View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6560_low_18 (Length: 400)

Name: NF6560_low_18
Description: NF6560
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6560_low_18
NF6560_low_18
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (33-400)||(12212867-12213249)
chr4 (29-399)||(43419826-43420209)
chr4 (29-399)||(32465055-32465433)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (31-380)||(33851653-33852016)
chr8 (136-398)||(44629183-44629447)
chr8 (188-399)||(23564907-23565120)
chr8 (90-131)||(44629494-44629534)
chr8 (133-169)||(23565408-23565444)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (29-400)||(54800726-54801111)
chr3 (90-400)||(37332849-37333167)
chr3 (231-399)||(50314105-50314273)
chr3 (27-91)||(37333512-37333576)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (29-399)||(11276802-11277188)
chr5 (29-400)||(30971444-30971824)
chr5 (32-277)||(26243499-26243758)
chr5 (292-400)||(26243022-26243131)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (29-394)||(4287545-4287925)
chr7 (29-399)||(23678351-23678728)
chr7 (286-399)||(31308486-31308599)
chr7 (29-91)||(31308777-31308839)
chr7 (133-177)||(31308623-31308667)
chr7 (231-270)||(31308589-31308628)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (169-398)||(10613207-10613436)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (29-266)||(23597671-23597922)
chr6 (287-394)||(23597963-23598072)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 243; Significance: 1e-134; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 33 - 400
Target Start/End: Original strand, 12212867 - 12213249
Alignment:
Q  33 aaactaatgcttctccaattccaatccaaagctaaagcaagatttaggagactattgctaa-----gaggtgtatttatttactattcatttaattcttt 127  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |     ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12212867 aaactaatgcatctcaaattccaatccaaagttaaagcaagatttaggagactattgcttaatctagaggtatatttatttactattcatttaattcttt 12212966  T
Q  128 cataa--------atttcaaaatagtggttgatgcaacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtattttgtcacttgatataattttcat 219  Q
    ||||         |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12212967 catatcctctatgatttcaaaatagtggttgatgtcacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtattttgtcacttgatataattttcat 12213066  T
Q  220 aattagataagtattgcagactaaaaccattagaaacaatgtcatctaatcattggtt--nnnnnnnngtcatataatctatttataaaacaaagcatat 317  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  12213067 aattaaataagtattgcaaactaaaaccattagaaacaatgtcatctaatcattggttaaaaaaaaatgtcatctaatctatttataaaacaaagcatat 12213166  T
Q  318 caatttaaatatgtagctaagcagaaaaatattataattatacattttttataaggatatcaaccactatgttaattgtttgt 400  Q
     |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12213167 aaatttaaatatgcagctaagaagaaaaatattataattatacattttttataaggatatcaaccactatgttaattgtttgt 12213249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 29 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 43420209 - 43419826
Alignment:
Q  29 tgacaaactaatgcttctccaattccaatccaaagctaaagcaagatttaggagactattgct------aagaggtgtatttatttactattcatttaat 122  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43420209 tgacacactaatgcatctccaattgcaatccaaaactaaagcaagatttacaagactattgctttatctaagaggtgtatttatttactattcatttaat 43420110  T
Q  123 tctttcataa-------atttcaaaatagtggttgatgcaacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtattttgtcacttgatataattt 215  Q
    |||||||||        ||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  43420109 tctttcatatctctgtgatttcaaaatagtggatgatgccacatggtaacgaattatattgctaaatgataatagtgtatattgtcatttgatataattt 43420010  T
Q  216 tcataattagataagtattgcagactaaaaccattagaaacaatgtcatctaatcattggtt-nnnnnnnngtcatataatctatttataaaacaaagca 314  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||         ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  43420009 tcataatcagataagtattggagac--aaacaattagaaacaatgtcatctaatcattggttaaaaaaaatgtcatgtaatccatttataaaacaaagca 43419912  T
