||||||| ||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22172128 tatgttgatgcggattatgcaggcaacgtggacactagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatc 22172227  T
Q  300 aacaatctgtg 310  Q
    |||||||||||    
T  22172228 aacaatctgtg 22172238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 100 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 1307238 - 1307033
Alignment:
Q  100 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 199  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| | ||||   | | |    
T  1307238 ttggcaagctttgaagtgggtattgaggtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagacgctttggagggg 1307139  T
Q  200 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 299  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  1307138 tatgttgatgcggactatgcgggcaatgtggacactagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacgactattagttggaaggcaaatc 1307039  T
Q  300 aacaat 305  Q
    ||||||    
T  1307038 aacaat 1307033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 142 - 306
Target Start/End: Original strand, 6793628 - 6793792
Alignment:
Q  142 tttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaa 241  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| | |  || ||||||| | ||||   | | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  6793628 tttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagatcgagatgaagacgctttggaggggtatgtagatgcggactatgcgggcaatgtggacacaagaaaa 6793727  T
Q  242 tctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
    ||  ||||  ||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6793728 tccttatcgggttttgtgtttactctttatgacaaggctattagttggaaggcaaatcaacaatc 6793792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 51 - 306
Target Start/End: Original strand, 2675890 - 2676146
Alignment:
Q  51 tatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaagg 149  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| ||  |||| | | |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   ||||| |    
T  2675890 tatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgggaattgtgcattggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaaag 2675989  T
Q  150 atggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatc 249  Q
      ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||  | ||    
T  2675990 gcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggaggggtatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaaaatccttgtc 2676089  T
Q  250 tcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
      ||||  |||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  2676090 gggtttcgtgttcactctttatggcacggcgattagttggaaggcaaatcaacaatc 2676146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 51 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 8513511 - 8513256
Alignment:
Q  51 tatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaagg 149  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| ||  |||| | | |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||    
T  8513511 tatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgggaattgtgcattggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagg 8513412  T
Q  150 atggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatc 249  Q
      ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |||||| |||||||| ||| ||| ||| || ||||| || |||||  | ||    
T  8513411 gcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggaggggtatgttgatgcggattatgcgggcaacgtagacactaggaaatccttgtc 8513312  T
Q  250 tcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaat 305  Q
      ||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  8513311 gggttttgtgtttactctctatggcacggcgattagttggaaggcaaatcaacaat 8513256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 152 - 310
Target Start/End: Original strand, 3327260 - 3327418
Alignment:
Q  152 ggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctc 251  Q
    ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| ||||||   | | |||||||||||| |||||| ||| |||||||||||  ||||||||  ||||      
T  3327260 ggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagatgctttggaggggtatgtagatgcagactatgcgggcaatgtggacatgagaaaatccttatcgg 3327359  T
Q  252 gttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatctgtg 310  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||    
T  3327360 gttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaataaaaaatctgtg 3327418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 100 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 32476707 - 32476501
Alignment:
Q  100 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 199  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||  ||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  32476707 ttggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttggtgggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 32476608  T
Q  200 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 299  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| ||| || ||||| || |||||  | ||  ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  32476607 tatgttgatgcggattatgcgggcaacgtagacactaggaaatccttgtcgggttttgtgtttactctttatggcacggcgattagttggaaggcaaatc 32476508  T
Q  300 aacaatc 306  Q
    |||||||    
T  32476507 aacaatc 32476501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 100 - 168
Target Start/End: Original strand, 4386095 - 4386163
Alignment:
Q  100 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaag 168  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||    
T  4386095 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatgggtctttgaagggtggtttgaggtacacaag 4386163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 51 - 306
Target Start/End: Original strand, 28806392 - 28806648
Alignment:
Q  51 tatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaagg 149  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| ||  |||| | | |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||    
T  28806392 tatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgggaattgtgcattggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagg 28806491  T
Q  150 atggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatc 249  Q
      ||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||   | | |||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||| ||||||||  | ||    
T  28806492 gcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagatgctttggaggggtatgttgatgcggattatgcgggcaatgtggacactagaaaatccttgtc 28806591  T
