View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6562_low_1 (Length: 435)

Name: NF6562_low_1
Description: NF6562
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6562_low_1
NF6562_low_1
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (1-435)||(6462278-6462712)
chr6 (10-435)||(6495960-6496385)
chr6 (87-435)||(6473586-6473934)
chr6 (162-416)||(6464639-6464893)
chr6 (167-435)||(6525658-6525926)
chr6 (122-416)||(6504783-6505080)
chr6 (227-392)||(6521256-6521421)
chr6 (80-370)||(6456725-6457015)
chr6 (129-330)||(6527585-6527786)
chr6 (242-416)||(6516811-6516985)
chr6 (233-319)||(1842443-1842529)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (222-283)||(46382859-46382920)
chr7 (348-408)||(3754632-3754692)
chr7 (278-423)||(9666042-9666187)
chr7 (344-435)||(4045519-4045610)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (278-423)||(13537066-13537211)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 419; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 435
Target Start/End: Original strand, 6462278 - 6462712
Alignment:
Q  1 agcagcacagatgggtttggcatataacgacgcagacctttttatcaatggatcgacactattagcttttggaattaaagcagctcaaatgtggtggcat 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6462278 agcagcactgatgggtttggcatataacgacgcagacctttttatcaatggatcgacactattagcttttggaattaaagcagctcaaatgtggtggcat 6462377  T
Q  101 ataaaagaaggagataaactatatgcagaagagtttacaaaagagaacaggataatggaatttctatggtctaacaagagagaaagtggactttggtttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6462378 ataaaagaaggagataaactatatgcagaagagtttacaaaagagaacaggatcatgggatttctatggtctaacaagagagaaagtggactttggtttg 6462477  T
Q  201 ctccacccgaatatagagaatgtagacttggaattcagctcttaccattggttcctatttctgaagtattgttctctgatgttgaatatgtgaagcaact 300  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6462478 ctccacctgaatatagagaatgtagacttggaattcagctcttaccattggttcctatttctgaagtattgttctctgatgttgaatatgtgaagcaact 6462577  T
Q  301 tgttgaatggacattgcctgctttgaaaagagatggtgttgaagaaggatggaaagggtttgtatatgctttacaaggaatttatgataaggaaactgca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6462578 tgttgaatggacattgcctgctttgaaaagagatggtgttgaagaaggatggaaagggtttgtatatgctttacaaggaatttatgataaggaaactgca 6462677  T
Q  401 ttgaagaatataagaaatttaaaaggatttgatga 435  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6462678 ttgaagaatataagaaatttaaaaggatttgatga 6462712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 10 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 6496385 - 6495960
Alignment:
Q  10 gatgggtttggcatataacgacgcagacctttttatcaatggatcgacactattagcttttggaattaaagcagctcaaatgtggtggcatataaaagaa 109  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6496385 gatgggtttggcgtacaacgacgcagacctttttatccttggatcgacacttttagcctttggaattaaagcggctcaaatgtggtggcatataaaagaa 6496286  T
Q  110 ggagataaactatatgcagaagagtttacaaaagagaacaggataatggaatttctatggtctaacaagagagaaagtggactttggtttgctccacccg 209  Q
    ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||| |||  |||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6496285 ggaggaaaactatatgccgaagaatttacaaaagcgaatcggatcatgggatttctatggtccaacaagagagaaagtggactttggtttgctccaccgg 6496186  T
Q  210 aatatagagaatgtagacttggaattcagctcttaccattggttcctatttctgaagtattgttctctgatgttgaatatgtgaagcaacttgttgaatg 309  Q
    |||||| |||||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6496185 aatataaagaatgtagggttggagttcagctcttaccattgcttcctatttctgaagtattgttctctgatgtcgaatatgtgaagcaacttgttgaatg 6496086  T
Q  310 gacattgcctgctttgaaaagagatggtgttgaagaaggatggaaagggtttgtatatgctttacaaggaatttatgataaggaaactgcattgaagaat 409  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6496085 ggcattgcctgctttgaaaagagatggtgttgaagaaggatggaaagggtttgtatatgccttacaaggaatttatgataaggaaaatgcattgaagaat 6495986  T
Q  410 ataagaaatttaaaaggatttgatga 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  6495985 ataagaaatttaaaaggatttgatga 6495960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 87 - 435
