View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6548_low_5 (Length: 583)

Name: NF6548_low_5
Description: NF6548
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6548_low_5
NF6548_low_5
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-565)||(41077038-41077615)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (1-552)||(22818623-22819186)
chr6 (386-552)||(4061994-4062160)
chr6 (386-552)||(11766784-11766951)
chr6 (200-291)||(4061785-4061876)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (386-552)||(3571563-3571729)
chr3 (386-552)||(20591337-20591503)
chr3 (192-305)||(20591606-20591719)
chr3 (193-305)||(3571351-3571462)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (386-552)||(11364430-11364596)
chr7 (386-552)||(40644957-40645123)
chr7 (193-552)||(45850332-45850704)
chr7 (386-552)||(21371037-21371204)
chr7 (193-302)||(11364214-11364323)
chr7 (193-465)||(36056550-36056844)
chr7 (500-552)||(36056842-36056894)
chr7 (266-305)||(40645228-40645267)
[»] scaffold0462 (1 HSPs)
scaffold0462 (193-532)||(11895-12258)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (386-552)||(34504100-34504266)
chr5 (193-305)||(34503884-34503996)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (193-335)||(9102543-9102685)
chr4 (386-532)||(9102322-9102469)
chr4 (193-303)||(17033864-17033974)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 420; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 565
Target Start/End: Original strand, 41077038 - 41077615
Alignment:
Q  1 taaaatgcaactctttagataaatgctaagatatataactgttaaagttattggtattatgtttttccccagttttgttaggtgcatgtgttttgttacg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  41077038 taaaatgcaactctttagataaatgctaagatgtataactgttaaagttattggtattatgtttttccccaattttgttaggtgcatgtgttttgttatg 41077137  T
Q  101 gtgcattctgcttcatcaatccctgtatgatctgatgatcatgaaattacataggtagttaggcacatacatcattttggaatttagcatgaaattatga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41077138 gtgcattctgcttcatcaatccctgtatgatctgatgatcatgaaattacatatgtagttaggtacatacatcattttggaatttagcatgaaattatga 41077237  T
Q  201 gtgtgcctattttataatgatacatatgctgaacattgtatcaactggtattaccgactcatgggatatggtgtgtaactaaatattacaatcatttgtg 300  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41077238 gtgtgactactttataatgatacatatgttgaacattgtattagctggtattaccgactcatgggatatggtgtgtaactaaatattacaatcatttgtg 41077337  T
Q  301 tttctaatgnnnnnnnaaagttaatttgatattctgttatcctaannnnnnnncttcagatttttggagacaaaaatctgtttac------------gac 388  Q
    ||||| |||       |||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||            |||    
T  41077338 tttcttatgtttttttaaagttaatttgatattctgttatcctaattttttttcttcagatttttggagacaaaaatctgtttaccgatgatgaaatgac 41077437  T
Q  389 aaatgttcaagaacgttgtacaaatttgatcttggaaagacttt-atgtaatttaattatgtcaataactatgctttgaaacaatttttagcttttgttt 487  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  41077438 aaatgttcaagaacgttgtgcaaatttgattttgaaaagactttgatgtaatttaattatgtcaataactatgctttgaaacaatgtttagcttttgttt 41077537  T
Q  488 agttttatgatattgtaactttggatttgtttgatattgtaacaatgacaggtttgatatgaaatcctatgatattta 565  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41077538 agttttatgatattgtaactttggatttgtttgatattgtaacaatgacaggtttgatatgaaatcatatgatattta 41077615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 1 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 22819186 - 22818623
Alignment:
Q  1 taaaatgcaactctttagataaatgctaagatatataactgttaaagttattggtattatgtttttccccagttttgtta-ggtgcatgtgttttgttac 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  22819186 taaaatgcaactctttagataaatgctaagatgtataactgttaaagttattggtattatgtttttccccagttttgttaaggtgcatgtgttt-gttac 22819088  T
Q  100 ggtgcattctgcttcatcaatccctgtatgatctgatgatcatgaaattacataggtagttaggcacatacatcattttggaatttagcatgaaattatg 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22819087 ggtgcattctgcttcatcaatccctatatgatctgatgatcatgaaattacataggtagttaggtacatacatcagtttggaatttagcatgaaattatg 22818988  T
