View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6547_low_8 (Length: 578)

Name: NF6547_low_8
Description: NF6547
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6547_low_8
NF6547_low_8
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (109-568)||(27918584-27919041)
chr5 (109-568)||(29168189-29168648)
chr5 (109-568)||(1758082-1758536)
chr5 (177-568)||(29568144-29568535)
chr5 (177-563)||(29425232-29425631)
chr5 (393-569)||(29569691-29569867)
chr5 (177-376)||(38157394-38157593)
chr5 (3-43)||(27919107-27919147)
chr5 (1-43)||(1758608-1758650)
chr5 (3-43)||(29425764-29425804)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (109-568)||(25518418-25518873)
chr3 (3-43)||(25518945-25518985)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (109-568)||(27461934-27462388)
chr4 (109-568)||(27521047-27521501)
chr4 (177-568)||(18986034-18986425)
chr4 (109-568)||(27482073-27482528)
chr4 (1-43)||(27482594-27482636)
chr4 (3-43)||(18986538-18986578)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 109 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 27919041 - 27918584
Alignment:
Q  109 gatccttaatccttttaagcctctacgaaaatcaaagaaaaaccatgattccaaataaatnnnnnnntagattacttttttagcaagaaacacaagtttc 208  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27919041 gatccttcatccttttaagcctctacgaaaatcaaagaaaaaccatgattccaaataaa--aaaaaatagattacttttttagcaagaaacacaagtttc 27918944  T
Q  209 aacacacaccattgaatcagattcaggggtggttttttcatcaaagttcaaataacaagaaactgcttctttaacctcagaaggatcaataacttcagat 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27918943 aacacacaccattgaatcagattcaggggtggttttttcagcagagttcaaataacaagaaactgcttctttaacctcagaaggatcaataacttcagat 27918844  T
Q  309 atacatctcctgattggagggagaggcggcaaagcagtggaccaccctttaaccggcatggattgatctggcaaggtgcatggatcggatacacagcagt 408  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27918843 atacatctcctgatcggagggagaggcggcaaagcagtcgacgaccctttaaccggaatggattgatctggcaaagtgcatggatcggatacacagcagt 27918744  T
Q  409 gaagagcgttgccacggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcagaagaatgcttcttcgatgatagttg 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  27918743 gaagagcgttgccacggagactgaaaggaagtgtaatggcggagaagccattacgggtgagattgcttgcgccagaagaatgcttcttggatgatagttg 27918644  T
Q  509 gtgagcagaagatgatgatggtgaacagcgtttgacagagttgttatgagtgtgatgatg 568  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27918643 gtgagcagaagatgatgatggtgaactgcgtttgacagagttgttgtgagtgtgatgatg 27918584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 109 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 29168648 - 29168189
Alignment:
Q  109 gatccttaatccttttaagcctctacgaaaatcaaagaaaaaccatgattccaaataaatnnnnnnntagattacttttttagcaagaaacacaagtttc 208  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||| ||        |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29168648 gatccttcatccttttaagcctctacaaatatcaatgaaaaaccaagattccaaattaaaaaaaaaatagattacttttttagcaagaaacacaattttc 29168549  T
Q  209 aacacacaccattgaatcagattcaggggtggttttttcatcaaagttcaaataacaagaaactgcttctttaacctcagaaggatcaataacttcagat 308  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29168548 aacacataccattgaatcagattcaggggtggttctttcagaagagttcaaataaagagcaactgcttctttaaccttagaaggatcaataacttcagat 29168449  T
Q  309 atacatctcctgattggagggagaggcggcaaagcagtggaccaccctttaaccggcatggattgatctggcaaggtgcatggatcggatacacagcagt 408  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||     
T  29168448 atacatctactgatcggaggcagaggctgcaaagcagttgacagcccttttaccggcatggattgatccggcaaggtgcatggatcagagacacagcagc 29168349  T
Q  409 gaagagcgttgccacggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcagaagaatgcttcttcgatgatagttg 508  Q
     |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| || |||||||||||    
T  29168348 taagagcattcccacggagactgaaaggaagtgtaatggtggagaagccattacgggtgagattgcttgcgttgaaagaatgcttattggatgatagttg 29168249  T
Q  509 gtgagcagaagatgatgatggtgaacagcgtttgacagagttgttatgagtgtgatgatg 568  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29168248 gtgagcagaagatgatgatggtgaacgacgtttgacagagttgttgtgagtgtgatgatg 29168189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 109 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 1758536 - 1758082