Target Start/End: Original strand, 6473586 - 6473934
Alignment:
Q  87 aaatgtggtggcatataaaagaaggagataaactatatgcagaagagtttacaaaagagaacaggataatggaatttctatggtctaacaagagagaaag 186  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| || || ||||  ||||| |||||||||||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||    
T  6473586 aaatgtggtggcatgtaaaagaaggagagaatctctatgaggaagattttacaaaagagaataggatgatgggagttctatggtctaacaagagagacag 6473685  T
Q  187 tggactttggtttgctccacccgaatatagagaatgtagacttggaattcagctcttaccattggttcctatttctgaagtattgttctctgatgttgaa 286  Q
    |||| | |||||||||||  | | ||  | ||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||     
T  6473686 tggattatggtttgctccggctgcatggaaagaatgtaggcttggaattcagctcctaccattgattcctatttctgaagttttgttttcagatgttgat 6473785  T
Q  287 tatgtgaagcaacttgttgaatggacattgcctgctttgaaaagagatggtgttgaagaaggatggaaagggtttgtatatgctttacaaggaatttatg 386  Q
    ||||||||| ||||||| || |||||||||| |||||| || || || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||    
T  6473786 tatgtgaaggaacttgtggagtggacattgcttgctttaaatagggaaggtgttgaagaaggatggaaaggttttgtctatgcattgcaaggaatttatg 6473885  T
Q  387 ataaggaaactgcattgaagaatataagaaatttaaaaggatttgatga 435  Q
    |||| |||| || |||||||||||||| || ||| ||  ||||||||||    
T  6473886 ataatgaaagtggattgaagaatataaaaagtttgaatagatttgatga 6473934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 162 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 6464893 - 6464639
Alignment:
Q  162 ttctatggtctaacaagagagaaagtggactttggtttgctccacccgaatatagagaatgtagacttggaattcagctcttaccattggttcctatttc 261  Q
    |||| ||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||| || ||||  | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||    
T  6464893 ttctttgggctaacaagagagacagtggattatggtttgctcctcctgaatggaaagaatgtaggcttgggattcagctcttaccattgcttccaatttc 6464794  T
Q  262 tgaagtattgttctctgatgttgaatatgtgaagcaacttgttgaatggacattgcctgctttgaaaagagatggtgttgaagaaggatggaaagggttt 361  Q
    |||| | || || ||  ||||||| | ||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||||||    
T  6464793 tgaattcttattttcaaatgttgattttgtgaaggaacttgtggagtggacattgcctgctttgaatagggaaggtgttggagaaggatggaaagggttt 6464694  T
Q  362 gtatatgctttacaaggaatttatgataaggaaactgcattgaagaatataagaa 416  Q
    || ||||| ||  ||||| |||||||||| |||| || ||||||||| |||||||    
T  6464693 gtctatgccttggaaggagtttatgataatgaaagtggattgaagaagataagaa 6464639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 167 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 6525926 - 6525658
Alignment:
Q  167 tggtctaacaagagagaaagtggactttggtttgctccacccgaatatagagaatgtagacttggaattcagctcttaccattggttcctatttctgaag 266  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||  | ||||||| |||| | ||||  | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  6525926 tggtcgaacaaaagagacagtggtttatggtttggtccagctgaatggaaagaatgtaggcttgggattcagctcttaccattgcttccaatttctgaag 6525827  T
Q  267 tattgttctctgatgttgaatatgtgaagcaacttgttgaatggacattgcctgctttgaaaagagatggtgttgaagaaggatggaaagggtttgtata 366  Q
    | |||||||||||||||   |||||||||  |||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| ||    
T  6525826 tcttgttctctgatgttatgtatgtgaagggacttgtggagtggacattacctgctttaaaaagggatggtgttgaagagggttggaaggggtttgttta 6525727  T
Q  367 tgctttacaaggaatttatgataaggaaactgcattgaagaatataagaaatttaaaaggatttgatga 435  Q
    ||| || ||||| ||||||||||| |||| ||||  | |||| |||||||| || || || ||||||||    
T  6525726 tgccttgcaagggatttatgataatgaaagtgcacagcagaagataagaaagttgaagggttttgatga 6525658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 122 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 6505080 - 6504783
Alignment:
Q  122 tatgcagaagagtttacaaaagagaacaggataatggaatttctatggtctaacaagagagaaagtggactttggtttgctccacccgaatatagagaat 221  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| || ||| ||| | || | |||  ||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||     
