View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6537_low_2 (Length: 817)

Name: NF6537_low_2
Description: NF6537
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6537_low_2
NF6537_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-807)||(33717358-33718137)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 639; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 639; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 807
Target Start/End: Original strand, 33717358 - 33718137
Alignment:
Q  19 taatattaaaccaaccacatttcttttccttcaattttccattttgttgtttaatcttgatacatagtcaacaatcacaatcatctatctatttgacttg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33717358 taatattaaaccaaccacatttcttttccttcaattttccattttgttgtttaatcttgatacatagtcaacaatcacaatcatcgatctatttgacttg 33717457  T
Q  119 agaagtaattttgaataaagtaaagcagttttaataatctaatgattactattgataaaccataatctttacagtaagcgtaagtgtatatgaactaatt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33717458 agaagtaattttgaataaagtaaagcagttttaataatctaatgattactattgataaaccataatctttacagtaagcgtaagtgtatatgaactaatt 33717557  T
Q  219 gtgattctgtgcaaaacatgtgtaaattctttgaaatagtctatgttagttacattttataatttgtttacattgtgtgtggatccattactatttgtgg 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||    
T  33717558 gtgattctgtgcaaaacatgtgtaaattctttgaaatagtctatgttagttacattttataatttgtttacat--tttgtggatccattactatttgtgg 33717655  T
Q  319 gttgaaatatgaatttgaggagttgatggcgaagttataaaagatgacacgttgaaaaacttgcttatttgatgtactc--tgtgtttaatgtaatgaat 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  33717656 gttgaaatatgaatttgaggagttgatggggaagttataaaagatgacacgtggaaaaacttgcttatttgatgtactctatgtgtttaatgtaatgaat 33717755  T
Q  417 ataatgatagtgattaatcaaattcatcatatagtactttttcttgaaacatatatttaccagttttagaatatgttacaaggaaaaaacttgtatatat 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33717756 ataatgatagtgattaatcaaattcatcatagagtactttttcttgaaacatatatttaccagttttagaatatgttacaaggaaaaaacttgtatatat 33717855  T
Q  517 gatgagctctgtg-tttatataacgatatattgacatatttctaataataaaaagttacaaaagtgattcttgtatcggataccgagtttttgaaagnnn 615  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||        
T  33717856 gatgagctctgtgttttatataacgatgtattgacatatttttaataataaaaagttacaaaagtgattcttgtatcggataccgagtttataaaa---- 33717951  T
Q  616 nnnnnnnnnnnntttacaaaagttatttaactctagtaggtggaaaatgtatgatgatgattaaatcctttttcaaatttaaggatgtttccaaatctta 715  Q
                 |||||||||||||||||||||  |   |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33717952 ---aaaagaaaagttacaaaagttatttaactctttt---tggttaatgtatgatgatgattaaatcctttttcaaatttaaggatgtttccaaatctta 33718045  T
Q  716 tcatttattactctagtttgtatcatcaacatgcttatattgatgaatgatagtttttatttttaacaaatgactatgcagtttgatgatgt 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33718046 tcatttattactctagtttgtatcatcaacatgcttatattgatgaatgatagtttttatttttaacaaatgactatgcagtttgatgatgt 33718137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University