View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6533_low_18 (Length: 454)

Name: NF6533_low_18
Description: NF6533
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6533_low_18
NF6533_low_18
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (20-451)||(7636235-7636666)
chr1 (20-451)||(7629452-7629883)
chr1 (20-451)||(7623143-7623574)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 420; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 7636666 - 7636235
Alignment:
Q  20 aaaagttgtcgcaatatggtggtgatgaaaaaggtgcgaacttgagtgaaatattgatgtctctcacaaatacaattatatgtaagatagcttttggaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7636666 aaaagttgtcgcaatatggtggtgatgaaaaaggtgcgaacttgagtgaaatattgatgtctctcacaaatacaattatatgtaagatagcttttggaaa 7636567  T
Q  120 aacatatgtttgtgattatgaagaagaagttgaattgggaagtggacaaaggagaagtagattgcaagttttgcttaatgaagctcaagctttgttggct 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7636566 aacatatgtttgtgattatgaagaagaagttgaattgggaagtggacaaaagagaagtagattgcaagttttgcttaatgaagctcaagctttgttggct 7636467  T
Q  220 gaattttacttttcagataattttccattgttgggttggattgatagagtcaaaggaactcttgggaggcttgataaaacattcaaggagttggatttga 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7636466 gaattttacttttcagataattttccattgttgggttggattgatagagtcaaaggaactcttgggaggcttgataaaacattcaaggagttggatttga 7636367  T
Q  320 tataccaaagagttattgatgaccacatggataattcagcaaggcctaaaactaaggaacaagaagtagatgatattattgataccttattgcagatgat 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7636366 tataccaaagagttattgatgaccacatggataattcagcaaggcctaaaactaaggaacaagaagtagatgatattattgatatcttattgcagatgat 7636267  T
Q  420 gaatgatcactcactctcttttcatctcactc 451  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7636266 gaatgatcactcactctcttttgatctcactc 7636235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 7629883 - 7629452
Alignment:
Q  20 aaaagttgtcgcaatatggtggtgatgaaaaaggtgcgaacttgagtgaaatattgatgtctctcacaaatacaattatatgtaagatagcttttggaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7629883 aaaagttgtcgcaatatggtggtgatgaaaaaggtgcgaacttgagtgaaatattgatgtctctcacaaatacaattatatgtaagatagcttttgggaa 7629784  T
Q  120 aacatatgtttgtgattatgaagaagaagttgaattgggaagtggacaaaggagaagtagattgcaagttttgcttaatgaagctcaagctttgttggct 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7629783 aacatatgtttgtgattatgaagaaggagttgaattgggaagtggacaaaggagaagtagattgcaagttttgcttaatgaagctcaagctttgttggct 7629684  T
Q  220 gaattttacttttcagataattttccattgttgggttggattgatagagtcaaaggaactcttgggaggcttgataaaacattcaaggagttggatttga 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7629683 gaattttacttttcagataattttccattgtttggttggattgatagagtcaaaggaacacttgggaggcttgataaaacgttcaaggagttggatttga 7629584  T
Q  320 tataccaaagagttattgatgaccacatggataattcagcaaggcctaaaactaaggaacaagaagtagatgatattattgataccttattgcagatgat 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||    
T  7629583 tataccaaagagttattgatgaccacatggattattcagcaaggcctaaaactaaggaacaagaagtagatgatattattgatatcttattacaaatgat 7629484  T
Q  420 gaatgatcactcactctcttttcatctcactc 451  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  7629483 gaatgatcattcactctcttttgatctcactc 7629452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 20 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 7623574 - 7623143
Alignment:
Q  20 aaaagttgtcgcaatatggtggtgatgaaaaaggtgcgaacttgagtgaaatattgatgtctctcacaaatacaattatatgtaagatagcttttggaaa 119  Q
    ||||| |||| || |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7623574 aaaagctgtcacagtatgatggtgatgaaaaaggtgtaaacttgagtgaaatattgatatctttcacaaatgcaattatatgtaagatagcttttgggaa 7623475  T
Q  120 aacatatgtttgtgattatgaagaagaagttgaattgggaagtggacaaaggagaagtagattgcaagttttgcttaatgaagctcaagctttgttggct 219  Q
    || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||  ||    
T  7623474 aaaatatgtttttgattatgaggaagaagttgaattgggaagtggagaaagaagaagtagattgcaagttttgcttaatgaagcacaggctttgttaact 7623375  T
Q  220 gaattttacttttcagataattttccattgttgggttggattgatagagtcaaaggaactcttgggaggcttgataaaacattcaaggagttggatttga 319  Q
    || ||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  7623374 gagttttacttttctgatcattttccattgttaggttgggttgatagaatcaaaggaactcttgggaggcttgataaaaagttcaaggagttggatttga 7623275  T
Q  320 tataccaaagagttattgatgaccacatggataattcagcaaggcctaaaactaaggaacaagaagtagatgatattattgataccttattgcagatgat 419  Q
    ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||| |  ||||| |||||||  || |||||||||||    
T  7623274 tataccaacaagtcattgatgaccacatggataattcaacaaagcctaaaaccaaggagcaagaagttgcagatatcattgatatatttttgcagatgat 7623175  T
Q  420 gaatgatcactcactctcttttcatctcactc 451  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| ||||    
T  7623174 gaatgataactcactctcttttgatcttactc 7623143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University