View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF6550_low_1 (Length: 860)
Name: NF6550_low_1
Description: NF6550
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6550_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 691; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 691; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 829
Target Start/End: Original strand, 39172552 - 39173366
Alignment:
| Q |
8 |
cgaagaatatgaaaatgaggtggagtggattgacccgagaggttacgtttatttattctgtcttaacaatcaaatatggtatggtcatggactcatggga |
107 |
Q |
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| T |
39172552 |
cgaagaaaatgaaaatgaggtggagtggattgacccgagaggttacgtttatttattctgtcttaacaatcaaatatggtatggtcatggactcatgggc |
39172651 |
T |
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| Q |
108 |
agtcataggcagtcgtgggccgattccatattaaaatcgatttaattggaaaaatcgatttccatattcgtttttgaatttgtagctgggtttatgtaaa |
207 |
Q |
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| T |
39172652 |
tgtcataggcagtcgtgggccgattccatattaaaatcgatttaattggaaaaatcgatttccatattcgtttttgaatttgtagctgggtttttgtaaa |
39172751 |
T |
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| Q |
208 |
ttgtagttaatgcttttaaaggtgggagagttatatttgataatgtactatttcaaatatgcaattgtccaatagcttaattctgttcttggtataccaa |
307 |
Q |
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| T |
39172752 |
ttgtagttaatgcttttaa-ggtgggagagttatatttgataatgtactatttcaaatatgcagttgtccaatagcttaattctgttcttggtataccaa |
39172850 |
T |
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| Q |
308 |
aacaacaacaactgaagctcagctcattctacaattaattaatttcattttcttctttatctactcttgttcaattcaactttttatatattctttaaag |
407 |
Q |
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| T |
39172851 |
aacaacaaaaactgaagct-----cattctacaattaattaatttcattttcttctttatctactcctgttcaattcaactttttatacagtctttaaag |
39172945 |
T |
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| Q |
408 |
gtcctttttcttgagttatagacttctaatagccaagcttggtattgaaccagaagcacaaaagaatgggtttcctaaagatagaaactataatatttcc |
507 |
Q |
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| T |
39172946 |
gtcctttttattgagttatagacttctaatagccaagctcggtattgaaccagaagcacaaaagaaggggtttcctaaagatagaaactataatatttcc |
39173045 |
T |
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| Q |
508 |
ttgaaacgcatgataacagtgaatagtttcacttttagcattcttatagctggacaattttcttttgttgactataaaccattaacttcttgacctttat |
607 |
Q |
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| T |
39173046 |
ttgaaacgaatgataacaatgaatagtttcacttttagcattcttatagctggacaattttcttttgttgactataaaccattaacttcttgacctttat |
39173145 |
T |
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| Q |
608 |
taacacaattgagttttactccggtagtctttaacggatcactcattaataatgcatatatgcctctagcttggattcaattcgtcttcttgtcgagatt |
707 |
Q |
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| T |
39173146 |
tgacacaattgagttttactccggtagtctttaacggatcactcattaataatgcatatatgcctctagcttggattcaattcgtcttcttgtcgagatt |
39173245 |
T |
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| Q |
708 |
tccttcctcccattttctgaagtgtttatagtaatatggaaattgatcatgttagttannnnnnnnnncttatgattaatttagtttccatttttgagag |
807 |
Q |
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| T |
39173246 |
tccttcctcccattttctgtagtgtttatagtaatatggaaattcatcatgttagtta-tttttttttcttatgattaatttagtttccatttttgagag |
39173344 |
T |
|
| Q |
808 |
attctctcttgcatataagttt |
829 |
Q |
| |
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| T |
39173345 |
attctctcttgcatataagttt |
39173366 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 761
Target Start/End: Original strand, 39176437 - 39177212
Alignment:
| Q |
8 |
cgaagaatatgaaaatgaggtggagtggattgacccgagaggttacgtttatttattctgtcttaacaatcaaatatggtatggtcatggactcatggga |
107 |
Q |
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| T |
39176437 |
cgaagaaaatgaaaatgaggtggagtggatcgacccgagaggttatgtatatttattctgtcttaacaatcaaatatggtatggtcatggactcatgggc |
39176536 |
T |
|
| Q |
108 |
agtcataggcagtcgtgggccgattccatattaaaatcgatttaattggaaaaatcgatttccatattcgtttttgaatttgtagctgggtttatgtaaa |
207 |
Q |
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|
| T |
39176537 |
cgtcataggctg----------attccatattaaaatcgatttaattggaaaaatcgatttccatattcgtttttgaatttgtagctgggtttttgtaaa |
39176626 |
T |
|
| Q |
208 |
ttgtagttaatgcttttaaaggtgggagagttatatttgataatgtactatttcaaatatgcaattgtcc-aatagcttaattctgttcttggtatacca |
306 |
Q |
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| T |
39176627 |
ttgtagttaatgcttttaaaggtggtagagttatatttgacaatgtactatttcaaatatggaattgtccaaatagcataattctgttcttggtatacca |
39176726 |
T |
|
| Q |
307 |
aaacaacaacaactgaagctcagctcattctacaattaattaatttcattttcttctttatctactcttgttcaattcaactttttatatattctttaaa |
406 |
Q |
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| T |
39176727 |
taacaacaaaaactg-----cagcttattctac----aattaatttcattttcttc-ttatctactcttgttcatttcaactttttattcagtctttaaa |
39176816 |
T |
|
| Q |
407 |
ggtc------------ctttttcttgagttatagacttctaatagccaagcttggtat-----------------tgaaccagaagcacaaaagaatggg |
477 |
Q |
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|
| T |
39176817 |
ggtcttctgcatagaactttttcttgagtcatagacttctaatagccaagctcggtatcaattttctttaaactatatactagaagcacaaaagaaggag |
39176916 |
T |
|
| Q |
478 |
tttcctaaagatagaaactataatatttccttgaaacgcatgataacagtgaatagtttcacttttagcattcttatagctggacaattttcttttgttg |
577 |
Q |
| |
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| T |
39176917 |
tttcctaaagataggaactataatctttccttgaaacacatgataacaatgaatactattacttttaacattcttatagctggacaattttcttttgttg |
39177016 |
T |
|
| Q |
578 |
actataaaccattaacttcttgacctttattaacacaattgagttttactccggtagtctttaacggatcactcattaataa-------------tgcat |
664 |
Q |
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| T |
39177017 |
actatattctattaacttcttgaactttattgacaccgttgagttttactcc-gaagtctttaacggatcactcattaataatgcataattatactgcat |
39177115 |
T |
|
| Q |
665 |
atatgcctctagcttggattcaattcgtcttcttgtcgagatttccttcctcccattttctgaagtgtttatagtaatatggaaattgatcatgtta |
761 |
Q |
| |
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||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||| |
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| T |
39177116 |
atacgcctctagcttggattcaattcgtcctcttgtcgagatttccttgctcccattttctgtagtgtttatagtaatagggcaattgatcatgtta |
39177212 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 43 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 39174368 - 39174305
Alignment:
| Q |
43 |
cgagaggttacgtttatttattctgtcttaacaatcaaatatggtatggtcatggactcatggg |
106 |
Q |
| |
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| T |
39174368 |
cgagaggttacatttgtttattttgttttaacaaacaaatacagtatggtgatggactcatggg |
39174305 |
T |
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