View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6562_low_4 (Length: 356)

Name: NF6562_low_4
Description: NF6562
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6562_low_4
NF6562_low_4
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (13-346)||(35203678-35204011)
chr6 (13-339)||(13880979-13881305)
chr6 (13-346)||(25943902-25944235)
chr6 (13-346)||(17692467-17692803)
chr6 (15-340)||(22348592-22348913)
chr6 (76-338)||(14739769-14740034)
chr6 (76-328)||(33333283-33333538)
chr6 (76-125)||(24433733-24433782)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (13-346)||(9523961-9524294)
chr1 (18-346)||(2396875-2397203)
chr1 (76-125)||(41395876-41395925)
chr1 (232-338)||(41396023-41396129)
chr1 (76-125)||(19369098-19369147)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (13-346)||(4814841-4815174)
chr8 (13-346)||(28892997-28893330)
chr8 (13-346)||(28330128-28330461)
chr8 (13-346)||(16754875-16755208)
chr8 (86-339)||(25682552-25682805)
chr8 (13-340)||(21039670-21039996)
chr8 (11-346)||(33034874-33035208)
chr8 (13-346)||(15946896-15947229)
chr8 (76-353)||(26298998-26299278)
chr8 (76-338)||(10686461-10686726)
chr8 (76-328)||(18867877-18868132)
chr8 (76-328)||(35743014-35743269)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (13-346)||(2738438-2738771)
chr2 (13-346)||(39684480-39684813)
chr2 (13-346)||(22714849-22715182)
chr2 (13-346)||(20052376-20052708)
chr2 (13-340)||(17934323-17934650)
chr2 (150-339)||(45569630-45569819)
chr2 (76-338)||(25393511-25393776)
chr2 (76-328)||(19346903-19347158)
chr2 (172-278)||(39485478-39485584)
chr2 (76-121)||(31058583-31058628)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (13-339)||(10096421-10096747)
chr3 (13-346)||(29911568-29911901)
chr3 (13-346)||(54190741-54191074)
chr3 (13-339)||(10203307-10203633)
chr3 (13-346)||(16459697-16460030)
chr3 (13-346)||(10899242-10899575)
chr3 (59-346)||(6305544-6305831)
chr3 (13-339)||(10610387-10610714)
chr3 (13-345)||(22623594-22623926)
chr3 (13-339)||(47880503-47880829)
chr3 (76-338)||(1308496-1308761)
chr3 (78-328)||(8514721-8514974)
chr3 (78-328)||(32477967-32478220)
chr3 (76-314)||(22170529-22170770)
chr3 (78-325)||(2674430-2674680)
chr3 (76-328)||(3325745-3326000)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (13-346)||(3322403-3322736)
chr7 (13-346)||(7072284-7072617)
chr7 (13-346)||(25407647-25407980)
chr7 (13-346)||(44012146-44012478)
chr7 (76-338)||(24263520-24263785)
chr7 (250-346)||(25353585-25353681)
chr7 (76-338)||(9187342-9187607)
chr7 (76-338)||(18411282-18411547)
chr7 (78-328)||(16882554-16882807)
chr7 (76-328)||(21986545-21986800)
chr7 (211-328)||(21643800-21643917)
chr7 (76-125)||(24272313-24272362)
chr7 (76-125)||(21642312-21642361)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (13-346)||(25447720-25448054)
chr5 (76-338)||(43594746-43595011)
chr5 (76-338)||(43627540-43627805)
chr5 (76-338)||(27447448-27447713)
chr5 (76-328)||(33788981-33789236)
chr5 (76-328)||(24557791-24558046)
chr5 (76-328)||(24598823-24599078)
chr5 (76-338)||(37558799-37559064)
chr5 (78-328)||(31399199-31399452)
chr5 (76-328)||(28835927-28836181)
chr5 (76-131)||(28805129-28805184)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (13-346)||(759-1092)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (13-346)||(18559-18892)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (13-338)||(15314557-15314883)
chr4 (77-346)||(4567572-4567841)
chr4 (13-346)||(36769823-36770156)
chr4 (13-346)||(47564946-47565279)
chr4 (13-346)||(16634724-16635039)
chr4 (76-328)||(9226608-9226863)
chr4 (76-328)||(18858201-18858456)
chr4 (76-338)||(16626190-16626454)
chr4 (76-328)||(5145533-5145788)
chr4 (76-104)||(41899769-41899797)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (236-346)||(49044-49154)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (76-338)||(16506-16771)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (76-346)||(133-406)
scaffold0006 (76-346)||(8289-8562)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (172-240)||(34734-34802)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Original strand, 35203678 - 35204011
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35203678 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaattttctctgtccccgtttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 35203777  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35203778 aagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 35203877  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35203878 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 35203977  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35203978 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 35204011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 13 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 13881305 - 13880979
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13881305 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 13881206  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13881205 aagtaacatccctgcttataataaattttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 13881106  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13881105 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtgtcccactccaaacc 13881006  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccct 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  13881005 tccataggtgtcttgagatctatccct 13880979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 25944235 - 25943902
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25944235 tcatcagtgataggctccacctaaaactgaattttttctatcttcgtttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 25944136  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  25944135 aagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacattt 25944036  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25944035 cacagctctagcatcaagtttgtctagtctcacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacc 25943936  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  25943935 tccataggtgtcttgagatctatctctgttgatg 25943902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Original strand, 17692467 - 17692803
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17692467 tcattagtggtaggctccacctcaaactgaattttctctatccccgttttcgagcttgtatctaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 17692566  T
Q  113 aagtaacatccc---tgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaataca 209  Q
    ||||||||||||   ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17692567 aagtaacatcccccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacaacctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaataca 17692666  T
Q  210 cttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaa 309  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17692667 cttcacagctctaacatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagccccgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaa 17692766  T
Q  310 acctccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||    
T  17692767 acctccatatgtgtcttaagatctatccctgttgatg 17692803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 15 - 340
Target Start/End: Original strand, 22348592 - 22348913
Alignment:
Q  15 atcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaa 114  Q
    ||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||  |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22348592 atcagtggtaggctccacctcaaattgaattttctctatccccgtttctgaacttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaa 22348691  T
Q  115 gtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttca 214  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||     ||||||||||||    
T  22348692 gtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttaaggataacc----taaatacacttca 22348787  T
Q  215 cagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctc 314  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| || | |||||||||||||||| |||    
T  22348788 cagctctagcatcaagtttatcttgtctgacatgagaaaatgctaaagctccgaaaaccttcaagttagagtagcctactggtctcccactccaaatctc 22348887  T
Q  315 cataggtgtcttgagatctatccctg 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  22348888 cataggtgtcttgagatctatccctg 22348913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 14740034 - 14739769
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaact-ttgatcctcca---ggttccatcttccacagtcta 171  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || | | ||| |||||||||||   | |||||  |||||||   |     
T  14740034 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatca-agactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttg 14739936  T
Q  172 taacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaga 271  Q
    || || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |    
T  14739935 taccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaa 14739836  T
Q  272 ctttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
    | |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  14739835 ccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 14739769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 33333538 - 33333283