Alignment:
Q  109 gatccttaatccttttaagcctctacgaaaatcaaagaaaaaccatgattccaaataaatnnnnnnntagattacttttttagcaagaaacacaagtttc 208  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| |||| |||| ||||||||| ||         ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1758536 gatccttcatccttttaagcctctacaaaaaacaaacaaaacccattattccaaatcaaaaaa-----agattacttttttagcaagaaacacaagtttc 1758442  T
Q  209 aacacacaccattgaatcagattcaggggtggttttttcatcaaagttcaaataacaagaaactgcttctttaacctcagaaggatcaataacttcagat 308  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1758441 aacacataccattgaatcagattcaggggtggttttttcagcagagttcaaataacgagcaactgcttctttaacctcagaaggatcaataacttcagat 1758342  T
Q  309 atacatctcctgattggagggagaggcggcaaagcagtggaccaccctttaaccggcatggattgatctggcaaggtgcatggatcggatacacagcagt 408  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||   |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||| |     
T  1758341 atacatctcctgattggaggcagaggctgcaaagcagttgatagcccttttaccggaatggattgatctggcgaggtgcatggatcagagacacagcggc 1758242  T
Q  409 gaagagcgttgccacggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcagaagaatgcttcttcgatgatagttg 508  Q
     |||||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||| ||||    
T  1758241 taagagcattcccgcggagactgaaaggaagtgtaatggcggagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttgagtgatggttg 1758142  T
Q  509 gtgagcagaagatgatgatggtgaacagcgtttgacagagttgttatgagtgtgatgatg 568  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||| |||||||||    
T  1758141 gtgagcagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagagtttttgtgagagtgatgatg 1758082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 177 - 568
Target Start/End: Original strand, 29568144 - 29568535
Alignment:
Q  177 agattacttttttagcaagaaacacaagtttcaacacacaccattgaatcagattcaggggtggttttttcatcaaagttcaaataacaagaaactgctt 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| || ||||||||    
T  29568144 agattacttttttagcaagaaacacatgtttcaacacataccaatgaatcagattcaggggtggttttttcagcagagttcaaataacgagcaactgctt 29568243  T
Q  277 ctttaacctcagaaggatcaataacttcagatatacatctcctgattggagggagaggcggcaaagcagtggaccaccctttaaccggcatggattgatc 376  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||| |||  |||||| |||||||||||||||||    
T  29568244 ctttaacctcagaaggatcaataacttcagatatacatctactgatcggaggcagaggctgcaaagcagttgacagcccttttaccggcatggattgatc 29568343  T
Q  377 tggcaaggtgcatggatcggatacacagcagtgaagagcgttgccacggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgctt 476  Q
     ||||||||||||||||| || ||||||| |  |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29568344 cggcaaggtgcatggatcagagacacagcggctaagagcattcccacggagactgaaaggaagtgtaatggcggagaagccattacgggtgagattgctt 29568443  T
Q  477 gcgtcagaagaatgcttcttcgatgatagttggtgagcagaagatgatgatggtgaacagcgtttgacagagttgttatgagtgtgatgatg 568  Q
    |||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||| || ||||||||||||||    
T  29568444 gcgtcgaaagaatgcttcttggatgatagttggtgagcagaagatgatgatggtgaatggcgtttgaaagagtttttgtgagtgtgatgatg 29568535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 177 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 29425631 - 29425232
Alignment:
Q  177 agattacttttttagcaagaaacacaagtttca----------acacacaccattgaatcagattcaggggtggttttttcatcaaagttcaaataacaa 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||| |||| ||||||||||||||| || ||||||||| || ||||||||||||||    
T  29425631 agattacttttttagcaagaaacacaagtttcataataatccaacacataccaatgaatcagattcaggtgtagttttttcagcagagttcaaataacaa 29425532  T
Q  267 gaaactgcttctttaacctcagaaggatcaataacttcagatatacatctcctgattggagggagaggcggcaaagcagtggaccaccctttaaccggca 366  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||| |||  |||||| |||||||    
T  29425531 gaaactgcttctttaaccttataaggatcaataacttcatatatacatctactgatcggaggcagaggctgcaaagcagttgacggcccttttaccggca 29425432  T