Q  200 agtgtgcctattttataatgatacatatgctgaacattgtatcaactggtattaccgactcatgggatatggtgtgtaactaaatattacaatcatttgt 299  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||   |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |  |||    
T  22818987 agtgtggctactttataatgatacatatgttgaacattgta-cagctggtattgtagacttatgggatatggtgtgtaattaaatattacaataa--tgt 22818891  T
Q  300 gtttctaatgnnnnnnnaaagttaatttgatattctgttatccta--annnnnnnncttcagatttttggagacaaaaatctgtttac------------ 385  Q
    |||||| |||       ||||||||||||||||| |  |||  ||  |         | |||||||||||||||||| ||||||||||                
T  22818890 gtttcttatgtttttttaaagttaatttgatattataatatgttatcattttttttttccagatttttggagacaaagatctgtttactgatgatgaaat 22818791  T
Q  386 gacaaatgttcaagaacgttgtacaaatttgatcttggaaagacttt-atgtaatttaattatgtcaataactatgctttgaaacaatttttagcttttg 484  Q
    || ||||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  22818790 gaaaaatgttcaagaacgctgtgcaagtttgattttggaaagactttgatgtaatttaattatgtcaataactatgctttgaaacaatgtttagcatttg 22818691  T
Q  485 tttagttttatgatattgtaactttggatttgtttgatattgtaacaatgacaggtttgatatgaaat 552  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  22818690 tttagttttatgatattgtaactttggatttgtttgatattgtaacagtgacatgtttgatatgaaat 22818623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 386 - 552
Target Start/End: Original strand, 4061994 - 4062160
Alignment:
Q  386 gacaaatgttcaagaacgttgtacaaatttgatcttggaaagactttatgtaatttaattatgtcaataactatgctttgaaacaatttttagcttttgt 485  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  4061994 gacaaaagttcaagaacgttgtgcaagtttgattttggaaagagttgatgtaatttaattatgtcaataactatgctttgaaacaatgtttaacttttgt 4062093  T
Q  486 ttagttttatgatattgtaactttggatttgtttgatattgtaacaatgacaggtttgatatgaaat 552  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  4062094 ttaattttatgatattgtaactttgaatttgtttgatattgtaacaatgacatgtctgatatgaaat 4062160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 386 - 552
Target Start/End: Original strand, 11766784 - 11766951
Alignment:
Q  386 gacaaatgttcaagaacgttgtacaaatttgatcttggaaagacttt-atgtaatttaattatgtcaataactatgctttgaaacaatttttagcttttg 484  Q
    |||||||||||||||||| | | |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||    
T  11766784 gacaaatgttcaagaacgctatgcaaatttgattttggaaagactttgatgtaatttaattatgtcaataaccatgcttttaaacaatgtttagcttttg 11766883  T
Q  485 tttagttttatgatattgtaactttggatttgtttgatattgtaacaatgacaggtttgatatgaaat 552  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  11766884 tttagttttatgatattgtaaatttcaatttgtttgatattgtaacaatgacatgtttgatatgaaat 11766951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 200 - 291
Target Start/End: Original strand, 4061785 - 4061876
Alignment:
Q  200 agtgtgcctattttataatgatacatatgctgaacattgtatcaactggtattaccgactcatgggatatggtgtgtaactaaatattacaa 291  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4061785 agtgtggctactttataatgatacatatgctgaacattgtatcagctggcattaccgactcatggaatatggtgtgtaactaaatattacaa 4061876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 127; Significance: 3e-65; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 386 - 552
Target Start/End: Original strand, 3571563 - 3571729
Alignment:
Q  386 gacaaatgttcaagaacgttgtacaaatttgatcttggaaagactttatgtaatttaattatgtcaataactatgctttgaaacaatttttagcttttgt 485  Q
    |||||| ||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3571563 gacaaaagttcaagaacgctgtgcaattttgattttggaaagagttgatgtaatttaattatgtcaataactatgctttgaaacaatgtttagcttttgt 3571662  T
Q  486 ttagttttatgatattgtaactttggatttgtttgatattgtaacaatgacaggtttgatatgaaat 552  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3571663 ttaattttatgatattgtaactttggatttgtttgatattgtaacaatgacaggtctgatatgaaat 3571729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 386 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 20591503 - 20591337
Alignment:
Q  386 gacaaatgttcaagaacgttgtacaaatttgatcttggaaagactttatgtaatttaattatgtcaataactatgctttgaaacaatttttagcttttgt 485  Q