T  6505080 tatgaagaagagtttacaaaagagaatagaatagtgggagttttgtggaataataaaagagatagtggactttggtttgctccacctgaatggagagaag 6504981  T
Q  222 gtagacttggaattcagctcttaccattggttcctatttctgaagtattgttctctgatgttgaatatgtgaagcaacttgttgaatggacattgcctgc 321  Q
     |||    |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||| ||  | |||||||| ||||||||||||||    
T  6504980 ctaggacaggaattcagcttataccattggctcctatttctgaagatttgttttctgatgttgattatgttaaagatcttgttgagtggacattgcctgc 6504881  T
Q  322 tttgaaaag---agatggtgttgaagaaggatggaaagggtttgtatatgctttacaaggaatttatgataaggaaactgcattgaagaatataagaa 416  Q
    |||||| ||   || |||||||| |||||||||||| || ||  ||||| | ||  |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||    
T  6504880 tttgaatagggaaggtggtgttggagaaggatggaagggattcttatattcattggaaggaatttatgataatgaaagtgcattgaagaagataagaa 6504783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 227 - 392
Target Start/End: Original strand, 6521256 - 6521421
Alignment:
Q  227 cttggaattcagctcttaccattggttcctatttctgaagtattgttctctgatgttgaatatgtgaagcaacttgttgaatggacattgcctgctttga 326  Q
    ||||| |||||| | ||||||||| |||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||| ||||||| |  |||| ||||||   ||||||| ||||     
T  6521256 cttggcattcaggttttaccattgcttcctatttcagaaatgttgttttctgatgttgaatttgtgaaggatgttgtggaatgggtgttgcctgatttgg 6521355  T
Q  327 aaagagatggtgttgaagaaggatggaaagggtttgtatatgctttacaaggaatttatgataagg 392  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||| || ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  6521356 aaagtgatggtgttggtgaaggatggaagggatttgtgtatgctttaaagggaatttatgataagg 6521421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 80 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 6457015 - 6456725
Alignment:
Q  80 gcagctcaaatgtggtggcatataaaagaaggagataaactatatgcagaagagtttacaaaagagaacaggataatggaatttctatggtctaacaaga 179  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||| ||| | ||||||||||   || ||    || | |||||||| ||||    
T  6457015 gcagctcaaatgtggtggcatataaaaggcggagataaactttatgctgaagaattttccaaagagaacaaagtagtgagtgttgtttggtctaataaga 6456916  T
Q  180 gagaaagtggactttggtttgctccacccgaatatagagaatgtagacttggaattcagctcttaccattggttcctatttctgaagtattgttctctga 279  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||  |  |||  ||||| ||||| || || |||||  | ||||| ||| | |||||  | || | |||||| || ||    
T  6456915 gagatagtggactatggtttgcgcctgctcaatggagagagtgtaggctaggtattcaagttttacctttgttgcctatcaccgaggcattgttttcgga 6456816  T
Q  280 tgttgaatatgtgaagcaacttgttgaatggacattgcctgctttgaaaagagatggtgttgaagaaggatggaaagggtttgtatatgct 370  Q
    |||||  ||||| ||| | ||||| ||||||||||| |||  |||||| ||  | |||||||  ||||| |||||||| ||| ||||||||    
T  6456815 tgttggttatgtaaaggagcttgtggaatggacattacctaatttgaataggaaaggtgttggtgaagggtggaaaggttttatatatgct 6456725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 129 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 6527786 - 6527585
Alignment:
Q  129 aagagtttacaaaagagaacaggataatggaatttctatggtctaacaagagagaaagtggactttggtttgctccacccgaatatagagaatgtagact 228  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||| |||| | || ||||||||||||||||||| |||||| | | |||||||||  | ||||  ||||||   || ||    
T  6527786 aagattttacaaaggagaataggatcatgggagttttatggtctaacaagagagacagtggattgtcgtttgctccggctgaatggagagaagcaaggct 6527687  T
Q  229 tggaattcagctcttaccattggttcctatttctgaagtattgttctctgatgttgaatatgtgaagcaacttgttgaatggacattgcctgctttgaaa 328  Q
    |||  ||||  | ||||| |||   |||||||||||||| ||||| |||||||   | ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| || |||    
T  6527686 tggtgttcaagttttacccttgtcgcctatttctgaagttttgttttctgatgcaaagtatgtgaaggaactagttgaatggacattacctgccttaaaa 6527587  T
Q  329 ag 330  Q
    ||    
T  6527586 ag 6527585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 242 - 416
