View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6540_low_40 (Length: 309)

Name: NF6540_low_40
Description: NF6540
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6540_low_40
NF6540_low_40
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (27-309)||(26296904-26297200)
chr7 (148-309)||(26241991-26242152)
chr7 (175-305)||(26250466-26250596)
chr7 (152-309)||(26178681-26178838)
chr7 (130-305)||(26154778-26154954)
chr7 (175-309)||(26301432-26301566)
chr7 (205-302)||(26207086-26207183)
chr7 (185-305)||(26128198-26128318)
chr7 (224-302)||(26226640-26226718)
chr7 (224-309)||(26259569-26259654)
chr7 (161-309)||(26082337-26082485)
chr7 (161-309)||(26106124-26106272)
chr7 (158-290)||(26184876-26185008)
chr7 (158-309)||(26190869-26191020)
chr7 (205-309)||(26223183-26223287)
chr7 (161-309)||(19103939-19104087)
chr7 (205-305)||(26203545-26203645)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (162-308)||(44902849-44902995)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 170; Significance: 3e-91; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 27 - 309
Target Start/End: Original strand, 26296904 - 26297200
Alignment:
Q  27 ttcactattggatactcgtgaatctcgcatcactcgaggcaaagagtatttgnnnnnnnnnnnnnnnnnatgactaaaacacataaatagaacctaccat 126  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  26296904 ttcactgttggatactcgtgaatctcgcatcactcgaggcaaagagtatttgtttttttgttttt----atgactaaaacacataaatagaccctgccat 26296999  T
Q  127 ccataaatatcaactctacaataatagaa------------------ccaagcaacaatggagtcccaacaatccaataacaaacttcatgttgtctttc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||                  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26297000 ccataaatatcaactctacaataatagaaccaagcaacaatggagaaccaagcaacaatggagtctcaacaatccaataacaaacttcatgttgtctttc 26297099  T
Q  209 ttccatatccatctgctggtcatatgaaccctatgattgacacagcaagactatttgcaaagcatggtgttgatgtaaccatcatcactacacatgccaa 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26297100 ttccatatccatctgctggtcatatgaaccctatgattgacacagcaagactatttgcaaagcatggtgttgatgtaaccatcatcactacacatgccaa 26297199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 148 - 309
Target Start/End: Original strand, 26241991 - 26242152
Alignment:
Q  148 taatagaaccaagcaacaatggagtcccaacaatccaataacaaacttcatgttgtctttcttccatatccatctgctggtcatatgaaccctatgattg 247  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  ||| |||||||||||||||||||    
T  26241991 taatagaaccaagcaacaatggaatctcaacaatcccataacaaacttcatgttgtttttcttccatatccagctattggccatatgaaccctatgattg 26242090  T
Q  248 acacagcaagactatttgcaaagcatggtgttgatgtaaccatcatcactacacatgccaat 309  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||   |||||||||||||    
T  26242091 acactgcaagactatttgcaaagcatggtgttaatgttaccatcatacttacacatgccaat 26242152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 175 - 305
Target Start/End: Original strand, 26250466 - 26250596
Alignment:
Q  175 caacaatccaataacaaacttcatgttgtctttcttccatatccatctgctggtcatatgaaccctatgattgacacagcaagactatttgcaaagcatg 274  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||    
T  26250466 caacaatccaataaccaacttcatgttgtttttcttccatatccatctgctggtcatatgaaccctatgattgacactgcaagactatttgctaaacatg 26250565  T
Q  275 gtgttgatgtaaccatcatcactacacatgc 305  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  26250566 gtgttaatgttaccatcatcactacacatgc 26250596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 152 - 309
Target Start/End: Original strand, 26178681 - 26178838
Alignment:
Q  152 agaaccaagcaacaatggagtcccaacaatccaataacaaacttcatgttgtctttcttccatatccatctgctggtcatatgaaccctatgattgacac 251  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || ||||||||||||  |||||||| |||||    
T  26178681 agaaccaagcaacaatggagtctcaacaatcccataacaaacttcatgttgtttttcttccatttccaactcctggtcatatgattcctatgatagacac 26178780  T
Q  252 agcaagactatttgcaaagcatggtgttgatgtaaccatcatcactacacatgccaat 309  Q
    |||||||||||| || | |||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  26178781 agcaagactattcgccatgcatggtgttaatgttaccatcatcgctacacatgccaat 26178838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 130 - 305
Target Start/End: Original strand, 26154778 - 26154954