Q  315 tatcaatttaaatatgtagctaagcagaaaaatattataattatacatttttta-taaggatatcaaccactatgttaattgtttg 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  43419911 tatcaatttaaatatgtagctaagttgaaaaatattgtaattatacattttttacaaaaaatatcaaccactatgttaattgtttg 43419826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 29 - 399
Target Start/End: Original strand, 32465055 - 32465433
Alignment:
Q  29 tgacaaactaatgcttctccaattccaatccaaagctaaagcaagatttaggagactattgct------aagaggtgtattt-atttactattcatttaa 121  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||      ||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  32465055 tgacaaactaatgcatctctaattccaatccaaaggtaaagcaagatttaggagactactgcttaatctaagaggtgtattttatttactattcgtttaa 32465154  T
Q  122 ttctttcataa--------atttcaaaatagtggttgatgcaacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtattttgtcacttgatataat 213  Q
    ||||||||||         ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||         |||| ||||||    
T  32465155 ttctttcatatcctctgttatttcaaaatagtagatgatgccacatggtaatgaattatattcctgaatgatgatagtgtg--------cttggtataat 32465246  T
Q  214 tttcataattagataagtattgcagactaaaaccattagaaacaatgtcatctaatcattggttnnnnnnnn--gtcatataatctatttataaaacaaa 311  Q
    |||| |||| || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||          ||||| ||||||||||||||||||||    
T  32465247 tttcttaatcaggtaattattgcagactaaaaccgttagaaacaatgtcatctaatcattagtttaaaaaaaatgtcatctaatctatttataaaacaaa 32465346  T
Q  312 gcatatcaatttaaatatgtagctaagcagaaaaatattataattatacattttttataaggatatcaaccactatgttaattgtttg 399  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32465347 gcatattaatttaaatatgtagctaagctgaaaaatattataattataca-tttttacaaggatatcaaccactatcttaattgtttg 32465433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 228; Significance: 1e-125; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 31 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 33852016 - 33851653
Alignment:
Q  31 acaaactaatgcttctccaattccaatccaaagctaaagcaagatttaggagactattgct------aagaggtgtatttatttactattcatttaattc 124  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33852016 acaaattaatgcatctccaattccaatccaaagttaaagcaagatttagcagactattgcttaatctaagaggtgtatttatttactattcatttaattc 33851917  T
Q  125 tttcataa--------atttcaaaatagtggttgatgcaacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtattttgtcacttgatataatttt 216  Q
    |||||||         ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33851916 tttcatatcctttgtgatttcaaaatagtggatgatgcaacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtatattgtcacttgatataatttt 33851817  T
Q  217 cataattagataagtattgcagactaaaaccattagaaacaatgtcatctaatcattggttnnnnnnnngtcatataatctatttataaaacaaagcata 316  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||        ||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  33851816 cataatcagataagtattgcagactaaaaccattagaaacattgtcatctaatcattggttaaaaaaatgtcatctaatctgtttataaaacaaaacata 33851717  T
Q  317 tcaatttaaatatgtagctaagcagaaaaatattataattatacattttttataaggatatcaa 380  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  33851716 tcaatttaaatatgtagctaagctgaaaaatattataattatacattttttacaagaatatcaa 33851653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 7e-96
Query Start/End: Original strand, 136 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 44629447 - 44629183
Alignment:
Q  136 tcaaaatagtggttgatgcaacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtattttgtcacttgatataattttcataattagataagtattg 235  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  44629447 tcaaaatagtggatgatgccacatggtaattaattatattgctaaatgataatagtgtatattgtcacttgatttaattttcataatcagataagtattg 44629348  T
Q  236 cagactaaaaccattagaaacaatgtcatctaatcattggtt--nnnnnnnngtcatataatctatttataaaacaaagcatatcaatttaaatatgtag 333  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||          ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44629347 cagactaaaaccattagaaacaatatcatctaatcattggttaaaaaaaaatgtcatttaatctatttataaaacaaagcatatcaatttaaatatgtag 44629248  T
