View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6536_low_2 (Length: 744)

Name: NF6536_low_2
Description: NF6536
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6536_low_2
NF6536_low_2
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (1-619)||(1868232-1868850)
chr1 (1-617)||(1842625-1843241)
chr1 (1-561)||(1856695-1857252)
chr1 (1-576)||(1815792-1816364)
chr1 (1-582)||(9155702-9156283)
chr1 (5-614)||(9161618-9162227)
chr1 (1-582)||(9218523-9219104)
chr1 (8-582)||(9229415-9229989)
chr1 (1-561)||(9170440-9171000)
chr1 (2-561)||(9200008-9200567)
chr1 (1-561)||(9118278-9118838)
chr1 (686-734)||(1842532-1842580)
chr1 (686-734)||(1868117-1868165)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (392-576)||(37567622-37567806)
chr7 (264-390)||(37572123-37572246)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (347-450)||(40568360-40568463)
chr3 (347-451)||(40591265-40591369)
chr3 (335-423)||(40597775-40597863)
chr3 (335-450)||(40572961-40573076)
chr3 (335-450)||(40579418-40579533)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (362-450)||(2015288-2015376)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 535; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 535; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 1868850 - 1868232
Alignment:
Q  1 tactccaaagctatatacatcacttttctcagttaattggcttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctact 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  1868850 tactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctatt 1868751  T
Q  101 tcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  1868750 tcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgatactttggcggtgttggttctatctaagagaatgttatcactcttgacatctctat 1868651  T
Q  201 ggataataggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcacctt 300  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1868650 ggatgatgggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcacctt 1868551  T
Q  301 attaccttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttg 400  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1868550 attactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttg 1868451  T
Q  401 accacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattgatgaattgattgatttggcttctatctattatttttgactttttgatagcaacaa 500  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  1868450 acaacattcctatgatttatttgagagagaacaaccacctcattaatgaattgatcgatttggcttctatctattatttttgattttttgatagcaacga 1868351  T
Q  501 ttcttttatcatctagaaatcctttgaaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaaattctcgtcaaagtttttggttgccttgtttagctgatc 600  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1868350 ttcttttatcatctagaagtcctttgaaaacggtaccaaaaccacctttgccaatgattaaattctcgtcgaagtttttggttgccttgtttagctgatc 1868251  T
Q  601 ttgtgtgaatattttagca 619  Q
    |||||||||||||||||||    
T  1868250 ttgtgtgaatattttagca 1868232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 1843241 - 1842625
Alignment:
Q  1 tactccaaagctatatacatcacttttctcagttaattggcttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctact 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  1843241 tactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctatt 1843142  T
Q  101 tcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctgt 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  1843141 tcagtttgatcaattggaaccaatcttgaagctccaaaatctgatactttggctgtgttggttctatctaagagaatgttatcactcttgacatctctat 1843042  T
Q  201 ggataataggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcacctt 300  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1843041 ggattattggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagtttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcacctt 1842942  T
Q  301 attaccttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttg 400  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1842941 attactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttg 1842842  T
Q  401 accacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattgatgaattgattgatttggcttctatctattatttttgactttttgatagcaacaa 500  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  1842841 acaacattcctatgatttatttgagagagaataattacctcattaatgaattgattgatttggcttctatctattatttttgattttttgatagcaacga 1842742  T
Q  501 ttcttttatcatctagaaatcctttgaaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaaattctcgtcaaagtttttggttgccttgtttagctgatc 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  1842741 ttcttttatcatctagaaatcctttgtaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaaattctcgtcaaagtctttggtggccttgtttagctgatc 1842642  T
Q  601 ttgtgtgaatattttag 617  Q
    |||||||||||||||||    
T  1842641 ttgtgtgaatattttag 1842625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 1857252 - 1856695
Alignment:
Q  1 tactccaaagctatatacatcacttttctcagttaattggcttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctact 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  1857252 tactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctatt 1857153  T
Q  101 tcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  1857152 tcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctat 1857053  T
Q  201 ggataataggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcacctt 300  Q
    |||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  || |||   | |    
T  1857052 ggatgatgggtgttgaggcatatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcatt---cgt 1856956  T
Q  301 attaccttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttg 400  Q
     ||||||| |||||| |||||  ||||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||    
T  1856955 cttaccttttgtgtgaataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttg 1856856  T
Q  401 accacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattgatgaattgattgatttggcttctatctattatttttgactttttgatagcaacaa 500  Q
    |||||||| || |||||||||||||||| |||| | |||||||| |||||||| |  ||||||||| | |||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  1856855 accacatttctgtgatttatttgagagacaacatccacctcattaatgaattgttcaatttggcttttgtctattgttttagactttttgatagcaacaa 1856756  T
Q  501 ttcttttatcatctagaaatcctttgaaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaa 561  Q
    |||| |||||||| ||    |||||| |||| ||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  1856755 ttctattatcatcaagttcccctttgtaaactgtaccaaaacctcctttacctatgattaa 1856695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 1 - 576
Target Start/End: Original strand, 1815792 - 1816364
Alignment:
Q  1 tactccaaagctatatacatcacttttctcagttaattggcttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1815792 tactccaaagctatatacatcacttttctcagttaattggcttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctact 1815891  T
Q  101 tcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctgt 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  1815892 tcagtttgatcaagtggaatcaaccttgatgctccaaaatctgacactttagcggtgttggttccatctaagagaatgttagcactcttgacatctctat 1815991  T
Q  201 ggataataggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcacctt 300  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||| |||||||||| |||| ||||||||||  | |||||| |||||||||||||||| ||   ||  ||   | |    
T  1815992 ggataatgggtattgaggcagctgaatgcagatatgacagagctccagctacctcaacagctatcctaagacgagttttccaagtaagatcgtt---cgt 1816088  T
Q  301 attaccttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttg 400  Q
     |||||||||||| | | |||  ||||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  1816089 cttaccttgtgtgcgaagaaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccccaagagtttg 1816188  T
Q  401 accacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattgatgaattgattgatttggcttctatctattatttttgactttttgatagcaacaa 500  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||| | ||||| || |||||||| |  |||||||||   |||||| |||| |||||||||||||| ||||    
T  1816189 accacattcctgtgatttatttgagagacaacatccacctcgttaatgaattgttcaatttggctttcgtctattgttttggactttttgatagccacaa 1816288  T
Q  501 ttcttttatcatctagaaatcctttgaaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaaattctcgtcaaagtt 576  Q
    |||| |||||||| ||    ||||||||||| ||||||||||| ||| | || ||||||||  |||| ||||||||    
T  1816289 ttctattatcatcaagttcccctttgaaaactgtaccaaaacctcctctacctatgattaagctctcatcaaagtt 1816364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 582
Target Start/End: Original strand, 9155702 - 9156283
Alignment:
Q  1 tactccaaagctatatacatcacttttctcagttaattggcttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctact 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    |||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||| |||||||| ||||      
T  9155702 tactccaaagctatagacatcacttttctcggttaattgatgagtttgcatatactctggatctaggtatccaagagttccttgaaccattgttgctatc 9155801  T
Q  101 tcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctgt 200  Q
    || ||||||||||||||||| || || |||||||||||||| || ||||| || ||||   |  |||| |||||||||||   ||| ||||||||||| |    
T  9155802 tcggtttgatcaagtggaactaacctcgaagctccaaaatcggaaactttcgctgtgtaattgtcatccaagagaatgttggtacttttgacatctctat 9155901  T
Q  201 ggataataggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcacctt 300  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| || |||||| | |||  |||||| |||||||| | ||| ||||||||||||  ||| ||    ||    
T  9155902 ggataatcggtattgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccggctgtctctgctgctatctttaaacgggttttccatgttggattgtttgtttt 9156001  T
Q  301 attacctt-gt-gtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtt 398  Q