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaact-ttgatcctcca---ggttccatcttccacagtcta 171  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | | ||| |||||| ||||   | |||||  |||||||   |     
T  33333538 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatca-agactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttg 33333440  T
Q  172 taacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaga 271  Q
    || || |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |    
T  33333439 tatcccttcacaccttcctgataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaa 33333340  T
Q  272 ctttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
    | |||||    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  33333339 ccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtatcttga 33333283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 76 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 24433782 - 24433733
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccct 125  Q
    ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  24433782 aggtctttagacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccct 24433733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 302; Significance: 1e-170; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 9524294 - 9523961
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9524294 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 9524195  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9524194 aagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 9524095  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9524094 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 9523995  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9523994 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 9523961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 18 - 346
Target Start/End: Original strand, 2396875 - 2397203
Alignment:
Q  18 agtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagta 117  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2396875 agtggtaggctccacctcaaactgaattttctcttcccccatttctgagcttgtgtccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagta 2396974  T
Q  118 acatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacag 217  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2396975 acatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacactttcaggataacccatgaaaatacacttcacag 2397074  T
Q  218 ctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccat 317  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  2397075 ctctagcatcaagtttgtcctgcttgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctactggtctcccactccaaacctccat 2397174  T
Q  318 aggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||| ||||||||||||| || |||||    
T  2397175 aggtgttttgagatctatccatgttgatg 2397203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 76 - 125
Target Start/End: Original strand, 41395876 - 41395925
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccct 125  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  41395876 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccct 41395925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 232 - 338
Target Start/End: Original strand, 41396023 - 41396129
Alignment:
Q  232 ttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagat 331  Q
    ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || |||||    ||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |    
T  41396023 ttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgcgggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagt 41396122  T
Q  332 ctatccc 338  Q
    |||||||    
T  41396123 ctatccc 41396129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 76 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 19369147 - 19369098
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccct 125  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  19369147 aggtctttacacttaatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccct 19369098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Original strand, 4814841 - 4815174
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4814841 tcatcagtgatagggtccacctcaaactgaattttctctgtccccgtttccgagcttgcatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 4814940  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4814941 aagtaacatccctgcttatgataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 4815040  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4815041 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgttaaagctctgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 4815140  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4815141 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 4815174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 28893330 - 28892997
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28893330 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 28893231  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28893230 aagtaacatccctgcttatgataaattttgattctccaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 28893131  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28893130 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacc 28893031  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28893030 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 28892997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 28330461 - 28330128
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  28330461 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcattaa 28330362  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28330361 aagtaacatccctgcttataataaattttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacacctttaggataacccatgaaaatacactt 28330262  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28330261 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtcttccactccaaacc 28330162  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28330161 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 28330128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Original strand, 16754875 - 16755208
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16754875 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctttgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccattcgggtctcatcaa 16754974  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16754975 aagtaacatccctgcttattataaattttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 16755074  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16755075 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtcttccactccaaacc 16755174  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  16755175 tccataggtgtcttgagatctatccttgttgatg 16755208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 86 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 25682805 - 25682552
Alignment:
Q  86 acttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacacc 185  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25682805 acttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacacc 25682706  T
Q  186 ttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagag 285  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25682705 ttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctttagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagag 25682606  T
Q  286 tagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccct 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25682605 tagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccct 25682552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 13 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 21039996 - 21039670
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  21039996 tcatcagtggtaggctccacctcaaattgaattttctctatctccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcggatcttatcaa 21039897  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21039896 aagtaacatacctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtttgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 21039797  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  21039796 cacagctctagcatcaag-ttgtcttgtctgacatgagcaaatgctaaagctctgaaaacattcaagttagagtagtctaccggtctcccactacaaacc 21039698  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctg 340  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21039697 tccataggtgtcttgagatatatccctg 21039670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 11 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 33035208 - 33034874
Alignment:
Q  11 catcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatc 110  Q
    ||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  33035208 catcatcagcggtaggctccacctcaaactgaattttctctacccccatttctgagcttgttcccaggtctttccacttcatccccttgcgggtctcatc 33035109  T
Q  111 aaaagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacac 210  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33035108 aaaagta-catccctgcttataataaattttgatcctccaagttcgatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacac 33035010  T