Q  334 ctaagcagaaaaatattataattatacattttttataaggatatcaaccactatgttaattgttt 398  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44629247 ttaagctgaaaaatattataattatacattttttacaagaatatcaaccactatgttaattgttt 44629183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 188 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 23565120 - 23564907
Alignment:
Q  188 tagtgtattttgtcacttgatataattttcataattagataagtattgcagactaaaaccattagaaacaatgtcatctaatcattggttnnnnnnnn-g 286  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||         |    
T  23565120 tagtgtatattgtcacttgatataatttccataatcagataagtattgcaaactaaaaccattagaaacaatgtcatataatcattgattaaaaaaaatg 23565021  T
Q  287 tcatataatctatttataaaacaaagcatatcaatttaaatatgtagctaagcagaaaaatattataattatacatt-ttttataaggatatcaaccact 385  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||    
T  23565020 tcatctaatctatttataaaacagagcatatcaatttaaatatgtagctaagctgaaaaatattataattatacatttttttacaaagatatcaaccact 23564921  T
Q  386 atgttaattgtttg 399  Q
    ||||||||||||||    
T  23564920 atgttaattgtttg 23564907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 90 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 44629534 - 44629494
Alignment:
Q  90 ctaagaggtgtatttatttactattcatttaattctttcata 131  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  44629534 ctaagaggtgtatttatttacta-tcatttaattctttcata 44629494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 133 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 23565444 - 23565408
Alignment:
Q  133 atttcaaaatagtggttgatgcaacatggtaatgaat 169  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  23565444 atttcaaaatagtggttgaagccacatggtaatgaat 23565408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 29 - 400
Target Start/End: Original strand, 54800726 - 54801111
Alignment:
Q  29 tgacaaactaatgcttctccaattccaatccaaagctaaagcaagatttaggagactattg------ctaagaggtgtatttatttactattcatttaat 122  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54800726 tgacaaactaatgcatcttcaattccaattcaaagctaaagcaaaatttaggagattattgtttaatctaagaggtgtatttatttactattcatttaat 54800825  T
Q  123 tctttcataa--------atttcaaaatagtggttgatgcaacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtattttgtcacttgatataatt 214  Q
    |||||||||         |||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  54800826 tctttcatatcctctgtgatttcaaaatagaggttgatgtcacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtatattgtcacttgatataatt 54800925  T
Q  215 ttcataattagataagtattgcagactaaaaccattagaaacaatgtcatctaatcattggttnnnnnnnngtcatataatctatttataaaacaaagca 314  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||        ||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  54800926 ttcataatcagataagtattgcatactaaaactattataaacaatgtcatctaatcattggttaaaaaaaggtcatctaatctatttataaaacaaatca 54801025  T
Q  315 tatcaatttaaatatgtagctaagcagaaaaatattataattatacattttttataaggatatcaaccactatgttaattgtttgt 400  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  54801026 tatcaatttaaatatgaagctaagctgataaatattataattatacattttttacaaggatatcaaccaatatattaattgtttgt 54801111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 90 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 37333167 - 37332849
Alignment:
Q  90 ctaagaggtgtatttatttactattcatttaattctttcataa--------atttcaaaatagtggttgatgcaacatggtaatgaattatattgctgaa 181  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||| | |||||  || |||||||||||||||||||||||    
T  37333167 ctaagaggtgtatttatttactattcatttaattctttcatatcctctgtgatttcaaaatagtagatgatgacacgtggtaatgaattatattgctgaa 37333068  T
Q  182 tgataatagtgtattttgtcacttgatataattttcataattagataagtattgcagactaaaaccattagaaacaatgtcatctaatcattggttnnnn 281  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||        
T  37333067 tgataatattgtatattgtcatttgatataattttcataattagataagtattgtagactaaaacaattagaaacaatgttatctaatcattggttaaaa 37332968  T
Q  282 nnnngtcatataatctatttataaaacaaagcatatcaatttaaatatgtagctaagcagaaaaatattataattatacattttttataaggatatcaac 381  Q
        ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37332967 aaatgtcatctaacctatttataaaacaaagcatatcaatttaaatatgtagctaatctgaaaaatattataattatacattttttataaggatatcaac 37332868  T
Q  382 cactatgttaattgtttgt 400  Q
    |||||||||||||||||||    