    |||||| ||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  20591503 gacaaaagttcaagaacgctgtgcaagtttgattttggaaagagttgatgtaatttaattatgtcaataactatgttttgaaacaatgtttagcttttgt 20591404  T
Q  486 ttagttttatgatattgtaactttggatttgtttgatattgtaacaatgacaggtttgatatgaaat 552  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  20591403 ttaattttatgatattgtaactttggatttgtttgatattgtaacattgacaggtctgatatgaaat 20591337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 192 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 20591719 - 20591606
Alignment:
Q  192 aaattatgagtgtgcctattttataatgatacatatgctgaacattgtatcaactggtattaccgactcatgggatatggtgtgtaactaaatattacaa 291  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20591719 aaattatgagtgtggctactttataatgatatatatgttgaacattatatcagctggcattaccgactcatggaatatggtgtgtaactaaatattacaa 20591620  T
Q  292 tcatttgtgtttct 305  Q
     |||||||||||||    
T  20591619 ccatttgtgtttct 20591606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 193 - 305
Target Start/End: Original strand, 3571351 - 3571462
Alignment:
Q  193 aattatgagtgtgcctattttataatgatacatatgctgaacattgtatcaactggtattaccgactcatgggatatggtgtgtaactaaatattacaat 292  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||     
T  3571351 aattatgagtgtggctactttataatgatacatatgatgaacattgtatcagctggcatta-cgactcatgaaatatggtgtgtaactaaatattacaac 3571449  T
Q  293 catttgtgtttct 305  Q
    |||||||||||||    
T  3571450 catttgtgtttct 3571462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 123; Significance: 7e-63; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 386 - 552
Target Start/End: Original strand, 11364430 - 11364596
Alignment:
Q  386 gacaaatgttcaagaacgttgtacaaatttgatcttggaaagactttatgtaatttaattatgtcaataactatgctttgaaacaatttttagcttttgt 485  Q
    |||||| ||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11364430 gacaaaagttcaagaacgctgtgcaagtttgattttggaaagagttgatgtaatttaattatgtcaataactatgctttgaaacaatgtttagcttttgt 11364529  T
Q  486 ttagttttatgatattgtaactttggatttgtttgatattgtaacaatgacaggtttgatatgaaat 552  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11364530 ttaattttatgatattgtaactttgaatttgtttgatattgtaacaatgacaggtctgatatgaaat 11364596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 386 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 40645123 - 40644957
Alignment:
Q  386 gacaaatgttcaagaacgttgtacaaatttgatcttggaaagactttatgtaatttaattatgtcaataactatgctttgaaacaatttttagcttttgt 485  Q
    |||||| ||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40645123 gacaaaagttcaagaacgctgtgcaagtttgattttggaaagagttgatgtaatttaattatgtcaataactatgctttgaaacaatgtttagcttttgt 40645024  T
Q  486 ttagttttatgatattgtaactttggatttgtttgatattgtaacaatgacaggtttgatatgaaat 552  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  40645023 ttaattttatgatattgtaactttggatttgtttgatattgtaacaatgacagatctgatatgaaat 40644957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 193 - 552
Target Start/End: Original strand, 45850332 - 45850704
Alignment:
Q  193 aattatgagtgtgcctattttataatgatacatatgctgaacattgtatcaactggtattaccgactcatgggatatggtgtgtaactaaatattacaat 292  Q
    ||||||||||| | ||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||       |||     
T  45850332 aattatgagtgaggctactttataacgatacatatgttgaacattgtatcagctggcattaccgactcatggaatatggtgtgtaacta-------caac 45850424  T
Q  293 catttgtgtttctaatgnnnnnnnaaagttaatttgatattct-----gttatcctaannnnnnnnctt---cagatttttggagacaaaaatctgttta 384  Q
    |||||||||||||||||       ||||||||||| |||||||     |||||| |||         ||   |||||||||||||| |||| || |||||    
T  45850425 catttgtgtttctaatgtttttttaaagttaatttcatattctaatatgttatcttaacttttttttttttccagatttttggagataaaactccgttta 45850524  T
Q  385 c------------gacaaatgttcaagaacgttgtacaaatttgatcttggaaagactttatgtaatttaattatgtcaataactatgctttgaaacaat 472  Q
    |            |||||| ||||||||||| ||| ||| ||| || ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45850525 ccgatgatgaaatgacaaaagttcaagaacgctgtgcaagtttaattttggaaagagttgatgtaatttaattatgtcaataactatgctttgaaacaat 45850624  T
