View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6524_low_1 (Length: 1389)

Name: NF6524_low_1
Description: NF6524
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6524_low_1
NF6524_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-1374)||(42918012-42919377)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (79-445)||(33963809-33964176)
chr3 (705-775)||(33964410-33964480)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1261-1324)||(18034448-18034510)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1338; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 1374
Target Start/End: Complemental strand, 42919377 - 42918012
Alignment:
Q  9 gacatcatcaccttgaaaaggcctatttacttgccaccctgagaaacatcagaacaattaaaaatacaagtgactcaccaatgtgactccttctttggac 108  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42919377 gacataatcaccttgaaaaggcctatttacttgccaccctgagaaacatcagaacaattaaaaatacaagtgactcaccaatgtgactccttctttggac 42919278  T
Q  109 agttcctctagagcttcccgatcaaaaactttaccatctaatggcgtttcatcaatctgttgaatcagcatgttgagcaacaggagattcacggttgacg 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  42919277 agttcctctagagcttcccgatcaaaaactttaccatctaatggcgtttcatcaatctgttgaatcagcatgttgagcaacaggagattcacagttgacg 42919178  T
Q  209 gaaggtacaatacattgagaaacaaaataaaattctaaccttccaatccccagtgtgaagaatagtaccatcagaacagcgaagaactaatccacagcaa 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42919177 gaaggtacaatacattgagaaacaaaataaaattctaaccttccaatccccagtgtgaagaatagtaccatcagaacagcgaagaactaatccacagcaa 42919078  T
Q  309 tccggaatagaatggttcactgtaataggctctatctcaaatggcccagctacaaacttcttccttgttctaaatacttttaatcgggatggaacaaaaa 408  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42919077 tccggaatagaatggctcactgtaataggctctatctcaaatggcccagctacaaacttcttccttgttctaaatacttttaatcgggatggaacaaaaa 42918978  T
Q  409 taccatgatccttcaaatgttttcttataagctgttataaataacaaagattaactttctatggattgcaatgaacaaaataagcaatgtgcaacagttt 508  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  42918977 taccatgatccttcaaacgttttcttataagctgttataaataacaaagattaactttctatggattgcaatgaacaaaataagcaatgtgcaacaattt 42918878  T
Q  509 tcattacaataaatattaatatggtgacacacaatgaagaatttaagaaataagtcaacttcaagatatgttagcactaacatctaactcatcacttcct 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42918877 tcattacaataaatattaatatggtgacacacaatgaagaatttaagaaataagtcaacttcaagatatgttagcactaacatctaactcatcacttcct 42918778  T
Q  609 acggaacattattgttgattcatatgacaaatgaactaattggaaagcagcatttgaacaataaagtaaggtaacaagactatacagatttcttcttacc 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42918777 acggaacattattgttgattcatatgacaaatgaactaattggaaagcagcatttgaacaataaagtaaggtaacaagactatacagatttcttcttacc 42918678  T
Q  709 tccattgtaaacgatgacgcaaaaactggtgtttgagaatccaacattgggatgacctgatgaaccaagtaaaaattatagcaactgcaaagcgtatata 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42918677 tccattgtaaacgatgacgcaaaaactggtgtttgagaatccaacattgggatgacctgatgaaccaagtaaaaattatagcaactgcaaagcgtatata 42918578  T
Q  809 agtagatagcaaaacatataactttaataaaagaataataatcaattagattgaatgcaatagaagaaacagagtatttgaaaacatacatgaagagaaa 908  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42918577 agtagatagcaaaacatataactttaataaaagaataataatcaattagattgaatgcaatagaagaaacagagtatttgaaaacatacatgaagagaaa 42918478  T
Q  909 actactttttcctgatattataaactgattaaattctgagataaataaaaatactaaggactgaagcaatgtgattcacaaaagatttatatgtatggtt 1008  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42918477 actactttttcctgatattataaactgattaaattctgagataaataaaaatactaaggactgaagcaatgtgattcacaaaagatttatatgtatggtt 42918378  T
