View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6561_low_1 (Length: 1003)

Name: NF6561_low_1
Description: NF6561
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6561_low_1
NF6561_low_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (17-995)||(14773452-14774412)
chr2 (816-995)||(14782110-14782289)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 785; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 785; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 995
Target Start/End: Original strand, 14773452 - 14774412
Alignment:
Q  17 agaaagaactctcacgtttgaccattttacacataattgatacaattattaagtaaattactcaatggtttacccttttatgaaccatgattatgattaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14773452 agaaagaactctcacgtttgaccattttacacataactgatacaattattaagtaaattactcaatggtttacccttt-atgaaccatgattatgattaa 14773550  T
Q  117 attcaagaagagttacctattgttgtgcaaaaaggcaaatctgcccatcaagaataatccgaaacatatttcttatataacgatattcaatccataactn 216  Q
    ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  14773551 attcaaga---gttacctattgttgtgcaaaaaggcaaatctgcccatcaagaataatccgaaacatatttcttatataacgatattcaatcaataacta 14773647  T
Q  217 nnnnnntcattattataaatgaaagataatagtgatattacgaaaatattcatacgaatcctttggagtattttcgttattgcaaaatcaaagtggaaaa 316  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14773648 aaaaaatcattattataaatgaaagataatagtgatattacgaaaatattcatacgaatcctttggagtattttccttattgcaaaatcaaagtggaaaa 14773747  T
Q  317 tgctaatttgaaaatgatgcatatagtattaattaatttatttaaaggtataattggaaaaagaagaagnnnnnnntggagcctcaaaatcaaagataat 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |             |||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||    
T  14773748 tgctaatttgaaaatgatgcatatagtattaattaact-------------aattggaaaaagaagaa-aaaaaaatggagcctcaaaatcaaagataat 14773833  T
Q  417 cccaacattattgaggatttacaatgtaatatatgatgatgaagatgaaggggtgcattgtatgaaggtggcattccaaaatcaaagataatcctaatat 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14773834 cccaacattattgaggatttacaatgtaatatgtgatgatgatgatgaaggggtgcattgtatgaaggtggcattgcaaaatcaaagataatcctaatat 14773933  T
Q  517 ttttaaacaaaaatggagttggtttctcttcagaaagggaggtggaagaagttgtagagggtatagatccaattcaaccatctatttcaacaattgtta- 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14773934 ttttaaacaaaaatggagttggtttctcttcagaaagggaggtgaaagaaattgtagagggtatagatccaattcaaccatctatttcaacaattgttag 14774033  T
Q  616 ---tacaagtccatttaataataagaatatcactaattaattttcacatgtaattaaacaacccaagttaccttgagtcctactcctaatcaaactagct 712  Q
       ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14774034 ttatacaagtccatttaataataagaatataactaat----tttcacatgtaattaaacaacccaagttaccttgagtcctactcctaatcaaactagct 14774129  T
Q  713 aagagatcaacttcatacaaatgtattactttttcaatcaaacacattatgattattcatataaatcatctcagtagaagactcattctggttcttcatt 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14774130 aagagatcaacttcatacaaatgtattactttttcaatcaaacacatgatgattattcatataaatcatctcagtagaagactcattctggttcttcatt 14774229  T
Q  813 ctacctttctcttccaacatcttaacatacataccataaacataagaacagaatccccacatgcacaaaacagttgaaacagccttaacaccaccaaatg 912  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14774230 ctacctttctcttccaacatcttaacatacataccataaacataagaacagaatccccacatgcacaaaacagttgaaacagccttaacaccaccaaatg 14774329  T
Q  913 catctctaaacaccaaaacacctcccaacacattcatagacaacaaagctgtcatacaaatcccaccagttaatgatgatgtc 995  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14774330 catctctaaacaccaaaacacctcccaacacattcatagacaacaaagctgtcatacaaatcccaccagttaatgaagatgtc 14774412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 816 - 995
Target Start/End: Original strand, 14782110 - 14782289
Alignment:
Q  816 cctttctcttccaacatcttaacatacataccataaacataagaacagaatccccacatgcacaaaacagttgaaacagccttaacaccaccaaatgcat 915  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||    
T  14782110 cctttctcttccaacatcttaacatacataccataaacataagaacaaaatccccacatacacaaaacagttgaaacagctttcaaaccaccaaatgcat 14782209  T
Q  916 ctctaaacaccaaaacacctcccaacacattcatagacaacaaagctgtcatacaaatcccaccagttaatgatgatgtc 995  Q
    ||||| | || | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  14782210 ctctataaactataacaccacccaacacattcatagacaacaaagctgtcatgcaaatcccaccagttaatgaagatgtc 14782289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University