Q  211 ttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaa 310  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| | ||| ||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33035009 ttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctgacatgagaaaatgctaaagctctaaaaacttttaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaa 33034910  T
Q  311 cctccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  33034909 ccttcataggtgtcttcagatctatccctgttgatg 33034874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 15947229 - 15946896
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||| || |||||||||||| | ||  |   |||| |||||||| ||||||| |||||||||||| | ||| |||||||||||||    
T  15947229 tcatcagtggtaggctccaccttaaactgaattttatgtactcatgtttctgagcttgtttccaggtttttgcacttcatactcatacgggtctcatcaa 15947130  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||  |||||| |||   | |||||||||||||||||| ||||||| || |||| ||||||    
T  15947129 aagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccatgttttatcttcaacaacttgtaacctttcacaccttcaagataaccaataaaaacacactt 15947030  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||  ||||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||     
T  15947029 cacaactctagcatcaagtttgtcatgtttgacacgtgcaaatgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctggcagtctcccactccaaaca 15946930  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| || |||||    
T  15946929 tccataggtgtcttgagatttatccatgttgatg 15946896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 76 - 353
Target Start/End: Original strand, 26298998 - 26299278
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |  |  ||||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  26298998 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 26299097  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  26299098 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 26299197  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgatgatgtccatct 353  Q
     |||||   |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| | ||||| ||||||    
T  26299198 cttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatggccatct 26299278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 10686726 - 10686461
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaact-ttgatcctcca---ggttccatcttccacagtcta 171  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | | ||| |||||||||||   | |||||  |||||||   |     
T  10686726 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatca-agactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttg 10686628  T
Q  172 taacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaga 271  Q
    || || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |    
T  10686627 taccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaa 10686528  T
Q  272 ctttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
    | |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  10686527 ccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 10686461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 18868132 - 18867877
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaact-ttgatcctcca---ggttccatcttccacagtcta 171  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || | | ||| |||||||||||   | |||||  |||||||   |     
T  18868132 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatca-agactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttg 18868034  T
Q  172 taacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaga 271  Q
    || || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |    
T  18868033 taccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaa 18867934  T
Q  272 ctttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
    | |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18867933 cattcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 18867877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Original strand, 35743014 - 35743269
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaact-ttgatcctcca---ggttccatcttccacagtcta 171  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | | ||| |||||| ||||   | |||||  |||||||   ||    
T  35743014 aggtctttacacttcatccccattcgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatca-agactcttgatcttccactagattccaatttccacaactta 35743112  T
Q  172 taacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaga 271  Q
    || || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |    
T  35743113 tatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaa 35743212  T
Q  272 ctttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
    | |||||    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35743213 ccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 35743269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 290; Significance: 1e-163; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 2738771 - 2738438
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2738771 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttccgagcttgcatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 2738672  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2738671 aagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttctcaccttcaggataacccatgaaaatacactt 2738572  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2738571 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccgatctcccactccaaacc 2738472  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2738471 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 2738438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 39684813 - 39684480
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39684813 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 39684714  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39684713 aagtaacatccctgcttataataaattttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 39684614  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  39684613 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtcttccggtcttccactccaaacc 39684514  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39684513 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 39684480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Original strand, 22714849 - 22715182
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22714849 tcatcagtggtaggctccacctcaaactgaattttctctatccccgtttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 22714948  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22714949 aagtaacatccctgcttatgataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaagataacccatgaaaatacactt 22715048  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22715049 cacagctctagcatcaagtttgtcttgaatgacatgagaaaacgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacc 22715148  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  22715149 tccataggtgtgttgagatctatccctgttgatg 22715182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Original strand, 20052376 - 20052708
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20052376 tcatcagtggtaggctccacctcaaactgaattttctctatccccgtttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 20052475  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20052476 aagtaacatccctgcttataataaattttgattctccaggttccatcttccacggtctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 20052575  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20052576 cacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagct-cgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacc 20052674  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20052675 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 20052708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 13 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 17934650 - 17934323
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    |||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17934650 tcatcaatggtaggctccacctcaaactgaattttctctatccccgtttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatacgggtctcatcaa 17934551  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17934550 aagtaacatccctgcttataataaattttgattctctaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 17934451  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17934450 cacatatctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgggcaaatgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacc 17934351  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctg 340  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||    
T  17934350 tccataggtgtcttgagacctatccctg 17934323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 178; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 150 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 45569819 - 45569630
Alignment:
Q  150 aggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgg 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45569819 aggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgatatgg 45569720  T
Q  250 gcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccct 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  45569719 gcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttgagttctatccct 45569630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Original strand, 25393511 - 25393776