Q  250 tcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
      ||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  28806592 gggttttgtgtttactctctatggcacggcgattagttggaaggcaaatcaacaatc 28806648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 28 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 28833499 - 28833220
Alignment:
Q  28 tttgtattagattggacttagtatatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaa 126  Q
    |||||| ||||  ||||||||  |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| ||   ||| | | |||||||| ||||||||| || ||||     
T  28833499 tttgtagtagaccggacttagcttatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgggtattgtgcattggcaagctttgaagtgggtgttgag 28833400  T
Q  127 atatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaat 226  Q
     |||||||||||   ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||||||| |  |||   | | ||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  28833399 gtatttgaatggatctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagatgaagacactttggaggggtatgtagatgcggactatgcgggcaat 28833300  T
Q  227 gtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
    |||||||||||||||||  |||   ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28833299 gtggacacaagaaaatccttattgagttttgtgtttactctttatggaacggctattagttggaaggcaaatcaacaatc 28833220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 100 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 43593488 - 43593282
Alignment:
Q  100 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 199  Q
    ||||||||  |||||||| || ||||  ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  43593488 ttggcaagccttgaagtgggtattgaggtatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 43593389  T
Q  200 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 299  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||| ||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43593388 tatgttgatgcggattatgcgggcaatgtggacactagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatc 43593289  T
Q  300 aacaatc 306  Q
    |||||||    
T  43593288 aacaatc 43593282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 100 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 43626282 - 43626076
Alignment:
Q  100 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 199  Q
    ||||||||  |||||||| || ||||  ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  43626282 ttggcaagccttgaagtgggtattgaggtatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 43626183  T
Q  200 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 299  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||| ||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43626182 tatgttgatgcggattatgcgggcaatgtggacactagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatc 43626083  T
Q  300 aacaatc 306  Q
    |||||||    
T  43626082 aacaatc 43626076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 100 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 27446190 - 27445984
Alignment:
Q  100 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 199  Q
    ||||||||  |||||||| || ||||  ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  27446190 ttggcaagccttgaagtgggtattgaggtatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 27446091  T
Q  200 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 299  Q
    ||||| |||||||| ||| | | |||||||||||| ||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27446090 tatgttgatgcggattatgctggcaatgtggacactagaaaatccttatcgggttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatc 27445991  T
Q  300 aacaatc 306  Q
    |||||||    
T  27445990 aacaatc 27445984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 51 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 33769456 - 33769200
Alignment:
Q  51 tatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaagg 149  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| ||  |||| | | |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||    
T  33769456 tatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgggaattgtgcattggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagg 33769357  T
Q  150 atggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatc 249  Q
      ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| || |||||  | ||    
T  33769356 gcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggaggggtatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagcaaatccttgtc 33769257  T
Q  250 tcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
      ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  33769256 gggttttgtgtttactctttatggcacggcgattagttggaaggcaaatcaacaatc 33769200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 100 - 306
Target Start/End: Original strand, 37560313 - 37560519
Alignment:
Q  100 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 199  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |    
T  37560313 ttggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagggcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggagggg 37560412  T
Q  200 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 299  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||  | ||  ||||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||||    
T  37560413 tatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaaaatccttgtcgggttttgtgtttactctttatggcacgacgattagttggaaggcaaatc 37560512  T
Q  300 aacaatc 306  Q
    |||||||    
T  37560513 aacaatc 37560519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 51 - 310
Target Start/End: Original strand, 31400662 - 31400922
Alignment:
Q  51 tatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaagg 149  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| ||  |||| | | |||||||| ||||||||| |||||||  |||||||||| |   |||||||    
T  31400662 tatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgggaattgtgcattggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgtgtcgttgaagg 31400761  T
Q  150 atggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatc 249  Q
      ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |||||  |||||||| ||| ||| ||| || ||||| ||||||||  | ||    
T  31400762 gcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggaggggtatgctgatgcggattatgcgggcaacgtagacactagaaaatccttgtc 31400861  T
Q  250 tcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatctgtg 310  Q
      ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31400862 gggttttgtgtttactctttatggcacggcgattagttggaaggcaaatcaacaatctgtg 31400922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 175 - 304
