View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6555_low_1 (Length: 587)

Name: NF6555_low_1
Description: NF6555
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6555_low_1
NF6555_low_1
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-580)||(8294186-8294763)
chr1 (1-544)||(30148693-30149227)
chr1 (49-544)||(30153414-30153900)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (1-346)||(25755739-25756069)
chr7 (1-286)||(25733297-25733573)
chr7 (1-286)||(25740998-25741274)
chr7 (1-292)||(25763686-25763971)
chr7 (208-548)||(40462485-40462819)
chr7 (1-290)||(25747171-25747448)
chr7 (406-536)||(25741348-25741476)
chr7 (406-544)||(25756086-25756222)
chr7 (406-536)||(25733647-25733775)
chr7 (406-544)||(25747518-25747654)
chr7 (409-549)||(25764042-25764180)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 540; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 8294763 - 8294186
Alignment:
Q  1 tatagtccatgactggtcaaacagtttataaattacaatgtggcaaaaatcactcaaaagaccgactaaataacaatcagaaccatcacaatttggtttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8294763 tatagtccatgactggtcaaagagtttataaattacaatgtggcaaaaatcactcaaaagaccgactaaataacaatcagaaccatcacaatttggtttg 8294664  T
Q  101 gaagaggccaccaatttcttcacacgtgatattctattacctgggacggaagagttggagggcaagtacaattttgatggtatcatgattctaacatcaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8294663 gaagaggccaccaatttcttcaaacgtgatattctattacctgggacggaagagttggagggcaagtacaattttgatggtatcatgattctaacatcaa 8294564  T
Q  201 tcactggattcaagaagaaaatttttgcaaaacctttttcagaatagtcacttacaatcaaccatccttcaactgagccaacacatttatcagtgttctt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8294563 tcactggattcaagaagaaaatttttgcaaaacctttttcagaatagtcacttacaatcaaccatccttcaactgagccaacacatttatcagtgttctt 8294464  T
Q  301 ccacagtggtgttctaaggggaagtacaatttttgtactcaggctataaaagaacactgaatttttggactgtaatgaaactagtggcaattcaggtaaa 400  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8294463 c--cagtggtgttctaaggggaagtacaatttttgtactcaggctataaaagaacactgaatttttggactgtaatgaaactagtggcaattcaggtaaa 8294366  T
Q  401 tgcatggcagcaatgcttgttttcaatgacattagaaattgtgttttcctacaagaacggcatattgctcgtaatctaaggcaatctttaaggggaaaac 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8294365 tgcatggcagcaatgcttgttttcaatgacattagaaattgtgttttcctacaagaacggcatattgctcgtaatctaaggcaatctttaaggggaaaac 8294266  T
Q  501 gcttcataatcaattccaacacatcaacaggtagatttatcaatgtgttgnnnnnnnccatctcatccgttttcatttca 580  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||    
T  8294265 gcttcataatcaattccaacacatcaacaggtagatttatcaatgtgttgtttttttccatctcatccgttttcatttca 8294186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 30149227 - 30148693
Alignment:
Q  1 tatagtccatgactggtcaaacagtttataaattacaatgtggcaaaaatcactcaaaagaccgactaaataacaatcagaaccatcacaatttggtttg 100  Q
    |||| |||||||||  ||||| |||||||||||| ||||||| |||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30149227 tataatccatgacttatcaaaaagtttataaattgcaatgtgacaatcatcacctaaaagaccgactaaataacaatcagaaccatcaaaatttggtttg 30149128  T
Q  101 gaagaggccaccaatttcttcacacgtgatattctattacctgggacggaagagttggagggcaagtacaattttgatggtatcatgattctaacatcaa 200  Q
    ||||||||||||| |||  ||||| || |  ||| || || | || |||||      | |||||||| ||  |||||||||||| ||||||||||||||     
T  30149127 gaagaggccaccattttgctcacatgtaactttccatcacattgggcggaa------gggggcaagtgcagctttgatggtatcgtgattctaacatcat 30149034  T