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaact-ttgatcctcca---ggttccatcttccacagtcta 171  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || | | ||| |||||||||||   | |||||  |||||||   |     
T  25393511 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatca-agactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttg 25393609  T
Q  172 taacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaga 271  Q
    || || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||| | |    
T  25393610 taccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgtgcatatgccaaagctccgtaaa 25393709  T
Q  272 ctttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
    | |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  25393710 ccttcaaagatgagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 25393776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Original strand, 19346903 - 19347158
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaact-ttgatcctcca---ggttccatcttccacagtcta 171  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | | ||| |||||| ||||   | |||||  || ||||   ||    
T  19346903 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatca-agactcttgatcttccactagattccaattttcacaactta 19347001  T
Q  172 taacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaga 271  Q
    || || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |    
T  19347002 tatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaa 19347101  T
Q  272 ctttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
    | |||||    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19347102 ccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 19347158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 172 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 39485584 - 39485478
Alignment:
Q  172 taacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaga 271  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |    
T  39485584 taacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaa 39485485  T
Q  272 ctttcaa 278  Q
    | |||||    
T  39485484 ccttcaa 39485478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 76 - 121
Target Start/End: Original strand, 31058583 - 31058628
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacat 121  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  31058583 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacat 31058628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 13 - 339
Target Start/End: Original strand, 10096421 - 10096747
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10096421 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 10096520  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10096521 aagtaacatccctgcttataataaattttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 10096620  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10096621 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtgtcccactccaaacc 10096720  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccct 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  10096721 tccataggtgtcttgagatctatccct 10096747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Original strand, 29911568 - 29911901
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29911568 tcatcagtggtaggctccacctcaaactgaattttctctatccccgttttcgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 29911667  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29911668 aagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 29911767  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29911768 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagcaaacgctaaagctccgaagattttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacc 29911867  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  29911868 tccataggtgtcttgagatctatccttgttgatg 29911901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 54191074 - 54190741
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54191074 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaattttctctatccccgtttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 54190975  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54190974 aagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 54190875  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  54190874 cacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaacttttaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacc 54190775  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  54190774 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 54190741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 13 - 339
Target Start/End: Original strand, 10203307 - 10203633
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10203307 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaagtttctctgtccccgtttatgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 10203406  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10203407 aagtaacatccctgtttataataaattttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 10203506  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10203507 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 10203606  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccct 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  10203607 tccataggtgtcttgagatctatccct 10203633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 16460030 - 16459697
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16460030 tcatcagtggtaggctccacctcaaactgaattttctctgtccccgtttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 16459931  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16459930 aagtaacatccctgcttatgataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaagataacccatgaaaatacactt 16459831  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16459830 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcatgacatgcgcaaacgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacc 16459731  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  16459730 tccataggtgtgttgagatctatccctgttgatg 16459697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 10899575 - 10899242
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10899575 tcatcagtggtaggctccacctcaaactgaattttctctgtccccgtttccgagcttgcatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 10899476  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10899475 aagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 10899376  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10899375 cacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaatgctaaagctctgaaaacttttaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacc 10899276  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10899275 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 10899242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 59 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 6305831 - 6305544
Alignment:
Q  59 tttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccat 158  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||    
T  6305831 tttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctccaggttccat 6305732  T
Q  159 cttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgct 258  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6305731 cttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgct 6305632  T
Q  259 aaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6305631 aaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 6305544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 13 - 339
Target Start/End: Original strand, 10610387 - 10610714
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctct-atcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatca 111  Q
    |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10610387 tcattagtggtaggctccacctcaaactgaattttcttttatccccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatca 10610486  T
Q  112 aaagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacact 211  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10610487 aaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacact 10610586  T
Q  212 tcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaac 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10610587 tcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaac 10610686  T
Q  312 ctccataggtgtcttgagatctatccct 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10610687 ctccataggtgtcttgagatctatccct 10610714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 13 - 345
Target Start/End: Original strand, 22623594 - 22623926
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22623594 tcatcagtgataggttccacctcaaactgaattttctctgtccccgttttcgagcttatatccaagtctttgcacttcatccccattcgggtctcatcaa 22623693  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22623694 aagtaacatccctgcttattataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 22623793  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  22623794 catagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaaac 22623893  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgat 345  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  22623894 tccataggtgttttgagatctatccctgttgat 22623926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 13 - 339