Target Start/End: Original strand, 22828227 - 22828356
Alignment:
Q  175 tcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggc 274  Q
    |||||||||| ||||||   ||| ||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||| |||||||||| |||   |||||  ||||||  | ||||||    
T  22828227 tcaagatgaagatgctttggaagggtatgtaaatgcgaactatgcgggcaatgtggacataagaaaatctttattgggttttgagtttactttatatggc 22828326  T
Q  275 acggctattagttggaaagcaaatcaacaa 304  Q
    ||  ||||||| ||||| | ||||||||||    
T  22828327 acaactattagctggaaggtaaatcaacaa 22828356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 51 - 306
Target Start/End: Original strand, 1055 - 1311
Alignment:
Q  51 tatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaagg 149  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| ||  |||| | | |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||    
T  1055 tatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgggaattgtgcattggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagg 1154  T
Q  150 atggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatc 249  Q
      ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| || |||||  | ||    
T  1155 gcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggaggggtatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactaggaaatccttgtc 1254  T
Q  250 tcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
      ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1255 gggttttgtgtttacactttatggcacggctattagttggaaggcaaatcaacaatc 1311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 2)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 51 - 306
Target Start/End: Original strand, 13100 - 13356
Alignment:
Q  51 tatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaagg 149  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| ||  |||| | | |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||    
T  13100 tatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgggaattgtgcattggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagg 13199  T
Q  150 atggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatc 249  Q
      ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||  | ||    
T  13200 gcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggaggggtatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaaaatccttgtc 13299  T
Q  250 tcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
      ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  13300 gggttttgtgtttactctttatggcacggcgattagttggaaggcaaatcaacaatc 13356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 51 - 306
Target Start/End: Original strand, 17979 - 18235
Alignment:
Q  51 tatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaagg 149  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| ||  |||| | | |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||    
T  17979 tatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgggaattgtgcattggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagg 18078  T
Q  150 atggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatc 249  Q
      ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||  | ||    
T  18079 gcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggaggggtatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaaaatccttgtc 18178  T
Q  250 tcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
      ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  18179 gggttttgtgtttactctttatggcacggcgattagttggaaggcaaatcaacaatc 18235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 71; Significance: 4e-32; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 100 - 306
Target Start/End: Original strand, 19360278 - 19360484
Alignment:
Q  100 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 199  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| || |||   | | |    
T  19360278 ttggcaagctttgaagtgggtattgaggtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagattctttggagggg 19360377  T
Q  200 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 299  Q
    ||||| ||||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||  |||   ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19360378 tatgttgatgcagactatgcgggcaatgtggacactagaaaatccttattgagttttgtgtttactctttatggcacggctattagttggaaggcaaatc 19360477  T
Q  300 aacaatc 306  Q
    |||||||    
T  19360478 aacaatc 19360484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 100 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 13599610 - 13599404
Alignment:
Q  100 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 199  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  |||||||||||   ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| |||| |   | | |    
T  13599610 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatggctctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagatgccttggagggg 13599511  T
Q  200 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 299  Q
    ||||| ||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  13599510 tatgttgatgcagactatgcgggtaatgtggacacaagaaaatctttatcgggttttgtgtttactctatatggcacgactattagttggaaggcaaatc 13599411  T
Q  300 aacaatc 306  Q
    |||||||    
T  13599410 aacaatc 13599404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 51 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 41391869 - 41391613
Alignment:
Q  51 tatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaagg 149  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| ||  |||| | | |||||||| ||||||||| || ||||  ||||||||||||   |||||||    
T  41391869 tatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgggaattgtccattggcaagctttgaagtgggtattgaggtatttgaatgggtcgttgaagg 41391770  T
Q  150 atggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatc 249  Q
      ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| ||||||||  | ||    
T  41391769 gcggtttgaagtacacaagggcaactcaagatgaagacgctttggaggggtatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacaccagaaaatccttgtc 41391670  T
Q  250 tcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
      ||||| ||||||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  41391669 gggttttgtgtttattctttatggcacgactattagttggaaggcaaatcaacaatc 41391613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 142 - 310
Target Start/End: Original strand, 47101769 - 47101937
Alignment:
Q  142 tttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaa 241  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||||||| ||| ||   | | |||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  47101769 tttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagatgaagatgttttggaggggtatgttgatgcggactatgcgggcaatgtggacacaagaaaa 47101868  T