Q  473 ttttagcttttgtttagttttatgatattgtaactttggatttgtttgatattgtaacaatgacaggtttgatatgaaat 552  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  45850625 gtttagcttttgtttaattttatgatattgtaactttgaatttgtttgatattgtaacaatgacatgtctgatatgaaat 45850704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 386 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 21371204 - 21371037
Alignment:
Q  386 gacaaatgttcaagaacgttgtacaaatttgatcttggaaagacttt-atgtaatttaattatgtcaataactatgctttgaaacaatttttagcttttg 484  Q
    |||||||||||||||||| | | |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||    
T  21371204 gacaaatgttcaagaacgctatgcaaatttgattttggaaagactttgatgtaatttaattatgtcaataaccatgcttttaaacaatgtttagcttttg 21371105  T
Q  485 tttagttttatgatattgtaactttggatttgtttgatattgtaacaatgacaggtttgatatgaaat 552  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21371104 tttagttttatgatattgtaaatttcaatttgtttgatattgtaacaatgacatgtttgatatgaaat 21371037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 193 - 302
Target Start/End: Original strand, 11364214 - 11364323
Alignment:
Q  193 aattatgagtgtgcctattttataatgatacatatgctgaacattgtatcaactggtattaccgactcatgggatatggtgtgtaactaaatattacaat 292  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  11364214 aattatgagtgtggctactttataatgatacatatgctgaacattgtatcagctggcattaccgactcatggaatatggtgtgtaactaaatattacaac 11364313  T
Q  293 catttgtgtt 302  Q
    | ||||||||    
T  11364314 cttttgtgtt 11364323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 193 - 465
Target Start/End: Original strand, 36056550 - 36056844
Alignment:
Q  193 aattatgagtgtgcctattttataatgatacatatgctgaacattgtatcaactggtattaccgactcatgggatatggtgtgtaactaaatattacaat 292  Q
    |||||||||| ||  || |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36056550 aattatgagtttgggtactttataatgatacatatggtgaacattgtatcagctgacattagcgactcatgagatatggtgtgtaactaaatattacaat 36056649  T
Q  293 ----catttgtgtttctaatgnnnnnnnaaagttaatttgatattct-----gttatcctaannnnnnnncttc-agatttttggagacaaaaatctgtt 382  Q
        ||||| ||||||| |||       ||||||||||| |||||||     |||||| |||         ||| |||||||||||||||||| | ||||    
T  36056650 gtaccatttatgtttcttatgtttttttaaagttaatttcatattctaatatgttatcttaacttctttttttccagatttttggagacaaaattttgtt 36056749  T
Q  383 tac------------gacaaatgttcaagaacgttgtacaaatttgatcttggaaagactttatgtaatttaattatgtcaataactatgctttg 465  Q
    |||            || ||||||||||||||   || ||| |||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36056750 tactgatgatgaaatgaaaaatgttcaagaacaccgtgcaagtttgattttggaaatacttgatgtaatttaattatgtcaataactatgctttg 36056844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 500 - 552
Target Start/End: Original strand, 36056842 - 36056894
Alignment:
Q  500 ttgtaactttggatttgtttgatattgtaacaatgacaggtttgatatgaaat 552  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36056842 ttgtaactttggatttgtttgatattgtaacaatgacaggtttgatatgaaat 36056894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 266 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 40645267 - 40645228
Alignment:
Q  266 atatggtgtgtaactaaatattacaatcatttgtgtttct 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  40645267 atatggtgtgtaactaaatattacaaccatttgtgtttct 40645228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0462 (Bit Score: 122; Significance: 3e-62; HSPs: 1)
Name: scaffold0462
Description:

Target: scaffold0462; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 193 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 12258 - 11895
Alignment:
Q  193 aattatgagtgtgcctattttataatgatacatatgctgaacattgtatcaactggtattaccgactcatgggatatggtgtgtaactaaatattacaat 292  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  12258 aattatgagtgtggctactttataatgatacatatgctgaacattgtatcagctggcattaccgactcatggaatatggtgtgtaactaaatattacaac 12159  T
Q  293 catttgtgtttc-taatgnnnnnnnaaagttaatttgatattct-----gttatcctaannnnnnnn-----cttcagatttttggagacaaaaatctgt 381  Q