Alignment:
Q  130 taaatatcaactcta-caataatagaaccaagcaacaatggagtcccaacaatccaataacaaacttcatgttgtctttcttccatatccatctgctggt 228  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||    ||||||||| |||||  | ||||     
T  26154778 taaatatcaactctagcagtaatagaaccaagcaacaatggagtctcaacaatcccataaccaacttcatgtaacttttcttccacatccaagtcctggc 26154877  T
Q  229 catatgaaccctatgattgacacagcaagactatttgcaaagcatggtgttgatgtaaccatcatcactacacatgc 305  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||    
T  26154878 catatgaatcctatgattgacacagctagactatttgcaaagcatggtgttaatgtgaccatcatcactacgcatgc 26154954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 175 - 309
Target Start/End: Original strand, 26301432 - 26301566
Alignment:
Q  175 caacaatccaataacaaacttcatgttgtctttcttccatatccatctgctggtcatatgaaccctatgattgacacagcaagactatttgcaaagcatg 274  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  | |||||||||| |||| || ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||    
T  26301432 caacaatccaataaccaacttcatgtaatttttcttccatttccaactcctggtcatatgaatcctatgatagacacagcaagactatttgccaaacatg 26301531  T
Q  275 gtgttgatgtaaccatcatcactacacatgccaat 309  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26301532 gtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaat 26301566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 205 - 302
Target Start/End: Original strand, 26207086 - 26207183
Alignment:
Q  205 tttcttccatatccatctgctggtcatatgaaccctatgattgacacagcaagactatttgcaaagcatggtgttgatgtaaccatcatcactacaca 302  Q
    ||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  26207086 tttctaccatatccaactcctggccatatgaaccctatgattgacacagcaagactatttgcaaagcatggtgttaatgttaccatcatcactacaca 26207183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 185 - 305
Target Start/End: Original strand, 26128198 - 26128318
Alignment:
Q  185 ataacaaacttcatgttgtctttcttccatatccatctgctggtcatatgaaccctatgattgacacagcaagactatttgcaaagcatggtgttgatgt 284  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||  | |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||    
T  26128198 ataaccaacttcatgttgtttttctttcatatccaagtcctggccatatgaatcctatgattgacacagcaagactatttgccatgcatggtgttaatgt 26128297  T
Q  285 aaccatcatcactacacatgc 305  Q
     ||||||||||||||||||||    
T  26128298 taccatcatcactacacatgc 26128318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 224 - 302
Target Start/End: Original strand, 26226640 - 26226718
Alignment:
Q  224 ctggtcatatgaaccctatgattgacacagcaagactatttgcaaagcatggtgttgatgtaaccatcatcactacaca 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26226640 ctggtcatatgaaccctatgattgacacagcaaggctatttgcaaagcatggtgttgatgttaccatcatcactacaca 26226718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 224 - 309
Target Start/End: Original strand, 26259569 - 26259654
Alignment:
Q  224 ctggtcatatgaaccctatgattgacacagcaagactatttgcaaagcatggtgttgatgtaaccatcatcactacacatgccaat 309  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  26259569 ctggccatatgaaccctatgattgacacagcaagactatttgcaaagcatggtattaatgttaccattatcactacacatgccaat 26259654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 161 - 309
Target Start/End: Original strand, 26082337 - 26082485
Alignment:
Q  161 caacaatggagtcccaacaatccaataacaaacttcatgttgtctttcttccatatccatctgctggtcatatgaaccctatgattgacacagcaagact 260  Q
    ||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||||  |  | ||| ||||||||||| || |||| |||||||| || ||||| | ||||||||||||    
T  26082337 caacaatggagtctcaacaatctcataaccaacttcagataatttttgttccatatccaactcctggccatatgaatccaatgatagccacagcaagact 26082436  T
Q  261 atttgcaaagcatggtgttgatgtaaccatcatcactacacatgccaat 309  Q
    |||||| | |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26082437 atttgccatgcatggtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaat 26082485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 161 - 309
Target Start/End: Original strand, 26106124 - 26106272
Alignment:
Q  161 caacaatggagtcccaacaatccaataacaaacttcatgttgtctttcttccatatccatctgctggtcatatgaaccctatgattgacacagcaagact 260  Q
    ||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||||  |  | ||| ||||||||||| || |||| |||||||| || ||||| | ||||||||||||    