T  37332867 cactatgttaattgtttgt 37332849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 231 - 399
Target Start/End: Original strand, 50314105 - 50314273
Alignment:
Q  231 tattgcagactaaaaccattagaaacaatgtcatctaatcattggttnnnnnnnng-tcatataatctatttataaaacaaagcatatcaatttaaatat 329  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||          |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50314105 tattgcagacaaaaaccattaaaaacaatgtcatctaatcattggttaaaaaaaatatcac-taatctatttataaaacaaagcatatcaatttaaatat 50314203  T
Q  330 gtagctaagcagaaaaatattataattatacattttttataaggatatcaaccactatgttaattgtttg 399  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50314204 gtagctaagctgaaaaatattataattatacattttttacaaggatatcaaccactatgttaattgtttg 50314273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 27 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 37333576 - 37333512
Alignment:
Q  27 gttgacaaactaatgcttctccaattccaatccaaagctaaagcaagatttaggagactattgct 91  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  37333576 gttgacaaagtaatgcatctccaattccaatccaaagataaagcaagatttaggagactgttgct 37333512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 29 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 11277188 - 11276802
Alignment:
Q  29 tgacaaactaatgcttctccaattccaatccaaagctaaagcaagatttaggagactattg------ctaagaggtgtatttatttactattcatttaat 122  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11277188 tgacaaactaatgcatctccaattccaatccaaagctaaagcaagatttatgagactattgtttaatctaagaggtgtatttatttactattcatttaat 11277089  T
Q  123 tctttcataa--------atttcaaaatagtggttgatgcaacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtattttgtcacttgatataatt 214  Q
    |||||||||         ||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11277088 tctttcatatcctctgtgatttcaaaatagtggatgatgccacgtagtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtatattgtcacttgatataatt 11276989  T
Q  215 ttcataattagataagtattgcagactaaaaccattagaaacaatgtcatctaatcattggttnnnnnnnngtcatataatctatttataaaacaaagca 314  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |        || || || || ||||||||||||||| |    
T  11276988 ttcataatcagataagtattgcagactaaaaccattagaaacaatgtcatctaatcattggctaaaaaaatgtaatttattcaatttataaaacaaagta 11276889  T
Q  315 tatcaatttaaatatgtagctaagcagaaaaatattataattataca-ttttttataaggatatcaac--cactatgttaattgtttg 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  11276888 tatcaatttaaatatgtagctaagctg-aaaatattataattatacatttttttacaaggatatcaaccacactatgtcaattgtttg 11276802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 29 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 30971824 - 30971444
Alignment:
Q  29 tgacaaactaatgcttctccaattccaatccaaagctaaagcaagatttaggagactattgct------aagaggtgtatttatttactattcatttaat 122  Q
    |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30971824 tgacaaactaatgcatctccaattttaatccaaagctaaagcaagatttatgagactattgcttaatctaagaggtgtatttatttactattcatttcat 30971725  T
Q  123 tctttcataa-------atttcaaaatagtggttgatgcaacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtattttgtcacttgatataattt 215  Q
    |||||||||        ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  30971724 tctttcatatctatgtgatttcaaaatagtggatgatgccacatggtaatgaattatattgctaaatgataatagtgtatattgttacttgatataattt 30971625  T
Q  216 tcataattagataagtattgcagactaaaaccattagaaacaatgtcatctaatcattggttnnnnnnnngtcatataatctatttataaaacaaagcat 315  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||         | || || ||||||||||||||||| |||    
T  30971624 tcacaatcagataagtattgcagactaaaaccattagaaataatttcatctaatcattggttaaaaaaatattatctattctatttataaaacaaaacat 30971525  T
Q  316 atcaatttaaatatgtagctaagcagaaaaatattataattatacattttttataaggatatcaaccactatgttaattgtttgt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||    ||||||||||||||| ||| ||||  |||||||||||||||||||||    
T  30971524 atcaatttaaatatgtagctaagctgaaaaatat----attatacattttttacaagaatatttaccactatgttaattgtttgt 30971444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 32 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 26243758 - 26243499
Alignment:
Q  32 caaactaatgcttctccaattccaatccaaagctaaagcaagatttaggagactattgct------aagaggtgtatttatttactattcatttaattct 125  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| | |||||      |||||| ||||||||||||| ||||||||||| |    
T  26243758 caaactaatgcatctccaattccaatccaaagatatagcaagatttaggagattgttgcttaatctaagaggcgtatttatttactgttcatttaattat 26243659  T
Q  126 ttcataa--------atttcaaaatagtggttgatgcaacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtattttgtcacttgatataattttc 217  Q
    |||  |         ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26243658 ttcgcatcctttgtgatttcaaaatagtggatgatgccacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtatattgtcacttgatataattttc 26243559  T
Q  218 ataattagataagtattgcagactaaaaccattagaaacaatgtcatctaatcattggtt 277  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26243558 ataatcatataagtattgcagactaaaaccactagaaacaatgtcatctaatcattggtt 26243499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 292 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 26243131 - 26243022
Alignment:
Q  292 taatctatttataaaa-caaagcatatcaatttaaatatgtagctaagcagaaaaatattataattatacattttttataaggatatcaaccactatgtt 390  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||    
T  26243131 taatctatttataaaaacaaagtatatcaatttaaatatgtaactaagctgaaaaatattataattatacatttttaacaaggatatcaaccgatatgtt 26243032  T
Q  391 aattgtttgt 400  Q
     |||||||||    
T  26243031 cattgtttgt 26243022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 29 - 394
Target Start/End: Original strand, 4287545 - 4287925
Alignment:
Q  29 tgacaaactaatgcttctccaattccaatccaaagctaaagcaagatttaggagactattg------ctaagaggtgtatttatttactattcatttaat 122  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4287545 tgacaaactaatgcatctccaattccaatccaaagctaaagcaagatttacgagactattgtttaatctaagaggtgtatttatttactattcatttaat 4287644  T
Q  123 tctttcataa--------atttcaaaatagtggttgatgcaacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtattttgtcacttgatataatt 214  Q
    |||||||||         ||||||||||||||| |  | |  |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||    
T  4287645 tctttcatatcctctgcgatttcaaaatagtggattcttccgcatggtaatgaattatattgatgaatgataatggtatatatcgtcacttgatataatt 4287744  T
Q  215 ttcataattagataagtattgcagactaaaaccattagaaacaatgtcatctaatcattggtt-nnnnnnnngtcatataatctatttataaaacaaagc 313  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||         ||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  4287745 ttcataatcagataattattgcagactaaaatcattaaaaacaatgtcatctaatcattggttaaaaaaaatgtcacctaatctatttagaaaacaaagc 4287844  T
Q  314 atatcaatttaaatatgtagctaagcagaaaaatattataattatacattttttataaggatatcaaccactatgttaatt 394  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  4287845 atattaatttaaatatgtagttaagctgaaaaatattataattatacattttttacaaggatatcaaccactaagttaatt 4287925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 29 - 399
Target Start/End: Original strand, 23678351 - 23678728
Alignment:
Q  29 tgacaaactaatgcttctccaattccaatccaaagctaaagcaagatttaggagactattgc-taag----aggtgtatttatttactattcatttaatt 123  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||     |||||||||||| || |||||||||  ||    
T  23678351 tgacaaactaatgcatcttcaattccaatccaaagttaaagcaagatttacgatactattgcctaatctaaaggtgtatttatctattattcatttcttt 23678450  T
Q  124 ctt---tcataa-atttcaaaatagtggttgatgcaacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtattttgtcacttgatataattttcat 219  Q
    | |   || |   ||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  23678451 catatctcctgtgatttcaaaatagtggatgatgccacatgttaatgaattatattgctgaatgataatagtgtatattgtcatttgatataattttcat 23678550  T
Q  220 aattagataagtattgcagactaaaaccattagaaacaatgtcatctaatcattggttnnnnnnnngtcatataatctatttataaaacaaagcatatca 319  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||        ||||| |||||||| |||||||||| ||||||||    
T  23678551 aatcatataagtattgcagactaaaaccattagaaacaatgtcatctaat-aatgattaaaaaaatgtcatctaatctatgtataaaacaatgcatatca 23678649  T