Target Start/End: Original strand, 6516811 - 6516985
Alignment:
Q  242 ttaccattggttcctatttctgaagtattgttctctgatgttgaatatgtgaagcaacttgttgaatggacattgcctgctttgaaaagagatggtgttg 341  Q
    |||||||||  ||| ||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||| |||||||| |||| ||||     |||| ||    
T  6516811 ttaccattgtgtccaatttctgaagttttattttctgatgttgattatgtgaaagaacttgttgagtgggcattgcctcctttcaaaacgttaggtgctg 6516910  T
Q  342 aagaaggatggaaagggtttgtatatgctttacaaggaatttatgataaggaaactgcattgaagaatataagaa 416  Q
    || |  ||||||  || |||   ||||| ||  |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||    
T  6516911 aaaacagatggacgggatttcggtatgcattggaaggaatttatgataatgaaagtgcattgaagaagataagaa 6516985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 233 - 319
Target Start/End: Original strand, 1842443 - 1842529
Alignment:
Q  233 attcagctcttaccattggttcctatttctgaagtattgttctctgatgttgaatatgtgaagcaacttgttgaatggacattgcct 319  Q
    ||||||||||||||| |  | |||||||||||| | |||| |||||||||| | |||||||||  |||||| || ||||||||||||    
T  1842443 attcagctcttaccactactccctatttctgaaattttgtcctctgatgttaagtatgtgaagggacttgtggagtggacattgcct 1842529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 222 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 46382920 - 46382859
Alignment:
Q  222 gtagacttggaattcagctcttaccattggttcctatttctgaagtattgttctctgatgtt 283  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| | |||||||    
T  46382920 gtagccttgggattcagctcttaccattgtttcctatttctgaagtcttgttttgtgatgtt 46382859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 348 - 408
Target Start/End: Original strand, 3754632 - 3754692
Alignment:
Q  348 gatggaaagggtttgtatatgctttacaaggaatttatgataaggaaactgcattgaagaa 408  Q
    |||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  3754632 gatggaaagggtttatctattctttgcaaggaatttatgataaagaaaatgcattgaagaa 3754692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 278 - 423
Target Start/End: Original strand, 9666042 - 9666187
Alignment:
Q  278 gatgttgaatatgtgaagcaacttgttgaatggacattgcctgctttgaaaagagatggtgttgaagaaggatggaaagggtttgtatatgctttacaag 377  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || |||  | || |||||||| ||   |||||  ||| |||||| ||||| || ||| | |||||||| || |    
T  9666042 gatgttgattatgtgaagcaacttgtcgagtggcgagtgtctgctttggaagaggatggcattggagaaggttggaagggttttttgtatgctttgcagg 9666141  T
Q  378 gaatttatgataaggaaactgcattgaagaatataagaaatttaaa 423  Q
    ||||||||||||||||   ||| ||| |||| |||||||| |||||    
T  9666142 gaatttatgataaggatggtgctttggagaagataagaaagttaaa 9666187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 344 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 4045610 - 4045519
Alignment:
Q  344 gaaggatggaaagggtttgtatatgctttacaaggaatttatgataaggaaactgcattgaagaatataagaaatttaaaaggatttgatga 435  Q
    ||||| ||||||||||||   |||||||| |||||  ||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||  || ||||| ||||||||    
T  4045610 gaaggttggaaagggtttacctatgctttgcaaggtgtttatgataagaagaatgcattgaagaatattagaatgttgaaaggttttgatga 4045519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000006; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 278 - 423
Target Start/End: Original strand, 13537066 - 13537211
Alignment:
Q  278 gatgttgaatatgtgaagcaacttgttgaatggacattgcctgctttgaaaagagatggtgttgaagaaggatggaaagggtttgtatatgctttacaag 377  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || |||  | || |||||||| ||   |||||  ||| |||||| ||||| || ||| | |||||||| || |    
T  13537066 gatgttgattatgtgaagcaacttgtcgagtggcgagtgtctgctttggaagaggatggcattggagaaggttggaagggttttttgtatgctttgcagg 13537165  T
Q  378 gaatttatgataaggaaactgcattgaagaatataagaaatttaaa 423  Q
    ||||||||||||||||   ||| ||| |||| |||||||| |||||    
T  13537166 gaatttatgataaggatggtgctttggagaagataagaaagttaaa 13537211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University