Q  201 tcactggattcaagaagaaaatttttgcaaaacctttttcagaatagtcacttacaatcaaccatccttcaactgagccaacacatttatcagtgttctt 300  Q
    ||| ||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||  ||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||| | ||  |      
T  30149033 tcattggatttgagaagaaaatttttgcaaaacccttttcagaaaggtcacccacaatcaaccagccttcaactgacccaagacatctattattgcgccc 30148934  T
Q  301 ccacagtggtgttctaaggggaagtacaatttttgtactcaggctataaaagaacactgaatttttggactgtaatgaaactagtggcaattcaggtaaa 400  Q
      |  |||||||||||| | || ||||| ||||||||| || |||||||| ||||  ||| |||||||| |  |   |||||| ||||| |||||||||     
T  30148933 taattgtggtgttctaatgcgatgtacactttttgtacccaagctataaaggaaccttgattttttggatttcaggaaaactaatggcagttcaggtaa- 30148835  T
Q  401 tgcatggcagcaatgcttgttttcaatgacattagaaattgtgttttcctacaagaacggcatattgctcgtaatctaaggcaatctttaaggggaaaac 500  Q
       |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||| ||  |||| | ||||| ||| |||||||||||||| || |    
T  30148834 ---atggcagcaacgcttgttttcaatgaaattagaaa--ctgttttcctacaagaacgacaggttgcccttaatccaagccaatctttaaggggcaagc 30148740  T
Q  501 gcttc---ataatcaattccaacacatcaacaggtagatttatcaat 544  Q
    | |||   || ||||||||||||||||| || ||||||||| |||||    
T  30148739 ggttcagaatcatcaattccaacacatcgaccggtagatttgtcaat 30148693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 49 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 30153900 - 30153414
Alignment:
Q  49 atcactcaaaagaccgactaaataacaatcagaaccatcacaatttggtttggaagaggccaccaatttcttcacacgtgatattctattacctgggacg 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| || | |||| |  || | || ||    
T  30153900 atcactcaaaagaccgactaaataacaatcagaaccgtcacaatttggtttggaagaggccaccattttggtcacatgtaacattccaccacattgggcg 30153801  T
Q  149 gaagagttggagggcaagtacaattttgatggtatcatgattctaacatcaatcactggattcaagaagaaaatttttgcaaaacctttttcagaatagt 248  Q
    ||||||      ||||||| ||  |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||  ||||||||| ||| |||||||| ||||| ||| |||    
T  30153800 gaagag------ggcaagtgcagctttgatggtatcgtgattctaacatcatttactggatttgagaagaaaaatttcgcaaaacccttttcggaaaagt 30153707  T
Q  249 cacttacaatcaaccatccttcaactgagccaacacatttatcagtgttcttccacagtggtgttctaaggggaagtacaatttttgtactcaggctata 348  Q
    |||  ||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||| | ||  |    |  |||||||||||| | || ||||| ||||||||| || ||||||    
T  30153706 cacccacaatcaaccagccttcaactgagccaagacatctattattgcgccctaattgtggtgttctaatgcgatgtacactttttgtacccaagctata 30153607  T
Q  349 aaagaacactgaatttttggactgtaatgaaactagtggcaattcaggtaaatgcatggcagcaatgcttgttttcaatgacattagaaattgtgttttc 448  Q
    || ||||  ||| |||||||| |  |   |||||| ||||| |||||||||    ||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||   |||||||    
T  30153606 aaggaaccttgattttttggatttcaggaaaactaatggcagttcaggtaa----atgacagcaacgcttgttttcaatgaaattagaaa--ctgttttc 30153513  T
Q  449 ctacaagaacggcatattgctcgtaatctaaggcaatctttaaggggaaaacgcttc---ataatcaattccaacacatcaacaggtagatttatcaat 544  Q
    ||||||||||| ||  |||| | ||||| ||| |||||||||||||| || || |||   || ||||||||||||||||| || ||||||||| |||||    
T  30153512 ctacaagaacgacaggttgcccttaatccaagccaatctttaaggggcaagcggttcagaatcatcaattccaacacatcgaccggtagatttgtcaat 30153414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Original strand, 25755739 - 25756069
Alignment:
Q  1 tatagtccatgactggtcaaacagtttataaattacaatgtggcaaaaatcactcaaaagaccgactaaataacaatcagaaccatcacaatttggtttg 100  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25755739 tatagtccatgacttttcaaagagtttataaattgcaatgtgacaataatcactcaaaaggccaactaaataacaatcagaaccatcacaatttggtttg 25755838  T
Q  101 gaagaggccaccaatttcttcacacgtgatattctattacctgggacggaagagttggagggcaagtacaattttgatggtatcatgattctaacatcaa 200  Q
    |||||||||  || |||  |||||    ||||||| | |||   ||         | |||||||||| ||| |||||||||||  ||||||||||||||     
T  25755839 gaagaggccgtcatttttctcacat---atattctttgaccaatga---------ttgagggcaagtgcaactttgatggtattgtgattctaacatcag 25755926  T
Q  201 tcactggattcaagaagaaaatttttgcaaaacctttttcagaatagtcacttacaatcaaccatccttcaactgagccaacacatttatcagtgttctt 300  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||   ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||    |||    
T  25755927 tcactggattcaaaaagaaaaattttgcaaaacctttatcagagttgtcaaccacaatcaaccaaccttcaactgagccaatacatttattag---actt 25756023  T
Q  301 ccacagtggtgttctaaggggaagtacaatttttgtactcaggcta 346  Q
    | |||||||||||||||||  ||||| | |||||||||||| ||||    
T  25756024 caacagtggtgttctaaggcaaagtaaactttttgtactcaagcta 25756069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 25733297 - 25733573
Alignment:
Q  1 tatagtccatgactggtcaaacagtttataaattacaatgtggcaaaaatcactcaaaagaccgactaaataacaatcagaaccatcacaatttggtttg 100  Q
    ||||||||| ||||  ||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  25733297 tatagtccacgacttttcaaagagtttataaattgcaatgtgacaataatcactcaaaaggccagctaaatagcaatcagaaccatcacaatttggtttg 25733396  T
Q  101 gaagaggccaccaatttcttcacacgtgatattctattacctgggacggaagagttggagggcaagtacaattttgatggtatcatgattctaacatcaa 200  Q
    ||||| |||  || |||  |||||  ||||||||| | |||   ||         | |||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||     
T  25733397 gaagaagccgtcattttactcacatatgatattctttgaccaatga---------ttgaggacaagtacaactttgatggtatcgtgattctaacatcac 25733487  T
Q  201 tcactggattcaagaagaaaatttttgcaaaacctttttcagaatagtcacttacaatcaaccatccttcaactgagccaacacat 286  Q
    |||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||||    
T  25733488 tcacgggattcaaaaagaaaacttttgcaaaacctttttcagaatagtcactcacaatcaaccagccgtcaactgagccaatacat 25733573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 25740998 - 25741274
Alignment:
Q  1 tatagtccatgactggtcaaacagtttataaattacaatgtggcaaaaatcactcaaaagaccgactaaataacaatcagaaccatcacaatttggtttg 100  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||||||||||| | ||||| ||| ||||||| ||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  25740998 tatagtccatgacttttcaaagagtttataaattgctatgtgacaataatcactgaaaaggccagctaaatagcaatcagaaccatcacaatttggtttg 25741097  T
Q  101 gaagaggccaccaatttcttcacacgtgatattctattacctgggacggaagagttggagggcaagtacaattttgatggtatcatgattctaacatcaa 200  Q
    |||||||||  || |||  |||||  |||||| || | |||   ||         | |||||||||| ||| |||||||||||  ||||||||||||||     
T  25741098 gaagaggccgtcagttttgtcacatatgatatactttgaccaacga---------ttgagggcaagtgcaactttgatggtatagtgattctaacatcag 25741188  T
Q  201 tcactggattcaagaagaaaatttttgcaaaacctttttcagaatagtcacttacaatcaaccatccttcaactgagccaacacat 286  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||||    
T  25741189 tcactggattcaaaaagaaaatttttgcaaaacctttttcagaattgtcactcacaatcaaccagccgtcaactgagccaatacat 25741274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 292
Target Start/End: Original strand, 25763686 - 25763971
Alignment:
Q  1 tatagtccatgactggtcaaacagtttataaattacaatgtggcaaaaatcactcaaaagaccgactaaataacaatcagaaccatcacaatttggtttg 100  Q