T  26106124 caacaatggagtctcaacaatctcataaccaacttcagataatttttgttccatatccaactcctggccatatgaatccaatgatagccacagcaagact 26106223  T
Q  261 atttgcaaagcatggtgttgatgtaaccatcatcactacacatgccaat 309  Q
    |||||| | |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26106224 atttgccatgcatggtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaat 26106272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 158 - 290
Target Start/End: Original strand, 26184876 - 26185008
Alignment:
Q  158 aagcaacaatggagtcccaacaatccaataacaaacttcatgttgtctttcttccatatccatctgctggtcatatgaaccctatgattgacacagcaag 257  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||  | ||| ||||||||||| || |||| |||||||| || ||||| | |||| ||||    
T  26184876 aagcaacaatggactcccaataatcccataacaaacttcatgtaatttttgttccatatccaactcctggccatatgaatcccatgatagccacatcaag 26184975  T
Q  258 actatttgcaaagcatggtgttgatgtaaccat 290  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  26184976 actatttgcaaagcatggtgttaatgtcaccat 26185008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 158 - 309
Target Start/End: Original strand, 26190869 - 26191020
Alignment:
Q  158 aagcaacaatggagtcccaacaatccaataacaaacttcatgttgtctttcttccatatccatctgctggtcatatgaaccctatgattgacacagcaag 257  Q
    |||||| |||| | || ||||||||| |||||  |||||||||    |||||||||| ||||||| |||| |||||||  |||||||||||||| |||||    
T  26190869 aagcaataatgaaatctcaacaatcccataacccacttcatgtaacttttcttccatttccatctcctggccatatgattcctatgattgacactgcaag 26190968  T
Q  258 actatttgcaaagcatggtgttgatgtaaccatcatcactacacatgccaat 309  Q
    |||||| || || ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26190969 actattagccaaacatggtgttaatgtaaccatcattactacacatgccaat 26191020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 205 - 309
Target Start/End: Original strand, 26223183 - 26223287
Alignment:
Q  205 tttcttccatatccatctgctggtcatatgaaccctatgattgacacagcaagactatttgcaaagcatggtgttgatgtaaccatcatcactacacatg 304  Q
    |||||||||| |||| || ||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  26223183 tttcttccatttccaactcctggtcatatgatttcaatgattgacacagcaagactatttgccaaacatggtgttaatgttaccatcatcactacacatg 26223282  T
Q  305 ccaat 309  Q
    |||||    
T  26223283 ccaat 26223287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 161 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 19104087 - 19103939
Alignment:
Q  161 caacaatggagtcccaacaatccaataacaaacttcatgttgtctttcttccatatccatctgctggtcatatgaaccctatgattgacacagcaagact 260  Q
    |||||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||    ||||||||||||||| || | || |||||||  |||||||| ||||||||||||||    
T  19104087 caacaatggaatctcaacaatcccataaccaacttcatgtaacttttcttccatatccaactccaggccatatgattcctatgatagacacagcaagact 19103988  T
Q  261 atttgcaaagcatggtgttgatgtaaccatcatcactacacatgccaat 309  Q
    |||||| || ||||||||| |||| || |||||  |||| |||||||||    
T  19103987 atttgccaaacatggtgttaatgttacaatcattgctactcatgccaat 19103939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 205 - 305
Target Start/End: Original strand, 26203545 - 26203645
Alignment:
Q  205 tttcttccatatccatctgctggtcatatgaaccctatgattgacacagcaagactatttgcaaagcatggtgttgatgtaaccatcatcactacacatg 304  Q
    |||||||||| |||| || |||| |||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  26203545 tttcttccatttccaactcctggccatatgattcctatgatagacacagcaagactatttgccaaacatggtgttaatgttaccatcatcactacacatg 26203644  T
Q  305 c 305  Q
    |    
T  26203645 c 26203645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 162 - 308
Target Start/End: Original strand, 44902849 - 44902995
Alignment:
Q  162 aacaatggagtcccaacaatccaataacaaacttcatgttgtctttcttccatatccatctgctggtcatatgaaccctatgattgacacagcaagacta 261  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| || |||| |||||||  || ||| | |||||||||||||||    
T  44902849 aacaatggattctcaacaatccaataaccaacttcatgtagtttttcttccatatccaactcctggccatatgattcccatggtagacacagcaagacta 44902948  T
Q  262 tttgcaaagcatggtgttgatgtaaccatcatcactacacatgccaa 308  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  44902949 tttgcaaagcatggtgttaatgttaccatcatcactacacatgccaa 44902995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University