    |||||||||||| |||||       ||||||||||| |||||||     |||||| |||             |||||||||||||||||| ||| || ||    
T  12158 catttgtgtttcttaatgtttttttaaagttaatttcatattctaatatgttatcttaacttctttttttttcttcagatttttggagacgaaactccgt 12059  T
Q  382 ttac------------gacaaatgttcaagaacgttgtacaaatttgatcttggaaagactttatgtaatttaattatg-tcaataactatgctttgaaa 468  Q
    ||||            |||||| ||||||||||| ||| ||||||| || ||||||| | || |||||||||||||||| |   ||||||||||||||||    
T  12058 ttactgatgatgaaatgacaaaagttcaagaacgctgtgcaaattttatattggaaaaagttgatgtaatttaattatgcttcttaactatgctttgaaa 11959  T
Q  469 caatttttagcttttgtttagttttatgatattgtaactttggatttgtttgatattgtaacaa 532  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11958 caatgtttagcttttgtttaattttatgatattgtaactttgaatttgtttgatattgtaacaa 11895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 386 - 552
Target Start/End: Original strand, 34504100 - 34504266
Alignment:
Q  386 gacaaatgttcaagaacgttgtacaaatttgatcttggaaagactttatgtaatttaattatgtcaataactatgctttgaaacaatttttagcttttgt 485  Q
    |||||| ||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  34504100 gacaaaagttcaagaacgctgtgcaagtttgattttggaaagagttgatgtaatttaattatgtcaataactatgctttgaaacaatgtttaacttttgt 34504199  T
Q  486 ttagttttatgatattgtaactttggatttgtttgatattgtaacaatgacaggtttgatatgaaat 552  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34504200 ttaattttatgatattgtaactttggatttggttgatattgtaacaatgacaggtctgatatgaaat 34504266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 193 - 305
Target Start/End: Original strand, 34503884 - 34503996
Alignment:
Q  193 aattatgagtgtgcctattttataatgatacatatgctgaacattgtatcaactggtattaccgactcatgggatatggtgtgtaactaaatattacaat 292  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||     
T  34503884 aattatgagtgtggctactttataatgatacatatgctgaacattgtattagctggcattaccgactcatggaatatggtgtataactaaatattacaac 34503983  T
Q  293 catttgtgtttct 305  Q
    |||||||||||||    
T  34503984 catttgtgtttct 34503996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 86; Significance: 8e-41; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 193 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 9102685 - 9102543
Alignment:
Q  193 aattatgagtgtgcctattttataatgatacatatgctgaacattgtatcaactggtattaccgactcatgggatatggtgtgtaactaaatattacaat 292  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  9102685 aattatgagtgtggctactttataatgatacatatgttgaacattgtatcagctggcattaccgactcatggaatatggtgtgtaactaaatattacaac 9102586  T
Q  293 catttgtgtttctaatgnnnnnnnaaagttaatttgatattct 335  Q
    ||||||||||| |||||       ||||||||||| |||||||    
T  9102585 catttgtgtttttaatgtttttttaaagttaatttcatattct 9102543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 386 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 9102469 - 9102322
Alignment:
Q  386 gacaaatgttcaagaacgttgtacaaatttgatcttggaaagactttatgtaatttaattatg-tcaataactatgctttgaaacaatttttagcttttg 484  Q
    |||||| ||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||   || |||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9102469 gacaaaagttcaagaacgctgtgcaagtttgattttggaaaacgttgatgtaatttaattatgcttcttaactatgctttgaaacaatgtttagcttttg 9102370  T
Q  485 tttagttttatgatattgtaactttggatttgtttgatattgtaacaa 532  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9102369 tttaattttatgatattgtaactttgaatttgtttgatattgtaacaa 9102322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 193 - 303
Target Start/End: Original strand, 17033864 - 17033974
Alignment:
Q  193 aattatgagtgtgcctattttataatgatacatatgctgaacattgtatcaactggtattaccgactcatgggatatggtgtgtaactaaatattacaat 292  Q
    |||||||||||||  || | ||| |||||||||||| | |||||||||| | |||||||||| || ||||||||  ||||| |||| | |||||| ||||    
T  17033864 aattatgagtgtggttactatatcatgatacatatgttaaacattgtattagctggtattactgattcatgggaactggtgcgtaattgaatatttcaat 17033963  T
Q  293 catttgtgttt 303  Q
      |||||||||    
T  17033964 tttttgtgttt 17033974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University