    ||||||||||  || |||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  25763686 tatagtccattccttgtcaaagagtttataaattgcaatgtgacaacaatcagtcagaagacagactaaataacaatccgaaccatcacagtttggtttg 25763785  T
Q  101 gaagaggccaccaatttcttcacacgtgatattctattacctgggacggaagagttggagggcaagtacaattttgatggtatcatgattctaacatcaa 200  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| || |||||| || |  | || |||||      ||||| || | ||| |||||||||||| |||||||||||| |     
T  25763786 gaagaggccaccatttttttcacaggtaatattccatcatattgggcggaa------gagggaaattgcaactttgatggtatcgtgattctaacattag 25763879  T
Q  201 tcactggattcaagaagaaaatttttgcaaaacctttttcagaatagtcacttacaatcaaccatccttcaactgagccaacacatttatca 292  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||| || ||| |||||  ||||||||||| ||||||| |||||||| |||| |||||    
T  25763880 tcactggattcaaaaagaaaaactttgcaaaaccttttccaaaattgtcacacacaatcaaccagccttcaattgagccaatacatatatca 25763971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 208 - 548
Target Start/End: Original strand, 40462485 - 40462819
Alignment:
Q  208 attcaagaagaaaatttttgcaaaacctttttcagaatagtcacttacaatcaaccatccttcaactgagccaacacatttatcagtgttcttccacagt 307  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||| ||||||  || |||||||| ||||||| |||||||| ||| | || |||| ||| |||||||    
T  40462485 attcaagaagaaattttttgcaaaaccttcttgagaaaagtcacccacgatcaaccagccttcaattgagccaagacactcatgagtgctctgccacagt 40462584  T
Q  308 ggtgttctaaggggaagtacaatttttgtactcaggctataaaagaacactgaatttttggactgtaatgaaactagtggcaattcaggtaaatgcatgg 407  Q
     ||||  || || || ||||| ||| |||||||| | | ||| | |||  ||||||||||||| | |   |||||||||||| |||||||||    ||||    
T  40462585 agtgtgttacggtgatgtacactttctgtactcaagttgtaataaaaccttgaatttttggaccgaaggaaaactagtggcagttcaggtaa----atgg 40462680  T
Q  408 cagcaatgcttgttttcaatgacattagaaattgtgttttcctacaagaacggcatattgctcgtaatctaaggcaatctttaaggggaaaacgcttcat 507  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||    |||||||| |||||||| |||||||||| ||| | |||||||||| ||||||| ||||||||||     
T  40462681 cagtaatgtttgttttcaatgacattagaaa--cagttttcctgcaagaacgacatattgctcttaaaccaaggcaatctctaaggggcaaacgcttcag 40462778  T
Q  508 aatcaattccaacacatcaacaggtagatttatcaatgtgt 548  Q
    |||||| || |||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  40462779 aatcaactcaaacacatcgactggtagatttgtcaatgtgt 40462819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Original strand, 25747171 - 25747448
Alignment:
Q  1 tatagtccatgactggtcaaacagtttataaattacaatgtggcaaaaatcactcaaaagaccgactaaataacaatcagaaccatcacaatttggtttg 100  Q
    ||||||||| ||||  ||||| |||||||||||| ||||||   || ||||||||||||| ||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  25747171 tatagtccacgacttttcaaagagtttataaattgcaatgt---aataatcactcaaaaggccagctaaatagcaatcagatccatcacaatttggtttg 25747267  T
Q  101 gaagaggccaccaatttcttcacacgtgatattctattacctgggacggaagagttggagggcaagtacaattttgatggtatcatgattctaacatcaa 200  Q
    |||||||||  || |||  |||||  ||||||||  | |||   ||         | || ||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||     
T  25747268 gaagaggccgtcattttactcacatatgatattccttcaccaatga---------ttgacggcaagtacaacttcgatggtatcgtgattctaacatcag 25747358  T
Q  201 tcactggattcaagaagaaaatttttgcaaaacctttttcagaatagtcacttacaatcaaccatccttcaactgagccaacacatttat 290  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || || |||||||||| ||||||||    