Target Start/End: Original strand, 47880503 - 47880829
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    |||||| || ||||||||| | |||||||||||||||||| |||  ||||  |||||||||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||    
T  47880503 tcatcactggtaggctccaccacaaactgaattttctctaccccagtttctaagcttgtatccaggtctttatacttcatcttcatgcgggtctcatcaa 47880602  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  47880603 aagtaacatccttgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccatagtctgtaacctttcacaccttcaggatatcccatgaaaatacactt 47880702  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||| |||||||||||| || |||||||  ||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47880703 cacagctctagaatcaagtttgtcctgtctgacataagcaaatgctaaagctccaaaaactttcaaattagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 47880802  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccct 339  Q
    | |||||||||||||||||||||||||    
T  47880803 tacataggtgtcttgagatctatccct 47880829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Original strand, 1308496 - 1308761
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |  |  ||||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  1308496 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 1308595  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  1308596 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 1308695  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
     |||||   |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  1308696 cttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 1308761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 78 - 328
Target Start/End: Original strand, 8514721 - 8514974
Alignment:
Q  78 gtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaact-ttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctata 173  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| | | ||| |||||| ||||   | |||||  |||||||   | ||    
T  8514721 gtctttacacttcatccccatccgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatca-agactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgta 8514819  T
Q  174 acctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagact 273  Q
     || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||     
T  8514820 tcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacc 8514919  T
Q  274 ttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
    |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8514920 ttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 8514974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 78 - 328
Target Start/End: Original strand, 32477967 - 32478220
Alignment:
Q  78 gtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaact-ttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctata 173  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| | | ||| |||||| ||||   | |||||  |||||||   | ||    
T  32477967 gtctttacacttcatccccatccgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatca-agactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgta 32478065  T
Q  174 acctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagact 273  Q
     || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||     
T  32478066 tcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacc 32478165  T
Q  274 ttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
    |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32478166 ttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 32478220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 76 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 22170770 - 22170529
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaact-ttgatcctcca---ggttccatcttccacagtcta 171  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | | ||| |||||||||||   | |||||  |||||||   |     
T  22170770 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatca-agactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttg 22170672  T
Q  172 taacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaga 271  Q
    || || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |    
T  22170671 taccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaa 22170572  T
Q  272 ctttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctc 314  Q
    | |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||    
T  22170571 ccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctc 22170529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 78 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 2674680 - 2674430
Alignment:
Q  78 gtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaact-ttgatcctcca---ggttccatcttccacag-tctat 172  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| | | ||| |||||| ||||   | |||||  |||||||  ||| |    
T  2674680 gtctttacacttcatccccattcgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatca-agactcttgatcttccactagattccaatttccacaactct-t 2674583  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  2674582 atcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 2674483  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtct 325  Q
     |||||    ||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  2674482 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtct 2674430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 3326000 - 3325745
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |  |  |||||||||||   || |||||  || ||||   | |    
T  3326000 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaattttcacaacttgt 3325901  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  |||||  |||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  3325900 aacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcatgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 3325801  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
     |||||    ||||| ||| |  || |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  3325800 cttcaaagatgagtaatcttctagtttcccactccatacttccataggtgtcttga 3325745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Original strand, 3322403 - 3322736
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3322403 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaatttttcctgtccccgtttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 3322502  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3322503 aagtaacatccctgcttataataaattttgattctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 3322602  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3322603 caccgctctagcatcaagtttgtcttgcctgatatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 3322702  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3322703 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 3322736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 7072617 - 7072284
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7072617 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaattttctctgtccccgtttccgagcttgtatccatgtctttgcacttcatctccatgcgggtctcatcaa 7072518  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7072517 aagtaacatccctgcttataataaattttgatccaccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 7072418  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7072417 cacaactctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaatgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacc 7072318  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7072317 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 7072284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 25407980 - 25407647
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25407980 tcatcagtggtaggctccacctcaaactgaattttctctatccccgtttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgtgggtctcatcaa 25407881  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25407880 aagtaacatccctgcttataataatttttgatcctctaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 25407781  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  25407780 cacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctacccgtctcccactccaaacc 25407681  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25407680 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 25407647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Original strand, 44012146 - 44012478
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || |||  |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44012146 tcatcagtggtaggctccacctcaaactgaattttctatacccccgtttctgagtttgtttccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 44012245  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44012246 aagtaacatccctgcttataataaattttgatccttcaggttccatcttccacagtttgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 44012345  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44012346 cacaactctagcatcaagtttgtcctgtctgacatgagcaaatgctaaagctcc-aaaactttcaaattagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 44012444  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    || ||| ||||||| | ||||||||||| |||||    
T  44012445 tctataagtgtcttcaaatctatccctgttgatg 44012478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 24263785 - 24263520