    ||  | || ||  | ||||| ||| || |||| || |||||| |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9156002 at--ctttagtactatgtatgaaatcaaaaagtgtaccattgctaacgaattcataaaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacatcccaagagtt 9156099  T
Q  399 tgaccacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattgatgaattgattgatttggcttctatctattatttttgactttttgatagcaac 498  Q
    |||| ||||| || ||||||||||| || || |||||||||||||| || || || | ||||||  ||  ||||||||||||||| ||||| | ||||||    
T  9156100 tgacaacatttctgtgatttatttgggataggacaactacctcattaataaactgctcgatttgatttgcatctattatttttgatttttttacagcaac 9156199  T
Q  499 aattcttttatcatctagaaatcctttgaaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaaattctcgtcaaagtttttggt 582  Q
     ||| | || ||   || || |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| || || ||  ||||||||||    
T  9156200 gattttgttgtcgggtaaaactcctttgaaaactgtaccaaaacctcctctgccaatgattaagttttcatcgtagtttttggt 9156283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 5 - 614
Target Start/End: Original strand, 9161618 - 9162227
Alignment:
Q  5 ccaaagctatatacatcacttttctcagttaattggcttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcag 104  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||| |||   ||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||  || |    
T  9161618 ccaaagctataaacatcacttttctctgttagttgatgtgtttgcatatactccggatctaagtaaccaagagttccttgtaccattgttgctatctcgg 9161717  T
Q  105 tttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctgtggat 204  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||  |||   |  ||||||||||||||||   |||||| |||||||| |||||    
T  9161718 tttgatcaagtggaaccaacctcgaagctccaaaatcagaaacttttgcattgtaattgtcatctaagagaatgttggtactcttaacatctctatggat 9161817  T
Q  205 aataggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttatta 304  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||| ||| || |||||| | |||  |||||| |||||||| | ||| ||||||||||||  ||| ||  | ||||      
T  9161818 aataggtattgatgcagatgaatgtaaatacgataaagctccggctgtctctgctgctatctttaaacgtgttttccatgttggattgtttgctttat-- 9161915  T
Q  305 ccttgtgtgt---gtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttga 401  Q
     |||  || |   |||| ||| |  |||| || |||||| |||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9161916 -ctttagtattatgtatgaaatcgaaaagtgtaccattgctaacgaattcatacaccaacgaaggaacttctgtctctaaacaacatcccaagagtttga 9162014  T
Q  402 ccacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattgatgaattgattgatttggcttctatctattatttttgactttttgatagcaacaat 501  Q
    | ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| || |  |||||  ||  |||||||||||| || ||||||| ||| || ||    
T  9162015 caacatttctatgatttatttgggacagaacaactacctcgttaatgaactgctcaatttgatttgcatctattattttggattttttgacagcgacgat 9162114  T
Q  502 tcttttatcatctagaaatcctttgaaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaaattctcgtcaaagtttttggttgccttgtttagctgatct 601  Q
    | | |||||   ||  | |||||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||  | || ||  |||||||||| || || ||||| |  |||    
T  9162115 tttgttatctggtaagactcctttgaaaactgtaccaaaacctcctctgccgatgattaagctatcatcgtagtttttggtggctttctttagttcctct 9162214  T
Q  602 tgtgtgaatattt 614  Q
    | |||||||||||    
T  9162215 tctgtgaatattt 9162227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 582
Target Start/End: Original strand, 9218523 - 9219104
Alignment:
Q  1 tactccaaagctatatacatcacttttctcagttaattggcttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctact 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||      
T  9218523 tactccaaagctatacacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgtaccattgtcgctatc 9218622  T
Q  101 tcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctgt 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||| || ||||   |  |||| |||||||||||   |||||| |||||||| |    
T  9218623 tcggtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctat 9218722  T
Q  201 ggataataggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcacctt 300  Q
    ||||||| || ||||| |||  ||||||||||||||| |||||  |||||  |||||| |||||| | | ||| |||||||||| |  ||| ||  | ||    
T  9218723 ggataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgataaagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgcttt 9218822  T
Q  301 a---ttaccttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagt 397  Q
    |   ||||  |   | ||||| ||| || |||| || || ||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || |||    
T  9218823 atctttacaat---tttgtatgaaatcaaaaagtgttccgttgctaacaaattcatacaccaacgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagt 9218919  T
Q  398 ttgaccacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattgatgaattgattgatttggcttctatctattatttttgactttttgatagcaa 497  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||  ||   ||||||||||| |||||||||| ||| |    