Q  1009 gttttgagtttctcttggtcttacaaggcttaccccacactttttgggtgtaagacagaaggactgcagctttagcttagtaagcgaaacattttaaaaa 1108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42918377 gttttgagtttctcttggtcttacaaggcttaccccacactttttgggtgtaagacagaaagactgcagcttcagcttagtaagcgaaacattttaaaaa 42918278  T
Q  1109 tatcataccttaccaagaaaggacagcaggcacatgtagcagaagggagttcacacaaccattaccttagatatatgatattgtaaaagagttcattaca 1208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42918277 tatcataccttaccaagaaaggacagcaggcacatgtagcagaagggagttcacacaaccattaccttagatatatgatattgtaaaagagttcattaca 42918178  T
Q  1209 actagcccgtaaatatatccatgacttctagtcgttacacatgctataatcgaaaagacactattagagaccttaaaatctttgatcatagttgtatatc 1308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42918177 actagcccgtaaatatatccatgacttctagtcgttacacatgctataatcgaaaagacactattagagaccttaaaatctttgatcatagttgtatatc 42918078  T
Q  1309 tttcttgaagcccattgcaccaacttaaaattaacatagcagcaaagacaccaagtaggttcattt 1374  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42918077 tttcttgaagcccattgcaccaacttaaaattaacatagcagcaaagacaccaagtaggttcattt 42918012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 140; Significance: 1e-72; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 79 - 445
Target Start/End: Original strand, 33963809 - 33964176
Alignment:
Q  79 tgactcaccaatgtgactccttctttggacagttcctctagagcttcccgatcaaaaactttaccatctaatggcgtttcatcaatctgttgaatcagca 178  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||| | | ||||||||||||||||| || || | ||| || || |||||||| ||||||| |     
T  33963809 tgacttaccaatgttactccttctttagagagttcctctaaaccctcccgatcaaaaactttcccgtcaagtggtgtctcgtcaatctgatgaatcaacc 33963908  T
Q  179 tgttgagcaacaggagattcacggttgacggaaggtacaatacattgagaaacaaaa-taaaattctaaccttccaatccccagtgtgaagaatagtacc 277  Q
    | || |||||||||||||||| |||  | | ||||||||||||| ||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33963909 ttttcagcaacaggagattcaaggtaaatgaaaggtacaatacactgagaattaaaagtaaaattctaaccttccaatccccagtgtgaagaatagtccc 33964008  T
Q  278 atcagaacagcgaagaactaatccacagcaatccggaatagaatggttcactgtaataggctctatctcaaatggcccagctacaaacttcttccttgtt 377  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| || || |||||||| ||  ||||  | || || ||||| |||||||||||||| |||||||| ||| |||||    
T  33964009 atcagaacaacgaagaactagtccacaacagtcgggaatagagtgagtcaccctgattggttctatttcaaatggcccagcgacaaacttgttctttgtt 33964108  T
Q  378 ctaaatacttttaatcgggatggaacaaaaataccatgatccttcaaatgttttcttataagctgtta 445  Q
    ||||||| ||| | ||  |||||||  ||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  33964109 ctaaatattttgagtctagatggaaggaaaataccatgctccttcaaacgtttttttataagctgtta 33964176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 705 - 775
Target Start/End: Original strand, 33964410 - 33964480
Alignment:
Q  705 tacctccattgtaaacgatgacgcaaaaactggtgtttgagaatccaacattgggatgacctgatgaacca 775  Q
    ||||||||||||||| || || ||||||| |||||| |  ||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  33964410 tacctccattgtaaaggaagatgcaaaaattggtgtattggaatccaatgctgggatgacctgatgaacca 33964480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 36; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 1261 - 1324
Target Start/End: Original strand, 18034448 - 18034510
Alignment:
Q  1261 aaaagacactattagagaccttaaaatctttgatcatagttgtatatctttcttgaagcccatt 1324  Q
    |||||||| |||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18034448 aaaagacattattagagac-ttaatctatttgatcatagttgtatatcattcttgaagcccatt 18034510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University