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaact-ttgatcctcca---ggttccatcttccacagtcta 171  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | | ||| |||||||||||   | |||||  |||||||   |     
T  24263785 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatca-agactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttg 24263687  T
Q  172 taacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaga 271  Q
    || || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |    
T  24263686 taccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaa 24263587  T
Q  272 ctttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
    | |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  24263586 ccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 24263520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 250 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 25353681 - 25353585
Alignment:
Q  250 gcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||    
T  25353681 gcaaacgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctaacggtctcccactccaaacctccatagctgtcctgagatctatccctgttgatg 25353585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 9187607 - 9187342
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | || || |  |  ||||||||||||   | |||||  ||||||||  | |    
T  9187607 aggtctttactcttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccatactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacagcttgt 9187508  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||||| || ||    
T  9187507 aacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaac 9187408  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
     |||||    ||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  9187407 cttcaaagatgagtagtttgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 9187342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Original strand, 18411282 - 18411547
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |  |  ||||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  18411282 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 18411381  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||  ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | |  |||||||| || ||    
T  18411382 accccttcacaccttccggataacaaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgtcaaagctccaaaaac 18411481  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
     |||||   |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  18411482 cttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 18411547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 78 - 328
Target Start/End: Original strand, 16882554 - 16882807
Alignment:
Q  78 gtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaact-ttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctata 173  Q
    |||||| ||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||| ||||| | | ||| |||||| ||||   | |||||  |||||||   | ||    
T  16882554 gtctttacacttcatccccatctgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatca-agactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgta 16882652  T
Q  174 acctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagact 273  Q
     || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||     
T  16882653 tcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacc 16882752  T
Q  274 ttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
    |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16882753 ttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 16882807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Original strand, 21986545 - 21986800
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaact-ttgatcctcca---ggttccatcttccacagtcta 171  Q
    |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| | | ||| |||||||||||   | |||||  |||||||   |     
T  21986545 aggtctttacacttcatccccatccgagtctcatcaaaggtaacatccctacttatca-agactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttg 21986643  T
Q  172 taacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaga 271  Q
    || || |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||| |||| |    
T  21986644 taccccttcacaccttccagataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgtgcatatgccaaagcttcgaaaa 21986743  T
Q  272 ctttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
    | |||||    ||||||||||||| | |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  21986744 ccttcaaagatgagtagtctgccgatttcccactccatacttccataggtgtcttga 21986800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 211 - 328
Target Start/End: Original strand, 21643800 - 21643917
Alignment:
Q  211 ttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaa 310  Q
    |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || |||||    ||||| || |||||| |||||||||| |    
T  21643800 ttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatcagccggtttcccactccata 21643899  T
Q  311 cctccataggtgtcttga 328  Q
    ||||||||||||||||||    
T  21643900 cctccataggtgtcttga 21643917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 76 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 24272362 - 24272313
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccct 125  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  24272362 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccct 24272313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 76 - 125
Target Start/End: Original strand, 21642312 - 21642361
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccct 125  Q
    |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  21642312 aggtctttacacatcatccccatacgggtctcatcgaaggtaacatccct 21642361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 25448054 - 25447720
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25448054 tcatcaatgataggctccacctcaaactgaattttctctatccccatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 25447955  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacacc-ttcaggataacccatgaaaatacact 211  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25447954 aagtaacatccctgcttataataaattttgatccttcaggttccatcttccacagtctataacctttcacacctttcaggataacccatgaaaatacact 25447855  T
Q  212 tcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaac 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25447854 tcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaac 25447755  T
Q  312 ctccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25447754 ctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 25447720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Original strand, 43594746 - 43595011
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaact-ttgatcctcca---ggttccatcttccacagtcta 171  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | | ||| |||||||||||   | |||||  |||||||   |     
T  43594746 aggtctttgcacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatca-agactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttg 43594844  T
Q  172 taacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaga 271  Q
    || || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |    
T  43594845 taccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaa 43594944  T
Q  272 ctttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
    | |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  43594945 ccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 43595011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Original strand, 43627540 - 43627805
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaact-ttgatcctcca---ggttccatcttccacagtcta 171  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | | ||| |||||||||||   | |||||  |||||||   |     
T  43627540 aggtctttgcacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatca-agactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttg 43627638  T
Q  172 taacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaga 271  Q
    || || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |    
T  43627639 taccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaa 43627738  T
Q  272 ctttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
    | |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  43627739 ccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 43627805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Original strand, 27447448 - 27447713
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaact-ttgatcctcca---ggttccatcttccacagtcta 171  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |  || |||||||||||   | |||||  |||||||   |     
T  27447448 aggtctttacacttcatcctcatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatca-aggctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttg 27447546  T
Q  172 taacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaga 271  Q
    || || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |    
T  27447547 taccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaa 27447646  T
Q  272 ctttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