T  9218920 ttgacaacgttcctatgatttatttgggacagaacaactacctcattaatgaattgctcgatctgatttgcgtctattattttggactttttgacagcga 9219019  T
Q  498 caattcttttatcatctagaaatcctttgaaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaaattctcgtcaaagtttttggt 582  Q
    ||||| | |||||    | || |||||||||||| ||||||||||| ||| | || ||||||||  | |||||  ||||||||||    
T  9219020 caattttgttatcgggcaaaattcctttgaaaactgtaccaaaacctcctctaccgatgattaagctttcgtcgtagtttttggt 9219104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 8 - 582
Target Start/End: Original strand, 9229415 - 9229989
Alignment:
Q  8 aagctatatacatcacttttctcagttaattggcttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagttt 107  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||| |||||||| || ||||||| ||||||||| ||||  |||||||    ||| |    
T  9229415 aagctataaacatcacttttctctgttagttggtgtgtttgcatatattctggatctaaatagccaagagttccttgtaccacagtggctatcatagtat 9229514  T
Q  108 gatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctgtggataat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||   |  |||| |||||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||    
T  9229515 gatcaagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataat 9229614  T
Q  208 aggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttattacct 307  Q
     ||||  || ||| |||||||||||||||| |||||| | ||||  || || |||||| | | ||| ||||||||| || |||||||  |||| | |       
T  9229615 tggtaaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgctatccttaaacgcgttttccatattgcattattttccttttcaata 9229714  T
Q  308 tgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgaccacat 407  Q
       ||||| || ||| |  ||||||| |||||| ||| |||||||||||| |  |||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||    
T  9229715 ctagtgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacat 9229814  T
Q  408 tcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattgatgaattgattgatttggcttctatctattatttttgactttttgatagcaacaattctttt 507  Q
    | |||||||||||||| || | |||||| |||||||| |||||||| |  | |||| |   ||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||    
T  9229815 ttctatgatttatttgggacaaaacaaccacctcatttatgaattgctctacttgggtggcatccattattttggacttcttgattgcaacaatcctgtt 9229914  T
Q  508 atcatctagaaatcctttgaaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaaattctcgtcaaagtttttggt 582  Q
     ||  |||||| ||||||| |||| ||||| ||||| ||| ||||||| |||||| |||| ||| |||| |||||    
T  9229915 gtctgctagaattcctttgtaaaccgtaccgaaacctcctctgccaattattaaactctcctcatagttgttggt 9229989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 561
Target Start/End: Original strand, 9170440 - 9171000
Alignment:
Q  1 tactccaaagctatatacatcacttttctcagttaattggcttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctact 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||    ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||      
T  9170440 tactccaaagctataaacatcacttttttcggttaatttatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttgctatc 9170539  T
Q  101 tcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctgt 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||| ||||   |  |||| |||||||||||   |||||| |||||||| |    
T  9170540 tctgtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctat 9170639  T
Q  201 ggataataggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagcttcagctacctctgcggctat-cttaagacgagttttccatgtttcattattcacct 299  Q
    ||||||| || ||||| ||| ||||||||||||| || |||||| |||||  |||||| ||||| |||||| || ||||||||||||  ||||||    |    
T  9170640 ggataattggaattgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttaag-cgggttttccatgttggattatttgttt 9170738  T
Q  300 tattacctt-gtg-tgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagt 397  Q
    |||  | || ||| | ||||| ||| |  |||| || || ||| |||||||||| || |||||  |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||    
T  9170739 tat--ctttagtgctttgtatgaaatcgaaaagtgtaccgttgctaacaaattcgtacaccaatgaaggaacttctgtctctagacaacaccctaggagt 9170836  T
Q  398 ttgaccacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattgatgaattgattgatttggcttctatctattatttttgactttttgatagcaa 497  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||| |  |||||  ||   || |||||||| || ||||| | ||| |    
T  9170837 ttgacaacattcctatgatttatttgggtcagaacaactacctcattaatgaattgctcaatttgatttgcgtcaattattttggatttttttacagcga 9170936  T
Q  498 caattcttttatcatctagaaatcctttgaaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaa 561  Q
    | ||| | || |||  || || ||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  9170937 cgattttgttgtcaggtaaaactcctttgtaaactgtaccaaaacctcctctgccaatgattaa 9171000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 2 - 561
Target Start/End: Original strand, 9200008 - 9200567
Alignment:
Q  2 actccaaagctatatacatcacttttctcagttaattggcttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctactt 101  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||   ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||  |    
T  9200008 actccaaagctataaacatcacttttctcggttagttgatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttgctatct 9200107  T
Q  102 cagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctgtg 201  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||   |  |||| |||||||||||   |||||| |||||||||||    
T  9200108 ctgtttgatcaagtggaaccaatctggaagctccaaagtcagaaacttttgcggtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctgtg 9200207  T
Q  202 gataataggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcacctta 301  Q
    |||||| || ||||| |||  ||||||||||||||| |||||| |||||  ||| || |||||| | | ||| ||||||||||||  ||||||    |||    
T  9200208 gataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgataaagctccagctgtctccgctgctatccttaaacgtgttttccatgttggattatttgtttta 9200307  T
Q  302 ttacctt-gtg-tgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagttt 399  Q
    |  | || ||| | ||||| ||| |  |||| || || ||| |||||||||| || || ||  |||||||||||||||||| |||||| || | ||||||    
T  9200308 t--ctttagtgctttgtatgaaatcgaaaagtgtaccgttgctaacaaattcgtacactaatgaaggaacttctgtctctagacaacagcctaggagttt 9200405  T
Q  400 gaccacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattgatgaattgattgatttggcttctatctattatttttgactttttgatagcaaca 499  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||| |  |||||  ||   || |||||||| || ||||| | ||| |||    
T  9200406 gacaacattcctatgatttatttgggtcagaacaactacctcattaatgaattgctcaatttgatttgcgtcaattattttggatttttttacagcgaca 9200505  T
Q  500 attcttttatcatctagaaatcctttgaaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaa 561  Q
    ||| | ||||||  || || ||||||| |||| ||||||||||| ||| | || ||||||||    
T  9200506 attttgttatcaggtaaaactcctttgtaaactgtaccaaaacctcctctaccgatgattaa 9200567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 9118838 - 9118278
Alignment:
Q  1 tactccaaagctatatacatcacttttctcagttaattggcttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctact 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    |||||||| |||||||| || ||||| ||||  |||||||| |||| ||| ||||      
T  9118838 tactccaaagctataaacatcacttttctcggttaattgatgcgtttgcatgtactctgggtctaagtatccaagtgttccttgtaccactgttgctatc 9118739  T
Q  101 tcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatctgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctgt 200  Q
    || ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| || ||||| || ||||   |  |||| |||||||||||   |||||| |||||||| |    
T  9118738 tcggtttgatcaagtggaaccaatttggaagctccgaaatcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctat 9118639  T
Q  201 ggataataggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcacctt 300  Q
    ||||||| || | ||| ||| ||||||||||||| || |||||| |||||  |||||| |||||| | ||||| |||| |||| ||  |||||| |  ||    
T  9118638 ggataattggaaatgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgtttcccatcttggattatttatttt 9118539  T
Q  301 attaccttgtgtgt-gtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagttt 399  Q
    ||| | | || | | |||| ||| |  |||| || || | | |||| |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  9118538 att-cttagtattttgtatgaaatcgaaaagtgtaccgtggctaacgaattcatagaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagttt 9118440  T
Q  400 gaccacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattgatgaattgattgatttggcttctatctattatttttgactttttgatagcaaca 499  Q
    ||| |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| |||||||| | ||||||  ||   ||||||||| | |||||||||| ||| ||     
T  9118439 gacaacattcctatgatttatttgggacagaataactacctcattaatgaattgctcgatttgatttgcgtctattattctggactttttgacagccacg 9118340  T
Q  500 attcttttatcatctagaaatcctttgaaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaa 561  Q
    ||||| |||||   || || |||||||||||  ||||| ||||| ||| | |||||||||||    
T  9118339 attctgttatcgggtaaaactcctttgaaaattgtaccgaaacctcctcttccaatgattaa 9118278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 686 - 734
Target Start/End: Complemental strand, 1842580 - 1842532
Alignment:
Q  686 aaaatcaaaccaccattctgctcaaagaatttctctttcattttgatga 734  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1842580 aaaatcagaccaccattctgctcaaagaatttctctttcattttgatga 1842532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 686 - 734
Target Start/End: Complemental strand, 1868165 - 1868117
Alignment:
Q  686 aaaatcaaaccaccattctgctcaaagaatttctctttcattttgatga 734  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  1868165 aaaatcaaaccaccattctgttcgaagaatttctctttcattttgatga 1868117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 392 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 37567806 - 37567622
Alignment:
Q  392 aagagtttgaccacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattgatgaattgattgatttggcttctatctattatttttgactttttga 491  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   | |||||||| |||||||| |   ||||||||  ||||||| |||| || |||||||    
T  37567806 aagagtttgaccacattcctatgatttatttgagagacaatgtccacctcattaatgaattgttcattttggctttcatctattgttttggattttttga 37567707  T
Q  492 tagcaacaattcttttatcatctagaaatcctttgaaaacagtaccaaaaccacctttgccaatgattaaattctcgtcaaagtt 576  Q
    |||||||| |||| |||||||||||    ||||||||||| ||||||||||| ||| | || ||| |||| ||||| ||||||||    
T  37567706 tagcaacagttctattatcatctagtttccctttgaaaactgtaccaaaacctcctctacctatggttaagttctcatcaaagtt 37567622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 264 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 37572246 - 37572123
Alignment:
Q  264 tcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttattaccttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaa 363  Q
    ||||||||||||||||| | |||  || |||||   | ||||||||||||||||||||  ||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||      
T  37572246 tcttaagacgagttttctaagttggatcattca---tcttaccttgtgtgtgtataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaaccg 37572150  T
Q  364 aggaacttctgtctctaaacaacaccc 390  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||    
T  37572149 aggaacttctgtttctagacaacaccc 37572123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 48; Significance: 5e-18; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 347 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 40568463 - 40568360
Alignment:
Q  347 aattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgaccacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattga 446  Q
    ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||| || ||||| || ||||| || || |||||||    
T  40568463 aattcataaacaagcaagggaacttctgtctctaaacaacaacccaagagctttaccacatttctatggttgatttgggaaagaacgaccacttcattga 40568364  T
Q  447 tgaa 450  Q
    ||||    
T  40568363 tgaa 40568360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 347 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 40591369 - 40591265
Alignment:
Q  347 aattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgaccacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattga 446  Q
    ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | | | |||||||| ||||| || |||||||| ||||| || || |||||||    
T  40591369 aattcataaacaagcaatggaacttctgtctctaaacaacaacccaaaattcttaccacatttctatggttgatttgagaaagaacgaccacttcattga 40591270  T
Q  447 tgaat 451  Q
    |||||    
T  40591269 tgaat 40591265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 335 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 40597863 - 40597775
Alignment:
Q  335 ccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgaccacattcctatgatttatttg 423  Q
    ||||||| || |||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||| || |  ||||| |||||||||||||| || |||||    
T  40597863 ccattgggaataaattcataaacaagcaatggaacttctgtttctaaacaacaacctacaagttttaccacattcctatggttgatttg 40597775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 335 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 40573076 - 40572961
Alignment:
Q  335 ccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgaccacattcctatgatttatttgagagagaacaa 434  Q
    ||||||| || ||||||||| || |  || ||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||| ||||| || ||||| || || || |    
T  40573076 ccattgggaataaattcatacacaactaagggaacttctgtctctaaacaacagcccaagatctttaccacatttctatggttgatttgggaaagtacga 40572977  T
Q  435 ctacctcattgatgaa 450  Q
    | || |||||||||||    
T  40572976 ccacttcattgatgaa 40572961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 335 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 40579533 - 40579418
Alignment:
Q  335 ccattggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgaccacattcctatgatttatttgagagagaacaa 434  Q
    ||||||| || |||||| ||||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||||| |  || |||||||| |||||||| ||||| || ||||  |    
T  40579533 ccattgggaataaattcgtaaacaagtaacggaacttctgtctctaaacaacaacccaaaatctttaccacatttctatgattgatttgggaaagaatga 40579434  T
Q  435 ctacctcattgatgaa 450  Q
    | || |||||||||||    
T  40579433 ccacttcattgatgaa 40579418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000007; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 362 - 450
Target Start/End: Original strand, 2015288 - 2015376
Alignment:
Q  362 aaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgaccacattcctatgatttatttgagagagaacaactacctcattgatgaa 450  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||| || ||||| || || ||||  || |||||||||||    
T  2015288 aaaggaacttctgtctctaaacaacaacccaagagctttaccacatttctatggttgatttgtgaaagcacaatcacttcattgatgaa 2015376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University