T  25747359 ttactggattcaaaaagaaaatttttgcaaaacctttttcagaattgtcactcacaatcaaccagccgtccactgagccaatacatttat 25747448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 406 - 536
Target Start/End: Original strand, 25741348 - 25741476
Alignment:
Q  406 ggcagcaatgcttgttttcaatgacattagaaattgtgttttcctacaagaacggcatattgctcgtaatctaaggcaatctttaaggggaaaacgcttc 505  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| |||| | |  |||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  25741348 ggcagcaatgtttgttttcaatgatattcgaaactat--tttcctacaagaacggcaaattgctctcaatctaaggtaatctttaagaggcaaacgcttc 25741445  T
Q  506 ataatcaattccaacacatcaacaggtagat 536  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  25741446 ataatcaattccaacacatcaacgggtagat 25741476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 406 - 544
Target Start/End: Original strand, 25756086 - 25756222
Alignment:
Q  406 ggcagcaatgcttgttttcaatgacattagaaattgtgttttcctacaagaacggcatattgctcgtaatctaaggcaatctttaaggggaaaacgcttc 505  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||  || || |||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  25756086 ggcagcaatgcttgttttcaatgatattggaaactgt--ttcccgacaagaacggcaaattgctctcaatctaaggtaatctttaagaggcaaacgcttc 25756183  T
Q  506 ataatcaattccaacacatcaacaggtagatttatcaat 544  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  25756184 ataatcatttccaacacatcaactggtagatttgtcaat 25756222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 406 - 536
Target Start/End: Original strand, 25733647 - 25733775
Alignment:
Q  406 ggcagcaatgcttgttttcaatgacattagaaattgtgttttcctacaagaacggcatattgctcgtaatctaaggcaatctttaaggggaaaacgcttc 505  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||| | |  |||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||    
T  25733647 ggcagcaatgcttgttttcaatgatattcgaaactat--tttcctacaagaacggcaaattgctctcaatctaaggtaatcttttaggggcaaacgcttc 25733744  T
Q  506 ataatcaattccaacacatcaacaggtagat 536  Q
    ||||||| ||||||||||||| | |||||||    
T  25733745 ataatcagttccaacacatcagcgggtagat 25733775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 406 - 544
Target Start/End: Original strand, 25747518 - 25747654
Alignment:
Q  406 ggcagcaatgcttgttttcaatgacattagaaattgtgttttcctacaagaacggcatattgctcgtaatctaaggcaatctttaaggggaaaacgcttc 505  Q
    |||||||||||||||||||||| |  || ||||  ||  |||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  25747518 ggcagcaatgcttgttttcaatcattttggaaaccgt--tttcctacaagaacggcaaattgctctcaatctaaggtaatctttaagaggcaaacgcttc 25747615  T
Q  506 ataatcaattccaacacatcaacaggtagatttatcaat 544  Q
    |||||||  ||||||||||| || ||||||||| |||||    
T  25747616 ataatcatctccaacacatcgactggtagatttgtcaat 25747654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 409 - 549
Target Start/End: Original strand, 25764042 - 25764180
Alignment:
Q  409 agcaatgcttgttttcaatgacattagaaattgtgttttcctacaagaacggcatattgctcgtaatctaaggcaatctttaaggggaaaacgcttcata 508  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||| |||  || || ||||||||| || || ||||  ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  25764042 agcaatgcttgttttcaatgatattggaaactgt--ttcccgacaagaacgacaaatcgctctcaatctaaggtaatctttaagaggcaaacgcttcata 25764139  T
Q  509 atcaattccaacacatcaacaggtagatttatcaatgtgtt 549  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  25764140 atccgttccaacacatcaactggtagatttgtcaatatgtt 25764180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University