    | |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  27447647 ccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 27447713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Original strand, 33788981 - 33789236
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaact-ttgatcctcca---ggttccatcttccacagtcta 171  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | | ||| |||||| ||||   | |||||  |||||||   ||    
T  33788981 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatca-agactcttgatcttccactagattccaatttccacaactta 33789079  T
Q  172 taacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaga 271  Q
    || || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |    
T  33789080 tatcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaa 33789179  T
Q  272 ctttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
    | |||||    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33789180 ccttcaaagaggagtaatccaccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 33789236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 24558046 - 24557791
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| || |  |  ||||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  24558046 aggtctttacacttcatccccatacgagtctcatcaaaggtaacgtccctgctaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 24557947  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||||| || ||    
T  24557946 aacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaac 24557847  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  24557846 cttcaatgatgagtaatctgccggtttcccactccatacttccataggtgtcttga 24557791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 24599078 - 24598823
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| || |  |  ||||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  24599078 aggtctttacacttcatccccatacgagtctcatcaaaggtaacgtccctgctaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 24598979  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||||| || ||    
T  24598978 aacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaac 24598879  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
     |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  24598878 cttcaatgatgagtaatctgccggtttcccactccatacttccataggtgtcttga 24598823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 37559064 - 37558799
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  |   |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  37559064 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcacgactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 37558965  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  37558964 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 37558865  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
     |||||    ||||| ||  ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  37558864 cttcaaagaggagtaatccaccggtttcccactccatacctccataagtgtcttgaagtctatccc 37558799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 78 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 31399452 - 31399199
Alignment:
Q  78 gtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaact-ttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctata 173  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | | ||| |||||| ||||   | |||||  |||||||   | ||    
T  31399452 gtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatca-agactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgta 31399354  T
Q  174 acctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagact 273  Q
     || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||     
T  31399353 tcccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacc 31399254  T
Q  274 ttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
    |||||    ||||| |  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31399253 ttcaaagaggagtaattcgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 31399199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Original strand, 28835927 - 28836181
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |  |  |||||||||||   || |||||  |||||||   | |    
T  28835927 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 28836026  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||  ||| | || ||||||||||| ||    
T  28836027 aacccttctcaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatacgcatatgc-aaagctccgaaaac 28836125  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
      ||||    ||||| ||| ||||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  28836126 catcaaagatgagtaatctaccggtttcccactccatacttccataggtgtcttga 28836181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 76 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 28805184 - 28805129
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttat 131  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  28805184 aggtctttacacttcatcctcatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttat 28805129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Original strand, 759 - 1092
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  759 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaattttctctgtccctgttttcgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 858  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  859 aagtaacatccttgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacattt 958  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  959 tacagctctagcatcaagtttgtcttgcctaacatgggcaaacgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacc 1058  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1059 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 1092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 18892 - 18559
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | |  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18892 tcatcagtgataggctccacctcaaactgaattttctcttcctccgtttctgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatacgggtctcatcaa 18793  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18792 aagtgacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacagcttcaggataacccatgaaaatacactt 18693  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  18692 cacagctctagcatcaagtttgtcctgtctaacatgggcaaacgctaaagctccgaaaactttcaaattagagtagtttgccggcctcccactccaaacc 18593  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18592 tccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 18559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 13 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 15314883 - 15314557
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15314883 tcatcagtggtaggctccacctcaaactgaattttctctatccccgtttctgagcttgtatctaggtctttgcacttcatccccatgtgggtctcatcaa 15314784  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    || |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  15314783 aaataacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctgtaacctttcacaccttcaggataactcatgaaaatacactt 15314684  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagt-ctgccggtctcccactccaaac 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  15314683 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagaaaacgctaaagctccgaaaactttcaagttagagtagtcctaccggtctcccactccaaac 15314584  T
Q  312 ctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
     ||||||||||||||||||||||||||    
T  15314583 atccataggtgtcttgagatctatccc 15314557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 77 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 4567841 - 4567572
Alignment:
Q  77 ggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacc 176  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4567841 ggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtctgtaacc 4567742  T
Q  177 tttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttc 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  4567741 tttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttc 4567642  T
Q  277 aagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  4567641 aaattagagtagtctgccgatctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccatgttgatg 4567572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 36770156 - 36769823
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||  |||| |||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36770156 tcatcagtggtaggctccacctcaaactgaattttctctacccctgtttctgagcttgtttccgggtttttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 36770057  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36770056 aagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccaggttccatcttccacagtttgtaacctttcacaccttcagaataacccatgaaaatacactt 36769957  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    |||| |||||||||||||| |||| || |||||||  ||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||     
T  36769956 cacaactctagcatcaagtatgtcctgtctgacataagcaaatgctaaagctccaaaaactttcaaattagagtagtttcccggtctcccactccaaaca 36769857  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36769856 ttcataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 36769823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 47565279 - 47564946