Q  367 tggattgatctggcaaggtgcatggatcggatacacagcagtgaagagcgttgccacggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggt 466  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||| || ||||||| |  |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  29425431 tggattgattcggcaaggtgcatggatcagagacacagcggctaagagcattcccacggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgcat 29425332  T
Q  467 gagattgcttgcgtcagaagaatgcttcttcgatgatagttggtgagcagaagatgatgat---ggtgaacagcgtttgacagagttgttatgagtgtga 563  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||   ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  29425331 gagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttggatgatggttggtgagcagatgatgatgatggtggtgaacggcgtttgacagagttgttgtgagtgtga 29425232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 393 - 569
Target Start/End: Original strand, 29569691 - 29569867
Alignment:
Q  393 tcggatacacagcagtgaagagcgttgccacggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcagaagaatgct 492  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29569691 tcggatacacagcagtgaagagcattgccacggagactgaaaggaagtgtaatggcggagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcggaagaatgct 29569790  T
Q  493 tcttcgatgatagttggtgagcagaagatgatgatggtgaacagcgtttgacagagttgttatgagtgtgatgatgt 569  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29569791 tcttggatgatagttggtgagcagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagagttgttgtgagtgtgatgatgt 29569867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 177 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 38157593 - 38157394
Alignment:
Q  177 agattacttttttagcaagaaacacaagtttcaacacacaccattgaatcagattcaggggtggttttttcatcaaagttcaaataacaagaaactgctt 276  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||  |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||    
T  38157593 agattactattttagcaagaaaaacaagtttcaacacataccattgaatcagattcagatgtaattttttcagcagagttcaaataacaagaaactgttt 38157494  T
Q  277 ctttaacctcagaaggatcaataacttcagatatacatctcctgattggagggagaggcggcaaagcagtggaccaccctttaaccggcatggattgatc 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38157493 ctttaacctcagaaggatcaataacttcagatatacatctcctgattagaggcagaggcggcaaaccagttgacgaccctttaaccggcatggattgatc 38157394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 43
Target Start/End: Complemental strand, 27919147 - 27919107
Alignment:
Q  3 tctttttcatcttcggcaacaggagagggctcttgttcttg 43  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27919147 tctttttcatcttcggcatcaggagagggctcttgttcttg 27919107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 43
Target Start/End: Complemental strand, 1758650 - 1758608
Alignment:
Q  1 gttctttttcatcttcggcaacaggagagggctcttgttcttg 43  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||    
T  1758650 gttctttttcatcttcagcatcaggagagggctcttcttcttg 1758608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 3 - 43
Target Start/End: Complemental strand, 29425804 - 29425764
Alignment:
Q  3 tctttttcatcttcggcaacaggagagggctcttgttcttg 43  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||    
T  29425804 tctttttcatcttcagcatcaggagagggctcttcttcttg 29425764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 291; Significance: 1e-163; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 109 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 25518873 - 25518418
Alignment:
Q  109 gatccttaatccttttaagcctctacgaaaatcaaagaaaaaccatgattccaaataaatnnnnnnntagattacttttttagcaagaaacacaagtttc 208  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||||| |         ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25518873 gatccttcatccttttaagcctctacaaaaaacaaacaaaacccatgattccaaatataaaaaa----agattacttttttagcaagaaacacaagtttc 25518778  T
Q  209 aacacacaccattgaatcagattcaggggtggttttttcatcaaagttcaaataacaagaaactgcttctttaacctcagaaggatcaataacttcagat 308  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  25518777 aacacataccattgaatcagattcaggggtggttttttcagcagagttcaaataacaagcaactgcttctttaacctccaaaggatcaataacttcagat 25518678  T
Q  309 atacatctcctgattggagggagaggcggcaaagcagtggaccaccctttaaccggcatggattgatctggcaaggtgcatggatcggatacacagcagt 408  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| |  |||||||||     