Q  320 atttaaatatgtagctaagcagaaaaatattataattatacattttttataaggatatcaaccactatgttaattgtttg 399  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23678650 atttaaatatgtagctaagctg-aaaatattataattatatattttttacaaggatatcaaccactatgttaattgtttg 23678728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 286 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 31308599 - 31308486
Alignment:
Q  286 gtcatataatctatttataaaacaaagcatatcaatttaaatatgtagctaagcagaaaaatattataattatacattttttataaggatatcaaccact 385  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |    
T  31308599 gtcatctaatctatttataaaacaaagcatatcaatttaaatatgtagctaagctgaaaaatattataattatacatttttcacaaggatatcaaccaat 31308500  T
Q  386 atgttaattgtttg 399  Q
    ||| ||||||||||    
T  31308499 atgctaattgtttg 31308486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 31308839 - 31308777
Alignment:
Q  29 tgacaaactaatgcttctccaattccaatccaaagctaaagcaagatttaggagactattgct 91  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  31308839 tgacaaactaatgcatcttcaatttcaatccaaagctaaagcaatatttaggagattattgct 31308777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 133 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 31308667 - 31308623
Alignment:
Q  133 atttcaaaatagtggttgatgcaacatggtaatgaattatattgc 177  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31308667 atttcaaaatagtggatgatgccacatggtaatgaattatattgc 31308623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 231 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 31308628 - 31308589
Alignment:
Q  231 tattgcagactaaaaccattagaaacaatgtcatctaatc 270  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31308628 tattgcagaccaaaaccattagaaacaatgtcatctaatc 31308589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 138; Significance: 5e-72; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 169 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 10613436 - 10613207
Alignment:
Q  169 ttatattgctgaatgataatagtgtattttgtcacttgatataattttcataattagataagtattgcagactaaaaccattagaaacaatgtcatctaa 268  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  10613436 ttatattgttgaatgataatagtgtatattgttacttgatataattttcataatcagataagtattgcagactaaaatcattagaaataatgtcatctaa 10613337  T
Q  269 tcattggttnnnnnnnngtcatataatctatttataaaacaaagcatatcaatttaaatatgtagctaagcagaaaaatattataattatacatttttta 368  Q
    |||||||||        ||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||    
T  10613336 tcattggttaaaaaaatgtcaactaatctatttataaaacaaagcacatcaatttaaatatttagttaagctgaaaaatattataattatttattattta 10613237  T
Q  369 taaggatatcaaccactatgttaattgttt 398  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10613236 caaggatatcaaccattatgttaattgttt 10613207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 29 - 266
Target Start/End: Original strand, 23597671 - 23597922
Alignment:
Q  29 tgacaaactaatgcttctccaattccaatccaaagctaaagcaagatttaggagactattgct------aagaggtgtatttatttactattcatttaat 122  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||      ||| ||| |||||||||||| || |||||||    
T  23597671 tgacaaactaatgcatctccaattccaatcgaaagctaaagaatgatttaggagactattgcttaatctaagtggtctatttatttacttttaatttaat 23597770  T
Q  123 tctttcataa--------atttcaaaatagtggttgatgcaacatggtaatgaattatattgctgaatgataatagtgtattttgtcacttgatataatt 214  Q
    |||||||||         ||| ||||||||| | |||||  || |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23597771 tctttcatatcctctttgattacaaaatagtagatgatgtcacgtggtaatggattatattgctggatgataatagtgtatattgtcacttgatataatt 23597870  T
Q  215 ttcataattagataagtattgcagactaaaaccattagaaacaatgtcatct 266  Q
    || |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  23597871 tttataattagataagtattgtagacttaaaccattagaaacagtgtcatct 23597922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 287 - 394
Target Start/End: Original strand, 23597963 - 23598072
Alignment:
Q  287 tcatataatctatttataaaacaaagcatatcaatttaaatatgtagctaagcagaaaaatattataattataca--ttttttataaggatatcaaccac 384  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||    
T  23597963 tcatctaatctatttataaaacaaagcatatcattttaaacatctagctaagctgaaaaatattataattatacattttttttacaaggatatcaaccac 23598062  T
Q  385 tatgttaatt 394  Q
    | ||||||||    
T  23598063 tttgttaatt 23598072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University