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||  |||| |||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  47565279 tcatcagtggtaggctccacctcaaactgaattttctctacccccgtttctgagcttgtttccaggtctttgcacttcattcacatgcgggtctcatcaa 47565180  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    |||||||||| || ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47565179 aagtaacatctctacttataataaattttgatccttcaggttccatcttccacagtttgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 47565080  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || ||  |||| ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  47565079 cacaactctagcatcaagtttgtcctgtctagcatgagcaaatgctaaagctccaaaaactttcaaattagagtagtctgtcggtctcccactccaaacg 47564980  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  47564979 tccataggtgtcttgagatttatccctgttgatg 47564946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 16635039 - 16634724
Alignment:
Q  13 tcatcagtgataggctccaactcaaactgaattttctctatcccgatttccgagcttgtatccaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaa 112  Q
    ||||||||| |||| |||| ||||||||||||||| | |  ||| ||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  16635039 tcatcagtggtaggatccacctcaaactgaattttttgtgcccccatttataagcttgtttccaggtctttgcacttcatccccatacgggcctcatcaa 16634940  T
Q  113 aagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctccaggttccatcttccacagtctataacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacactt 212  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||                    
T  16634939 aagtaacatccatgcttataataaattttgatcctctaggttccatcttccacagtttgtaacctttcacaccttcaggataac---------------- 16634856  T
Q  213 cacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacc 312  Q
       | ||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16634855 --taactctagcatcaagtttgtcctgtttgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttcaaattagagtagtttgccggtctcccactccaaacc 16634758  T
Q  313 tccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || |||||    
T  16634757 tccataggtgtcttaagatctatccttgttgatg 16634724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 9226863 - 9226608
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaact-ttgatcctcca---ggttccatcttccacagtcta 171  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | | ||| |||||||||||   | |||||  |||||||   |     
T  9226863 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatca-agactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttg 9226765  T
Q  172 taacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaga 271  Q
    || || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |    
T  9226764 taccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaa 9226665  T
Q  272 ctttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
    | |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9226664 ccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 9226608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Original strand, 18858201 - 18858456
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaact-ttgatcctcca---ggttccatcttccacagtcta 171  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | | ||| |||||||||||   | |||||  |||||||   |     
T  18858201 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatca-agactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttg 18858299  T
Q  172 taacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaga 271  Q
    || || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |    
T  18858300 taccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaa 18858399  T
Q  272 ctttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
    | |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18858400 ccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 18858456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 16626454 - 16626190
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |  |  ||||||||||||   | |||||  |||||||     |    
T  16626454 aggtcttt-cacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaactcgt 16626356  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    |||| |||| |||||| |||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | |  ||||||| ||| ||    
T  16626355 aacccttcagaccttccggataaccaatgaagatacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgtcaaagctcagaaaac 16626256  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
     |||||   |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  16626255 cttcaaagaagagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 16626190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 76 - 328
Target Start/End: Original strand, 5145533 - 5145788
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||| |||||| || || |  |  ||||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  5145533 aggtctttacacttcatccctatacgggtctcatcaaaggtaatatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 5145632  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    |||| ||||||||||| |||||||  || || | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||| | ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  5145633 aacccttcacaccttctggataacgaataaagacacatttcaaagctctagtctcaagcttgtctttcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 5145732  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 328  Q
     |||||    ||||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||||||||||    
T  5145733 cttcaaagatgagtagtctgccggtttcccattccatacttccataggtgtcttga 5145788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 76 - 104
Target Start/End: Original strand, 41899769 - 41899797
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggt 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41899769 aggtctttgcacttcatccccatgcgggt 41899797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 99; Significance: 8e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 236 - 346
Target Start/End: Original strand, 49044 - 49154
Alignment:
Q  236 cttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctat 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  49044 cttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtctcgagatctat 49143  T
Q  336 ccctgatgatg 346  Q
    ||||| |||||    
T  49144 ccctgttgatg 49154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 76 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 16771 - 16506
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaact-ttgatcctcca---ggttccatcttccacagtcta 171  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| | | ||| |||||||||||   | |||||  |||||||   |     
T  16771 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatca-agactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttg 16673  T
Q  172 taacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaga 271  Q
    || || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |    
T  16672 taccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaa 16573  T
Q  272 ctttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccc 338  Q
    | |||||    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||    
T  16572 ccttcaaagaggagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccc 16506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 68; Significance: 3e-30; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 76 - 346
Target Start/End: Original strand, 133 - 406
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |  |  ||||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  133 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 232  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  233 aacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 332  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
     |||||    ||||| ||||||| | |||||||||| || ||||||||||||||||  ||||| |||| |||||    
T  333 cttcaaagatgagtaatctgccgctttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattcctgttgatg 406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 76 - 346
Target Start/End: Original strand, 8289 - 8562
Alignment:
Q  76 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaactttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 172  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |  |  ||||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  8289 aggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaattaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 8388  T
Q  173 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 272  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  8389 aacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 8488  T
Q  273 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgatgatg 346  Q
     |||||    ||||| ||||||| | |||||||||| || ||||||||||||||||  ||||| |||| |||||    
T  8489 cttcaaagatgagtaatctgccgctttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattcctgttgatg 8562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 172 - 240
Target Start/End: Original strand, 34734 - 34802
Alignment:
Q  172 taacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgc 240  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||||||||||||| | ||| |||||||||    
T  34734 taacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcacagctctagccttaagcttgtcttgc 34802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University