T  25518677 atacatctcctgatcggaggcagaggcggcaaagcagtcgacgaccctttaaccggcatagcttgatccggcaaggtgcatggatcagcgacacagcagc 25518578  T
Q  409 gaagagcgttgccacggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcagaagaatgcttcttcgatgatagttg 508  Q
    ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||    
T  25518577 gaagagcattaccacgaagactgaaaggaagtgtaatggcggagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcgaaagaatgcttcttggatgatggttg 25518478  T
Q  509 gtgagcagaagatgatgatggtgaacagcgtttgacagagttgttatgagtgtgatgatg 568  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25518477 gtgaggagaagatgatgatggtgaacggcgtttgacagagttgttgtgagtgtgatgatg 25518418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 3 - 43
Target Start/End: Complemental strand, 25518985 - 25518945
Alignment:
Q  3 tctttttcatcttcggcaacaggagagggctcttgttcttg 43  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||    
T  25518985 tctttttcatcttcagcatcaggagagggctcttcttcttg 25518945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 109 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 27462388 - 27461934
Alignment:
Q  109 gatccttaatccttttaagcctctacgaaaatcaaagaaaaaccatgattccaaataaatnnnnnnntagattacttttttagcaagaaacacaagtttc 208  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| |||| |||  ||||||||| ||         || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27462388 gatccttcatccttttaagcctctacaaaaaacaaacaaaacccaatattccaaatcaaaaaa-----agtttacttttttagcaagaaacacaagtttc 27462294  T
Q  209 aacacacaccattgaatcagattcaggggtggttttttcatcaaagttcaaataacaagaaactgcttctttaacctcagaaggatcaataacttcagat 308  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27462293 aacacataccattgaatcagattcaggggtggttttttcagcacagttcaaataacgagctactgcttctttaacctcagtaggatcaataacttcagat 27462194  T
Q  309 atacatctcctgattggagggagaggcggcaaagcagtggaccaccctttaaccggcatggattgatctggcaaggtgcatggatcggatacacagcagt 408  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||| |     
T  27462193 atacatctgctgatcggaggcagaggctgcaaagcagttgacggcccttttaccggcatggattgatccggaaaggtgcatggatcagagacacagcggc 27462094  T
Q  409 gaagagcgttgccacggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcagaagaatgcttcttcgatgatagttg 508  Q
     |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  27462093 taagagcatttccacggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttggatgatggttg 27461994  T
Q  509 gtgagcagaagatgatgatggtgaacagcgtttgacagagttgttatgagtgtgatgatg 568  Q
    ||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  27461993 gtgataagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagtgttgttgtgagtgtgatgatg 27461934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 109 - 568
Target Start/End: Original strand, 27521047 - 27521501
Alignment:
Q  109 gatccttaatccttttaagcctctacgaaaatcaaagaaaaaccatgattccaaataaatnnnnnnntagattacttttttagcaagaaacacaagtttc 208  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||| ||         ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  27521047 gatccttcatccttttaagcctctacgaaaaacaaacaaaacccattattccaaatcaaaaaa-----agagtacttttttatcaagaaacacaagtttc 27521141  T
Q  209 aacacacaccattgaatcagattcaggggtggttttttcatcaaagttcaaataacaagaaactgcttctttaacctcagaaggatcaataacttcagat 308  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27521142 aacacataccattgaatcagattcaggggtggtttttttagcagagttcaaataacgagctactgcttctttaacctcaaaaggatcaataacttcagat 27521241  T
Q  309 atacatctcctgattggagggagaggcggcaaagcagtggaccaccctttaaccggcatggattgatctggcaaggtgcatggatcggatacacagcagt 408  Q
    |||||||| ||||| |||||  ||||| |||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||| |     
T  27521242 atacatctgctgatcggaggctgaggctgcaaagcagttgacggcccttttaccggcatggattgatccggcaaggtgcaaggatcagagacacagcggc 27521341  T
Q  409 gaagagcgttgccacggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcagaagaatgcttcttcgatgatagttg 508  Q
     |||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  27521342 taagagcattcccgcggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttggatgatggttg 27521441  T
