View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6551_high_9 (Length: 327)

Name: NF6551_high_9
Description: NF6551
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6551_high_9
NF6551_high_9
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (1-327)||(949436-949762)
chr1 (1-327)||(971717-972043)
chr1 (1-327)||(942447-942773)
chr1 (1-327)||(960408-960734)
chr1 (1-285)||(936569-936853)
chr1 (1-261)||(419505-419765)
chr1 (1-261)||(975396-975656)
chr1 (14-289)||(909812-910084)
chr1 (29-170)||(924461-924602)
[»] scaffold0312 (1 HSPs)
scaffold0312 (1-261)||(10806-11066)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 949762 - 949436
Alignment:
Q  1 atgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaattttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  949762 atgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtg 949663  T
Q  101 tgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  949662 tgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaagggcacagagtaaacttcggttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgtgt 949563  T
Q  201 aagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactattttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  949562 aagggtaattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactattttt 949463  T
Q  301 atccacttctgtggaaatagcttcaac 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  949462 atccacttctgtggaaatagcttcaac 949436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 972043 - 971717
Alignment:
Q  1 atgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaattttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  972043 atgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcacataaaaagccaaatgtttaggattccattctgatgtatcagtg 971944  T
Q  101 tgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcat 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  971943 tgacaaacagcaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaatggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcat 971844  T
Q  201 aagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactattttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  971843 aagggtaattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactattttt 971744  T
Q  301 atccacttctgtggaaatagcttcaac 327  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||    
T  971743 atccacttctgttgaaacagcttcaac 971717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 942773 - 942447
Alignment:
Q  1 atgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaattttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  942773 atgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcacataaaaagccaaatgtttaggattccattctgatgtatcagtg 942674  T
Q  101 tgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcat 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  942673 tgacaaacagcaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaatggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcat 942574  T
Q  201 aagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactattttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  942573 aagggtaattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttcttcactccttttgctattacatattgttgcaaaccattactattttt 942474  T
Q  301 atccacttctgtggaaatagcttcaac 327  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||    
T  942473 atccacttctgttgaaacagcttcaac 942447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 1 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 960734 - 960408
Alignment:
Q  1 atgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaattttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  960734 atgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcacataaaaagccaaatgtttaggattccattctgatgtatcagtg 960635  T
Q  101 tgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcat 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  960634 tgacaaacagcaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaatggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcat 960535  T
Q  201 aagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgcaaaccattactattttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  960534 aagggtaattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttcttcactccttttgctattacatattgttgcaaaccattactattttt 960435  T
Q  301 atccacttctgtggaaatagcttcaac 327  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||    
T  960434 atccacttctgttgaaacagcttcaac 960408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 936853 - 936569
Alignment:
Q  1 atgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaattttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtg 100  Q
    ||||||||| || |||| ||||||||  |||||||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||    
T  936853 atgatcctgaggaaggaagtgacaaactggaacagttccaggttgaacattgagcacttgaaaagccaaatgtttaggattccattgtgaagtatcagtg 936754  T
Q  101 tgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcat 200  Q
    ||||| ||| ||| || ||||||  |  |||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  936753 tgacacacagcaacagctttaactctacttccatcaacaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcat 936654  T
Q  201 aagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgcaa 285  Q
    |||||||| |||||||||||||||| | ||  || ||||| || |||||||| ||||| |||||||| || ||||||| ||||||    
T  936653 aagggtaactctctttgtgacacactacagctttattcttttctcccaatttcttcacaccttttgccattacatattcttgcaa 936569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 261
Target Start/End: Original strand, 419505 - 419765
Alignment:
Q  1 atgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaattttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtg 100  Q
    ||||||||  || |||| ||||||||  ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  419505 atgatcctcaggtaggaggtgacaaactggaacagtcccaggttgaactttgagtacttgaaatgccaaatgttttgggttccattctgatgtatcagtg 419604  T
Q  101 tgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcat 200  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||  || |||||||| |||| || || |||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  419605 tgacacacagcaatagctttaactctgcttccatcagcaccctccaaaggcacagagtaagctttagttgtatctgttttgtgacagtaaaacactgcat 419704  T
Q  201 aagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttattcactcc 261  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| || ||||||||    
T  419705 aagggtaattctctttgtgacacacaacagctttgttcttctcacccaacttcttcactcc 419765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 975656 - 975396
Alignment:
Q  1 atgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaattttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtg 100  Q
    ||||||||  || |||| ||||||||  ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  975656 atgatcctcaggtaggaggtgacaaactggaacagtcccaggttgaactttgagtacttgaaatgccaaatgttttgggttccattctgatgtatcagtg 975557  T
Q  101 tgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcat 200  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||  || |||||||| |||| || || |||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  975556 tgacacacagcaatagctttaactctgcttccatcagcaccctccaaaggcacagagtaagctttagttgtatctgttttgtgacagtaaaacactgcat 975457  T
Q  201 aagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttattcactcc 261  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| || ||||||||    
T  975456 aagggtaattctctttgtgacacacaacagctttgttcttctcacccaacttcttcactcc 975396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 14 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 910084 - 909812
Alignment:
Q  14 aggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaattttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaa 113  Q
    |||||||| ||||  |||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| ||||||| ||| |||| | |||    
T  910084 aggatgtggcaaactggaaaagttccttgttgaactttgagcacttgaaaagccaaatgtttaaggctccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaa 909985  T
Q  114 tagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctc 213  Q
     || ||||||  |  |||||||| ||||||| || |||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||      
T  909984 cagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatctgttttgtgacagtaaaaaactgcataagggtaattccg 909885  T
Q  214 tttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgcaaacca 289  Q
    |||||| |||||||    ||||   ||||| |||| ||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||    
T  909884 tttgtggcacacaaccaaattg---ttctctcccattttcttcactccgtttgctattacatattgttgtaaacca 909812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 29 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 924602 - 924461
Alignment:
Q  29 ggaacagtccctggttgaattttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgt 128  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||| ||| ||||||| ||| |||| | ||| || ||||||  ||     
T  924602 ggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaaaagccaaatgtttaggactccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactttgg 924503  T
Q  129 ttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttg 170  Q
    |||||||||||||||| |  |||| | ||||||||| |||||    
T  924502 ttccatcaacaccttccataggcaaatagtaaactttagttg 924461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0312 (Bit Score: 133; Significance: 4e-69; HSPs: 1)
Name: scaffold0312
Description:

Target: scaffold0312; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 11066 - 10806
Alignment:
Q  1 atgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaattttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggttccattctgatgtatcagtg 100  Q
    ||||||||  || |||| ||||||||  ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11066 atgatcctcaggtaggaggtgacaaactggaacagtcccaggttgaactttgagtacttgaaatgccaaatgttttgggttccattctgatgtatcagtg 10967  T
Q  101 tgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttctaagggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatgacagtaaaaaactgcat 200  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||  || |||||||| |||| || || |||||||||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  10966 tgacacacagcaatagctttaactctgcttccatcagcaccctccaaaggcacagagtaagctttagttgtatctgttttgtgacagtaaaacactgcat 10867  T
Q  201 aagggtaattctctttgtgacacacaatagtattgttcttctcacccaatttattcactcc 261  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| || ||||||||    
T  10866 aagggtaattctctttgtgacacacaacagctttgttcttctcacccaacttcttcactcc 10806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University