View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6533_high_2 (Length: 911)

Name: NF6533_high_2
Description: NF6533
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6533_high_2
NF6533_high_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (10-911)||(21396135-21397037)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 859; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 859; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 911
Target Start/End: Complemental strand, 21397037 - 21396135
Alignment:
Q  10 catcatcaatcatatttcaattttttctactacaataaatgccaagttaggggagatctagttttggggtgtcggtggtgaatgcgttattattgtcatt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21397037 catcatcaatcatatttcaattttttctactacaataaatgccaagttaggggagatctagttttggggtgtcggtggtgaatgcgttattattgtcatt 21396938  T
Q  110 cataataattattaacttcctgaatcttggtcatttaataagttcatgggggtctcatagatgtgtcagatagcagctgctataccagccaaaatatatc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21396937 cataataattattaacttcctgaatcttggtcatttaataagttcatgggggtctcatagatgtgtcagatagcagctgctataccagccaaaatatatc 21396838  T
Q  210 tagaaaatgttatggttaaaccagagatgcattgtgcttgtagacaggctgtagaaactacaaaggtagcacattcatgtggcttaccccaccttgttgg 309  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21396837 tagaaaatgctatggttaaaccagagatgcattgtgcttgtagacaggctgtagaaactacaaaggtagcacattcatgtggcttaccccaccttgttgg 21396738  T
Q  310 gtgatgtgggatagagaactgcatgaattcctaatagtctgggtttatgaattctgtttttggttctttcaggtaagtgatcaagagacccaaggtaatc 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21396737 gtgatgtgggatagagaactgcatgaattcctaatagtctgggtttatgaattctgtttttggttctttcaggtaagtgatcaagagacccaaggtaatc 21396638  T
Q  410 agtaacccacaattttgtttttcacctactaaattttttagatgttatacttataatgaaaatatttattgtatgtctttaacttttactcttaaattac 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21396637 agtaacccacaattttgtttttcacctactaatttttttagatgttatacttctaatgaaaatatttattgtatgtctttaactattactcttaaattac 21396538  T
Q  510 ccttttgtctactggatagtgattactaattttgattttcatcaagcagtaaacaaacaccctgtaacgtgtaagatttatggatgcaattgaaatgaag 609  Q
    |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21396537 ccttttgtctactgaagagtggttactaattttgattttcatcaagcagtaaacaaacaccctgtaacgtgtaagatttatggatgcaattgaaatgaag 21396438  T
Q  610 ttaaagtctaattagaaatgtatgtgggaggtata-aaaagacaaacaagggataactagcataattctaaaaacatcatgaggatcttgaagttcatgc 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21396437 ttaaagtctaattagaaatgtatgtgggaggtataaaaaagacaaacaagggataactagcataattctaaaaacatcatgaggatcttgaagttcatgc 21396338  T
Q  709 aaaaacaactaccctgaatactgaaatgtgtcccctggccataattaagcttagattgagtagaaagggtagctcatattaaaaaattagaaaaggtgat 808  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21396337 aaaaacaactaccctgaatactgaaatgtgtcccctagccataattaagcttagattgagtagaaagggtagctcatattaaaaaattagaaaaggtgat 21396238  T
Q  809 aataaacaaagacccaataattataatttattgtataaatttcgtaaaccaaagaaacatgggagaaagtaactttcaccaaatctccgccaagacatgt 908  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21396237 gataaacaaagacccaataattataatttattgtataaatttcgtaaaccaaagaaacatgggagaaagtaactttcaccaaatctccgccaagacatgt 21396138  T
Q  909 gtt 911  Q
    |||    
T  21396137 gtt 21396135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University