Q  509 gtgagcagaagatgatgatggtgaacagcgtttgacagagttgttatgagtgtgatgatg 568  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27521442 gtgggcagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagagttgttgtgagtgtgatgatg 27521501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 177 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 18986425 - 18986034
Alignment:
Q  177 agattacttttttagcaagaaacacaagtttcaacacacaccattgaatcagattcaggggtggttttttcatcaaagttcaaataacaagaaactgctt 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||| |  ||||||||    
T  18986425 agattacttttttagcaagaaacacaagtttcaacacataccattgaatcagattcaagggtggttttttcagcagagttcaaataacgatcaactgctt 18986326  T
Q  277 ctttaacctcagaaggatcaataacttcagatatacatctcctgattggagggagaggcggcaaagcagtggaccaccctttaaccggcatggattgatc 376  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||  |||||| |||||||||||||||||    
T  18986325 ctttaacatcagacggatcaataacttcagatatacatctcctgattggaggcagaggctgcaaagcagttgacggcccttttaccggcatggattgatc 18986226  T
Q  377 tggcaaggtgcatggatcggatacacagcagtgaagagcgttgccacggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgctt 476  Q
     ||||||||||||||||| || ||||||| |  |||||  || |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18986225 cggcaaggtgcatggatcagagacacagcggctaagagtattcccacggagactgaaagaaagtgtaatggcggagaagccattacgggtgagattgctt 18986126  T
Q  477 gcgtcagaagaatgcttcttcgatgatagttggtgagcagaagatgatgatggtgaacagcgtttgacagagttgttatgagtgtgatgatg 568  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||| |||||||||    
T  18986125 gcgtcaaaagaatgcttcttggatgacggttggtgagcagatgatgatgatggtgaacagagtttgacagtgttgttgtgagggtgatgatg 18986034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 109 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 27482528 - 27482073
Alignment:
Q  109 gatccttaatccttttaagcctctacgaaaatcaaagaaaaaccatgattccaaataaatnnnnnnntagattacttttttagcaagaaacacaagtttc 208  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| |||| |||| ||||||||| ||         ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27482528 gatccttcatccttttaagcctctacaaaaaacaaacaaaacccattattccaaattaaaaaaa----agattacttttttagcaagaaacacaagtttc 27482433  T
Q  209 aacacacaccattgaatcagattcaggggtggttttttcatcaaagttcaaataacaagaaactgcttctttaacctcagaaggatcaataacttcagat 308  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  27482432 aacacataccattgaatcagattcaggggtggttttttcagcacagttcaaataacgagctactgcttctttaacctcagtaggatcgataacttcagat 27482333  T
Q  309 atacatctcctgattggagggagaggcggcaaagcagtggaccaccctttaaccggcatggattgatctggcaaggtgcatggatcggatacacagcagt 408  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||| |||  |||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||| |     
T  27482332 atacatctgctgatcggaggcagaggctgcaaagcagttgacggcccttttactggcatggattgatccggaaaggtgcatggatcagagacacagcggc 27482233  T
Q  409 gaagagcgttgccacggagactgaaaggaagtgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcagaagaatgcttcttcgatgatagttg 508  Q
     |||||| || || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  27482232 taagagcattcccgcggagactgaaaggaattgtaatggcagagaagccattacgggtgagattgcttgcgtcaaaagaatgcttcttggatgatggttg 27482133  T
Q  509 gtgagcagaagatgatgatggtgaacagcgtttgacagagttgttatgagtgtgatgatg 568  Q
    ||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  27482132 gtgataagatgatgatgatggtgaacggcgtttgacagtgttgttgtgagtgtgatgatg 27482073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 43
Target Start/End: Complemental strand, 27482636 - 27482594
Alignment:
Q  1 gttctttttcatcttcggcaacaggagagggctcttgttcttg 43  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||    
T  27482636 gttctttttcatcttcagcatcaggagagggctcttcttcttg 27482594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 3 - 43
Target Start/End: Complemental strand, 18986578 - 18986538
Alignment:
Q  3 tctttttcatcttcggcaacaggagagggctcttgttcttg 43  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||    
T  18986578 tctttttcatcttcagcatcaggagagggctcttcttcttg 18986538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University