Q  242 tctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatctgtg 310  Q
    |||||||   | ||| ||||||| || |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  47101869 tctctattggggtttgtgtttactctctatgacacggctattagttggaaggctaatcaacaatctgtg 47101937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 28 - 306
Target Start/End: Original strand, 47702683 - 47702962
Alignment:
Q  28 tttgtattagattggacttagtatatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaa 126  Q
    |||||| ||| | ||||||||  |||| ||||||||| || | ||||| | |||||||||||   ||| | | ||| |||| ||||||||| || ||||     
T  47702683 tttgtagtaggtcggacttagcttatgcggttagcattgtcattcggtttatggcaaattcgggtattgtgcattgacaagctttgaagtgggtgttgag 47702782  T
Q  127 atatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaat 226  Q
     ||||||||||||  || |||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| |  |||   | | |||||| |||||||||||| ||| ||||    
T  47702783 gtatttgaatgggtcttcgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagacactttggaggggtatgttgatgcggactatgcgggcaat 47702882  T
Q  227 gtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||| ||| || |||||||||||    
T  47702883 gtggacacaagaaaatctctatcgggttttgtgtttactctctatggcacgactattagtttgaaggctaatcaacaatc 47702962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 67; Significance: 9e-30; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 100 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 6895 - 6689
Alignment:
Q  100 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 199  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  |||||||||||   ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| |||| |   | | |    
T  6895 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatggctctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagatgccttggagggg 6796  T
Q  200 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 299  Q
    ||||| ||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  6795 tatgttgatgcagactatgcgggtaatgtggacacaagaaaatctttatcgggttttgtgtttactctatatggcacgactattagttggaaggcaaatc 6696  T
Q  300 aacaatc 306  Q
    |||||||    
T  6695 aacaatc 6689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 100 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 7407 - 7201
Alignment:
Q  100 ttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcg 199  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||  |||||||||||   ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| |||| |   | | |    
T  7407 ttggcaagctttgaagtgggtgttgaggtatttgaatggctctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagctcaagaggaagatgccttggagggg 7308  T
Q  200 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 299  Q
    ||||| ||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  7307 tatgttgatgcagactatgcgggtaatgtggacacaagaaaatctttatcgggttttgtgtttactctatatggcacgactattagttggaaggcaaatc 7208  T
Q  300 aacaatc 306  Q
    |||||||    
T  7207 aacaatc 7201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 64; Significance: 6e-28; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 199 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 31057226 - 31057119
Alignment:
Q  199 gtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaat 298  Q
    |||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| || || |||    
T  31057226 gtatgttgatgcggactatgcgggcaatgtggacacaagaaaatctctatcgggttttgtgtttactctctatggcacggctattagttgaaaggctaat 31057127  T
Q  299 caacaatc 306  Q
    ||||||||    
T  31057126 caacaatc 31057119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 51 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 19345695 - 19345438
Alignment:
Q  51 tatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaaatatttgaatgggattttgaagg 149  Q
    |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| ||  |||| | | |||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||   |||||||    
T  19345695 tatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgggaattgtgcattggcaagctttgaagtgggttttgaggtatttgaatgggtcgttgaagg 19345596  T
Q  150 atggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctc-tat 248  Q
      ||||||||||||||||||| |  |||||||||| | ||||   | | |||||| |||||||| ||| ||| ||| |||||||| |||||||| | | |    
T  19345595 gcggtttgaagtacacaagggcagctcaagatgaagacgctttggaggggtatgttgatgcggattatgcgggcaacgtggacactagaaaatcccttgt 19345496  T
Q  249 ctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatc 306  Q
    |  ||||| ||||||| |||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  19345495 cgggttttgtgtttactctttatagcacgacgattagttggaaggcaaatcaacaatc 19345438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 28 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 39484197 - 39483923
Alignment:
Q  28 tttgtattagattggacttagtatatgtggttagcatagtaagtcggtat-tggcaaattcgaaaattattctttggcaagttttgaagtgcgttttgaa 126  Q
    |||||| ||||| ||||||||  |||| ||||||||| || ||||||| | |||||||| |||  ||| | | ||| |||| ||||||||| || ||||     
T  39484197 tttgtagtagatcggacttagcttatgcggttagcattgtgagtcggtttatggcaaatccgagtattgtgcattgacaagctttgaagtgggtgttgag 39484098  T
Q  127 atatttgaatgggattttgaaggatggtttgaagtacacaagggtatgtcaagatgaaaatgcttgacaagcgtatgtagatgcggactatacggacaat 226  Q
     ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| | |  |||||| ||| | | ||   | | |||||| ||||         ||| ||||    
T  39484097 gtatttgaatgggtctttgaagggcggtttgaagtacacaagagcagttcaagaggaagacgatttggaggggtatgttgatg---------cgggcaat 39484007  T
Q  227 gtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatcaacaatctgtg 310  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||  || |||||| |  |||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  39484006 gtggacacaagaaaatctctatcgggttttgtgtttattctctatggctcaactattagttggaagacaaatcaacaatctgtg 39483923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 200 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 33307 - 33197
Alignment:
Q  200 tatgtagatgcggactatacggacaatgtggacacaagaaaatctctatctcgttttttgtttaccctttatggcacggctattagttggaaagcaaatc 299  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||  ||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||| |||| |||||||  ||||||||||||  ||||||    
T  33307 tatgtagatgcggactatgcgggcaacatggacacaagaaaatctttatcgggttttgtgtttactctttttggcacgattattagttggaagacaaatc 33208  T
Q  300 aacaatctgtg 310  Q
    |||||||||||    
T  33207 aacaatctgtg 33197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University